• Molecules and Cells
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• 제26권4호
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• pp.404-408
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• 2008

The genome of replication-competent BERV ${\gamma}4$ provirus, which is the most abundant ERV family in the bovine genome, was characterized in detail. The BERV ${\gamma}4$ genome showed that BERV ${\gamma}4$ harbors 8576 nucleotides and has the typical 5'-long terminal repeat (LTR)-gag-pro-pol-env-LTR-3' retroviral organization with a long leader region positioned before the gag open reading frame. Multiple sequences analysis showed that the nucleotide difference between 5' and 3' LTRs was 4.2% (mean value 0.042) in average, suggesting that the provirus formed at most 13.3 million years ago. Gag separated by a stop codon from pro-pol in the same reading frame, while env resides in another reading frame lacking of a functional surface domain. According to the current bovine genome sequence assembly, the full-length BERV ${\gamma}4$ provirus sequences were only found in the chromosomes 1, 2, 6, 10, 15, 23, 26, 28, X, and unassigned, although the partial sequences almost evenly distributed in the entire bovine genome. This is the first detailed study describing the genome structure of BERV ${\gamma}4$, the most abundant ERV family present in bovine genome. Combined with our recent reports on characterization of ERVs in bovine, this study will contribute to illuminate ERVs in the cattle of which no information was previously available.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제48권4호
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• pp.289-303
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• 2021

Covid-19 is an ongoing pandemic as we speak in 2022. This infectious disease is caused by the SARS-CoV-2 virus, which infects cells by binding to the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor on the cell surface. Thus, strategies that inhibit the binding of SARS-CoV-2 to the ACE2 receptor can stop this contagion. Hanjeli (Coix lacryma-jobi) essential oil contains many bioactive compounds, including dodecanoic acid; tetradecanoic acid; 7-Amino-8-imino-2-(2-imino-2H-chromen-3-yl); and 1,5,7,10-tetraaza-phen-9-one. These compounds suppress viral replication and may prevent Covid-19. Accordingly, this study assessed whether, these four limonoid compounds can block the ACE2 receptor. To this end, their physicochemical properties were predicted using Lipinski's "rule of five" on the SwissADME website, and their toxicity was assessed using the online tools ProTox and pkCSM. Additionally, their interactions with the ACE2 receptor were predicted via molecular docking using Autodock Vina. All the four compounds satisfied the "rule of five" and tetradecanoic acid was predicted to have a higher affinity than the comparison compound remdesivir and the original ligand of ACE2. Molecular docking results suggested that the compounds from hanjeli essential oil interact with the active site of the ACE2 receptor similarly as the original ligand and remdesivir. In conclusion, hanjeli essential oil contains compounds predicted hinder the interaction of SARS-CoV-2 with the ACE2 receptor. Accordingly, our data may facilitate the development of a phytomedical strategy against SARS-CoV-2 infection.

• 대한소아치과학회지
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• 제28권1호
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• pp.129-141
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• 2001

우식치아의 교합면과 정상치아의 교합면에서 균을 채취한 결과, 우식치아의 교합면에서는 $3.43\times10^5$ CFU, 정상치아의 교합면에서는$3.43\times10^3$ CFU가 MSB 배지상에서 검출되었다. API test를 이용하여 당발효 및 생화학적 성상을 관찰한 결과, 우식치면에서 분리된 세균은 20종 모두 S. mutans였으나, 건강한 치면에서는 2개의 세균만 S. mutans로 동정되었다. 우식치면과 정상치면에서 분리된 균주 S. mutans SM1과 S. mutans SM2는 $\alpha-galactosidase$ 활성을 제외하곤 당발효 및 생화학적 성상이 모두 일치하였다. 증식에 있어서, 두 균주 모두 pH 5.5에서 증식이 가장 활발하였고, 자당의 농도는 SM1은 20%일 때 SM2는 5%일 때 최대 증식을 보였다. SM1은 배지의 $CaCl_2$농도가 16mM, KCl농도가 160mM, $MgCl_2$농도가 6.4mM 이었을 때 증식이 가장 활발하였고, SM2는 $CaCl_2$ 농도가 16mM, KCl 농도가 40mM, $MgCl_2$ 농도가 6.4mM 이었을때 증식이 가장 활발하였다. Sodium bicarbonate 완충액과 Sodium phosphate 완충액의 경우, SM1과 SM2 모두 1mM에서 증식이 활발하였다. Tris 완충액의 경우, SM1은 1mM에서, SM2는 10mM에서 증식이 활발하였다. Potassium phosphate 완충액의 경우, SM2는 농도가 증가함에 따라 증식이 억제된 반면, SM1은 100mM 까지는 농도가 증가할수록 증식이 활발하였다. SM1과 SM2의 염색체를 추출한 후 Primer gtfB-F961과 gtfC-R5574를 사용하여 gtf 유전자를 PCR 한결과, 4.6kb의 단일 band를 얻었고 이 band를 분리하여 제한효소로 처리한 결과, EcoR I 처치시 S. mutans GS-5, SM1과 SM2모두 약 0.8kb와 3.8kb의 DNA절편을 보여 같은 양상을 나타냈고, Hind III 처치시 GS-5와 SM1은 잘리지 않았고, SM2의 경우 2.4kb, 1.8kb, 400bp의 3조각의 절편으로 나뉘어 SM1과 SM2의 gtf 유전자의 상사성이 관찰되었다. BamH I처치시 SM1과 SM2는 4조각의 절편으로 절단되어 같은 양상을 보였고, GS톤의 경우는 3조각의 절편으로 절단되었다. Kpn I, Sma I, Xho I 그리고 Pst I에는 절단되지 않았다.

• 대한수의학회지
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• 제34권3호
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• pp.517-527
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• 1994

An attempt was made to isolate a causative viral agents from the fecal specimens of the diseased dogs with the gastroenteritis symptoms. Two coronavirus-like agents were isolated by serial dilution end point method and plaque assay. The isolates were characterized in terms of cytopathology, antigenicity, replication, physicochemical and morphological properties. The results obtained through the experiment were as follows; 1. Among 7 fecal specimens collected from the dogs with enteric disease, 2(28.6%)coronavirus-like agents showing typical cytopathic effects of canine coronavirus were isolated, and designated as CCV D1 and CCV D2, respectively. 2. By the cross-neutralization test and indirect immunofluoresence antibody test, the isolates were antigenically indentified as the standard CCV. The viruses were replicated only in the cytoplasm of A-72 cells. 3. The isolates showed no haemagglutinating activity against the erythrocytes from 11 kinds of animals. 4. The electron microscopic observation for the isolates showed spherical and pleomorphic features, covered with club-shaped projections on the surface. The size of particles was ranged from 70 to 150nm. 5. In one-step growth curve for the isolates in A-72 cells, maximum titers of intracellular vius was $10^{4.6}$ $TCID_{50}/0.1ml$ at 46 hrs postinoculation(pi) of CCV Dl and $10^{4.4}$ $TCID_{50}/0.1ml$ at 34 hrs pi of CCV D2. The maximum titers of extracellular virus was $10^{5.5}$ $TCID_{50}/0.1ml$ at 58 hrs pi of CCV D1 and $10^{5.8}$ $TCID_{50}/0.1ml$ at 46 hrs pi of CCV D2. 6. In physicochemical property test, the isolates were very sensitive to choroform and were found to be RNA virus. The viruses was stable at pH 3.0 for 1 hr and at $22{^{\circ}C}$ for 5 hrs. However, infectivity titers reduced remarkably by treatment with $56{^{\circ}C}$ for 10min.

• 한국토양비료학회지
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• 제48권5호
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• pp.404-412
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• 2015

The slurry composting and bio-filtration (SCB) liquid manure has some obvious advantages including a good source of N, P and K, local availability, effective microorganism and the ability to improve soil properties. This study was conducted to evaluate the influence on the changes of soil chemical properties and yield of red pepper by fertigation cultivation with SCB application for 2 years. Red pepper was transplanted in early May in 2013 and 2014. The treatment with three replication was composed of 4 types as control (N 1.0), SCB 0.5N, SCB 1.0N, and SCB 2.0N standards of recommended nitrogen fertilizer ($19kg\;N\;10a^{-1}$). The fertigation cultivation which was installed the surface drip irrigation system was splitted 10 times as $2.5Mg\;10a^{-1}$ nutritional solution included with chemical fertilizer and SCB every 10 days during the cultivation. The height and width of pepper plant were 7.0% and 5.8% higher in SCB 2.0N treatment than that in control. The yield of red pepper increased with the increasing of SCB application rates from SCB 0.5N to 2.0N. The yield of SCB 1.0N was much better 10% in average than that of control, and there was significant differences among all treatments. pH of control soil after final harvest decreased to 6.1, however pH of SCB treated soils increased from 6.7 to 7.1 depending on SCB application rates. The Exch.-K contents of SCB treated soils were increased 13.7 to 56.9% after final harvest compared with control by $0.51cmol_c\;kg^{-1}$. Accordingly, these results showed that SCB 1.0N application rate as a recommended nitrogen level based on soil testing can be used as an alternative nitrogen management as well as plant nutrition for red pepper cultivation.

• Animal Bioscience
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• 제37권5호
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• pp.929-943
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• 2024

Objective: The present study was executed to explore the molecular mechanism of fibroblast growth factor 10 (FGF10) gene in bovine adipogenesis. Methods: The bovine FGF10 gene was overexpressed through Ad-FGF10 or inhibited through siFGF10 and their negative control (NC) in bovine adipocytes, and the multiplicity of infection, transfection efficiency, interference efficiency were evaluated through quantitative real-time polymerase chain reaction, western blotting and fluorescence microscopy. The lipid droplets, triglycerides (TG) content and the expression levels of adipogenic marker genes were measured during preadipocytes differentiation. The differentially expressed genes were explored through deep RNA sequencing. Results: The highest mRNA level was found in omasum, subcutaneous fat, and intramuscular fat. Moreover, the highest mRNA level was found in adipocytes at day 4 of differentiation. The results of red-oil o staining showed that overexpression (Ad-FGF10) of the FGF10 gene significantly (p<0.05) reduced the lipid droplets and TG content, and their down-regulation (siFGF10) increased the measurement of lipid droplets and TG in differentiated bovine adipocytes. Furthermore, the overexpression of the FGF10 gene down regulated the mRNA levels of adipogenic marker genes such as CCAAT enhancer binding protein alpha (C/EBPα), fatty acid binding protein (FABP4), peroxisome proliferator-activated receptor-γ (PPARγ), lipoprotein lipase (LPL), and Fas cell surface death receptor (FAS), similarly, down-regulation of the FGF10 gene enriched the mRNA levels of C/EBPα, PPARγ, FABP4, and LPL genes (p<0.01). Additionally, the protein levels of PPARγ and FABP4 were reduced (p<0.05) in adipocytes infected with Ad-FGF10 gene and enriched in adipocytes transfected with siFGF10. Moreover, a total of 1,774 differentially expressed genes (DEGs) including 157 up regulated and 1,617 down regulated genes were explored in adipocytes infected with Ad-FGF10 or Ad-NC through deep RNA-sequencing. The top Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways regulated through DEGs were the PPAR signaling pathway, cell cycle, base excision repair, DNA replication, apoptosis, and regulation of lipolysis in adipocytes. Conclusion: Therefore, we can conclude that the FGF10 gene is a negative regulator of bovine adipogenesis and could be used as a candidate gene in marker-assisted selection.

• IMMUNE NETWORK
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• 제20권5호
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• pp.41.1-41.11
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• 2020

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV2) is a positive-sense single-stranded RNA (+ssRNA) that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). The viral genome encodes twelve genes for viral replication and infection. The third open reading frame is the spike (S) gene that encodes for the spike glycoprotein interacting with specific cell surface receptor - angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) - on the host cell membrane. Most recent studies identified a single point mutation in S gene. A single point mutation in S gene leading to an amino acid substitution at codon 614 from an aspartic acid 614 into glycine (D614G) resulted in greater infectivity compared to the wild type SARS-CoV2. We were interested in investigating the mutation region of S gene of SARS-CoV2 from Korean COVID-19 patients. New mutation sites were found in the critical receptor binding domain (RBD) of S gene, which is adjacent to the aforementioned D614G mutation residue. This specific sequence data demonstrated the active progression of SARS-CoV2 by mutations in the RBD of S gene. The sequence information of new mutations is critical to the development of recombinant SARS-CoV2 spike antigens, which may be required to improve and advance the strategy against a wide range of possible SARS-CoV2 mutations.

• 대한치과보철학회지
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• 제58권4호
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• pp.313-320
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• 2020

목적: 본 연구의 목적은 3 종류의 치과용 도재 블록으로 제작된 단일 수복물의 가공 정밀도와 변연 및 내면 적합도를 평가하고, 상관관계를 분석하는 것이다. 재료 및 방법: 3 종류의 치과용 도재 블록(Rosetta; HASS, IPS e.max CAD; Ivoclar vivadent, VITA Suprinity; VITA)으로 제작된 단일 수복물의 가공 정밀도와 변연 및 내면 적합도를 평가하였다. 캐드 소프트웨어에서 단일 수복물을 디자인하였고, 수복물 디자인 모델(crown designed model) 파일의 제작을 위해 디자인 후 캐드 소프트웨어에서 추출하였다. 그리고 수복물 디자인 모델 파일은 밀링 장비를 사용하여 도재 블록(lithium disilicate ceramic block)을 가공하였다. 수복물 스캔 모델(crown scanned model) 파일의 제작을 위해서 접촉식 스캐너를 이용하여 제작된 수복물의 내면을 디지털화 하였다. 그리고 삼차원 검사 소프트웨어(Geomagic control X; 3D Systems)를 이용하여, 수복물 디자인 모델과 스캔 모델의 중첩과 가공 정밀도의 삼차원 분석의 단계로 진행되었다. 그리고 제작된 수복물의 변연 및 내면 적합도는 실리콘 복제 방법으로 평가되었다. 3 종류의 단일 도재 수복물의 차이는 Kruskal-Wallis H test를 통해 분석되었고, 가공 정밀도와 변연 및 내면 적합도의 상관관계를 분석하기 위해서 Spearman correlation analysis을 하였다 (α = .05). 결과: 도재 블록의 종류에 따라서 가공 정밀도와 변연 및 내면 적합도는 유의미한 차이가 있었다 (P < .001). 그리고 가공 정밀도와 변연 및 내면 적합도는 서로 양의 상관관계를 보였다 (P < .001). 결론: 도재 블록의 종류에 따라서 제작된 단일 수복물의 변연 적합도는 임상적 허용 범위에 있었기 때문에(< 120 ㎛), 적합도 측면에서 모두 임상에 적용할 수 있는 적절한 가공 정밀도로 간주할 수 있다.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제15권1호
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• pp.55-66
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• 1998

사람과 동일한 증상을 나타내는 동물 모델이 없는 신증후출혈열의 병리 기전을 이해하기 위하여 in vitro culture system을 이용하였다. 신증후출혈열의 주된 병변이 혈관내피세포외에 섬유아세포가 많이 존재하는 신세뇨관 간질 및 폐간질임을 기초로 하여 계태아와 Mongolian gerbil의 섬유아세포에서 fibronectin에 대한 수용체인 ${\alpha}_5{\beta}_1$, integrin에 대한 항체를 처리하여 한탄바이러스 감염에 대한 영향을 관찰하였다. 초대 배양하여 사용한 계태아 섬유아세포 및 MGF 모두 한탄바이러스가 잘 감염되었으나 계태아 섬유아세포에 비하여 MGF에서 바이러스의 증식이 더 우수하였다. 계태아 섬유아세포와 MGF에서 ${\alpha}_5{\beta}_1$, integrin에 대한 항체 처리 5일 후 바이러스의 N 단백의 역가는 항체를 처리하지 않은 대조군에 비하여 각각 32.6%, 72.6%로 virion의 역가는 26.8%, 28.7%로 감소하여 두 세포에서 모두 감염력을 가진 바이러스의 양은 거의 동일하게 감소 되었다. 또한 ${\alpha}_5$ subunit와 ${\beta}_1$, subunit에 대한 항체를 MGF 세포에 처리한 후 바이러스의 N단백의 역가는 65.2%, 59.7%로 ${\alpha}_5{\beta}_1$ integrin에 대한 항체 처리하였을 때(72.6%)와 거의 유사하게 감소하였고 감염력을 가진 바이러스의 양도 26.5%, 29.4%로 감소하여 ${\alpha}_5{\beta}_1$ integrin에 대한 항체 처리시(28.7%)와 거의 유사하게 감소하였다. 이러한 결과는 ${\alpha}_5{\beta}_1$ integrin이 한탄바이러스에 대한 수용체로써 작용할 가능성을 시사하였으며 또다른 기전으로는 ${\alpha}_5{\beta}_1$ integrin의 차단에 의한 이차적인 영향으로 한탄바이러스의 증식에 커다란 영향을 미치는 것을 생각할 수 있었다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제2권2호
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• pp.169-177
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• 1999

목 적: 소아 만성 B형 간염 환아에서 알파 인터페론의 치료 효과는 보고자마다 차이가 있으나 30~40%로 알려져 있다. 그러나 만성 지속성 B형 간염, 혈청 ALT치가 낮은 경우나 혈청 HBV DNA치가 높은 소아 만성 B형 간염 환자에서 알파 인터페론 단독 투여 시 그 치료 효과는 더 낮다고 보고되고 있다. 이에 저자들은 알파 인터페론 단독 투여 시 치료 효과가 낮다고 알려진 소아 만성 B형간염 환자에 prednisolone 이탈 요법 후 인터페론 병용 투여 시 그 치료 효과를 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 대상 및 방법: 1996년 1월부터 1997년 12월까지 전남대학교병원 소아과에 내원하여 만성 B형 간염으로 진단받은 28명을 대상으로 하였다. 대상 환아 중 간 조직 검사 상 만성 활동성 간염을 보이고 혈청 ALT치가 100 IU/L 이상이고 혈청 HBV-DNA치가 100 pg/$300\;{\mu}L$ 미만인 14명(group 1)은 알파 인터페론을 체표면적($m^2$) 당 5백만 단위를 6개월 동안 주 3회 단독 투여하였다. 조직 검사 상 만성 지속성 간염인 경우와 만성 활동성 간염이면서 혈청ALT치가 100 IU/L 미만 또는 혈청 HBV DNA치가 100 pg/$300\;{\mu}L$ 초과한 14명(group 2)은 prednisolone을 60 mg/$m^2$, 40 mg/$m^2$, 20 mg/$m^2$으로 각각 2주씩 6주간 경구 투여하고 2주간 휴약 기간을 가진 후 알파 인터페론을 group 1과 같은 방법으로 투여하였다. 치료에 대한 반응은 인터페론 투여가 종료되는 시점에서 완전반응(항 HBe 항체의 양전화, 혈청 ALT 정상화 및 혈청 HBV-DNA 음성), 부분반응(혈청 ALT 정상화 또는 혈청 HBV-DNA 음성) 및 무반응으로 평가하였다. 결 과: 1) 대상 환아의 평균 연령은 130.6개월(21~192개월)이었고, 남아는 22례, 여아는 6례이었다. 만성 지속성 간염은 11례, 만성 활동성 간염은 17례이었고, 15명의 환아에서 모친이 B형 간염 바이러스 만성 보유자이었다. 2) Group 1에서 평균 연령은 144.1개월(97~169개월), 남아 9명, 여아 5명, 혈청 ALT $299.9{\pm}215.3$ IU/L, HBV-DNA $49.3{\pm}33.1\;pg/300\;{\mu}L$이었고, group 2에서 평균 연령은 112.1개월(21~192개월), 남아 13명, 여아 1명, 만성 지속성 간염 11명, 만성 활동성 간염 3명, 혈청 ALT $85.6{\pm}71.0$ IU/L, HBVDNA $524.3{\pm}1064\;pg/300\;{\mu}L$이었다. 3) Group 1에서 항 HBe 항체 양전은 10례(71.4%) 에서, 혈청 ALT는 9례(64.3%)에서 정상화되었고, HBV-DNA는 11례(78.6%)에서 음성화되었다. Group 2에서 항 HBe 항체 양전은 7례(50.0%)에서, 비정상 수치를 보인 9명의 환아 중 5명(55.6%)이 ALT 의 정상화를 보였고, HBV-DNA는 9례(64.3%)에서 음성화되었다. 두 군간의 항 HBe 항체의 양전율, ALT치의 정상화율, HBV DNA치의 음성화율에 있어서 통계학적으로 유의한 차이는 없었다. 4) Group 1에서 완전반응은 8례(57.1%), 부분반응은 3례(21.4%), 무반응은 3례(21.4%)이었고, group 2 에서는 완전반응 7례(50.0%), 부분반응 2례(14.3%), 무반응 5례(35.7%)으로 두 군간의 통계학적 유의한 차이는 없었다. 결 론: 소아 만성 B형 간염에 대한 치료로 인터페론 단독 요법으로 반응이 좋지 않을 것으로 예측되는 환자군에 스테로이드 이탈 요법 후 인터페론 병합 투여는 안전하고 효과적인 치료법으로 생각된다. 향후 치료 효과의 지속 여부에 대한 지속적인 관찰과 더 많은 환자를 대상으로 한 전향적인 비교 연구가 필요하리라 사료된다.