• The Plant Pathology Journal
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• 제32권3호
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• pp.266-272
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• 2016

A bacterial tyrosine sulfotransferase, RaxST, is required for activation of rice XA21-mediated immunity, and it catalyzes sulfation of tyrosine residues of Omp1X and RaxX in Xanthomonas oryzae pv. oryzae, a causal agent of bacterial blight in rice. Although RaxST is biochemically well-characterized, biological functions of tyrosine sulfation have not been fully elucidated. We compared protein expression patterns between the wildtype and a raxST knockout mutant using shotgun proteomic analysis. Forty nine proteins displayed a more than 1.5-fold difference in their expression between the wildtype and the mutant strains. Clusters of orthologous groups analysis revealed that proteins involved in cell motility were most abundant, and phenotypic observation also showed that the twitching motility of the mutant was dramatically changed. These results indicate that tyrosine sulfation by RaxST is essential for Xoo movement, and they provide new insights into the biological roles of RaxST in cellular processes.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2005년도 추계학술발표회 요지
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• pp.280-281
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• 2005

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제33권3호
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• pp.209-222
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• 2006

애기 장대와 벼의 전체 게놈 염기서열 분석이 완료되었고, 다량의 EST 데이터가 많은 식물에서 이용 가능하게 되었다. 또한, 방대한 양의 다양한 생물학적 데이터들이 transcriptomics, proteomics, metabolomics와 같은 여러 '-omics' 기술에 의하여 만들어져 왔다. 생물정보학은 이런 방대한 양의 생물학적 데이터로부터 유용한 정보를 얻는데 필수적이고도 매우 중요한 역할을 수행한다. 이 총설에서, 우리는 대량의 데이터를 생성하는 실험적 방법들과, 식물 병 저항성과 분자 육종과 같은 식물 연구분야로의 응용, 그리고 식물 생명공학의 연구 개발에 유용한 생물정보학적 기술과. 인터넷 정보 사이트들을 소개하였다. 우리는 새로운 실험 방법들과 생물정보학적 분석 기술들이 식물 생명공학 발전에 중요하게 기여할 것으로 기대하고 있으며, 생물정보학은 식물 생명공학의 연구 개발에 있어서 결정적인 요소가 될 것이라 생각한다.

• 한국환경농학회지
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• 제32권1호
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• pp.48-54
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• 2013

수수 종자의 품종 간 특이적으로 발현하는 단백질을 동정하여 기능성 유전자를 확보하고 이들 유전자를 이용하여 수수의 기능성 강화 및 품종 판별 기술 개발을 위한 유용 유전자를 확보하고자 프로테오믹스 기법을 이용하여 수수 종자로부터 단백질을 추출하였다. 추출한 단백질을 이차원전기영동후, colloidal CBB 염색을 통해 품종 별로 발현에 차이를 보이는 단백질을 분석하였다. 총 652 개의 spot들 중에 8개의 단백질 spot들이 발현 정도에 변화를 보였으며, 이들 단백질을 MALDI-TOF/TOF MS와 MASCOT database를 통해 동정한 결과, RNA metabolism (spot 1, spot 4) HSP (spot 2), 저장 단백질 (spot 3, spot 5, spot 6), 산화-환원 (spot 8) 관련 단백질 등이 동정되었다. 특히 동정된 단백질은 주로 흰찰수수 (WCS)에서 발현 정도가 높게 나오는 경향을 보였으며, 흰찰수수 (WCS)에서 유일하게 발현 되는 단백질로 Cupin family protein, Gloubulin 등이 동정되었다. DEAD-box helicase는 흰찰수수 (WCS)를 제외한 나머지 세 품종에서 발현되었다. Ribonuclease T2와 Aldo-Keto reductase는 대풍수수 (DPS)를 제외한 나머지 세 품종에서 발현되었다. HSPs는 토종수수 (TJS)에서만 발현 되는 것을 확인하였다. 이들 동정된 단백질들은 수수의 품종 별 특성을 이해하는데 중요한 단서를 제공할 것으로 예측된다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제33권3호
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• pp.159-166
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• 2013

We have previously investigated the proteome changes of rice leaves under heat stress (Lee et al. in Proteomics 2007a, 7:3369-3383), wherein a group of antioxidant proteins and heat shock proteins (HSPs) were found to be regulated differently. The present study focuses on the biochemical changes and gene expression profiles of heat shock protein and antioxidant genes in rice leaves in response to heat stress ($42^{\circ}C$) during a wide range of exposure times. The results show that hydrogen peroxide and proline contents increased significantly, suggesting an oxidative burst and osmotic imbalance under heat stress. The mRNA levels of chaperone 60, HSP70, HSP100, chloroplastic HSP26, and mitochondrial small HSP responded rapidly and showed maximum expression after 0.5 or 2 h under heat stress. Transcript levels of ascorbate peroxidase (APX), dehydroascorbate reductase (DHAR) and Cu-Zn superoxide dismutase (Cu-Zn SOD) showed a rapid and marked accumulation upon heat stress. While prolonged exposure to heat stress resulted in increased transcript levels of monodehydroascorbate reductase, peroxidase, glyoxalase 1, glutathione reductase, thioredoxin peroxidase, 2-Cysteine peroxiredoxin, and nucleoside diphosphate kinase 1, while the transcription of catalase was suppressed. Consistent with their changes in gene expression, the enzyme activities of APX and DHAR also increased significantly following exposure to heat stress. These results suggest that oxidative stress is usually caused by heat stress, and plants apply complex HSP- and antioxidant-mediated defense mechanisms to cope with heat stress.

• 한국작물학회지
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• 제60권1호
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• pp.33-40
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• 2015

재배환경에 따른 단백질 발현을 이차원전기영동을 이용하여 단백질 발현양상을 확인하고 이미지 분석을 통하여 단백질 발현 정도를 수치화하여 비교 분석한 결과, 재배환경에 따른 단백질 발현 양상은 전반적으로 매우 유사하였으며, 주요 단백질의 발현에는 차이가 없었다. 하지만 논과 밭, 즉 재배환경은 단백질의 발현 정도에는 영향을 미치는 것을 확인 할 수 있었다. 공시품종들 중에서 백천콩은 다른 세 품종과는 다르게 논에서 단백질 발현 정도가 밭에서의 단백질 발현 정도보다 높았다. 이 결과로 보아 품종마다 재배환경에 따른 단백질의 발현 정도에 차이가 있는 것으로 사료된다. 향후, 단백질 총 함량을 재배환경에 따라 비교하고 또한 질량분석을 통하여 증가 또는 감소되는 단백질의 기능을 확일 할 필요가 있다고 사료된다.