• 제목/요약/키워드: t-MA

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꼬막(Tegillarca granosa)의 유전적 다양성 분석을 위한 드래프트 게놈분석과 마이크로새틀라이트 마커 발굴 (Genome Survey and Microsatellite Marker Selection of Tegillarca granosa)

  • 김진무;이승재;조은아;최은경;김현진;이정식;박현
    • 한국해양생명과학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.38-46
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    • 2021
  • 꼬막 종류 중 하나인 Tegillarca granosa는 해양 이매패류로서 한국, 중국, 일본 등의 중요한 수산 자원 중 하나이다. 꼬막의 염색체 수는 2n=38로 알려져 있지만, 유전체의 크기와 유전 정보에 대해서는 아직 명확하게 알려져 있지 않다. 꼬막의 유전체 크기 예측을 위하여 NGS Illumina HiSeq 플랫폼을 이용하여 얻은 짧은 DNA 서열 정보를 통하여 in silico 분석으로 유전체 크기를 분석하였다. 그 결과 꼬막의 유전체 크기는 770.61 Mb로 예측되었다. 이후 MaSuRCA assembler를 통하여 드래프트 게놈 조립 작업을 수행하고, QDD pipeline을 이용하여 SSR (simple sequence repeats) 분석을 수행하였다. 꼬막의 유전체로부터 43,944개의 SSR을 발굴하였으며, 다이-뉴클레오타이드(di-nucleotide) 69.51%, 트라이-뉴클레오타이드(tri-nucleotide) 16.68%, 테트라-뉴클레오타이드(tetra-nucleotide) 12.96%, 펜타-뉴클레오타이드(penta-nucleotide) 0.82% 그리고 헥사-뉴클레오타이드(hexa-nucleotide) 0.03%로 구성되었다. 이후 꼬막의 유전적 다양성 연구에 활용할 수 있는 100개의 마이크로새틀라이트 마커의 프라이머 세트를 선별하였다. 앞으로 이번 연구를 통해서, 꼬막의 집단유전학적 연구와 유전적 다양성을 규명하는데 도움이 될 것이며, 나아가 동종들 간의 원산지 분류를 알아낼 수 있을 것이다.

GreenIoT Architecture for Internet of Things Applications

  • Ma, Yi-Wei;Chen, Jiann-Liang;Lee, Yung-Sheng;Chang, Hsin-Yi
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제10권2호
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    • pp.444-461
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    • 2016
  • A power-saving mechanism for smartphone devices is developed by analyzing the features of data that are received from Internet of Things (IoT) sensors devices to optimize the data processing policies. In the proposed GreenIoT architecture for power-saving in IoT, the power saving and feedback mechanism are implemented in the IoT middleware. When the GreenIoT application in the power-saving IoT architecture is launched, IoT devices collect the sensor data and send them to the middleware. After the scanning module in the IoT middleware has received the data, the data are analyzed by a feature evaluation module and a threshold analysis module. Based on the analytical results, the policy decision module processes the data in the device or in the cloud computing environment. The feedback mechanism then records the power consumed and, based on the history of these records, dynamically adjusts the threshold value to increase accuracy. Two smart living applications, a biomedical application and a smart building application, are proposed. Comparisons of data processed in the cloud computing environment show that the power-saving mechanism with IoT architecture reduces the power consumed by these applications by 24% and 9.2%.

Effect of Botulinum Toxin A on Proliferation and Apoptosis in the T47D Breast Cancer Cell Line

  • Bandala, Cindy;Perez-Santos, Jose Luis Martin;Lara-Padilla, Eleazar;Delgado Lopez, Ma. Guadalupe;Anaya-Ruiz, Maricruz
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권2호
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    • pp.891-894
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    • 2013
  • The present study was performed to assess the activity of the botulinum toxin A on breast cancer cells. The T47D cell line was exposed to diverse concentrations of the botulinum toxin A and cell viability and apoptosis were estimated using MTT and propidium iodine/annexin V methods, respectively. Botulinum toxin A exerted greater cytotoxic activity in T47D cells in comparison with MCF10A normal cells; this appeared to be via apoptotic processes caspase-3 and -7. In conclusion, botulinum toxin A induces caspase-3 and -7 dependent apoptotic processes in the T47D breast cancer cell line.

대형비대칭 이산행렬의 CRAY-T3E에서의 해법을 위한 확장가능한 병렬준비행렬 (A Scalable Parallel Preconditioner on the CRAY-T3E for Large Nonsymmetric Spares Linear Systems)

  • 마상백
    • 정보처리학회논문지A
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    • 제8A권3호
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    • pp.227-234
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    • 2001
  • In this paper we propose a block-type parallel preconditioner for solving large sparse nonsymmetric linear systems, which we expect to be scalable. It is Multi-Color Block SOR preconditioner, combined with direct sparse matrix solver. For the Laplacian matrix the SOR method is known to have a nondeteriorating rate of convergence when used with Multi-Color ordering. Since most of the time is spent on the diagonal inversion, which is done on each processor, we expect it to be a good scalable preconditioner. We compared it with four other preconditioners, which are ILU(0)-wavefront ordering, ILU(0)-Multi-Color ordering, SPAI(SParse Approximate Inverse), and SSOR preconditiner. Experiments were conducted for the Finite Difference discretizations of two problems with various meshsizes varying up to $1025{\times}1024$. CRAY-T3E with 128 nodes was used. MPI library was used for interprocess communications, The results show that Multi-Color Block SOR is scalabl and gives the best performances.

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영남(소백산)육괴 북동부 평해지역 화강편마암류의 SHRIMP U-Pb 저콘 연대 (SHRIMP V-Pb Zircon Ages of the Granite Gneisses from the Pyeonghae Area of the northeastern Yeongnam Massif (Sobaeksan Massif))

  • 김남훈;송용선;박계헌;이호선
    • 암석학회지
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    • 제18권1호
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    • pp.31-47
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    • 2009
  • 영남(소백산)육괴 북동부의 고원생대 변성퇴적암류(평해층과 원남층)를 관입한 평해 화강편마암과 하다 우백질화강편마암에 대해 암석기재적, 지구화학적 및 지구연대학적 연구를 수행하였다. 평해 화강편마암은 하다 우백질화강편마암에 비해 대체로 흑운모 등 유색광물의 함량이 약간 높으며, 화학조성에서 $SiO_2$$K_2O$ 함량은 낮고 ${Fe_2}{O_3}^t$, MgO, CaO, $TiO_2$, $P_{2}O_{5}$ 등의 함량은 높다 하다 우백질화강편마암이 음(-)의 Eu 이상치가 다소 크지만 전체적인 희토류원소의 함량과 패턴은 평해 화강편마암과 매우 유사하다. 성분분화도에서 두 암체는 대체로 흑운모와 사장석, 인회석 또는 스핀의 정출에 의한 분화경향을 보인다. 두 화장편마암 모두 과알루미나질의 칼크-알칼리계열로 섭입대와 관련된 대륙화산호 조구조환경을 지시한다. 저어콘 U-Pb SHRIMP 연대측정의 결과를 보면 평해 화강편마암과 하다 우백질화강편마암의 상부교점연대는 각각 $1990{\pm}23\;Ma$ ($2{\sigma}$)와 $1939{\pm}41\;Ma$ ($2{\sigma}$)이고 $^{207}Pb/^{206}Pb$ 가중평균연령은 각각 $1982{\pm}6.3\;Ma$ ($2{\sigma}$)와 $1959{\pm}28\;Ma$ ($2{\sigma}$)로 오차범위에서 서로 겹치는 연대를 보인다. 따라서 이 지역에서의 선캠브리아기 화강암류의 관입시기는 분천화강편마암의 관입과 동시대이며, 태백산지역에서의 화강암질마그마작용은 대부분 이 시기에 대륙화산호 환경에서 있었던 것으로 해석된다.

양산단층 남부일원에 분포하는 화강암질암의 지화학적 연구 (Geochemistry of Granitic Rocks Around the Southern Part of the Yangsan Fault)

  • 황병훈;양경희
    • 한국광물학회지
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    • 제18권3호
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    • pp.165-181
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    • 2005
  • 양산단층 남부지역에 분포하는 화강암류들은 야외산상 및 암석기재적 특징에 의해 다섯 암상으로 분류되며, 이 다섯 암상은 다시 성인과 관련하여 두 그룹(그룹 I과 그룹 II)으로 분류된다 그룹 I의 화강섬록암, 포유암 함량이 많은 반상화강암, 그리고 포유암 함량이 적은 반상화강암은 마그마혼합의 영향을 받은 특징을 잘 나타낸다. 반면에 이들을 관입한 그룹 II의 등립질화강암과 미문상화강암에서는 마그마혼합의 증거들이 나타나지 않는다. 양산단층을 경계로 그룹별로 나타나는 매우 뚜렷한 미량원소 및 동위원소 조성은 이 두 그룹의 마그마가 서로 다른 마그마로부터 진화된 것으로 해석된다. 그룹 I내의 세 암상은 사장석의 분별과정을 포함하는 마그마 혼합의 정도차이에 의해 형성되었으며, MME는 흑운모의 분별과정을 겪었다. 그룹 II의 두 암상은 그룹 I과는 다른 모 마그마로부터 정장석의 분별과정을 통하여 형성되었다. 그룹별로 Rb-Sr 전암연령을 구하여 보면, 동측지괴와 서측지괴의 그룹 I이 각각 $59.2\pm2.9Ma,\;58.9\pm6.2Ma$이고 그룹 II가 $53.3\pm2.2$(모두 $2{\sigma}$ 오차)Ma, 51.7Ma로 나타나, 양측지괴에서 그룹별로 서로 다른 군집된 연령을 보여주었다. Sm-Nd 동위원소 연구결과, 화강암류들의 근원물질은 그룹별로 달랐을 것으로 판단되며, 결핍맨틀에 의한 모델연령은 그룹 I이 약 $0.8\~0.9Ga$이며, 그룹 II는 이보다 $0.1\~0.2Ga$ 정도 젊은 약 $0.6\~0.7Ga$에 해당된다

지리산 지역 차노카이트와 함티탄철석 회장암질암의 Sm-Nd 광물연대 및 성인적 관계 (Sm-Nd mineral ages of charnockites and ilmenite-bearing anorthositic rocks of Jirisan area and their genetic relationship)

  • 박계헌;김동연;송용선
    • 암석학회지
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    • 제10권1호
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    • pp.27-35
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    • 2001
  • 지리산 지역의 차노카이트는 외국의 많은 예와 같이 고도의 변성작용을 받은 선캠브리바기 지역에 나타나며 회장암과 함께 산출된다. 차노카이트 전암 및 석류석에 대한 Sm-Nd 연대측정 결과 괴상 차노카이트는 $1827\pm$32(2$\sigma$) Ma, 엽리상 차노카이트는 $1820\pm$22($2\sigma$) Ma를 나타낸다. $\varepsilon_{Nd}$(T)는 각각 -5.5$\pm$0.2와 -$6.0\pm$0.5 이며, 이 연대로 계산한 $^{87}$ $Sr^{86}$ Sr 초기치는 각각 0.71319, 0.71532이다. 괴상 및 엽리강 차노카이트가 동일한 연대와 Nd 초기치, 유사한 Sr 초기치를 가지는 것은 비록 이들의 현재 조직은 다르지만 균질한 동위원소 조성을 갖는 동일한 암체로부터 같은 시기의 변성작용에 의해 만들어진 것으로 해석된다. 차노카이트의 Nd 초기치, Sr 초기치는 맨틀의 값과는 매우 다르며 지각의 영향을 나타낸다. 회장암체 내에 배태한 함티타늄 회장암질암체에서 분리한 석류석, 사장석 및 유색광물 부분에 대한 Sm-Nd 연대측정 결과는 $1792\pm$90($2\sigma$) Ma, 이트와 회장암의 광물연대가 오차범위 내에서 같은 점은 이들 사이에 성인적 관계가 있을 가능성을 시사한다. 그러나 차노카이트와 회장암의 화화적 조성은 분화관계로는 설명되지 않으며, 또한 Nd 동위원소 초기치및 Sr 등위원소 초기치 역시 다르다. 이는 이들이 다른 기원물질에서 만들어 졌음을 의미하며 둘 사이의 시기적 연관성은 외국 다른 지역의 연구결과들과 마찬가지로 차노카이트의 생성에 회장암이 주된 열원으로 작용하였을 가능성을 시사한다.

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기계적 합금화 및 in-situ와 ex-situ의 혼합공정을 통한 C 도핑된 ex-situ $MgB_2$ 선재 제조 (Mechanical Alloying and Combined Process of in-situ and ex-situ to Fabricate the ex-situ C-doped $MgB_2$ Wire)

  • 황수민;이창민;임준형;최준혁;박진현;주진호;전병혁;김찬중
    • Progress in Superconductivity
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    • 제10권2호
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    • pp.79-86
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    • 2009
  • We successfully fabricated C-doped ex-situ $MgB_2$ wires using two different methods such as mechanical alloying(MA) and combined process(CP) of in-situ and ex-situ. In the MA, the precursor powder was prepared with a mixture of $MgB_2$ and 1 at% C powders by planetary ball milling for 0-100 h. In the CP, on the other hand, C-doped $MgB_2$ powder was prepared with Mg, B, and C powders by in-situ process via compaction, sintering, and crushing. The powders prepared by two methods were loaded into Fe tube and then the assemblages were drawn by a conventional powder-in-tube technique. The MA treatment of C-added $MgB_2$ decreased the particles/grains size and resulted in C-doping into $MgB_2$ after sintering, improving the critical current density($J_c$) in high external magnetic field. For the C-doped $MgB_2$ wire by MA for 25 h, the $J_c$ was $4.1{\times}10^3A/cm^2$ at 5 K and 6.4 T, which was 5.9 times higher than that of pure and untreated $MgB_2$ wire. The CP also provided C-doping into $MgB_2$ and improved the $J_c$ in high magnetic field; the C-doped $MgB_2$ wire fabricated by CP exhibited a $J_c$ being 2.3 times higher than that of the ex-situ wire used commercial $MgB_2$ powder at 5 K and 6.0 T($2.7{\times}10^3A/cm^2\;vs.\;1.2{\times}10^3A/cm^2$).

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The Effect of Remifentanil Preconditioning on Injured Keratinocyte

  • Hong, Hun Pyo;Kim, Cheul Hong;Yoon, Ji Young;Kim, Yong Deok;Park, Bong Soo;Kim, Yong Ho;Yoo, Ji Uk
    • 대한치과마취과학회지
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    • 제14권3호
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    • pp.157-165
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    • 2014
  • Background: Incisional site of surgical operation become transient ischemic state and then occur reoxygenation due to vasodilatation by inflammatory reaction, the productive reactive oxygen species (ROS) give rise to many physiologic results. Apoptosis have major role on elimination of inflammatory cell and formation of granulation tissue in normal wound healing process. Remifentanil can prevent the inflammatory response and can suppress inducible nitric oxide synthase expression in a septic mouse model. After cardiopulmonary bypass for coronary artery surgery, remifentanil can also inhibit the release of biomarkers of myocardial damage. Here we investigated whether remifentanil pretreatment has cellular protective effect against hypoxia-reoxygenation in HaCaT human keratinocytes, if so, the role of apoptosis and autophagy on this phenomenon. Methods: The HaCaT human keratinocytes were exposed to various concentrations of remifentanil (0.01, 0.05, 0.1, 0.5 and 1 ng/ml) for 2 h before hypoxia (RPC/HR group). These cells were cultured under 1% oxygen tension for 24h at $37^{\circ}C$. After hypoxia, to simulate reoxygenation and recovery, the cells were reoxygenated for 12 h at $37^{\circ}C$. 3-MA/RPC/HR group was treated 3-methyladenine (3-MA), autophagy inhibitor for 1h before remifentanil treatment. Cell viability was measured using a quantitative colorimetric assay with thiazolyl blue tetrazoliumbromide (MTT, amresco), showing the mitochondrial activity of living cells. To investigate whether the occurrence of autophagy and apoptosis, we used fluorescence microscopy and Western blot analysis. Results: The viability against hypoxia-reoxygenation injury in remifentanil preconditioning keratinocytes were increased, and these cells were showed stimulated expression of autophagy 3-MA suppressed the induction of autophagy effectively and the protective effects on apoptosis. Atg5, Beclin-1, LC3-II and p62 were elevated in RPC/HR group. But they were decreased when autophagy was suppressed by 3-MA. Conclusions: Remifentanil preconditioning showed the protective effect in human keratinocytes, and we concluded that autophagy may take the major role in the recovery of wound from hypoxia-reoxygenation injury. We suggest that further research is needed about the cell protective effects of autophagy.

황원어(黃元御) 의학사상의 도서역학적 연구 (Study for Medical Thinkings of Huang Yuan-Yu on Tu Shu Yi)

  • 김영목
    • 동의생리병리학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.308-318
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    • 2009
  • This study makes clear Huang Yuan-Yu(黃元御)'s medical thoughts Yi-philosophically. Yi-philosophy(易學) since ancient times is occupied by fundamental problems of various fields of Oriental Science. Confusian Medicine Reseachers of Zhang Jie-Bin(張介賓), Zhang Nan(章楠), Zhu Zhen-Heng(朱震亨) was seriously affected by Yi-philosophy(易學) and Confucianism(儒學). But I don't think that the majority of their medicine theories are occupied by Yi-philosophy(易學) and Confucianism(儒學). But Huang Yuan-Yu(黃元御) studied medicine thoughts on the basis of Tu Shu Yi(圖書易) in almost whole medicine theories and clinical contents. Therefore this study researched medical thinkings of Huang Yuan-Yu(黃元御) on Yi-philosophical medical viewpoint Tu Shu Yi(圖書易)-scientifically. Especially in this paper the author examined a characteristic point in medical thoughts of Huang Yuan-Yu(黃元御), the difference of existing medicine on Nei-Jing(內經) and Yi-medicine of Huang Yuan-Yu(黃元御), a commonness of medicine principles of Huang Yuan-Yu(黃元御) and Li Ji-Ma(李濟馬)), medicine theories of Huang Yuan-Yu(黃元御) on Tu Shu Yi(圖書易) and a background of Yi-philosophical medical standpoint. The results was summarized as follows; First, Huang Yuan-Yu(黃元御)'s standpoint on five phase is that the relation of earth and wood fire metal water is form and use(體用). Huang Yuan-Yu(黃元御) insists that the earth represents existence itself and wood fire metal water is concepts that represents actual states. Second, the concept of Four-Constitution of Huang Yuan-Yu(黃元御) and Li Ji-Ma(李濟馬) is same. Third, Huang Yuan-Yu(黃元御) doesn't have a standpoint of five-phase on Nei-Ching Medicine, but a standpoint of five-phase on Yi-philosophy. Fourth, water, fire, metal, wood is Four-Constitution that middle qi transformed. Fifth, the middle qi is yang-earth and yin-earth of the spleen and stomach, the physiological function of four viscera is maintained by the movement of ascending and descending of yin and yang earth. Sixth, The middle qi is main role of Four-Constitution. Exchanging of water and fire and the movement of ascending and descending of metal and wood depends on the earth. Seventh, generally medicine researchers speak that human mind is a main role of psycho-function of heart, but Huang Yuan-Yu has the standpoint of spleen-stomach oriented seven emotions not human-mind oriented viewpoint. It represents that a existing thinking of heart-earth center is changed to medical viewpoint of spleen-earth center. Eighth, There is enough ground for controversy on where is the middle point of human in five viscera. Is that spleen or heart? Huang Yuan-Yu(黃元御) insists that the spleen and stomach is middle point, but the standpoint in Four-Constitution medicine of Li Ji-Ma(李濟馬) is that middle point is heart.