• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.97-104
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• 2016

Background: Rhizobacteria play an important role in plant defense and could be promising sources of biocontrol agents. This study aimed to screen antagonistic bacteria and develop a biocontrol system for root rot complex of Panax notoginseng. Methods: Pure-culture methods were used to isolate bacteria from the rhizosphere soil of notoginseng plants. The identification of isolates was based on the analysis of 16S ribosomal RNA (rRNA) sequences. Results: A total of 279 bacteria were obtained from rhizosphere soils of healthy and root-rot notoginseng plants, and uncultivated soil. Among all the isolates, 88 showed antagonistic activity to at least one of three phytopathogenic fungi, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, and Phoma herbarum mainly causing root rot disease of P. notoginseng. Based on the 16S rRNA sequencing, the antagonistic bacteria were characterized into four clusters, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetesi. The genus Bacillus was the most frequently isolated, and Bacillus siamensis (Hs02), Bacillus atrophaeus (Hs09) showed strong antagonistic activity to the three pathogens. The distribution pattern differed in soil types, genera Achromobacter, Acidovorax, Brevibacterium, Brevundimonas, Flavimonas, and Streptomyces were only found in rhizosphere of healthy plants, while Delftia, Leclercia, Brevibacillus, Microbacterium, Pantoea, Rhizobium, and Stenotrophomonas only exist in soil of diseased plant, and Acinetobacter only exist in uncultivated soil. Conclusion: The results suggest that diverse bacteria exist in the P. notoginseng rhizosphere soil, with differences in community in the same field, and antagonistic isolates may be good potential biological control agent for the notoginseng root-rot diseases caused by F. oxysporum, Fusarium solani, and Panax herbarum.

• 대한미생물학회지
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• 제21권2호
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• pp.261-270
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• 1986

A total of 339 urethral, vaginal swab and eye discharge materials from the out-patients in the hospitals of Seoul area was microbiologically collected for the detection of Chlamydia trachomatis infection during May through August, 1985. McCoy cell culture system (MCC) and enzyme-likned immunosorbent assay (EIA) methods were employed in this study as the tools for the detection of C. trachomatis, and the detectabilities of two methods were compared. The results obtained in this study are summarized as follows: 1. The positive rate of C. trachomatis in 339 swab specimens was 18.6%, and the rate in females (20.1%) was much higher than that in males (7.1%). 2. The positive rate of C. trachomatis infection the prostitutes was the highest (24.2%), and the rate in the eye discharge specimens obtained from the new barns was 12.8%. 3. The positive rates of C. trachmoatis infection detected in the specimens from the patients with vaginitis and leucorrhea, with infertility, with cystitis and with nongonococcal urethritis were 17.2%, 21.9%. 18.0% and 7.1%, respectively. 4. The positive rate of C. trachomatis infection in 20-25 age group was 30.5%. This rate was the highest among the other age groups. 5. The positive rate of C. trachomatis infection in the randomly screened 89 swab specimens by EIA (30.3%) was much higher than the rate detected by MCC (18.6%). 6. The positive rate of C. trachomatis infection in females detected by EIA was also much higher than in males, and the 20-25 age group showed the highest positive rate as compared to the other age groups. 7. Sensitivity and specificity of EIA for the detection on C. trachomatis were 100% and 88.6%, respectively, in case that MCC was regarded as perfect method. In summarizing the above results, it is known that considerable cases with genital diseases and with eye discharges were associated with C. trachomatis, and that EIA method is recommendable for the detection of C. trachomatis especially in the specimens swabed from the genital tracts.

• 생명과학회지
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• 제26권8호
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• pp.904-910
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• 2016

가축의 경제형질은 대부분 복합형질 상태이며, 많은 유전자와 생물대사회로에 의해 조절된다. 시스템 생물학은 생명현상을 하나의 복합체로 가정하고, 형질에 관여하는 유전자들에 대한 기능적 관계를 분석하는 학문이다. 유전자 네트워크는 시스템 생물학의 하나의 연구분야로써, 유전자 기능의 상관관계를 지도화하여 오믹스 데이터를 통합 분석하여 해석한다. 유전자 네트워크는 단백질-단백질 상호작용, 공발현, 조절인자, 유전자형 기반으로 다양한 유전자의 기능적 상호작용을 표현할 수 있다. 또한, 네트워크를 구성하기 위해서는 유전자 간 연결 정도에 가중치를 두거나, 인접한 유전자 수 계산 등의 네트워크 토폴로지 알고리즘이 적용된다. 가축에서는 이러한 연구가 단형질에 대한 유전자 발현, 단백질 상호작용 등에 국한되어 있는 실정이다. 본 논문에서는 유전자 공발현 네트워크와 단백질-단백질 상호작용 네트워크 분석법을 확립하고 소의 102개 경제형질에 대하여 유전자 네트워크 분석 결과에 대한 데이터베이스를 구축하였다. 102개의 경제형질은 Animal Trait Ontology (ATO) 명명법에 의하여 분류하여 제공하였다. 각 형질에 포함된 유전자 리스트는 Animal QTL database에서 제공하는 양적유전형질좌위의 물리적 위치에 존재하는 유전자군을 추출하였다. 유전자 공발현 네트워크는 R의 WGCNA 패키지를 활용하였으며, 단백질-단백질 상호작용 네트워크는 Human Protein Reference Database에서 사람과 소의 orthologous group에 포함된 유전자를 대상으로 단백질 상호작용 관계를 규명하였다. 네트워크 분석 결과는 관계형 테이블로 구축하였으며, 구축한 데이터베이스를 관련 연구진에게 공유하기 위하여 웹 기반의 유전자 네트워크 가시화 시스템을 구현하였다(http://www.nabc.go.kr/cg). 웹 데이터베이스 구현을 위하여 Ontle 프로그램을 활용하여 다양한 방식으로 유전자 네트워크 가시화 작업을 수행하였다. 이 시스템을 통하여 사용자는 관련 형질의 후보 유전자군 탐색, 유전자 네트워크 분석 결과, 유전자 사이의 기능적 연결관계를 손쉽게 살펴볼 수 있게 될 것이다.

• 대한골관절종양학회지
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• 제11권2호
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• pp.160-167
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• 2005

목적: 거대세포종은 대부분 대퇴골 원위부 및 경골 근위부에 주로 발생하며, 병소 내 소파술에서 광범위 절제술까지 다양한 수술 방법들이 시행되고있다. 저자들은 수술이 어렵고 재발율이 높은 슬관절 부위의 거대세포종 환자에서 재발율을 포함한 치료 성적을 분석하고, 재발율과 관련된 인자를 규명하고자 하였다. 대상 및 방법: 병리학적으로 확진 되고, 고속 바(high-speed burring)와 골 시멘트를 이용한 병소내 소파술을 시행 한 41예의 슬관절 주위 거대세포종 환자를 대상으로 하였다. 재발율과 기능적 평가를 통한 치료 성적을 분석하였으며, 성별, 연령, 종양의 위치, 크기, 연골 하골의 침범과 관절 내 침범 유무 그리고 Campanacci 분류에 따른 인자들과 재발율과의 상관관계를 통계적으로 분석하였다. 평균 추시 기간은 50(12~122) 개월이었다. 결과: 최종 추시 상 재발율은 17%였고, 재발시기는 평균 술 후 10개월이었다. Musculoskeletal Tumor Society (MSTS) Grading System에 의한 술 후의 기능 평가점수는 평균 27.8(93%)로 78%에서 만족스러운 기능을 보였다. 성별, 연령, 종양의 위치, 크기, 연골 하침범, 관절 내 침범, Campanacci 분류 등은 종양의 국소 재발과 통계적으로 유의한 상관 관계를 보이지 않았다. 결론: 슬관절 주변 거대세포종의 재발과 관련된 인자를 찾지는 못하였다. 수술적 치료로서 고속 바를 이용한 세심한 소파술과 골시멘트 충진술을 이용한 국소 절제술 만으로도 만족할 만한 결과 및 재발율을 얻을 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제14권6호
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• pp.880-884
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• 2001

Rumen microbiology research has undergone several evolutionary steps: the isolation and nutritional characterization of readily cultivated microbes; followed by the cloning and sequence analysis of individual genes relevant to key digestive processes; through to the use of small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) sequences for a cultivation-independent examination of microbial diversity. Our knowledge of rumen microbiology has expanded as a result, but the translation of this information into productive alterations of ruminal function has been rather limited. For instance, the cloning and characterization of cellulase genes in Escherichia coli has yielded some valuable information about this complex enzyme system in ruminal bacteria. SSU rRNA analyses have also confirmed that a considerable amount of the microbial diversity in the rumen is not represented in existing culture collections. However, we still have little idea of whether the key, and potentially rate-limiting, gene products and (or) microbial interactions have been identified. Technologies allowing high throughput nucleotide and protein sequence analysis have led to the emergence of two new fields of investigation, genomics and proteomics. Both disciplines can be further subdivided into functional and comparative lines of investigation. The massive accumulation of microbial DNA and protein sequence data, including complete genome sequences, is revolutionizing the way we examine microbial physiology and diversity. We describe here some examples of our use of genomics- and proteomics-based methods, to analyze the cellulase system of Ruminococcus flavefaciens FD-1 and explore the genome of Ruminococcus albus 8. At Illinois, we are using bacterial artificial chromosome (BAC) vectors to create libraries containing large (>75 kbases), contiguous segments of DNA from R. flavefaciens FD-1. Considering that every bacterium is not a candidate for whole genome sequencing, BAC libraries offer an attractive, alternative method to perform physical and functional analyses of a bacterium's genome. Our first plan is to use these BAC clones to determine whether or not cellulases and accessory genes in R. flavefaciens exist in clusters of orthologous genes (COGs). Proteomics is also being used to complement the BAC library/DNA sequencing approach. Proteins differentially expressed in response to carbon source are being identified by 2-D SDS-PAGE, followed by in-gel-digests and peptide mass mapping by MALDI-TOF Mass Spectrometry, as well as peptide sequencing by Edman degradation. At Ohio State, we have used a combination of functional proteomics, mutational analysis and differential display RT-PCR to obtain evidence suggesting that in addition to a cellulosome-like mechanism, R. albus 8 possesses other mechanisms for adhesion to plant surfaces. Genome walking on either side of these differentially expressed transcripts has also resulted in two interesting observations: i) a relatively large number of genes with no matches in the current databases and; ii) the identification of genes with a high level of sequence identity to those identified, until now, in the archaebacteria. Genomics and proteomics will also accelerate our understanding of microbial interactions, and allow a greater degree of in situ analyses in the future. The challenge is to utilize genomics and proteomics to improve our fundamental understanding of microbial physiology, diversity and ecology, and overcome constraints to ruminal function.

• 대한방사선치료학회지
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• 제25권1호
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• pp.69-75
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• 2013

목 적: 경기관지 근접치료에 이용되는 2차원 치료계획의 경우 환부를 확인하는 과정에서 종양의 위치 파악에 어려움이 있어 정확한 치료계획 분석이 어려울 수 있다. 이에 본 연구에서는 전산화단층모의치료기를 이용한 3차원 치료계획으로 환자의 치료계획을 비교 분석하고자 한다. 대상 및 방법: 2012년 6월 본원을 내원한 환자를 대상으로 전산화모의치료장비(Lightspeed RT, GE, USA)와 Oncentra Brachy planning system (Nucletron, Netherland)를 사용하여 3차원 치료계획을 시행하여 2차원 치료계획과 비교 분석하였다. 결 과: 분할 조사로 시행되는 경기관지 근접치료에서 매회 카테터의 위치 파악이 치료계획 상에서 확인 되었고, GTV 용적은 $3.5cm^3$, $3.3cm^3$로 확인 할 수 있었다. 또한 종양의 선량분포 파악이 용이하여 GTV에 대하여 첫 번째 치료 시 처방선량의 92%, 두 번째 치료 시 88%로 파악되어 선량전달 오차를 파악할 수 있었다. 결 론: 2차원 치료계획을 통한 근접치료의 문제점을 보완하기 위하여 치료용적과 선량분포의 정확한 파악과 분석이 가능한 3차원 치료계획으로 검증이 필요하고, 선량전달 오차를 정량적으로 파악하여 치료계획에 반영하는 과정이 필요하다고 생각된다.

• 환경생물
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• 제34권2호
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• pp.116-123
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• 2016

본 연구에서는 경기도 안산 도금폐수 처리시설에서 총 4개 시료를 대상으로 국내 생태독성시험 표준 생물 종인 D. magna와 국내서식 종 E. agilis를 이용한 생태독성을 수행하였다. 시료에 대한 독성원인물질 탐색은 D. magna 급성 독성시험법을 이용하여 1) 시료 내 개별 중금속 농도와 시료의 독성영향과의 상관분석, 2) 원인물질탐색 실험 (단계적 pH, SS, 중금속, 산화제 Test), 3) 중금속 목적물질에 대한 독성영향 농도와 시료 내 목적물질의 농도와의 비교 등을 통해 평가하였다. 도금폐수 시료에 대한 E. agilis 시험법의 적용 가능성 평가는 E. agilis 실시간 생태독성 모니터링장비(E-Tox 시스템)를 이용하여 수행하였다. D. magna 시험 결과, 시료의 독성원인물질군은 부유물질 (SS), 산화제 그리고 중금속으로 예측되었으며 개별 중금속 원인물질은 Cu, Hg, Ag로 판단되었다. E. agilis는 D. magna에 비해 독성 민감도는 높지 않으나 D. magna에 독성영향을 나타내는 도금폐수시료에 신속하고 민감하게 반응하였다. 본 연구의 결과 D. magna를 이용한 단계별 독성원인물질 탐색평가과정은 생태독성기준을 초과하는 도금폐수 시료에 대한 독성 원인물질을 파악하는데 효과적으로 나타났다. 또한 E-agilis 시험은 향후 도금폐수의 수질을 실시간으로 모니터링 하는데 적용 가능 할 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제46권2호
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• pp.152-156
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• 2010

연성 콘택트렌즈 종류의 하나인 일회용 렌즈는 사용상 편리함을 주는 반면 다양한 안과적 감염성 질환을 초래한다. 안 질환을 유발하는 미생물로는 Acanthamoeba, Bacteria, Fungi 등이 있다. 렌즈 착용시 손을 이용함으로 다양한 미생물 오염은 근절이 불가피한 실정이다. 다양한 미생물의 오염으로 인해 감염성 각막염을 유발하나 정확한 미생물 동정은 미비한 상태이다. 이런 이유로 렌즈를 세척하기 위해 흔히 사용하는 식염수와 ReNu Solution (Bausch and Lomb Company, USA)의 2그룹으로 나누고 식염수와 ReNu Solution을 사용하여 1, 3, 5 10 그리고 15일에 따라 미생물 오염의 정도를 살펴보고 분리되는 미생물을 동정하고자 하였다. 대구시 D대학 안경광학과 재학생들의 안과적 건강상태를 조사한 후 그룹별 10명씩 지정하였다. 일일 착용렌즈를 1일, 3일, 5일 10일, 그리고 15일에 따라 사용 후 배지에서 세균을 배양하였다. 배양된 집락을 선택하여 그람 염색한 결과, Gram-positive cocci 33%, Gram-negative cocci 2%, Gram-positive bacilli 34%, 그리고 Gram-negative bacilli 31%로 나타냈고 이러한 세균을 동정하기 위해 API kit와 VITEK system을 이용하였다. 그 결과 콘택트렌즈의 착용에 의해 유발되는 각막염의 원인세균으로 알려진 S. aureus, P. aeruginosa 등이 분리되었다. 본 연구에서는 연성렌즈의 하나인 일일 착용렌즈의 착용시 세척액에 따른 일반세균의 분포와 일회용 렌즈의 연속 착용에 따른 병원성 세균을 조사함으로 콘택트렌즈의 사용시 위생의 필요성을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제26권10호
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• pp.1196-1201
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• 2016

연꽃의 자방으로부터 80% MeOH로 추출하고, 얻어진 추출물을 n-hexane, ethyl acetate, n-butanol 및 H₂O으로 용매 분획하였다. 이 중 n-hexane 분획물에 대해 silica gel과 octadecyl silica gel column chromatography 및 Prep-HPLC system을 반복 수행하여 5 종의 물질을 분리 하였다. 각 화합물의 화학구조는 NMR, GC/MS및 ESI/MS 등의 분광학적 스펙트럼을 측정하고, 해석하여 1-eicosanol (1), cycloartenol (2), trans-squalene (3), pentadecanoic acid (4) 및 β-sitosterol (5)으로 동정하였다. 이 화합물들은 연꽃 자방추출물에서 처음으로 분리하고 동정하였으며 앞으로 이 화합물들에 대한 다양한 생리적 및 약리적 활성을 검토함으로써 건강기능성 식품 또는 의약품의 소재로서의 충분한 가치가 있다고 여겨진다.

• 전력전자학회논문지
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• 제6권1호
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• pp.98-106
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• 2001

본 논문에서는 영구자석 동기 전동기의 정밀 속도 제어의 방법으로 외란 관측기를 이용한 외란 보상방법과 파라미터 추정에 의해 보상기의 이득을 조절하도록 함으로서, 외란이 없는 등가 지표시스템의 응답 특성을 추정하도록 제안하였다. 외란 관측기에 의한 보상방법은 잘 알려진 데드비트 외란 관측기를 이용하였으며 잡음에 약한 데드비트 관측기의 단점을 보완하기 위하여 후단필터로서 MA처리를 통하여 잡음에 대한 영향을 줄이도록 하였다. 또한 관측기의 단점을 보완하기 위하여 후단필터로서 MA처리를 통하여 잡음에 대한 영향을 줄이도록 하였다. 또한 관측기의 파라미터와 실제 시스템의 파라미터의 차이로 발생하는 외란 추정 오차를 줄이고자 실제 시스템과 파라미터 보상기로 구성된 등가 시스템이 지표 시스템이 되도록 구성하였다. 시스템에 사용된 RLS파라미터 추정기는 외란에 의하여 편향된 추정 특성을 가진다. 이러한 파라미터 추정문제에 대하여 파라미터 추정기가 높은 성능을 갖는 데드비트 외란 관측기를 포함하도록 함으로서 외란에 의한 문제를 해결하였다. 이와 같이 제안된 제어기는 외란 및 파라미터 변화를 갖는 시스템에서 강인한 고정밀 제어를 할 수 있으며, 이의 안정성과 효용성을 컴퓨터를 이용한 모의 실험과 TMS320C31이 내장된 DS1102 DSP 보드를 이용하여 실험으로써 보였다.