• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제24권11호
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• pp.351-359
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• 2021

The red sea bream iridovirus (RSIV) belonging to genus Megalocytivirus is responsible for red sea bream iridoviral disease (RSIVD) in marine and freshwater fishes. Although several diagnostic assays for RSIV have been developed, diagnostic sensitivity (DSe) and specificity (DSp) of real-time polymerase chain reaction (PCR) assays are not yet evaluated. In this study, we developed a TaqMan probe-based real-time PCR method and evaluated its DSe and DSp. To detect RSIV, the probe and primers were designed based on consensus sequences of the major capsid protein (MCP) genes from megalocytiviruses including RSIV, infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV), and turbot reddish body iridovirus (TRBIV). The probe and primers were shown to be specific for RSIV, ISKNV, and TRBIV-types megalocytiviruses. A 95% limit of detection (LOD_95%) was determined to be 5.3 viral genome copies/µL of plasmid DNA containing the MCP gene from RSIV. The DSe and DSp of the developed real-time PCR assay for field samples (n = 112) were compared with those of conventional PCR assays and found to be 100% and 95.2%, respectively. The quantitative results for SYBR Green and TaqMan probe-based real-time PCR were not significantly different. The TaqMan probe-based real-time PCR assay for RSIV may be used as an appropriate diagnostic tool for qualitative and quantitative analysis.

• 한국수산과학회지
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• 제56권1호
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• pp.133-139
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• 2023

The advantage of biofloc technology (BFT) in aquaculture is in the prevention of pathogenic transmission. In this study, we performed an investigation on viral, bacterial, and microsporidian parasite infections targeting a total of 194 whiteleg shrimp Litopenaeus vannamei reared in seven BFT-farms on the west coast of Korea in 2021. Hepatopancreatic and cuticular epithelium and pereiopods tissues of shrimp were tested for the four pathogens, Enterocytozoon hepatopenaei (EHP), Vibrio parahaemolyticus causing Acute Hepatopancreatic necrosis disease (VP_AHPND), white spot syndrome virus (WSSV), and hepatopancreatic parvovirus (HPV). The microsporidian parasite EHP was detected in the hepatopancreatic tissue of BFT whiteleg shrimp in the Ganghwa region, whereas no other pathogenic bacteria or virus was detected on the shrimp in the seven BFT-farms. As a result of bacterial flora in the rearing water of BFT whiteleg shrimp using DNA microbiome technology, V. chemaguriensis and V. alfacsensis were contained at 0.05% and 0.01%, respectively, but no VP_AHPND was detected. These findings will serve as a basis for supporting safe BFT-aquaculture of whiteleg shrimp.

• The Plant Pathology Journal
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• 제39권3호
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• pp.255-264
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• 2023

Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV-1) is a single-stranded circular DNA virus, belonging to the genus Mastrevirus (family Geminiviridae) that was first identified on sweet potato plants in South Korea in 2012. Although SPSMV-1 does not induce distinct symptoms in sweet potato plants, its co-infection with different sweet potato viruses is highly prevalent, and thus threatens sweet potato production in South Korea. In this study, the complete genome sequence of a Korean isolate of SPSMV-1 was obtained by Sanger sequencing of polymerase chain reaction (PCR) amplicons from sweet potato plants collected in the field (Suwon). An infectious clone of SPSMV-1 (1.1-mer) was constructed, cloned into the plant expression vector pCAMBIA1303, and agro-inoculated into Nicotiana benthamiana using three Agrobacterium tumefaciens strains (GV3101, LBA4404, and EHA105). Although no visual differences were observed between the mock and infected groups, SPSMV-1 accumulation was detected in the roots, stems, and newly produced leaves through PCR. The A. tumefaciens strain LBA4404 was the most effective at transferring the SPSMV-1 genome to N. benthamiana. We confirmed the viral replication in N. benthamiana samples through strand-specific amplification using virion-sense- and complementary-sense-specific primer sets.

• 한국식품과학회지
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• 제49권2호
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• pp.123-131
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• 2017

노로바이러스는 국내에서도 지속적으로 유행성 바이러스성 위장염을 일으키고 있다. 노로바이러스 저감화사업단(NOROTECL)의 1중 2세부과제에서는 농산물의 노로바이러스 오염 원인을 추적조사하여 노로바이러스 전파를 예방하고 저감화하기 위한 과제를 수행하였다. 2015년 1월부터 11월 사이에 노로바이러스와 관련이 있을 것으로 추정되는 80개 농산물, 80개 토양, 78개 인체분변, 3개 가축분변, 80개 농업용수, 80개 하천수 시료를 대상으로 노로바이러스, Male specific coliphage (MSC), 위생지표세균(Coliform, E. coli) 세 가지 검사를 통해 오염현황을 조사하였다. Semi-nested PCR과 DNA sequencing을 통해 18개의 Genogroup I과 3개의 Genogroup II 노로바이러스가 총 18개의 시료에서 발견되었다. Genogroup이 확정된 노로바이러스에 대하여 RT-PCR을 진행하였다. 대장균군과 대장균은 농산물에서 68%와 1%, 토양에서 88%와 7.5%, 인체분변에서 44%와 12.8%, 가축 분변에서 67%와 67%, 농업용수에서 74%와 30%, 하천수에서 96%와 51%의 검출율을 각각 나타냈다. MSC 결과에서는 14개의 시료가 양성으로 나타났다.

• 농약과학회지
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• 제12권3호
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• pp.283-290
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• 2008

베큘로바이러스는 일부 나비목 해충을 대상으로 방제하는 데 사용되고 있다. 그러나 화학농약에 비해 느린 살충효과 및 좁은 적용 해충으로 응용 범위에 한계를 갖고 있다. 본 연구는 이러한 한계를 극복하고자 곤충의 면역억제을 통해 바이러스 병원력을 제고시킬 수 있는 기술을 소개한다. 폴리드나바이러스는 일부 맵시벌 및 고치벌에 공생하는 곤충 DNA 바이러스 분류군이다. 프루텔고치벌(Cotesia plutellae) 유래 CpBV(Cotesia plutellae bracovirus)는 브라코바이러스에 속한 폴리드나바이러스로서 면역어제를 발휘하는 여러 유전자를 함유하고 있다. 이 가운데 7개의 CpBV유전자를 선발하고 이를 야생형Autographa California multiple nucleopolyhedrovirus(AcNPV)에 재조합하였다. 이들 재조합 베큘로바이러스를 이용하여 파밤나방(Spodoptera exigua)과 배추좀나방(Plutella xylostella)을 대상으로 생물 검정한 결과, 이들 대부분은 야생형의 바이러스와 유사하거나 우수한 살충력을 나타냈다. 특히 CpBV-ELP를 포함한 재조합 베큘로바이러스가 대조바이러스에 비해 살충시간을 약 2 일 이상단축시킴으로 가장 우수하였다. 이 재조합 베큘로바이러스는 농도에 따른 살충력증가와 배추를 가해하는 파밤나방을 대상으로 한 바이러스 살포 처리가 뚜렷한 방제효과를 나타내어 현장 적용 가능성을 제시하였다. 또한 본 연구는 이 재조합 바이러스의 살충력 제고 현상을 CpBV-ELP의 항바이러스 기작 억제라는 측면에서 고찰했다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권1호
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• pp.19-27
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• 1997

본 연구에서는 영장류에서 감염성 면역결핍 증상을 일으키는 type D simian retrovirus (SRV)를 검출하기 위해 SRV env 유전자의 특정 지역을 선정하여 증폭, 검색하는 중합효소 연쇄반응 (PCR)법을 개발하였다. 증폭반응의 대상부위인 SRV env 유전자의 3' 후반부는 서로 다른 3 종류의 SRV subtype 1, 2, 그리고 subtype 3에 걸쳐 높은 보존율을 보이고 있다. 반응 결과, 1차 PCR 만으로 3 종류의 SRV subtypes를 동시에 검출, 증폭하였으며 SRV와 더불어 영장류에서 감염성 면역결핍을 유도하는 주요 바이러스 simian immunodeficiency virus 또는 simian T-Iymphotropic virus type 1에 감염된 영장류의 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)을 비교, 완전한 증폭 특이성이 확인되었고 교차반응으로 인한 위양성반응은 발견되지 않았다. 한편, 위 증폭반응의 검출 민감도 측정을 위해 준정량적 적정 PCR을 수행하였으며 SRV 게놈과 증폭 대상 부위의 분자량을 기준으로 한 본 PCR법의 검출 한계는 단 한번의 증폭과 간단한 ethidium bromide 염색만으로 적어도 $5-7{\times}10^4$ 개의 PBMCs 중 한 개의 감염세포를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에서 확인된 신속성과 반응 특이성, 그리고 높은 민감도의 본 PCR 법은 현재 유일한 AIDS 연구모델인 영장류의 SIV 감염 연구 전후에 반드시 필요한 효과적인 SRV 감염검색에서 ELISA법의 위양성에 의한 약점을 보완하고 보다 높은 검출 민감도를 확보함으로써 연구모델 실험의 오류를 최소화하는 데 중요한 역할을 하게 될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제17권7호통권87호
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• pp.905-909
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• 2007

Redox Factor-1 (Ref-1)은 손상된 DNA의 복구 및 많은 세포내 산화환원에 민감한 transcription factors의 활성화에 기여하는 양면의 역할을 수행하는 단백질이다. 본 연구에서는 혈관내피세포에서의 nitric oxide (NO) 생성과정에서 Ref-1의 역할을 살펴보았다. Ref-1의 세포내 과발현을 위하여 adenoviral vector를 사용하였고 bradykinin으로 자극한 혈관내피세포에서 생성되는 NO 측정을 위하여 fluorophore DAF-2를 사용하였다. Ref-1 과 발현은 bradykinin으로 자극한 혈관내피세포의 NO 생성을 증가시켰다. 또한 자극되지 않은 Ref-1 과발현 세포는 viral vector로 감염되지 않은 그리고 control로 사용한 AdD1312로 감염된 세포보다 높은 fluorescence intensity를 나타내었다. 이와 비슷하게, Ref-1 과발현은 bradykinin으로 자극한 세포뿐만 아니라 자극하지 않은 세포에서도 감염되지 않은 그리고 AdD1312로 감염된 세포와 비교할 때 endothelial NO synthase (eNOS)의 활성을 크게 증가시켰다. 이는Ref-1 자신이 eNOS의 효소활성을 직접 조절할 수 있다는 것을 의미한다. 결론적으로 Ref-1이 혈관계에서 NO생성에 의해 기인되는 endothelium-dependent vasorelaxation에서 중요한 역할을 한다는 것을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제26권10호
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• pp.1182-1188
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• 2016

Membrane associated guanylate kinase inverted-3 (MAGI-3)는 세포-세포 연접의 형성을 유도하는 막단백질인 membrane associated guanylate kinases (MAGUKs)의 한 종류 단백질로 140 kDa 크기를 가진다. MAGI-3는 PTEN/MMAC와 함께 협력하여 AKT/PKB의 kinase 활성을 조절하거나 MAPKs 신호전달경로로 ERK 활성을 조절로 한다. Coxsackievirus B3 (CVB3)는 가장 일반적으로 감염된 심근 세포 사멸으로 인한 바이러스성 심근염을 일으키는 enterovirus에 속하는 인간 병원체이다. 이전 연구에서 protein kinase B (PKB, 또는 AKT)와 extracellular signal-regulated kinases 1/2 (ERK1/2)의 활성은 HeLa 세포에서 CVB3 복제를 위해 필수적임이 밝혀졌다. 본 연구에서 enterovirus 복제와 AKT 신호 활성조절에서 MAGI-3의 역할을 검증하였다. MAGI-3-Flag의 발현은 CVB3 감염 후에 AKT 신호 활성과 viral capsid protein VP1의 발현을 유도하였으며 이는 MAGI-3에 의한 enterovirus 증식 조절을 보여주었다. AKT 신호는 MAGI-3 발현에 의해 enterovirus 감염과 함께 유의하게 증가하고 이것은 감염 바이러스의 증식을 활발하게 유도함을 확인하였다. 이 결과는 MAGI-3의 발현은 AKT와 ERK의 활성이 증가하고, 더 나아가 바이러스 증식과 연관이 있다는 것을 입증한다. MAGI-3는 아마도 AKT 신호 조절을 통해 enterovirus 증식 조절에 중요한 역할을 할 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제44권4호
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• pp.277-281
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• 2008

HIV에 감염된 환자의 경우 다양한 종류의 암이 발생하는 것으로 알려져 있다. 이러한 암종의 높은 발생률의 원인으로, 감염에 의한 면역세포의 감소 및 결핍과 같은 간접적인 이유 뿐 아니라, HIV 바이러스 단백질의 발현이 직접적으로 병의 발생에 관여한다는 보고가 있다. 본 연구에서는 HIV 환자에서 높게 나타나는 암의 발생에 대한 기전을 이해하기 위하여 HIV-1 Tat 유전자와, 다수의 암 발생과 관련이 있는 세포막단백 CD99와의 관계를 규명하였다. 먼저 CD99의 발현에 미치는 Tat의 영향을 알아보기 위하여 HIV-1 Tat 발현 안정화 세포주를 확립하고 Tat 단백에 의한 CD99 유전자의 발현 양상 변화를 분석하였다. 실험결과 Tat의 발현에 의하여 CD99 유전자의 발현이 활성화되는 것이 관찰되었으며 이와 반대로 STAT3의 발현은 낮아졌다. CD99 프로모터는 CpG 함량이 높기 때문에 Tat 단백이 DNA 메칠화를 통해서 CD99 유전자의 발현을 조절하는지 확인하기 위하여 methylation specific PCR을 수행하였고 Tat의 발현이 높은 곳에서 특이적으로 CD99 프로모터 부위가 탈메칠화되는 것을 발견하였다. Tat 발현 세포에서만 특이적인 발현 차이를 보이는 유전자 분석을 위한 Differentially Expressed Gene keratin 17과 collagen, type IV 증가됨이 확인되었다. 위의 결과는 HIV Tat 단백이 직접 세포 단백들을 조절하여 암을 발생시킬 수 있다는 보고를 뒷받침한다.

• 한국동물위생학회지
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• 제25권3호
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• pp.245-257
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• 2002

The gene encoding the HN protein from the CBP-1 strain, a heat stable Newcastle disease virus (NDV) isolated from diseased pheasants in Korea, was characterized by reverse transcriptase- polymerase chain reaction(RT-PCR) and the nucleotide and amino acid sequences were analyzed following cloning of the HN gene. In all of the NDV strains studied, a 1.75 kb size cDNA fragment for the HN gene was generated by RT-PCR and smaller specific band sizes harboring the internal portions of the HN gene were also detected by using four pairs of primers. The RT-PCR was sensitive enough to detect viral transcripts when the virus titer was above 25 hemagglutination units. The amplified 1.75 kb cDNA was cloned into a BamHI site of the pVL1393 Baculo transfer vector. The nucleotide sequences of the 1,758 bp HN gene from the CBP-1 strain were determined by the dye terminator cyclic sequencing method. The gene sequences were compared among the strains of CBP-1, Texas GB, Beaudette C, LaSota, B1 and Ulster. The homology of the CBP-1 HN gene to other HN variants was 97.8% to Texas GB, 98.4% to Beaudette C, 95.4% to LaSota, 95.6% to B1 and 90.2% to Ulster. As the deduced 577 amino acid sequences were compared among the strains, the homology for CBP-1 HN appeared to be 96.7% to Texas GB, 97.9% to Beaudette C, 95.5% to LaSota, 95.5% to B1 and 92.7% to Ulster. It was evident that the amino acid sequences included 5 sites for N-asparagine linked glycosylation and 12 cysteine residues. The three conserved leucine residues within the predicted transmembrane domain of the HN protein are amino acid 30, 37 and 44. The three antigenic sites on the HN protein of NDV are amino acids 347(Glu), 481(Asn) and 495(Glu). These data indicate that the genotype of the CBP-1 strain is more closely associated with the strains of Texas GB and Beaudette C than it is for the LaSota, B1 and Ulster strains.