코페르니쿠스의 보수적요소를 거부하고 근본적으로 태양중심체계를 바꾸어 놓은 것은 케플러 (Gohannes Kepler, 1571-1630)였다. 그는 튀빙엔에서 신학을 공부했으나 천문학으로 관심을 돌렸다. 그에게 천문학을 가르친 매스틀린(Mastlin)은 지구중심우주체계를 강의했지만 사석에서는 코페르니쿠스가 맞는다고 했다. 그래서 케플러는 이미 학생시절에 열렬한 코페르니쿠스주의자가 되어 있었다. 케플러는 루터파 신교도로서 우주에서 삼위일체를 보았다. 즉 태양은 성교, 별들은 성자, 중간의 공간은 성신이었다. 그는 우주가 살아 있으며 행성들과 지구는 영혼을 가지고 있다고 믿었다. 이것은 아마도 당시에 크게 유행한 루터파 신비주의의 영향인 듯하다. 케플러는 철저한 피타고라스${\cdot}$플라톤주의자였다. 그는 우주가 수학적 조화를 이루고 있고, 신은 위대한 기하학자이며, 인간은 신의 이미지를 따서 만들어졌다고 보았다. 따라서 인간은 수학을 통해 우주를 이해할 수 있다는 생각이었다.