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Genetic Distinctness of Sorex caecutiens hallamontanus (Soricomorpha: Mammalia) from Jeju Island in Korea: Cytochrome Oxidase I and Cytochrome b Sequence Analyses

  • Koh, Hung-Sun;Jang, Kyung-Hee;In, Seong-Teak;Han, Eui-Dong;Jo, Jae-Eun;Ham, Eui-Jeong;Jeong, Seon-Ki;Lee, Jong-Hyek;Kim, Kwang-Seon;Kweon, Gu-Hee
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제28권3호
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    • pp.215-219
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    • 2012
  • To examine genetic divergences of two endemic Sorex caecutiens subspecies from Korea (S. c. hallamontanus in Korean Jeju Island and S. c. annexus in the mainland Korean Peninsula), we obtained partial cytochrome oxidase I (COI) sequences (429 bp) and complete cytochrome b sequences (1,140 bp) from the two Korean subspecies, and we compared these sequences to the corresponding sequences of S. caecutiens, obtained from GenBank. We found that Jeju S. c. hallamontanus is one of three clades within S. caecutiens, with an average Jukes-Cantor distance of 1.57% in the COI sequences and the distance of 2.07% and 11 fixed site differences in the cytochrome b sequences, indicating that Jeju S. c. hallamontanus is one endemic subspecies with concordant genetic distinctness, although further analyses with nuclear DNA sequences are necessary to confirm these findings. However, S. c. annexus from the mainland Korean Peninsula was not divergent from S. c. macropygmaeus from northeastern China and adjacent Russia, indicating that S. c. annexus from the mainland Korean Peninsula is another endemic subspecies with only morphological differences, although it is necessary to reexamine the subspecies status of S. c. annexus.

스프레드시트에 기초한 자연수 수열의 극한 연구 (Exploring the Limit of Natural Number Sequences Using Spreadsheet)

  • 김진환
    • 한국수학교육학회지시리즈E:수학교육논문집
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    • 제26권2호
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    • pp.205-220
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    • 2012
  • 이 연구에서는 수렴하는 자연 수 수열의 사례를 구성하는 것을 목표로 특별한 패턴의 자연수 수열을 찾아 연구하였다. 자연수 수열의 수렴과 관련하여 다음 두 가지를 조사 분석하였다. 첫째, 극한에 대한 일상의 언어지만 수학적 의미를 내포한 고등학교 직관적 정의를 자연수 수열의 수렴성에 대한 이해의 토대가 되는 상수 수열을 포함한 기본적인 수열들에 어떻게 적용하는지를 수학교육전공의 대학생을 중심으로 살펴보았다. 둘째, 자명하지 않으며 특수한 패턴을 가진 수렴하는 자연수 수열의 사례로 전자항의 각 자릿수의 제곱의 합이 후자항을 결정하는 자연수 수열들에서 찾았다. 이 수열들의 탐구를 위해 꼬리의 개념을 사용하였고, 지필의 환경에서 이 수열들의 극한과 관련된 속성들이 쉽게 관찰되지 않아 원활한 탐색을 위해 스프레드시트를 활용하였다. 여기서 스프레드시트는 실험과 관찰을 도모하고 수학적 패턴의 발견을 도울 뿐 아니라 추론과 증명을 뒷받침하는 자료 추출의 도구가 될 수 있다는 시사점올 준다.

Complete Genome Sequences of the Genomic RNA of Soybean mosaic virus Strains G7B and G5

  • Kim, Kook-Hyung;Lim, Won-Seok;Kim, Yul-Ho
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제19권3호
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    • pp.171-176
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    • 2003
  • The complete nucleotide sequences of the genomic RNAs of Soybean mosaic virus strains GS (SMV-G5) and G7H (SMV-G7H) were determined and compared with sequences of other SMV strains. Each viral RNA was determined to be 9588 nucleotides in length excluding the poly (A) tail and contained an open reading frame to encode a polyprotein subsequently processed into up to ten proteins by proteolytic cleavage. Com-parison of the amino acid sequences with those of other SMV strains showed high percentage of amino acid sequence homology with the same genome organization. The nucleotide and the deduced amino acid sequences between SMV-G5 and SMV-G7H were greater than 99% identity. When compared with those of other SMV strains in a phylogenetic analysis of the nucleotide and deduced amino acid sequences, they formed a distinct virus clade showing over 97% amino acid identity, but were more distantly related to the other potyvirus (44.1-69.6% identity). Interestingly, SMV G7H strain caused a severe mosaic or necrosis symptom in soybean cultivars including Jinpum-1, Jinpum-2, and Sodam, whereas, no symptom was observed in SMV-G5 inoculation. Complete nucleotide sequences of these strains will give clues for determining symptom determinant(s) in future research.

5-값 상호상관관계를 갖는 새로운 비선형 이진수열군의 설계와 선형스팬 분석 (Design and Analysis of Linear Span of A New Family of Non-linear Binary Sequences with 5-Valued Cross-Correlation Functions)

  • 최언숙;조성진;김한두
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제17권3호
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    • pp.619-626
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    • 2013
  • 여러 가지 디지털통신 시스템에서 많이 사용되고 있는 의사 난수열을 설계하는데 있어 가장 중요한 문제는 생성된 수열들 사이의 상호상관관계가 낮은 수열을 생성하는 것이다. 본 논문에서는 Gold 계열의 수열의 합성으로 이루어지는 새로운 이진수열군 $S^r=\{Tr_1^m\{[Tr_m^n(a{\alpha}^t+{\alpha}^{dt})]^r\}{\mid}a{\in}GF(2^n),\;0{\leq}t<2^n-1\}$를 제안하고 $d=2^{n-1}(3{\cdot}2^m-1)$일 때 상호상관관계 함숫값을 구한다. 여기서 n=2m이고 gcd(r, $2^m-1$)=1이다. 또한 특별한 r에 대하여 이진수열군 $S^r$의 선형스팬을 분석한다. 제안된 수열은 Gold 계열 수열의 확장이기도 하고 GMW수열의 확장이기도 하다.

비디오 프레임 영상을 이용한 자유 입체 모자이크 영상 제작에 관한 연구 (A Study on Generation of Free Stereo Mosaic Image Using Video Sequences)

  • 노명종;조우석;박준구
    • 한국측량학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.453-460
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    • 2009
  • 3차원 정보를 추출하기 위해서는 중복된 영역에 대하여 서로 다른 시야각을 가지고 있는 입체 영상이 존재하여야 하며, 비디오 프레임 영상에 있어서 입체 모자이크 영상은 연속적인 프레임 영상에서 좌우 슬라이스 영상을 추출하여 모자이킹 함으로써 제작할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 항공기에 탑재한 비디오카메라로 촬영한 영상의 활용성을 극대화하기 위하여 3차원 정보 추출이 가능한 입체 모자이크 영상을 제작하는데 목적을 두고 있다. 모자이크 영상을 제작하기 위해서는 인접한 비디오 프레임 영상간의 위치관계를 규명하기 위한 이동변수가 결정되어져야 하므로, 본 연구에서는 자유 모자이크 방법으로 GPS/INS 데이터 없이 인접한 프레임 영상간의 상호표정요소를 이용한 방법을 사용하였다. 이동변수를 결정 한 후, 영상등록, 영상 슬라이싱, 접합선 추출 및 3D 모자이킹 과정을 거쳐 최종적인 입체 모자이크 영상을 제작하였다. 본 연구의 결과로써 제작된 자유 입체 모자이크 영상과 그 적용 가능성을 분석하기 위하여 종시차와 횡시차를 분석하여 나타내었다.

임의의 심볼 집합 상의 수열의 선형복잡도와 GF(p)상의 특성다항식을 갖는 GF($p^k$)상의 수열 생성에 관한 연구 (Linear Complexities of Sequences over Unknown Symbol Sets and Constructions of Sequences over CF($p^k$) whose Characteristic Polynomials are over GF($p^{k}$ ))

  • Hong, Yun-Pyo;Eun, Yu-Chang;Kim, Jeong-Heon;Song, Hong-Yeop
    • 한국통신학회논문지
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    • 제28권5C호
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    • pp.443-451
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    • 2003
  • 본 논문에서는 임의의 심볼 집합 상의 수열의 선형복잡도를 정의한다. 또한 본 논문에서는 기저의 선택과 상관없이 자신의 GF($p^{k}$ ) 상의 R-tuple 수열이 자신과 같은 특성다항식을 갖는 $p^{R}$-ary 수열의 특성을 밝히며 이는 결과적으로 GF(p) 상의 특성다항식을 갖는 $p^{+}$ -ary 수열의 생성을 가능하게 한다. 마지막으로 심볼이 GF(p) 상의 R-tuple로 표현될 때 기저의 선택과 무관하게 유일한 특성다항식을 갖는 $p^{R}$-ary 수열의 특성을 밝힌다.

쌀 Glutelin 유전자군의 구조 및 발현조절 (Sturcture of the Rice Glutelin Multigene Family and Its Expression)

  • 황영수
    • 한국식물학회:학술대회논문집
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    • 한국식물학회 1987년도 식물생명공학 심포지움 논문집 Proceedings of Symposia on Plant Biotechnology
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    • pp.261-282
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    • 1987
  • Plants store a significant amount of their nitrogen, sulfur and carbon reserves as storage proteins in seed tissues. The major proteins present in rice seeds are the glutelins. Glutelins are initially synthesized at 4-6 days postanthesis and deposited into protein bodies via Golgi apparatus. Based on nucleic acid sequences and Southern blot analysis, the three isolated glutelin genomic clones were representative members of three gene subfamilies each containing 5 to 8 copies. A comparison of DNA sequences displayed by relevant regions of these genomic clones showed that two subfamilies, represented by clones, Gt1 and Gt2, were closely, related and probably evolved by more recent gene duplication events. The 5' flanking and coding sequences of Gt1 and Gt2 displayed at least 87% homolgy. In contrast, Gt3 showed little or no homolgy in the 5' flanking sequences upstream of the putative CAAT boxes and exhibited significant divergence in all other portions of the gene. Conserved sequences in the 5' flanking regions of these genes were identified and discussed in light of their potential regulatory role. The derived primary sequences of all three glutelin genomic clones showed significant homology to the legume 11S storage proteins indicating a common gene origin. A comparison of the derived glutelin primary sequences showed that mutations were clustered in three peptide regions. One peptide region corresponded to the highly rautable hypervariable region of legume peptide region of legume 11S storage proteins, a potential target area for protein modification. Expression studies indicated that glutelin mRNA transcripts are differentially accumulated during endosperm development. Promoterss of Gt2 and Gt3 were functional as they direct transient expression of chloramphenicol acetyltransferase in cultured plant cell.

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Vibrio 속 16S rRNA 유전자 염기서열의 이질성 분석 (Heterogeneity Analysis of the 16S rRNA Gene Sequences of the Genus Vibrio)

  • 기장서
    • 미생물학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.430-434
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    • 2009
  • 세균 16S rRNA 유전자 염기서열은 분자계통분류, 진화역사 규명, 미생물 검출 등 다양한 목적으로 이용되어 왔다. 세균 제놈(genome)은 multiple rRNA 오페론을 갖고 있으며, 이들 유전자 염기서열은 일부 변이가 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용하여 세포 내 16S rRNA의 이질성을 규명하였다. 분석은 GenBank 자료 중에서 제놈 염기서열 annotation이 완료된 V. cholerae, V. harveyi, V. parahaemolyticus, V. splendidus, V. vulnificus를 이용하여 실시하였다. Vibrio 속은 1번 염색체에 7~10개의 16S rRNA 유전자 copy를 갖고 있으며, 이들의 세포 내 유전자 변이는 0.9% 이하 상이성(99.1%이상 DNA 상동성)을 보였다. 2번 염색체에서는 16S rRNA 유전자가 1개 이하로 존재하였다. 유전체내 16S rRNA 유전형은 최소 5개(V. vulnificus #CMCP6)에서 최대 8개(V. parahaemolyticus #RIMD 2210633, V. harveyi #ATCC BAA-1116)로 조사되었다. 본 결과는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열이 높은 이질성을 갖는 것을 제시해 준다.

BSML 기반 능동 트리거 규칙을 이용한 염기서열정보관리시스템의 구현 (Implementation of an Information Management System for Nucleotide Sequences based on BSML using Active Trigger Rules)

  • 박성희;정광수;류근호
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제32권1호
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    • pp.24-42
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    • 2005
  • 유전체 서열을 포함하는 생물정보는 지속적으로 변화하며 이질적이고 다양하다는 특성을 갖는다. 이러한 생물 정보의 특성을 반영한 관리시스템이 요구되지만 현재 대부분의 기존 생물정보 데이타베이스는 생물 데이타에 대한 저장소로만 이용된다. 따라서 이 논문에서는 생물학 연구실 수준에서 시퀀싱 실험을 통해 생산되거나 다양한 공개용 데이타베이스로부터 수집된 염기 서열 데이타를 파일 포맷 변환, 편집, 저장 및 검색을 수행하는 서열정보관리 시스템을 제시한다. 이질적인 서열 포맷간의 파일 변환을 위하여 XML기반 BSML을 공통 포맷으로 이용한다. 서열 저장관리에서는 동일한 DNA 조각에 대한 서열 구성의 변경정보를 저장하기 위해 서열 버전을 정의하고 능동 트리거 규칙을 이용하여 변경 정보 검출 및 생성 방법을 보여준다. 트리거 기능을 이용하여 서열의 변경 정보를 자동적으로 데이타베이스에서 저장관리 할 수 있음을 보이고 성능을 평가하였다.

근로빈곤층의 빈곤이력과 노동경력 (Poverty Profiles and Job Sequences of the Working Poor)

  • 이주환;김교성
    • 사회복지연구
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    • 제44권3호
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    • pp.323-346
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    • 2013
  • 본 연구의 목적은 근로빈곤층이 경험한 빈곤이력에 따른 노동경력을 추적하여 총체적으로 파악하는데 있다. 이를 위해 한국노동패널 1-10차 년도의 결합자료를 이용하여 사건배열분석을 실시하였다. 분석의 결과, 일시빈곤층은 상대적으로 안정적인 노동경력을 공유하는데 반해, 반복빈곤층과 지속빈곤층은 불안정 저소득 저숙련의 일자리를 순환하는 특성을 보이며, 고용과 빈곤 간 상호연관성 기제가 약화되어 있다. 또한 근로빈곤층의 노동경력은 주로 상용직을 경험하는 유형, 임시 일용직을 경험하는 유형, 자영업을 지속하는 유형, 일자리 전환이 활발하다 상용직을 경험하는 유형과 자영업을 경험하는 유형 등의 5개 유형으로 구분된다. 빈곤이력에 따른 노동경력 유형의 상이한 경로가 관찰되며, 하위집단별 차별화된 정책적 개입이 요구된다.