• 대한화학회지
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• 제26권6호
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• pp.396-402
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• 1982

RNase Ⅲ, RNase E, 및 RNase P가 각각 홀로 또는 복합적으로 결핍되는 E. coli 돌연변이 균주들 내에서의 박테리오파지 T4 tRNA의 전구 RNA로 부터의 합성을 연구하였다. RNase E$^-$균주에서는 9S RNA로 볼 수 있는 한 RNA 띠가 축적되었으며 RNase$ P^-$균주에서는 6S 이중띠의 하부띠가 축적되었다. RNase Ⅲ$^-$균주에서는 T4 tRNA 유전인자 떼(cluster)에 의하여 코드되는 (coded) tRNA$^{Gln}$의 생성이 심하게 억제되며 T4 DNA에 의하여는 코드되지만 T4 tRNA 유전인자 떼에 의하여 코드 되는 6S 이중 띠의 상부 띠는 RNase Ⅲ$^+$균주의 경우에 비하여 더 크게 축적된다. 그러나 6S 이중 띠의 상부 띠 RNA와 tRNA$^{Gln}$ 사이에는 precursor-product 관계가 없다고 판단되며 RNase Ⅲ이 precursor RNA을 가수분해 절단 한다고 생각하는 개념을 지지할만한 근거가 없음을 지적할 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제12권2호
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• pp.71-75
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• 2014

The tRNA structure contains conserved modifications that are responsible for its stability and are involved in the initiation and accuracy of the translation process. tRNA modification enzymes are prevalent in bacteria, archaea, and eukaryotes. tRNA Gm18 methyltransferase (TrmH) and tRNA $m^1G37$ methyltransferase (TrmD) are prevalent and essential enzymes in bacterial populations. TrmH involves itself in methylation process at the 2'-OH group of ribose at the 18th position of guanosine (G) in tRNAs. TrmD methylates the G residue next to the anticodon in selected tRNA subsets. Initially, $m^1G37$ modification was reported to take place on three conserved tRNA subsets ($tRNA^{Arg}$, $tRNA^{Leu}$, $tRNA^{Pro}$); later on, few archaea and eukaryotes organisms revealed that other tRNAs also have the $m^1G37$ modification. The present study reveals Gm18, $m^1G37$ modification, and positions of $m^1G$ that take place next to the anticodon in tRNA sequences. We selected extremophile organisms and attempted to retrieve the $m^1G$ and Gm18 modification bases in tRNA sequences. Results showed that the Gm18 modification G residue occurs in all tRNA subsets except three tRNAs ($tRNA^{Met}$, $tRNA^{Pro}$, $tRNA^{Val}$). Whereas the $m^1G37$ modification base G is formed only on $tRNA^{Arg}$, $tRNA^{Leu}$, $tRNA^{Pro}$, and $tRNA^{His}$, the rest of the tRNAs contain adenine (A) next to the anticodon. Thus, we hypothesize that Gm18 modification and $m^1G$ modification occur irrespective of a G residue in tRNAs.

• 대한화학회지
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• 제46권2호
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• pp.157-163
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• 2002

$tRNA^{Val}$에 결합하는 RNA 요소들을 확인하기 위해 SELEX 방법을 수행하였다. 양끝에 보존된 primer 서열을 가지고 가운데 무작위의 48-mer 올리고 누클레오티드 영역을 가진 DNA 문고를 T7 RNA 중합효소를 이용하여 전사시켜 얻은 RNA pool을 가지고 $tRNA^{Val}$이 고정된 affinity column을 이용하여 14번의 선별 과정을 거쳐 FNA aptamer들을 선별하였다. 몇몇 aptamer들은 세 가지 rRNA들의 고리 영역에 있는 서열과 유사한 서열을 가졌다: 5S rRNA의 C43GAAC47 서열, 16S rRNA의 G1491AAGU1495와 G1379UUCC1383 서열 그리고 23S rRNA의 C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485와 A2600CAGU2604 서열. 이 결과들은 $tRNA^{Val}$가 리보솜에서 5S rRNA, 16S rRNA 및 23S rRNA와 다양하게 상호작용 할 수 있다는 것을 암시한다.

• Molecules and Cells
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• 제19권2호
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• pp.157-166
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• 2005

Transfer RNA (tRNA) is a key molecule to decode the genetic information on mRNA to amino aicds (protein), in a ribosome. For tRNA to fulfill its adopter function, tRNA should be processed into the standard length, and be post-transcriptionally modified. This modification step is essential for the tRNA to maintain the canonical L-shaped structure, which is required for the decoding function of tRNA. Otherwise, it has recently been proposed that modification procedure itself contributes to the RNA (re)folding, where the modification enzymes function as a kind of RNA chaperones. Recent genome analyses and post-genome (proteomics and transcriptomics) analyses have identified genes involved in the tRNA processings and modifications. Furthermore, post-genomic structural analysis has elucidated the structural basis for the tRNA maturation mechanism. In this paper, the recent progress of the structural biology of the tRNA processing and modification is reviewed.

• 한국수산과학회지
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• 제36권3호
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• pp.239-246
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• 2003

We have examined the 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) of Vibrio vulnificus KCTC 2959. ISRs were amplified by primers complementary to conserved regions of 16S and 23S rRNA genes. ISR amplicons were cloned and sequenced. Analysis of the ISR sequences showed that V. vulnificus KCTC 2959 contains five types of polymorphic ISRs. Size of ISRs ranged from 424 to 741 bp in length and the number of tRNA genes ranged from one to four. The ISRs were designated as ISR-E $(tRNA^{Glu}),\;ISR-IA\;(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala})$, ISR-EKV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Val})$, ISR-IAV $(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala}-tRNA^{val})$ and ISR-EKAV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Ala}-tRNA^{Val})$ based on their tRNA genes. Multiple alignment of representative sequences from different Vibrio species revealed several domains of high sequence variability. We used the sequences of variable domains to design species-specific primer for detection PCR. Specificity of the primers was examined using genomic DNA prepared from 18 different Vibrio species. The results showed that the PCR using primers designed in this study can be used to detect V. vulnificus from other Vibrio species.

• Applied Biological Chemistry
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• 제40권4호
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• pp.271-276
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• 1997

박테리오파아지 T7 RNA polymerase 유전자를 식물체내에서 이용할 수 있을지 알아보기 위하여 상처유발인 감자 단백질 분해효소 억제제 유전자의 프로모터에 박테리오파지 T7 RNA polymerase 유전자를 연결시킨 후 담배에 도입시켰다. 형질전환 식물체의 DNA에 대한 Southern hybridization에 의하면 T7 RNA polymerase 유전자가 식물체내에 1-2 copy가 존재하며, Northern hybridization에 의하면 T7 RNA polymerase의 RNA가 상처에 따라 생성되는 것을 확인하였다. 또한 Western hybridization에 의하면 식물체내 T7 RNA polymerase 단백질이 생성되는데 그 크기는 대장균에서 생성되는 단백질 크기와 유사한 80 kDa 이었으며 시험관내에서 전사체에 뉴클레오타이드를 결합시키는 능력이 있음도 확인하였다. 따라서 T7 RNA polymerase 유전자를 이용하여 식물체내에서 원하는 유전자의 발현을 증대시킬 수 있을 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제21권4호
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• pp.229-237
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• 1983

Aspergillus nidulans의 tRNA 유전자의 구성과 발현기착을 연구하기 위하여 우선 Aspergillus의 총 tRNA 유전자를 cloning 하였다. Aspergillus의 핵 DNA롱 포자로 부터 분리해 내고 본질 형성에서 분리한 BamHI과 T4 DNA ligase를 사용하여 pBR322플라스미드에 재조합시켜서 cloning하였다. 15벤의 transformation을 하여 30,000개 의 transformants 얻었고, 이 중 Aspergillus DNA를 가지고 있는 colony는 5,300켜개였다. In vivo에 서 S2p로 표지 된 total tRNA를 probe로 하여 colony hybridization 실험 결과, 105개의 total tRNA유전자 clone을 얻었다. 위의 결과와 cohybridization 실험 결과를 분석해 보면, Asprgillus의 tRNA 유전자는 yeast의 그것보다는 좀 더 밀집되어 존재한다고 생각된다.

• 미생물과산업
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• 제17권1호
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• pp.19-24
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• 1991

tRNA는 그 생화학적인 역할이 잘 알려져 있고 구조적으로 안정하며, 이용할 수 있는 분자 생물학적인 자료가 많아, 유전자 발현과 유전자 산물간의 조직적인 상호작용을 연구하는데 적합한 재료이다. 효모의 미토콘드리아에는 24개의 tRNA 유전자가 잇어, 단백질 합성에 필요한 tRNA를 자급하고 있으나, 유전자 발현과 processing에 관여하는 모든 정보가, tRNA의 5' 부위를 process하는데 관여하는 효소중 RNA subunit인 9S RNA를 산출하는 tsl 유전자를 제외하고, 핵 유전자에 존재한다. 효모의 대표적인 종인 Saccharomyces cerevisiae의 $tRNA^{Asp}$ 유전자에 결함이 생긴 한 돌연변이 균주의 성질을 조사하고, 억제현상(suppression)을 규명하므로써 tRNA의 구조적 특성을 파악하고, 나아가 미토콘드리아 생성에 관여하는 핵 유전자를 찾아보고자 한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제13권2호
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• pp.105-110
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• 2007

Aspartyl-tRNA synthetase (AspRS) exists in two different forms with respect to tRNA recognition. The discriminating enzyme (D-AspRS) recognizes only tRNA$^{Asp}$, while the non-discriminating one (ND-AspRS) also recognizes tRNA$^{Asn}$ and therefore forms both Asp-tRNA$^{Asn}$ and Asp-tRNA$^{Asp}$. Plus primary sequence distinguishes two general groups of AspRS. There is a predominantly bacterial-type, larger AspRS (about 580 aa) in addition to a shorter archaeal/eukaryotic type (about 430 aa). In vivo data made clear that discriminating and non-discriminating enzymes exist in both groups. The determinants in the protein sequence responsible for tRNA discrimination are not hewn. The AspRS from Acidithiobacillus ferrooxidans might be suggested ND-AspRS fur missing of AsnRS in genomic sequencing data. Therefore, we analyzed the AspRS from A. ferrooxidans with in vitro aminoacylation assay with E. coli unfractionated tRNA, in vivo missense suppression assay with tipA34 mutant and Northern hybridization with probes which were specific with tRNA$^{Asp}$ or tRNA$^{Asn}$. The AspRS from A. ferrooxidans produced more Asp-tRNA than that from E. coli. Only aspS gene from A. ferrooxidans suppressed trpA34 strain in minimal media without tryptophan. Only AspRS from A. ferrooxidans showed mischarged Asp-tRNA$^{Asn}$ band. Therefore, AspRS from A. ferrooxidans is definitely ND-AspRS.

• 미생물학회지
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• 제24권2호
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• pp.79-85
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• 1986

A. nidulans의 $tRNA^{Arg}$의 염기순서를 효소절단 방법으로 결정하였다. 이 방법으로 염기순서를 결정한 결과 다음과 같았다. 5'GGCCGGCUGGCCCAAXUGGCAAGGCXUCUGAXUACGAAXCAGGAGAUUGCAXXXXXGAGCXXUXXGUCGGUCACCA3'. 위의 결과로 플로버잎 구조를 만들어본 결과 안티코돈이 ACG인 $tRNA^{Arg}$으로 판명되었고. 이 결과는 아미노산 부하검사(charging test)의 결과와 일치하였다. 이 tRNA의 유천자의 염기순서 결과와 비교하여 염기순서의 정확성을 검증하였고, minor base분석을 통하여 전 염기순서를 추정하였다.