• 한국균학회지
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• 제39권1호
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• pp.31-38
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• 2011

현재 70개 이상의 느타리 품종이 유통되어 재배되고 있다. 본 연구에서는 81개 품종을 수집하여 핵산지문법으로 분석하였다. 이중 수한과 그 유사품종에서 특이하게 나타나는 밴드를 이용하여 수한 품종에 특이적인 SCAR marker로 개발하였다. 수한 품종 특이 band에 대한 clone을 기존에 알려진 유전자 염기서열과 유사성이 있는지를 확인한 결과 POMFBO1 Pleurotus ostreatus cDNA clone MFB02-A05, mRNA sequence와 92%의 homology를 나타냈고, 등록된 아미노산 서열과의 유사성을 확인한 결과 큰졸각버섯인 Laccaria bicolor의 predicted protein과 가장 높은 sequence homology (BlastX score = 73.9, E value = $5e^{-25}$)를 보였다. 본 연구를 통하여 개발된 수한특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 수한계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제49권3호
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• pp.178-186
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• 2022

볼리비아 유래의 4배체 감자 야생종 중 하나인 Solanum acaule는 서리, 감자역병, 감자바이러스X, 감자바이러스Y, 감자잎말림바이러스, 감자걀쭉병, 선충 등에 대한 저항성과 같이 감자의 신품종 육성에 매우 유용한 형질들을 가지고 있어 감자 육종에 많이 이용되고 있다. 그러나 이러한 유용 형질들을 재배종 감자에 전통적인 교잡에 의해 도입하는 것은 야생종과 재배종 간의 서로 다른 EBN에 따라 매우 제한적이다. 따라서, 이러한 생리적 장벽을 극복하기 위해서는 체세포융합을 이용할 수 있는데, 육종에 활용할 적절한 체세포융합체를 선발하기 위해서는 적절한 분자마커의 개발이 필수적이다. 이에, 본 연구에서는 앞서 차세대 유전체 기술에 의해 완성되어 보고된 S. acaule의 엽록체 전장 유전체 정보를 기반으로 이를 다른 8개의 Solanum 종의 엽록체 전장 유전체 정보와 비교를 통해 S. acaule 특이적인 분자마커를 개발하였다. S. acaule의 엽록체 전장 유전체 총 길이는 155,570 bp였으며, 총 158개의 유전자로 구성되어 있었다. 전체적인 구조와 유전자의 구성은 다른 Solanum 종들과 매우 유사하였고 12종의 다른 가지과에 속해 있는 종과의 계통수 분석에서 다른 Solanum 종과 매우 가까운 유연관계를 가지는 것을 확인하였다. S. acaule의 엽록체 전장 유전체와 다른 7개 Solanum 종의 엽록체 전장 유전체 다중 정렬의 결과로 각각 4개와 79개의 S. acaule 특이적인 InDel 및 SNP 영역이 확인되었으며, 이 정보를 이용하여 각각 1개씩의 InDel 및 SNP 영역 유래의 PCR 기반의 분자마커를 개발하였다. 본 연구의 결과는 S. acaule의 진화적 측면에서의 연구와 S. acaule를 이용한 감자품종 육성 연구에 기여를 할 수 있을 것이다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제11권1호
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• pp.81-101
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• 1995

지표-형질의 상관은 우량 개체 선발과 유전획득량의 증대를 위해 임목 육종에서 해결되어야 할 중요한 과제 중의 하나로 최근 분자유전학적 수준에서의 임의 증폭 다형 디엔에이 (RAPD) 기술의 발달로 이의 해결이 눈 앞에 다가왔다. 호주 퀸즈랜드산림청과 퀸즈랜드대 임목생물공학연구소가 공동 연구하고 있는 슬래쉬소나무, 카리비아소나무 및 그 교잡종에 있어 이 기술을 이용한 수피 두께에 대한 연구 및 육종 계획 전략을 소개한다. 1대 잡종에서 186개의 지표를 포함한 총 길이 1641cM의 16개 연관군의 유전적 지도가 작성되었고, 이 연관군 지도에 수피 두께를 지배하는 6개의 유전자좌가 추정되었다. 또한, 유전적 지표를 이용한 조기 선발을 위해 먼저 중요 형질을 지배하는 유전자들에 대한 종 특성 유전적 지표를 결정하고, 다음 여러가지 대립유전자형에 대한 지표-대립유전자 상관을 구명하는 2단계 전략이 제시되었다. 소나무류는 발아시 양료로 쓰이는 자성배우체는 모수에서 유래하나, 접합자인 배는 양친수로부터 유래하므로 이러한 이질적 유전 조성을 갖인 종자의 발달을 이용한 RAPD 지표와 형질의 상관 연구는 배 단계에서도 우량 개체의 선발을 가능하게 하여 소나무류 육종의 장래를 밝게 하고 있다.

• 생태와환경
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• 제40권1호
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• pp.143-148
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• 2007

외래 도입종은 국내 생태계에 빈번히 심각한 문제점들을 일으켜왔고, 이러한 종 중의 하나가 일본에서 도입된 담수어류인 떡붕어 (Carassius cuvieri)이다. 국내 담수생태계에서 떡붕어의 해로운 영향들을 평가하기 위해 우선적으로 선행되어야 할 연구는 형태적으로 가장 유사한 종(Corassius auratus)으로부터 이들을 구분해야 하는 것이다. 전통적인 형태적 동정은 이들 종의 매우 유사한 표현형으로 인해 신뢰할 수 없는 결과들을 자주 보여주기 때문에 더욱 효과적인 방법이 필요하다. 이를 위해 본 연구에서는 3종류의 프라이머(DDF, DDR 그리고 DDR1)를 이용한 효율적인 one-step PCR분자마커를 개발 적용하였다. 이 분자마커는 국내 담수 생태계의 어류 군집 모니터링에 중요한 역할을 할 것으로 기대된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권3호
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• pp.207-216
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• 2018

Solanum berthaultii is one of the wild diploid Solanum species, which is an excellent resource in potato breeding owing to its resistance to several important pathogens. On the other hand, sexual hybridization between S. berthaultii and S. tuberosum (potato) is limited because of their sexual incompatibility. Therefore, cell fusion can be used to introgress various novel traits from this wild species into the cultivated potatoes. After cell fusion, it is crucial to identify fusion products with the aid of molecular markers. In this study, the chloroplast genome sequence of S. berthaultii obtained by next-generation sequencing technology was described and compared with those of five other Solanum species to develop S. berthaultii specific markers. A total sequence length of the chloroplast genome is 155,533 bp. The structural organization of the chloroplast genome is similar to those of the five other Solanum species. Phylogenic analysis with 25 other Solanaceae species revealed that S. berthaultii is most closely located with S. tuberosum. Additional comparison of the chloroplast genome sequence with those of the five Solanum species revealed 25 SNPs specific to S. berthaultii. Based on these SNPs, six PCR-based markers for differentiating S. berthaultii from other Solanum species were developed. These markers will facilitate the selection of fusion products and accelerate potato breeding using S. berthaultii.

• Mycobiology
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• 제32권3호
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• pp.123-127
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• 2004

Sweet persimmons have been increasingly cultivated in the southern part of Korea. However, anthracnose disease caused by Colletotrichum species is one of the major hindrances in cultivation and productions. In this study, we used polymerase chain reaction(PCR) to detect Colletotrichum species with the AFLP(amplified fragment length polymorphism) method. In AFLP, we used E3(5'-GACTGCGTACCAATTCTA-3') and M1(5'-GATGAGTCCTGAGTAACAG-3') primer combination and, as a result, 262 bp segment was observed in Colletotrichum species only. Specific PCR primers were designed from the sequence data and used to detect the presence of the fungus in genomic DNA isolated from symptomless sweet persimmon plants. Based on sequence data for specific segments, Co.B1(5'-GAGAGAGTAGAATTGCGCTG-3') and Co.B2(5'-CTACCATTCTTCTA GGTGGG-3') were designed to detect Colletotrichum species. The 220 bp segment was observed in Colletotrichum species only, but not in other fungal and bacterial isolates.

• 한국축산식품학회지
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• 제30권3호
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• pp.403-409
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• 2010

Accurate methods for the identification of closely related species or breeds in raw and processed meats must be developed in order to protect both consumers and producers from mislabeling and fraud. This paper describes the development of DNA markers for the discrimination and improvement of Korean native pig (KNP) meat. The KIT gene is related to pig coat color and is often used as a candidate marker. A 538 bp fragment comprising intron 19 of the pig KIT gene was amplified by PCR using specific primers, after which the PCR amplicons of a number of meat samples from KNP and three major improved breeds (Landrace, Duroc and Yorkshire) were sequenced in order to find a nucleotide region suitable for PCR-RFLP analysis. Sequence data showed the presence of two nucleotide substitutions, g.276G>A and g.295A>C, between KNP and the improved pig breeds. Digestion of KIT amplicons with AccII enzyme generated characteristic PCR-RFLP profiles that allowed discrimination between meats from KNP and improved pig. KNP showed three visible DNA bands of 264/249, 199, and 75 bp, whereas DNA bands of 249, 199, and 90 bp were detected in the three improved pig breeds. Therefore, the 75 bp DNA fragment was specific only to KNP, whereas the 90 bp DNA fragment was specific to the improved breeds. The breed-specific DNA markers reported here that target the KIT gene could be useful for the identification of KNP meat from improved pig meats, thus contributing to the prevention of falsified breed labeling.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권5호
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• pp.806-811
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• 2007

Bacillus anthracis is a soil pathogen capable of causing anthrax that is closely related to several environmental species, including B. cereus, B. mycoides, and B. thuringiensis. DNA homology studies showed that B. anthracis, B. cereus, B. mycoides, and B. thuringiensis are closely related, with a high sequence homology. To establish a method to specifically detect B. anthracis in situations such as environmental contamination, we initially performed RAPD-PCR with a 10-mer random primer and confirmed the presence of specific PCR bands only in B. anthracis species. One region specific for B. anthracis was cloned and sequenced, and an internal primer set was designed to amplify a 241-bp DNA fragment within the sequenced region. The PCR system involving these specific primer sets has practical applications. Using lyses methods to prepare the samples for PCR, it was possible to quickly amplify the 241-bp DNA segment from samples containing only a few bacteria. Thus, the PCR detection method developed in this study is expected to facilitate the monitoring of environmental B. anthracis contamination.

• Food Science and Biotechnology
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• 제17권2호
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• pp.357-361
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• 2008

One of the major allergenic proteins in common buckwheat (Fagopyrum elculentum) was found to be a BW10KD. In this work, allergenic BW10KD genomic DNAs from the native common buckwheat 'Pyeongchang' and Tartarian buckwheat 'Clfa47' were cloned by polymerase chain reaction (PCR), and their nucleotide sequences were determined. In addition, a novel PCR assay targeting the allergenic BW10KD gene was developed to detect and differentiate both buckwheat species in food. The nucleotide sequences of the BW10KD genomic DNA from 'Pyeongchang' and 'Clfa47' were 94% identical. Base differences in the nucleotide sequences of the BW10KD genes are probably useful as a molecular marker for species-specific identification. The 'Pyeongchang'-specific primer set 154PF/400PR and the 'Clfa47'-specific primer set 154DF/253DR generated 247 and 100 bp fragments in singleplex PCR, respectively. A duplex PCR assay with 2 species-specific primer sets simultaneously differentiated the 'Pyeongchang' and 'Clfa47' in a single reaction. The PCR assay also successfully allowed for the rapid detection of buckwheat ingredients in foods.

• 한국수산과학회지
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• 제54권5호
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• pp.685-690
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• 2021

Harmful shell-boring species of the genus Polydora (Polychaeta: Spionidae) were frequently reported from commercially important mollusk species in Korea, Japan and China. The traditional approach based on the morphological characteristics showed limitations for species discrimination among shell-boring species. Therefore, DNA barcoding was adopted to identify Polydora species using molecular markers. Two Polydora species (P. haswelli and P. hoplura) in abalone shells were reported from our previous molecular phylogenetic study. In this study, we additionally reported the presence of shell-boring Polydora haswelli in commercially sold shellfish. The taxon-specific cox1 marker used in this study successfully allowed the isolation of P. haswelli from cockle Scapharca subcrenata, mussel Mytilus galloprovincialis, oyster Crassostrea gigas and scallop Argopecten irradians. Polydora hoplura was not found in these shellfish species. The genetic variations were found on the intraspecific level of P. haswelli and the same genotype was also detected in different shellfish species. This result can provide information on a new host and accurate parasitic Polydora species. Moreover, this report can be used as the biodiversity data of Polydora species on the invasion and transition of harmful Polydora species in mollusk aquaculture farms.