• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.347-354
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• 2015

콩은 우리나라와 극동아시아가 원산지로 알려져 있으나 국산 콩의 근권 세균 군집에 대한 연구는 미흡하다. 따라서 본 연구에서는 국산 재배콩을 대상으로 차세대 염기서열 분석 방법인 파이로시퀀싱 방법을 사용하여 콩 근권 세균 군집 구조를 해석하고 생육단계별 군집의 변화 및 콩 근권의 핵심 세균 군집을 구명하고자 하였다. 세균 군집 분석 결과, 근권 세균의 군집은 근권과 비근권간에 뚜렷한 차이를 보였으며, 총 21개의 문으로 구성되었다. Proteobacteria가 가장 우점(36.6-42.5%)하였고, Acidobacteria (8.6-9.4%), Bacteroidetes (6.1-10.9%), Actinobacteria (6.4-9.8%), Firmicutes (5.7-6.3%) 등의 순으로 상대풍부도가 감소하였다. 모든 생육단계에 걸쳐 콩 근권의 핵심 세균 군집에는 Proteobacteria에 속한 OTU들이 가장 많이 분포하였으며, 이들 중 Bradyrhizobium에 속한 OTU의 상대 풍부도가 가장 높았다. 본 연구결과는 콩 근권의 핵심 세균 군집은 주로 생육 촉진 기능과 유기물 순환에 관련된 OTU로 구성되어 있다는 것을 보여주었다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제21권3호
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• pp.255-262
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• 1992

단백소화율에 미치는 식이 섬유소의 영향에 대하여 알아보기 위해, 채소류(상치, 깻잎, 고추. 다시마)로부터 추출한 식이 섬유소와 시판용 정제 식이 섬유소 (cellulose, pectin, sodium alginate, gum karaya)를 어류 단백질인 말쥐치 단백질(냉동건조육 및 myofibrils)에 첨가 반응시켜, 단백질 의 소화율에 어느 정도 영향을 미치는가에 대해 알아보았다. 각 시료의 중성세제 추출섬유소 (neutral detergent fiber) 함량은 24.21%(고추) 9.75%(다시마)의 범위였고, 산성세제 추출섬유소 (acid detergent fiber) 함량은 20.85%(고추) 11.97%(깻잎)의 범위였으며, 수용성 섬유소 함량은 13.79%(다시마) 4.41%(상치)의 범위였다. 말쥐치 단백질에 대한 식이 섬유소의 반응 비율을 1 : 1 (wt/wt)로 하고, 37$^{\circ}C$에서 2시간 동안 반응시켰을 때. 말쥐치 단백소화율은 정제 식이 섬유소 첨가의 경우, 1.52%(cellulose) 9.97%(pectin)가 감소되었고. 추출한 식이 섬유소 첨가의 경우, 5.15%(고추) 12.36%(다시마)가 감소되었다. 섬유소의 trypsin 활성저해능은 단백소화율이 감소함에 따라 증가하여, ANRC casein에 대한 soybean trypsin inhibitor 22mg/g (cellulose) 61.82mg/g(gum karaya), 49.75mg/g(고추) 171.52mg/g(상치)에 상응하는 것으로 나타났다. 정제 식이 섬유소에 의한 단백분해효소의 활성 변화는 sodium alginate를 제외하고는 거의 없어, 어류 단백소화율의 저하는 식이 섬유소가 단백질에 직접 결합하여 비소화성 물질을 형성한 결과가 주도하리라 생각되었다. 말쥐치 단백질과 섬유소를 반응시킨 것을 효소 가수분해시킨 후에 측정한 유리 필수 아미노산의 함량은 sodium alginate와 다시마 섬유소의 경우 현저하게 저하하였으며(75% 이상), isoleucine과 valine이 크게 영향을 받았다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.97-104
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• 2016

Background: Rhizobacteria play an important role in plant defense and could be promising sources of biocontrol agents. This study aimed to screen antagonistic bacteria and develop a biocontrol system for root rot complex of Panax notoginseng. Methods: Pure-culture methods were used to isolate bacteria from the rhizosphere soil of notoginseng plants. The identification of isolates was based on the analysis of 16S ribosomal RNA (rRNA) sequences. Results: A total of 279 bacteria were obtained from rhizosphere soils of healthy and root-rot notoginseng plants, and uncultivated soil. Among all the isolates, 88 showed antagonistic activity to at least one of three phytopathogenic fungi, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, and Phoma herbarum mainly causing root rot disease of P. notoginseng. Based on the 16S rRNA sequencing, the antagonistic bacteria were characterized into four clusters, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetesi. The genus Bacillus was the most frequently isolated, and Bacillus siamensis (Hs02), Bacillus atrophaeus (Hs09) showed strong antagonistic activity to the three pathogens. The distribution pattern differed in soil types, genera Achromobacter, Acidovorax, Brevibacterium, Brevundimonas, Flavimonas, and Streptomyces were only found in rhizosphere of healthy plants, while Delftia, Leclercia, Brevibacillus, Microbacterium, Pantoea, Rhizobium, and Stenotrophomonas only exist in soil of diseased plant, and Acinetobacter only exist in uncultivated soil. Conclusion: The results suggest that diverse bacteria exist in the P. notoginseng rhizosphere soil, with differences in community in the same field, and antagonistic isolates may be good potential biological control agent for the notoginseng root-rot diseases caused by F. oxysporum, Fusarium solani, and Panax herbarum.

• 한국식품영양과학회지
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• 제17권4호
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• pp.312-319
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• 1988

정어리 단백질의 가수분해물로 합성한 plastein을 새로운 식품소재로서 고도이용 가능성을 구명하기위해 그의 기능성을 FPC 및 egg albumin과 비교검토하였으며, 아울러 소화율과 소화액의 관능검사도 실시하였다. 용해도는 plastein 제품이 FPC 보다 높았으며 glu-papain plastein은 pH변화에 관계없이 용해도가 84%로 높았으나 leu-papain plastein은 용해도가 매우 낮았다. 분산성은 plastein 제품이 egg albumin의 분산성에 비해 낮았으나 FPC보다는 월등히 높았다. Glu-papain plastein이 70.8%로 분산성이 가장 높았으나 pepsin plastin은 58.0%로 가장 낮았다. 보수력은 plastein제품이 FPC보다 약간 낮았으나 egg albumin보다 높았다. 지방흡수력은 leu-papain plastein이 2.2m1/ g 로서 가장 높았으나 glu-papain plastein이 1.6m1/ g 로 가장 낮았다. 유화성은 leu-papain plastein이 66.4%로 가장 높았으나 glu-papain plastein 51.2%로 가장 낮았다. 유화안정성도 이와 비슷한 경향이었다,. 포말성은 leu-papain plastein이 460%로서 egg albumin보다 4.6배 이상이었으며, 다른 plastein도 FPC보다 월등히 높았다. 포말안정성도 plastein이 egg albumin보다 좋았다. 점도는 glu-papain plastein을 제외한 plastein이 egg albumin에 비해 낮았다. In Vitro소화율은 $68.4{\sim}78.0%$였으며 glu-papain plasteul의 경우, molsin과 pretense같은 미생물 효소에 의한 plastein 소화액은 감칠맛이 매우 강하여 맛 강화제로서 이용이 가능할 것으로 판단되었다.

• 미생물학회지
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• 제44권3호
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• pp.193-198
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• 2008

ErmSF는, 235 rRNA의 A2058에 methylation 시켜서 macrolide-lincosamide-streptogramin B ($MLS_B$)계 항생제의 부착을 저해함으로써 항생제의 활성을 억제하는 내성인자 단백질인 ERM 단백질의 하나로, 다른 ERM 단백질과는 달리 긴 N-terminal end region을 가지고 있고 이 부위의 25%를 arginine이 차지하고 있다. 특히 $^{58}RARR^{61}$ 부위에 arginine이 모여 있어서 여기에 존재하는 R의 역할을 알아보기 위해 1-57, 1-59 그리고 1-60과 1-61이 제거된 결손 변이 단백질을 대장균에 발현하고 그 활성을 성장곡선을 작성하여 알아보았다. 그 결과 R60과 R6l이 활성에 중요한 것으로 관찰되었다. 1-59의 아미노산이 결손 된 유전자를 사용하여 R60A, R61A와RR60, 61AA의 위치선정 치환 변이 단배질의 세포내 활성을 측정하여 본 결과 R60의 역할이 R6l보다 큰 것으로 관찰되었으며 이들의 활성에서의 역할은 상호보완적인 것으로 나타났다. 그리고 이 아미노산들이 2차 구조인 $\alpha$-helix의 일부일 것으로 추정되었다.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1381-1392
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• 2017

본 총설에서는 유기용매 내성 리파아제와 그들의 산업, 생물공학 및 환경에서의 잠재적인 영향에 대하여 서술하고자 한다. 유기용매 내성 리파아제는 유기용매 내성 세균에서 처음 보고되었으나, 많은 유기용매 내성 리파아제들이 유기용매 내성 세균 뿐만 아니라 잘 알려진 Bacillus, Pseudomonas, Streptomyce 그리고 Aspergillus sp. 균주 같은 유기용매 비내성 세균 그리고 균류 균주들에서도 보고되고 있다. 이들 리파아제들은 유기용매에서 쉽게 불활성화되지 않기 때문에 유기용매에 의한 효소 불활성화를 방지하기 위하여 별도로 그들을 고정화할 필요가 없다. 그러므로 다수의 생물공정 및 생물변환 공정에서 이용될 수 있는 잠재적인 유용성을 가지고 있다. 이들 유기용매 내성 리파아제들을 사용하면, 유기용매계 또는 비수계에서 다수의 불용성 기질들의 용해도가 증가하며, 수계에서는 불가능한 다양한 화학반응들이 일어나고, 가수분해 대신에 합성반응이 일어나며, 물에 의한 부반응이 억제되며, 화학, 위치 그리고 엔안티오(대칭) 선택성(chemo, regio and enantioselective) 변환반응의 가능성이 증가한다. 나아가 고정화하지 않아도 효소의 회수와 재이용이 가능하며, 유기용매계와 비수계에서는 리파아제의 안정성이 더 좋아지는 경향도 있다. 그러므로 유기용매 내성 리파아제는 유기용매계와 비수계를 이용한 생물변환공정에 생물촉매로써 그들을 이용가능하다는 점에서 많은 주목을 받고 있다.

• 한국수산과학회지
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• 제20권6호
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• pp.582-590
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• 1987

말쥐치육 단백질의 가수분해물로 합성한 plastein을 식품단백질원으로서 고도이용 가능성을 구명하기 위하여 그의 기능성을 FPC 및 egg albumin과 비교 검토하였으며, 아울러 SEM에 의한 plastein 형상도 관찰하였다. 용해도는 plastein이 FPC 보다 용해도가 월등히 높았고, Glu-papain plastein은 pH변화에 관계없이 용해도가 $95\%$이상으로 높았으나 Leu-papain plastein의 용해도는 매우 낮았다. 가열시간이 길어짐에 따라 FPC는 용해도가 감소하는 경향을 보였으나 Glu-papain plastein은 가열시간에 관계없이 용해도가 $81\%$이상이었다. 분산성은 Glu-papain plastein과 protease plastein이 egg albumin의 그것과 비슷하였으나 ekfms plastein은 다소 분산성이 낮았다. 보수력은 FPC가 egg albumin보다 낮았으며, 지방흡수력은 Leu-papain plastein이 1.88ml/g으로 가장 높았고, 다른 plastein은 egg albumin의 그것과 비슷하였다. 유화성은 Leu-papain plastein이 $61.2\%$로 가장 높았으나 Glu-papain plastein은 $50.7\%$로 가장 낮았다. 유화안정성도 이와 같은 경향이었다. 포말성은 Leu-papain plastein과 Glu-papain plastein이 각각 $373\%,\;360\%$로 egg albumin의 $130\%$ 보다 우수하였다. 포말안정성은 모든 plastein이 50시간 이후에 소실되어 egg albumin의 36시간에 비해 높았다. 점도는 모든 plastein이 egg albumin에 비해 낮았다. SEM을 통해 본 plastein의 형상은 처리한 효소 종류에 따라 다소 차이를 보였으며, Glu-papain plastein과 Leu-papain plastein은 다른 plastein에 비해 특이한 부드러운 형상을 나타내었다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권4호
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• pp.348-359
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• 2015

방선균을 대상으로 생물적 방제 균주를 선발한 결과 총 248개의 균주가 분리되었다. 분리된 균주의 셀룰로스 분해능력은 S11 균주와 S4 균주의 투명환의 크기는 약 1.2mm로 셀룰로스 분해 능력이 가장 좋은 것으로 나타났다. 키틴분해 능력을 검정한 결과 S12 균주의 투명환의 크기가 2.1mm로 가장 키틴분해 능력이 우수한 것으로 나타났다. Skim milk agar 배지를 이용하여 15개 균주의 단백질 분해 능력을 검정한 결과 S2 균주가 접종된 배지의 투명환의 크기가 7.5mm로 단백질 분해 능력 가장 우수한 것으로 나타났다. Chrome azurol S agar 배지를 이용하여 병원균에 대한 중요한 항균 기작으로 알려져 있는 siderophore 생성정도를 조사한 결과 S1 균주의 투명환의 크기가 0.6mm으로 가장 높게 나타났다. 선발된 4개 균주가 분비하는 휘발성 물질의 달라스팟과 라지패취 병원균에 대한 항균활성 능력 검정한 결과 달라스팟의 경우 S8 균주가 94.8% 억제하는 것으로 나타났다. Rhizoctonia solani AG2-2균사생장에 미치는 영향은 S8 균주가 72.9%로 가장 높게 억제하였으며 다음으로 S2 균주가 62.1%로 S5 균주가 37.8%로 S12 균주가 27% 억제하는 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제25권6호
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• pp.631-637
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• 2015

Streptmyces avidinii에서 발현되는 Streptavidin은 vitamin H인 d-biotin 4분자에 결합하며 해리상수(Kd)가 10⁻¹⁵ M를 나타내는 아주 강한 비공유결합이다. 이러한 streptavidin과 biotin 상호간의 강한 결합력은 수많은 생물체 분자들의 탐지 및 특징을 연구하는데 응용되어져 왔으므로 Escherichia coli에서 수용성 streptavidin의 기능적 발현에 대한 연구는 매우 유용하다. 즉 Escherichia coli에서 streptavidin을 발현시키기 위해 streptavidin유전자를 T7 RNA polymerase/T7 promoter를 이용하는 pET-22b 플라스미드로 클로닝하였다. 또한 N-말단에 pelB leader를 포함하여 발현된 streptavidin의 periplasmic space로 운반하여 수용성 단백질형태의 분비를 촉진하였으며 C-말단에는 6개의 polyhistidine tags를 두어 정제하는데 사용되었다. 정제된 streptavidin단백질은 10-20 mg/ml 의 높은 회수율을 나타내었으며 SDS-PAGE에서 가열하는 경우 변성되어 17 kD인 monomer형태를, 가열하지 않는 경우에는 68 kDa으로 원래의 tetramer형태를 나타내었다. 따라서 streptavidin의 tetramer 구조는 비공유결합에 의해 이루어짐을 알 수 있었다. Size-exclusion chromatography에 의한 streptavidin의 구조 역시 tetramer를 재확인할 수 있었다. 정제된 수용성 streptavidin은 Westernblot실험에서 biotinylation된 단백질을 탐지하였으며 이 결과는 정제된 streptavidin이 biotin에 결합하는 기능이 존재함을 나타내었다. 이상의 모든 결과를 종합해보면 본 연구에서 구축된 발현시스템을 통하여 발현된 streptavidin은 높은 회수율을 나타내어 대량생산이 가능하였으며 자연상태의 streptavidin과 동일한 homotetramer를 형성하고 biotin에 결합할 수 있는 기능을 나타내었다.

• Molecules and Cells
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• 제38권4호
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• pp.318-326
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• 2015

We previously reported that the SbROMT3syn recombinant protein catalyzes the production of the methylated resveratrol derivatives pinostilbene and pterostilbene by methylating substrate resveratrol in recombinant E. coli. To further study the production of stilbene compounds in E. coli by the expression of enzymes involved in stilbene biosynthesis, we isolated three stilbene synthase (STS) genes from rhubarb, peanut, and grape as well as two resveratrol O-methyltransferase (ROMT) genes from grape and sorghum. The ability of RpSTS to produce resveratrol in recombinant E. coli was compared with other AhSTS and VrSTS genes. Out of three STS, only AhSTS was able to produce resveratrol from p-coumaric acid. Thus, to improve the solubility of RpSTS, VrROMT, and SbROMT3 in E. coli, we synthesized the RpSTS, VrROMT and SbROMT3 genes following codon-optimization and expressed one or both genes together with the cinnamate/4-coumarate:coenzyme A ligase (CCL) gene from Streptomyces coelicolor. Our HPLC and LC-MS analyses showed that recombinant E. coli expressing both ScCCL and RpSTSsyn led to the production of resveratrol when p-coumaric acid was used as the precursor. In addition, incorporation of SbROMT3syn in recombinant E. coli cells produced resveratrol and its mono-methylated derivative, pinostilbene, as the major products from p-coumaric acid. However, very small amounts of pterostilbene were only detectable in the recombinant E. coli cells expressing the ScCCL, RpSTSsyn and SbROMT3syn genes. These results suggest that RpSTSsyn exhibits an enhanced enzyme activity to produce resveratrol and SbROMT3syn catalyzes the methylation of resveratrol to produce pinostilbene in E. coli cells.