• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권1호
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• pp.30-38
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• 2012

두 종의 Bacillus와 한 종의 Pseudomonas로 구성된 컨소시엄 미생물제제를 고추 경작지에 첨가하였을 때 경작지 토양의 미생물 다양성 변화를 조사하기 위해 건전한 토양의 지표가 되는 질소순환관여 미생물과 근권토양 내 섬유소 분해기능, 인산가용화기능과 urea 가수분해기능을 가지는 기능성미생물의 활성과 밀도를 측정하였다. 고추 경작지 토양에 컨소시엄 PGPR 미생물인 B. subtilis AH18, B. licheniformis K11과 P. fluorescens 2112의 컨소시엄 미생물제제를 처리하여 토양미생물의 다양성에 변화를 측정하여 컨소시엄 미생물제제의 처리에 의한 근권토양 미생물의 다양성 변화와 고추의 생육에 미치는 영향을 분석하였다. 컨소시엄 미생물제제 처리구의 경우 Actinomyces spp., Trichoderma spp., 광합성세균과 Azotobacter spp.가 다른 처리구에 비하여 1.7-5배 이상 높았으며, 질소 순환에 관여하는 미생물은 1.4-4배 증가되었다. 또한 기능성 미생물의 다양성도 화학제제나 물처리구와 비교하였을 때 1.3-3배 증가하였다. 건고추 수확량은 컨소시엄 미생물제제를 처리하였을 경우 대조구나 화학제제를 처리하였을 때보다 15%이상 수확량이 증대되었다. 따라서 PGPR 컨소시엄 미생물제제의 처리로 인해 고추 경작지 토양의 근권미생물 다양성과 작물의 생산성에 긍정적인 영향을 주는 것으로 생각된다. 추후 메타지노믹스를 활용하여 미생물 다양성 변화를 추가적으로 확인할 예정이다.

• 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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• 제21권1호
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• pp.28-39
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• 2016

Struvite (MgNH₄PO₄ ⋅ 6H₂O) and hydroxyapatite (HAP, Ca₁₀(PO₄)₆(OH)₂) precipitation in urine-separating toilets (NoMix toilets) causes severe maintenance problems and also reduce the phosphate and calcium content. Application of urine separating technique and extraction of by-products from human urine is a cost effective technique in waste water treatment. In this study, we extract urine calcite from human urine by batch scale method, using urease producing microbes to trigger the precipitation and calcite formation process. Extracted urine calcite (calcining at 800℃) is a potential adsorbent for removal of heavy metal(loid)s like (Cd²⁺, Cu²⁺, Ni²⁺, Pb²⁺, Zn²⁺ and As³⁺) along with additional leaching analysis of total nitrogen (T-N), phosphate (T-P) and chemical oxygen demand (COD). The transformations of calcite during synthesis were confirm by characterization using XRD, SEM-EDAX and FT-IR techniques. In additional, the phosphate leaching potential and adsorbate (nitrate) efficiency in aqueous solution was investigated using the calcinedurine calcite. The results indicate that the calcite was effectively remove heavy metal(loid)s lead up to 96.8%. In addition, the adsorption capacity (q_e) of calcite was calculated and it was found to be 203.64 Pb, 110.96 Cd, 96.02 Zn, 104.2 As, 149.54 Cu and 162.68 Ni mg/g, respectively. Hence, we suggest that the calcite obtain from the human urine will be a suitable absorbent for heavy metal(loid)s removal from aqueous solution.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제66권
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• pp.394-403
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• 2023

지속 가능하고 친환경적인 농업 관행을 추구하기 위해 우리는 40년이 넘는 장기간 동안 화학 비료를 사용하지 않은 토양에 서식하는 근권 박테리아에 대한 광범위한 연구를 수행하였다. 이번 조사를 통해 식물생장촉진 근권박테리아 총 80종을 분리하고 이들의 식물생장 증진 가능성을 평가했다. 이러한 분리균중에서 Burkholderia cepacia CD2는 가장 우수한 식물 성장촉진 활성과 생장능을 나타내어 추가 분석을 위한 최적의 후보균주로 선정되었다. Burkholderia cepacia CD2는 인 가용화 능력, 사이드로포어 생산, 탈질화 능력, 아질산 이온 활용능력 및 요소분해효소 활성을 포함하여 식물 성장에 도움이 되는 다양한 유익한 특성을 나타내었다. 이러한 특성은 식물의 성장과 발달에 긍정적인 영향을 미치는 것으로 잘 알려져 있다. 균주의 분류학적 분류를 검증하기 위해 16S rRNA 유전자 서열분석을 통해 Burkholderia 속 내 위치를 확인하여 계통발생 관계에 대한 추가 통찰력을 제공하였다. 식물 생장 촉진 특성의 기본 메커니즘을 더 깊이 조사하기 위해 우리는 CD2에서 식물 생장촉진과 관련된 특정 유전자의 존재를 확인하려고 하였다. 이를 달성하기 위해 옥스포드 나노포어를 활용하여 전장 유전체 시퀀싱을 수행하였다. CD2 게놈에 대한 전장유전체 분석을 통해 식물 생장 개선에 중추적 요인으로 생각되는 하위 시스템 기능을 확인하였다. 이러한 발견을 바탕으로 Burkholderia cepacia CD2는 미생물 비료로 작용하여 화학 비료에 대한 지속 가능한 대안을 제공할 수 있는 잠재력을 가지고 있다는 결론을 내릴수 있다.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.59-59
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• 2015

Cryptococcus neoformans causes life-threatening meningoencephalitis in humans, but the treatment of cryptococcosis remains challenging. To develop novel therapeutic targets and approaches, signaling cascades controlling pathogenicity of C. neoformans have been extensively studied but the underlying biological regulatory circuits remain elusive, particularly due to the presence of an evolutionarily divergent set of transcription factors (TFs) in this basidiomycetous fungus. In this study, we constructed a high-quality of 322 signature-tagged gene deletion strains for 155 putative TF genes, which were previously predicted using the DNA-binding domain TF database (http://www.transcriptionfactor.org/). We tested in vivo and in vitro phenotypic traits under 32 distinct growth conditions using 322 TF gene deletion strains. At least one phenotypic trait was exhibited by 145 out of 155 TF mutants (93%) and approximately 85% of the TFs (132/155) have been functionally characterized for the first time in this study. Through high-coverage phenome analysis, we discovered myriad novel TFs that play critical roles in growth, differentiation, virulence-factor (melanin, capsule, and urease) formation, stress responses, antifungal drug resistance, and virulence. Large-scale virulence and infectivity assays in insect (Galleria mellonella) and mouse host models identified 34 novel TFs that are critical for pathogenicity. The genotypic and phenotypic data for each TF are available in the C. neoformans TF phenome database (http://tf.cryptococcus.org). In conclusion, our phenome-based functional analysis of the C. neoformans TF mutant library provides key insights into transcriptional networks of basidiomycetous fungi and ubiquitous human fungal pathogens.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제7권2호
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• pp.153-162
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• 2004

목적: H. pylori 대변항원(Helicobacter pylori stool antigen; HpSA) 검사는 H. pylori 감염 여부를 진단하는 데 이용되는 비침습적 검사이지만, 소아에서 제균요법 후 H. pylori 대변항원검사의 유용성에 대한 연구가 거의 이루어지지 못한 상태이다. 본 연구에서는 소아에서 H. pylori의 제균 여부를 확인하는 데 있어 enzyme immunoassay에 의한 HpSA 검사의 진단 정확도를 평가하고자 하였다. 연구방법: 2001년 1월부터 2003년 10월까지 서울대학교병원 소아과에서 146명의 소아(평균 연령 $9.3{\pm}4.3$세)를 대상으로 총 164회의 H. pylori 대변항원검사(Primier platinum HpSA)를 시행하였다. H. pylori 감염여부를 확인하기 위해 모든 환아에서 H. pylori 대변항원검사와 상부위장관내시경에 의한 위점막 생검을 병행하였다. H. pylori 감염이 확인되어 사제요법(omeprazole, amoxicillin, metronidazole, bismuth subcitrate)을 1주 동안 시행 받은 환아들에서는 치료 종결 후 최소 4주가 경과하였을 때 위내시경과 H. pylori 대변항원검사를 반복 실시하였다. H. pylori 대변항원검사는 OD값이 0.16 이상일 때 양성, 0.14~0.16 사이는 감염 미확정, 0.14 미만은 음성으로 판정하였다. 결과: 1) 제균 전 시행한 131회의 위내시경 조직검사 결과 28명이 H. pylori 양성이었고 나머지 103명은 H. pylori 음성이었다. 동시에 시행한 H. pylori 대변항원검사 결과에서 30명이 H. pylori 양성이었고, 101명이 음성으로 판정되었다. 따라서 제균요법 시행 전 H. pylori 대변항원검사의 민감도, 특이도, 양성 예측치, 음성 예측치는 각각 96.4%, 97.1%, 90% 그리고 99%이었다. 2) 제균요법 4주 후 33명의 환아에서 시행한 위내시경에 의한 조직검사에서 H. pylori는 24명에서 음성이었으나 9명은 여전히 양성이었다. 동시에 시행한 H. pylori 대변항원검사는 10명에서 양성, 23명에서 음성이었다. 따라서 제균요법 후 H. pylori 대변항원검사의 민감도, 특이도, 양성 예측치, 음성 예측치는 각각 88.9%, 91.7%, 80% 그리고 95.7%이었다. 결론: 소아에서 H. pylori 대변항원검사는 제균 후에도 높은 진단 정확도를 보였다. 따라서 H. pylori 대변항원검사는 소아에서 제균요법 후 균 박멸여부를 확인하는 데에도 매우 유용한 비침습적인 검사방법이라고 하겠다.

• 대한핵의학회지
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• 제35권1호
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• pp.61-68
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• 2001

목적: H. pylori는 현재 인체에서 매우 높은 감염률을 보이고 있고 세균의 위내 집락형성이 위염, 궤양성 질환 및 위암 등 많은 위장 질환의 발생과 관련이 있다고 알려져 있다. 본 연구는 비관혈적이고 편리하게 사용될 수 있는 C-14 요소호기검사의 진단성능을 알아보고 정량적 측정치가 내시경 생검에 의한 H. pylori 분포 정도와 상관관계가 있는지를 비교분석함으로써 치료후 추적관찰에 침습적인 내시경적 검사를 대체할 수 있는 유용성이 있는지를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 최근 4주 이내에 H. pylori 박멸요법을 받지 않는 150명의 환자(남:녀=83:67, 나이, $48{\pm}11.2$세)를 대상으로 균박멸요법 시행전에 위십이지장내시경 및 생검, CLO 검사, C-14 요소호기검사를 시행하였다. 조직생검 결과를 금과옥조로 하여 침습적인 CLO 검사와 비침습적인 C-14 요소호기검사의 H. pylori 감염 진단성능을 비교분석 하였고 Wyatt법에 의한 조직검사의 등급(0-4)과 C-14 요소호기검사의 정량적 수치와의 상관관계를 분석하였다. 결과: H. pylori 감염에 대한 CLO 검사의 민감도 83.2%, 특이도 81.4%, 양성예측도 91.8%, 음성예측도 81.4%, 정확도는 82.7% 이었다. C-14 요소호기검사는 민감도 92.5%, 특이도 88.4%, 양성예측도 97.1%, 음성예측도 88.4%, 정확도는 91.3% 이었다. 병리조직검사에서 등급 0은 $45{\pm}27dpm$, 등급 1은 $707{\pm}584dpm$, 등급 2는 $1558{\pm}584dpm$, 등급 3은 $1851{\pm}604$, 등급 4는 $2719{\pm}892dpm$으로 조직검사의 등급이 높을수록 C-14 요소호기검사의 정량적 수치가 높게 측정되었다(r=0.848, p<0.01). 결론: C-14 요소호기검사는 H. pylori 감염을 진단하는데 CLO 검사에 비하여 높은 민감도와 정확도를 보이는 비침습적이고 간편한 임상적으로 유용한 검사 방법이며, 정량적 수치는 병리조직검사에 의한 H. pylori 분포와 유의한 상관관계를 보여 치료 후 추적관찰에 내시경적 검사와 더불어 균박멸 유무를 진단하는데 유용한 지표로 이용될 수가 있을 것으로 사료된다.

• Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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• 제42권3호
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• pp.229-234
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• 2008

목적: 최근 들어 H. pylori에 의한 염증이 진행되면 만성 위축성위염을 일으키고 나아가서는 위암을 일으킨다는 학설이 대두되면서 UBT의 이용이 증가되고 있다 저자들은 H. pylori 감염과 분포 정도를 평가하는데 C-14 와 C-13 UBT의 진단성능과 유용성에 차이가 있는지를 알아보았다. 대상 및 방법: 소화불량, 위 팽만감, 상복부동통 등의 상부위장관증상이 있어 위십이지장내시경을 시행 받은 환자 중 균박멸요법을 시행 전에 조직검사, C-14 및 C-13 UBT를 모두 시행 받은 38명(남:녀=28:10, 나이; $53.4{\pm}13.0$세)을 대상으로 하였다. 조직생검 결과를 최적 기준으로 하여 C-14 와 C-13 UBT의 진단성능을 비교하였고 Wyatt법에 의한 조직검사의 등급(0-4)과 C-14 및 C-13 UBT의 정량적 측정치와의 상관관계를 비교하였다. 결과: 조직생검에서 25명(65.8%)에서 H. pylori 감염에 대한 양성을 보였다. H. pylori 감염 진단하는데 C-14 UBT는 민감도 92.0%, 특이도 92.3%, 양성예측도 95.8%, 음성예측도 91.7%, 정확도는 92.1% 이었으나, C-13 UBT는 민감도 96.0%, 특이도 84.6%, 양성 예측도 92.3%, 음성예측도 91.7%, 정확도는 92.1% 이었다. 조직검사 등급에 따른 C-14 UBT 측정치와의 상관성이 C-13 UBT 측정치에 비하여 우수하였다(각각 r=0.948 vs r=0.818, p<0.001). 결론: H. pylori 감염을 진단하는데 C-14 와 C-13 UBT는 유의한 차이는 없으나 C-14 UBT 측정치가 H. pylori 감염 정도를 평가하는데 좀 더 유용할 것으로 생각된다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제1권1호
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• pp.30-36
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• 1998

목 적: H. pylori가 만성유문부 위염의 원인으로 밝혀지면서 십이지장궤양 환자의 90%이상에서 그 위점막에 H. pylori의 존재가 확인되어 H. pylori의 박멸이 십이지장궤양 치료 및 재발에 미치는 영향에 대해 많은 연구가 이루어져 왔고 여러 보고에서 H. pylori의 박멸로 십이지장궤양의 재발율이 현저히 감소한다고 하였다. 소아에서는 성인에 비해 궤양의 빈도가 낮고 내시경적 검사의 제약으로 인하여 이에 대한 관심이 상대적으로 적었으며 소아 십이지장궤양에 대한 연구는 현재까지 거의 없는 실정이다. 이에 저자들은 내시경으로 진단한 소아 십이지장궤양에서 고식적 궤양치료와 H. pylori 병행치료후의 궤양의 재발에 대해 비교 분석해 보고자 하였다. 방 법: 1987년 7월부터 1995년 8월까지 서울대학병원 어린이 병원에 내원하여 내시경검사상 십이지장궤양으로 진단받은 105명(남:여=78:27)을 대상으로, 고식적 치료(ranitidine+antacid)를 행한 군과, H. pylori 진단을 받은 경우 고식적 치료와 함께 amoxicillin(50 mg/kg) 2주, denol(8 mg/kg) 4주의 균박멸 치료를 병행한 군으로 나누어 궤양재발율에 대하여 비교 조사하여 보았다. H. pylori 양성은 내시경생검을 통한 CLO test, Giemsa 염색과 혈청 IgG 항체검사중 둘 이상이 양성이거나 생검조직의 균배양이 양성인 것으로 하였다. 결 과: 1) 91년 5월이후 진단받은 38명(남:여=30:8) 중 원발성 십이지장궤양은 30명(78.9%)이었으며 모두 H. pylori 검사가 시행되어 이중 27명이 양성으로 H. pylori의 감염율은 90.0%였다. 2) H. pylori 양성인 27명 환아에 대해 고식적 치료와 H. pylori 치료를 병행하였는데 추적내시경검사상 23명에서 궤양치유와 함께 균의 박멸이 확인되어 H. pylori 치료성공율은 85.2%였다. 3) 6주의 치료후 추적검사상 박멸에 실패한 3명은 강화요법으로 균의 소실이 확인되었고 이중 1명(33.3%)이 치료종료 2.4년후 재발하였다. 4) 십이지장궤양 환아의 치료후 추적관찰 1년이내 궤양의 재발율은 고식적 치료만을 시행한 경우 65.3%였고 H. pylori 치료를 병행한 경우는 4.3%였다. 결 론: 십이지장궤양 환아들의 대부분이 H. pylori의 감염이 있으며 H. pylori 양성인 소아 십이지장궤양에서 H. pylori 박멸 요법은 궤양 재발의 방지를 위하여 반드시 필요하다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제12권2호
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• pp.133-139
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• 2009

목 적: H. pylori는 만성 위염의 중요한 원인균으로서 이에 대한 많은 연구가 진행되었지만 이와 관련된 기능성 소화불량과의 관계나 위 운동에 미치는 영향에 대한 연구는 특히 소아에서 많지 않다. 이에 본 연구자들은 소아 및 청소년의 기능성 소화불량 환자에서 H. pylori 감염이 위전도 검사 결과에 미치는 영향을 평가하고자 하였다. 방 법: 2006년 8월부터 2008년 12월까지 복통을 주소로 가천의대 길병원과 인하대병원 소아청소년과에 소화불량을 주소로 내원한 소아 및 청소년 중 상부 위장관 내시경 검사와 함께 조직검사 혹은 요소호기 검사를 시행한 환아 중 기능성 소화불량 환자를 대상으로 위전도 검사를 시행하였다. 이 중 조직검사를 통해 만성 위염이 확인되고 만성 질환자를 제외한 63예를 대상으로 H. pylori 양성군과 음성군으로 나누어 위전도 검사 결과를 비교 분석하였다. 결 과: H. pylori 양성군은 25명(40%)이었으며 음성군은 38명(60%)이었다. H. pylori 양성군에서 음성군보다 식, 전후 정상리듬의 비율이 비교적 낮았다(80% vs. 65%, 80% vs. 68%). 또한 주 힘은 식후 검사상 H. pylori 양성군에서 유의하게 낮았으며(8.18${\pm}$22.36 dB, 32.20${\pm}$24.18 dB, p<0.01), 식후 주 힘의 변화(${\delta}P$)도 유의하게 적었다(-1.28${\pm}$6.18 vs. +4.62${\pm}$5.93, p<0.01). 그러나 다른 변수들은 유의미한 차이를 보이지 않았다. 결 론: H. pylori 감염은 위의 운동에 영향을 미치는 것으로 생각되며, 따라서 H. pylori 감염과 함께 위 운동 이상이 있을 경우 H. pylori 감염률이 낮은 지역에서는 H. pylori 제균 치료를 고려할 수도 있을 것으로 생각한다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제4권1호
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• pp.18-27
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• 2001

목 적: 소아 H. pylori 위염에서 균 박멸 후의 조직학적 변화에 대한 연구는 거의 없는 실정이며 치료전의 조직소견과 균 박멸과의 관련성 또한 잘 밝혀져 있지 않다. 이에 저자들은 H. pylori 위염 소아들을 대상으로 치료 전후의 내시경 및 조직소견을 분석하여 균 박멸로 초래되는 위염의 내시경적, 조직학적 변화 및 균 박멸의 성공에 영향을 주는 치료 전 조직소견들을 알아보고자 하였다. 방 법: 95년 6월부터 99년 5월까지 만성 복통으로 내원하여 치료 전후 내시경 생검을 시행받은 소아들 중 조직 검사상 균이 관찰되면서 urease 검사가 양성인 만성위염 소아 42명을 대상으로 하였다. 박멸요법 후 4주 이후에 추적 내시경 검사를 시행하여 위 두 가지 검사 및 배양 검사가 모두 음성인 경우를 균 박멸로 판정하였고, 조직 소견상 위전정부의 균밀도 및 염증 소견들을 최근의 시드니 위염분류법에 따라 0, 1, 2, 3으로 등급화하여 분석하였다. 또한 OAC로 치료받은 32명의 소아들을 박멸에 성공한 군과 실패한 군으로 나누어 각각의 경우 시드니 위염분류법에 따른 치료 전 조직 소견에 차이가 있는지를 분석하였다. 결 과: 1) 균이 박멸된 소아들(27례)의 경우 결절성 위염은 치료 전 89%에서 치료 후 63%로 유의하게 감소하였다(p<0.05). 조직 소견상 호중구 침윤등급은 평균 2.06에서 0.24로 현저하게 감소하였고(p<0.01), 만성염증세포 침윤등급은 평균 2.61에서 1.89로 유의하게 감소하였으나(p<0.05) 완전히 호전된 예는 없었다. 림프여포는 48%에서 15%로 유의하게 감소하였고(p<0.05), 점막 상피손상은 치료 후 모두 소실되었다. 균박멸에 실패한 소아들(15례)의 경우는 치료 전후 결절성 위염의 빈도, 조직 소견상 호중구 및 만성염증세포 침윤등급, 림프여포의 빈도에 유의한 변화가 없었다. 2) OAC 세 약제 치료 후 성공적으로 균이 박멸된 소아들(18례)과 균 박멸에 실패한 소아들(14례)의 치료전 내시경 소견과 조직소견을 비교하였을 때 결절성 위염의 빈도, 호중구 및 만성 염증세포침윤등급, 림프 여포 및 상피손상의 빈도에 모두 유의한 차이가 없었으나, 균밀도는 균박멸에 실패한 소아들에서 더 높은 경향을 보였다(p=0.072). 결 론: 소아 H. pylori 위염에서 균박멸 치료 4주 이후 호중구 침윤은 현저한 감소를 보이며, 만성염증세포 침윤정도, 림프여포와 내시경상 결절성 위염도 의미 있는 호전을 보인다. 시드니 위염분류법에 따른 치료 전의 조직학적인 등급 중 균밀도는 높을수록 균박멸이 낮은 경향이 있어서 치료의 성공여부를 예측하는 데 이용될 수 있는 가능성이 있다.