• The Plant Pathology Journal
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• 제29권4호
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• pp.397-409
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• 2013

The full-genome sequences of fourteen isolates of Broad bean wilt virus 2 (BBWV2), collected from broad bean, pea, spinach, bell pepper and paprika plants in Korea during the years 2006-2012, were determined and analyzed comparatively along with fifteen previously reported BBWV2 genome sequences. Sequence analyses showed that RNA-1 and RNA-2 sequences of BBWV2 Korean isolates consisted of 5950-5956 and 3568-3604 nucleotides, respectively. Full-length genome sequence-based phylogenetic analyses revealed that the BBWV2 Korean isolates could be divided into three major groups comprising GS-I (isolates BB2 and RP7) along with isolate IP, GS-II (isolates BB5, P2, P3 and RP3) along with isolate B935, and GS-III including 16 BBWV2 Korean isolates. Interestingly, GS-III appears to be newly emerged and predominant in Korea. Recombination analyses identified two recombination events in the analyzed BBWV2 population: one in the RNA-1 of isolate K and another one in the RNA-2 of isolate XJ14-3. However, no recombination events were detected in the other 21 Korean isolates. On the other hand, out of 29 BBWV2 isolates, 16 isolates were found to be re-assortants, of which each RNA segment (i.e. RNA1 and RNA2) was originated from different parental isolates. Our findings suggested that reassortment rather than recombination is a major evolutionary force in the genetic diversification of BBWV population in Korea.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권10호
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• pp.1760-1768
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• 2018

The type strain Bacillus subtilis subsp. subtilis KCTC $3135^T$ was deeply sequenced and annotated, replacing a previous draft genome in this study. The tar and tag genes were involved in synthesizing wall teichoic acids (WTAs), and these genes and their products were previously regarded as the distinguishing difference between B. s. subtilis and B. s. spizizenii. However, a comparative genomic analysis of B. subtilis spp. revealed that both B. s. subtilis and B. s. spizizenii had various types of cell walls. These tar and tag operons were mutually exclusive and the tar genes from B. s. spizizenii were very similar to the genes from non-Bacillus bacteria, unlike the tag genes from B. s. subtilis. The results and previous studies suggest that the tar genes and the tag genes are not inherited after subspecies speciation. The phylogenetic tree based on whole genome sequences showed that each subspecies clearly formed a monophyletic group, while the tree based on tar genes showed that monophyletic groups were formed according to the cell wall type rather than the subspecies. These findings indicate that the tar genes and the presence of ribitol as a cell-wall constituent were not the distinguishing difference between the subspecies of B. subtilis and that the description of subspecies B. s. spizizenii should be updated.

• 대한바이러스학회지
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• 제30권2호
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• pp.113-124
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• 2000

We had isolated 8 viruses from 91 specimen collected at southwest Cheju Province during early spring 1998 and 2 viruses from 9 specimen collected at Chung Nam Province during early spring 1999. To perform cross-reactivity among 4 mumps vaccine strains and 10 wild-type mumps viruse isolates, we immunized mice and took antisera against each virus. There were no antibody titer differences by indirect immunofluorescence assay (IFA), but most isolated mumps viruses showed a little cross-reactivities with Jeryl Lynn and Rubini strains. It has shown similar result by haemagglutination-inhibition (HAI) test. These results show that 4 mumps strains used as vaccine have the protection ability against endemic wild-type mumps viruses. Also the SH gene analysis was performed to identify genotypes. Most isolated mumps viruses belonged to genotype D. These results indicate that endemic mumps viruses in Korea are different to ones isolated in Japan and China.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제81권1호
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• pp.59-72
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• 2018

Background: It remains uncertain if $interferon-{\gamma}$ release assays (IGRAs) are superior to the tuberculin skin test (TST) for the diagnosis of active tuberculosis (TB) or latent tuberculosis infection (LTBI) in immunosuppressed populations including people with human immunodeficiency virus (HIV) infection. The purpose of this study was to systematically review the performance of IGRAs and the TST in people with HIV with active TB or LTBI in low and high prevalence TB countries. Methods: We searched the MEDLINE database from 1966 through to January 2017 for studies that compared results of the TST with either the commercial QuantiFERON-TB Gold in Tube (QFTGT) assay or previous assay versions, the T-SPOT.TB assay or in-house IGRAs. Data were summarized by TB prevalence. Tests for concordance and differences in proportions were undertaken as appropriate. The variation in study methodology was appraised. Results: Thirty-two studies including 4,856 HIV subjects met the search criteria. Fourteen studies compared the tests in subjects with LTBI in low TB prevalence settings. The QFTGT had a similar rate of reactivity to the TST, although the first-generation version of that assay was reactive more commonly. IGRAs were more frequently positive than the TST in HIV infected subjects with active TB. There was considerable study methodology and population heterogeneity, and generally low concordance between tests. Both the TST and IGRAs were affected by CD4 T-cell immunodeficiency. Conclusion: Our review of comparative data does not provide robust evidence to support the assertion that the IGRAs are superior to the TST when used in HIV infected subjects to diagnose either active TB or LTBI.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권5호
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• pp.620-627
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• 2000

To determine the prevalence of genetic polymorphisms in Epstein-Barr virus (EBV) strains in the Korean population, the restriction site polymorphisms for BamHI and XhoI enzymes were analyzed with 16 EBV isolates from cancer patients and 7 EBV isolates from healthy carriers, using polymerase chain reaction techniques. None of the 23 isolates were found to carry an extra BamHI site in the BamHI F-fragment (f-variant). Of the 12 type-1 isolates from the cancer patients, 10 lost both the LMP1 XhoI site and the BamHI site between the BamHi W1* and I1* fragments (a W1*I1* fusion variant or type C). The latter W1*I1* fusion variant was due to a mutation of thymidine to adenine, as evidenced by a sequence analysis. The remaining two type-1 isolates showed either no variation at both sites or the loss of only the XhoI site. In contrast, two type-2 isolates and two intertypic recombinants with a type-1 allele at the EBNA2 locus and type-2 alleles at all or some of the EBNA3 loci retained both enzyme sites. In similar analyses of the 7 isolates from the healthy carriers, five of six type-1 isolates lost these two sites, however, one type-2 isolate did not. These results clearly indicate a strong association of both the LMP1 XhoI site loss and the W1*I1* fusion variant with the type-1 rather than the type-2 EBV strains circulating in the immunocompetent Korean carriers.

• KSBB Journal
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• 제25권6호
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• pp.572-576
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• 2010

수두 생바이러스 백신과 같은 생물의약품은 다양한 물질이 복합적으로 구성되어 있어 단순한 물리 화학적 분석방법만으로는 그 특성을 규명할 수 없다. 따라서 이러한 생물의 약품의 품질을 평가하기 위해서는 표준품이 필수적이다. 2002년과 2003년에 제조 및 확립한 1차 국가표준품의 재고량 소진 및 역가 감소에 따라 식품의약품안전평가원에서는 수두 생바이러스 백신의 2차 국가표준품을 확립하기 위하여 2008년 용역연구사업을 통해 국내의 수두 생바이러스 백신 제조회사에서 표준품 후보물질을 제조하였으며, 국가표준품 후보물질의 역가산정을 위하여 국내 제조사 및 식품의약품 안전평가원에서 공동연구를 수행하였다. 국내제조사를 포함한 3개의 공동연구 시험소에서 7회 이상의 반복시험을 수행하여 얻은 공동연구 결과를 통계학적으로 분석한 결과 3곳의 공동연구 시험소의 통합역가에 대한 변이계수 (coefficient variation, CV)는 1.24%로 각 시험소간의 기하평균 (GMT) 변동 수준이 매우 낮음을 확인할 수 있었다. 또한, 수두 생바이러스 백신의 2차 국가표준품의 표시역가는 $4.26\;log_{10}\;PFU$/0.5 mL로 산정하였다.

• 생물환경조절학회지
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• 제23권4호
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• pp.376-382
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• 2014

고구마 바이러스 무병묘 재배에 따른 세대 간 수량변이를 구명하기 위하여, '안노베니', '연황미', '맛나미' 등 3품종의 무병묘 세대($TC_0$, $TC_2$, $TC_3$) 삽수를 $75{\times}25cm$로 정식하여 흑색비닐로 멀칭재배하였다. 정식 30일째 줄기신장은 대조구인 농가묘보다 무병묘 세대에서 유의한 증가를 보였으며, $TC_0$에서 가장 왕성하였다. 120일째 수확기 생육은 줄기길이, 원줄기 마디수와 곁가지수는 농가묘보다 무병묘 세대에서 높았으나, 통계적 유의성은 없었다. 무병묘 세대의 지상부 생체중이 농가묘보다 유의하게 증가하였으나, 무병묘 세대간 그리고 품종간에는 유의한 차이가 없었다. 주당괴근수와 평균괴근중은 농가묘보다 $TC_0$와 $TC_1$ 세대에서 유의한 증가를 보였으나, $TC_2$ 세대에서는 농가묘와 차이가 없었다. 무병묘 세대의 주당괴근중은 농가묘보다 유의하게 증가하였고, 무병묘 세대간에는 $TC_0$에서 가장 높았다. 무병묘 세대의 평균상저수량, 상저비율과 소형 고구마(40-200g) 비율도 농가묘보다 유의한 증가를 보였다. 300g 이상 괴근비율은 $TC_0$ 세대에서 가장 낮았다. $TC_2$ 세대의 상저수량은 $TC_0$ 세대보다 유의하게 낮았고, 농가묘와도 유의한 차이가 없었다. 품종간 상저수량은 '맛나미'에서 가장 높았으며, '안노베니', '연황미' 순이었다. 따라서 무병주의 수량과 품질 유지를 위해서 농가는 3년 주기로 교체하는 것이 필요하다. 다만 교체주기는 바이러스 재감염 정도에 따라 2-3년 주기로 실시하는 것이 바람직할 것이다.

• 한국작물학회지
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• 제38권4호
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• pp.336-342
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• 1993

1. 개화성기까지의 지상부와 지하부 대부분 생육형질은 전에서 보다 답에서 더 큰값을 보였으나, 근류수는 다에서 현저히 작아 윤환답 콩재배에서는 근류접종이 필요하다고 생각되어 진다. 2. 조파 단작(4월 20일 파종)으로 윤환답에 콩을 재배하면, 만파재배시 양저바이러스(SMV-N)에 저항성을 보였던 대부분 현재의 장려품종들이 심하게 이병되었다. 그러나 경미한 모자이크바이러스(SMV) 이병정도를 보이는 일부 장려품종(장백콩과 은하콩 등)과 대부분의 도입품종들은 양저바이러스에 전연 이병이 되지 않고 대부분 높은 수량성을 보였다. 3. 콩의 토양별 평균 종실수량은 전보다 답에서 높았으나, 동일 토양내의 파종시기 또는 동일 파종기내의 토양간 평균 수종간에는 차이가 없었다. 4. Ha당 4톤 이상의 수량을 보인 품종은 답에서는 Williams79, 남해콩, Union 및 SS77053이었고, 전에서는 Union뿐이었다. 공시품종중 장엽콩과 단엽콩은 답의 모든 파종기에서 종실수량이 ha당 3톤 이상이고 변이계수가 10% 이하로 안정 다수이었다. 5. 답전윤환답의 조파에서 다수성인 품종들은 황금콩에 비하여 경장이 크고 주경전수가 많으며 분지수가 SS77053을 제외하고는 적은 일반적으로 초기발아 및 입묘에 유리한 중소입종들로 내병성, 특히 양저 바이러스에 저항성이 높은것들이었다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제24권1호
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• pp.28-31
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• 1982

가잠의 바이러스성 연화병에 대한 저항성의 유전양식을 구명하기 위한 시험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 유전력 검정 1) FV저항성의 주동인자는 불완전 우성에 의한 상가적효과를 보였다. 2) 미동인자의 효과는 특히 저항성이 강한 계통과 약한 계통과의 교배조에서 나타났다. 3) 유전력은 0.93으로서 거의 유전적 요인에 의한것이며 환경변이는 적다고 생각된다. 2. 원종간의 조합능력 검정 1) 일반조합능력효과는 고도의 유의차가 있었으며, 잠 108이 13.1로 가장 높았고 경추가 -17.7로 가장 낮았다. 2) 특수조합능력효과도 고도의 유의차가 있었으며, 금호$\times$무등에서 13.7로 가장 높았고 잠115$\times$경추에서 -14.8로 가장 낮았다.

• 한국가금학회지
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• 제34권4호
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• pp.253-257
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• 2007

파유미 종 닭에 계두 및 구두 백신을 접종하고 2종의 백신에 대한 방어 능력을 방글라대쉬의 야외의 닭 사육 조건에서 비교하였다. 'Take reaction'의 수율을 평가하여 이것을 더 나은 면역 반응과 관련지어 해석하였으며, 그룹 B와 그룹 C의 닭은 각각 93.33%와 100%의 면역 반응을 보여주었다. 1차 예방접종에 따른 평균 PHA 항체가는 B와 C 그룹에서 각각 $32{\pm}14.81$과 $33{\pm}13.66$으로 나타났다. 보강 접종 후 평균 PHA 항체가는 B 및 C 그룹의 전 처리군에서는 $46.93{\pm}16.52$와 $55.46{\pm}14.64$이었으며, 공격접종 2주 후 시점에서 향체가는 각각 $93.86{\pm}33.04$와 $110.93{\pm}29.29$로 나타났다. PHA 항체가는 백신 접종 후와 접종 후 처치군들에서 백신접종 전 항체가에 비해 현저하게 증가함을 보여주었다. 이렇게 현저한 PHA 항체가의 차이는 사용한 백신의 종류가 다양함으로 인해 발생되는 것이기도 하였으나, 백신 접종을 받은 모든 닭들은 감염에 대한 저항력을 보여주었다.