• BMB Reports
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• 제34권6호
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• pp.559-565
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• 2001

Protein carboxyl O-methyltransferase (E.C.2.1.1.24) may play a role in the repair of aged protein that is spontaneously incorporated with isoaspartyl residues. The porcine brain carboxyl O-methyltransferase was cloned in the pET32 vector, and overexpressed in E.coh (BL21) that harbors pETPCMT, which encodes 227 amino acids, including tagging proteins at the N-terminus. The protein sequence of the cloned porcine brain PCMT (r-pbPCMT) shares a 98% identity with that of human erythrocyte PCMT and rat brain PCMT. It is 100% identical with that of bovine brain. The r-pbPCMT was purified using Ni-NTA affinity chromatography and digested by enterokinase in order to remove the protein tags. Then Superdex 75HR gel filtration chromatography was performed. The r-pbPCMT exhibited similar in vitro substrate specificities with the PCMT that was purified from porcine brain. The molecular weight of the enzyme was estimated to be 24.5 kDa on the SDS polyacrylamide gel electrophoresis. The $K_m$ value was $1.1{\times}10^{-7}\;M$ for S-adenosyl-L-methionine. S-adnosyl-L-homocysteine was a competitive type of inhibitor with the $K_i$ value of $1.38{\times}10^{-4}\;M$. The enzyme has optimal activity at pH 6.0 and $37^{\circ}C$. These results indicate that the expressed enzyme is functionally similar to the natural protein. It also suggests that it may be a suitable model to further understand the function of the mammalian enzyme.

• 정보처리학회논문지C
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• 제11C권3호
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• pp.301-308
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• 2004

전문가의 침입 분석 지식을 기반으로 한 Misuse IDS는 침입 탐지 비율은 우수하지만 도한 오경보를 생성하여 관리 효율성이 낮다. 우리는 패킷 정보 중심의 사례 기반 학습을 Misuse IDS와 결합하여 그 행동 특성에 따라 오경보를 줄이는 모형을 제안하고 실험하였다. 또 기존의 IBL(교stance Based Learner)을 개선한 XIBL(Extended Instance Based Learner)을 이용하여 Snort의 alarm을 패킷 수준에서 역 추적 분석하여, 그 alarm이 실제로 보내질 가치가 있는지를 검사한다. 실험 결과 진성경보와 오경보 사이에는 XIBL의 행동상 분명한 차이가 드러나며, 네트워크 상의 공격이 비록 여러 패킷의 결합된 형태로 나타나지만, 개별 패킷에 대한 정상/비정상 의사 결정도 Misuse IDS와 결합하면 전체 시스템의 성능을 향상하는 데에 기여할 수 있음을 실증적으로 보여주었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권11호
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• pp.1306-1318
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• 2009

The filamentous ascomycete Sclerotinia sclerotiorum is well known for its ability to produce a large variety of hydrolytic enzymes. Two $\alpha$-amylases ScAmy54 and ScAmy43 predicted to play an important role in starch degradation were showed to produce specific oligosaccharides essentially maltotriose that have a considerable commercial interest. Primary structure of the two enzymes was established by N-terminal sequencing, MALDI-TOF masse spectrometry and cDNA cloning. The two proteins have the same N-terminal catalytic domain and ScAmy43 derived from ScAmy54 by truncation of 96 amino acids at the carboxyl-terminal region. Data of genomic analysis suggested that the two enzymes originated from the same $\alpha$-amylase gene and that truncation of ScAmy54 to ScAmy43 occurred probably during S. sclerotiorum cultivation. The structural gene of Scamy54 consisted of 9 exons and 8 introns, containing a single 1,500-bp open reading frame encoding 499 amino acids including a signal peptide of 21 residues. ScAmy54 exhibited high amino acid homology with other liquefying fungal $\alpha$-amylases essentially in the four conserved regions and in the putative catalytic triad. A 3D structure model of ScAmy54 and ScAmy43 was built using the 3-D structure of 2guy from A. niger as template. ScAmy54 is composed by three domains A, B, and C, including the well-known $(\beta/\alpha)_8$ barrel motif in domain A, have a typical structure of $\alpha$-amylase family, whereas ScAmy43 contained only tow domains A and B is the first fungal $\alpha$-amylase described until now with the smallest catalytic domain.

• 생명과학회지
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• 제27권5호
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• pp.524-529
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• 2017

본 연구에서는 zebrafish에 인간의 KCNE1 유전자가 삽입된 형광단백질 vector를 microinjection하고, 그 발현 여부를 확인하고자 하였다. 먼저 양 말단에 제한효소(EcoRΙ, BamHΙ) site를 넣어 제작한 primer들로 genomic DNA에서 KCNE1 유전자를 분리하였다. 그 결과는 약 402 bp 크기의 DNA band였고 이 PCR 산물을 형광단백질 vector인 pPB-CMVp-EF1-GreenPuro 속에 클로닝하여 pPB-CMVp-hKCNE1-EF1-GreenPuro plasmid를 제작하였다. 이렇게 준비된 형광 vector를 zebrafish 수정란에 microinjection하였고, 부화된 치어에서 RT-PCR과 DNA sequencing을 통해 GFP 및 hKCNE1의 발현을 최종 확인하였다. 본 연구는 향후 QT 연장증후군(LQTs)에 대한 동물 모델로써 신경자극 전도, 유전자 치료, 유용 유전자 클로닝을 위한 기술 개발에 응용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제7권7호
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• pp.259-266
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• 2018

본 논문에서는 단어의 순서와 문맥을 고려하는 특징을 추출하여 순환신경망(Recurrent Neural Network)으로 문서를 분류하는 방법을 제안한다. 단어의 의미를 고려한 word2vec 방법으로 문서내의 단어를 벡터로 표현하고, 문맥을 고려하기 위해 doc2vec으로 입력하여 문서의 특징을 추출한다. 문서분류 방법으로 이전 노드의 출력을 다음 노드의 입력으로 포함하는 RNN 분류기를 사용한다. RNN 분류기는 신경망 분류기 중에서도 시퀀스 데이터에 적합하기 때문에 문서 분류에 좋은 성능을 보인다. RNN에서도 그라디언트가 소실되는 문제를 해결해주고 계산속도가 빠른 GRU(Gated Recurrent Unit) 모델을 사용한다. 실험 데이터로 한글 문서 집합 1개와 영어 문서 집합 2개를 사용하였고 실험 결과 GRU 기반 문서 분류기가 CNN 기반 문서 분류기 대비 약 3.5%의 성능 향상을 보였다.

• Journal of Microbiology
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• 제35권1호
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• pp.21-24
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• 1997

The hybrid peptides, CA-ME, CA-MA and CA-BO, with the N-terminal sequence 1-8 of cecropin A and the N-terminal sequences 1-12 of melittin, magainin 2 and bombinin, respectively, have more improved antibacterial activities. CA-MA was found to have stronger antifungal activity against Trichoderma sp than other hybrid peptides and their parental peptides. In order to elucidate the relationships between the peptide structure and antifungal activity, several analogues of CA-MA or CA-BO were also designed and synthesized by the solid phase method. An tifungal activity was measured against T. reesei and T. viride, and hemolytic activity was measured by a solution method against human red blood cells. The residue 16 of CA-MA, Ser, was found to be important for antifungal activity. When the residue was substituted with Leu, showed powerful antifungal activity was dramatically decreased. CA-MA, P1, P4 and P5 designed in this study showed powerful antifungal activity against T. reesei and T. viride with low hemolytic activity against human red blood cells. These hybrid peptides will be potentially useful model to further design peptides with powerful antifungal activity for the effective therepy of fungal infection and understand the mechanisms of antifungal actions of hybrid peptides.

• 정보처리학회논문지D
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• 제9D권3호
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• pp.337-344
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• 2002

최근에 그래프 타입의 자료에 대한 연구가 이루어지고 있다. 그 이유는 그래프가 지리정보시스템, 네트워크, WWW, 멀티미디어 프리젠테이션 등과 같은 영역의 문제들을 자연스럽게 표현할 수 있으며 자료 변화의 순서가 중요한 영역의 문제들도 자연스럽게 표현할 수 있기 때문이다. 이 논문에서는 방향 비순환 그래프로 표현되는 멀티미디어 프리젠테이션 그래프의 경로를 효과적으로 검색 처리하는 코드 시스템인 노드 코드 시스템을 제안한다. 노드 코스 시스템은 그래프의 각 노드마다 유일한 2진 문자열을 부여한다. 두 노드의 노드 코드를 비교하여 그래프 운행 없이 두 노드가 연결되어 있는지를 확인할 수 있다. 전통적인 그래프 운행을 이용한 방법보다 노드 코드 시스템의 이 특성을 이용하면 두 노드 사이의 경로의 건설을 효과적으로 할 수 있다. 노드 코드 시스템을 이용하여 경로를 건설할 수 있는 알고리즘을 제시한다.

• 한국습지학회지
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• 제17권2호
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• pp.113-117
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• 2015

최근 멸종위기식물인 조름나물의 보전과 복원을 위한 연구가 진행되지만, 조름나물의 위해인자에 대한 연구는 진행되지 않고 있다. 본 연구에서는 국내 최초로 실험 결과를 통해 조름나물에 대한 위해인자로서 주홍박각시의 생육 및 섭식 특성을 밝혔다. 6마리의 주홍박각시 애벌레를 대상으로 실험을 실시하였으며, 이들의 성장에 따른 몸무게 변화와 먹이 선호도, 조름나물 섭식량을 조사하였다. 주홍박각시 애벌레가 번데기로 용화하는 데는 약 27일이 소요되며, 그때의 몸무게는 4-7.5g이었다. 주홍박각시 애벌레의 먹이 선호도는 조름나물, 봉선화, 개머루, 담쟁이덩굴 순으로 나타났다. 애벌레 동안의 총 섭식량을 모델을 이용해 계산한 결과 11-30g으로 나타났다. 이는 조름나물 순군집 면적 $0.03-0.08m^2$에 해당한다. 본 연구를 통해 주홍박각시는 멸종위기종인 조름나물에 대한 잠재적인 위해인자임이 확인되었으며, 주홍박각시의 분포 범위를 고려할 때 멸종위기종인 조름나물의 보전과 복원 계획에 주홍박각시의 선제적 관리가 포함되어야 함을 제안한다.

• 한국정밀공학회지
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• 제17권8호
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• pp.134-139
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• 2000

In order to understand the removal mechanism and seek the optimal conditions. KrF excimer laser ablation of Cr films on glass substrates is investigated. The surface morphology of the laser-irradiated spot is examined by SEM. The measured single-shot ablation rate is found to be about two times the result of numerical analysis based on a surface vaporization model and heat conduction theory. Surface morphology examination indicates that the Cr film is removed by the sequence of melting-surface vaporization-,melt expulsion by plasma recoil and that the outmost ripple of the diffraction pattern gives a strong effect on the morphology of molten Cr during the melting and vaporization processes. To seek the optimal process parameters for micro patterning morphological investigation is carried out experimentally on samples having different chromium film thicknesses. Optimal processing conditions are determined to enhance the accuracy and quality of thin film removal for micro patterning.

• 정보처리학회논문지:컴퓨터 및 통신 시스템
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• 제1권1호
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• pp.11-20
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• 2012

스트림 데이터는 시간에 따라 연속적으로 변화하는 일련의 값들로 나타난다. 이러한 스트림 데이터의 특성상 다양한 시간 간격의 기준에 따라 계속적으로 그 동향이 달라질 수 있다. 이 때문에 스트림 데이터의 추세 예측은 간격이 갱신될 때 마다 연속적인 환경에서 여러 간격들을 기준으로 동시에 이루어지는 연속 다중 예측(Continuous Multiple Prediction, CMP)이 지원되어야 한다. 본 논문은 스트림 데이터의 연속 다중 예측을 효과적으로 지원하기 위하여, 신피질 학습 모델인 계층형 시간적 메모리(Hierarchical Temporal Memory, HTM) 모델을 확장하여 연속통합 HTM(Continuous Integrated HTM, CIHTM) 네트워크를 제안한다. 이를 위해 우리는 HTM 네트워크를 구성하는 기존 노드들 외에 새롭게 이동 벡터 파일 센서, 시공간 분류 노드, 다중 통합 노드를 고안하였다. 그리고 이들을 바탕으로 CIHTM 네트워크의 학습과 추론 알고리즘을 개발하였다.