• Korean Journal of Acupuncture
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• 제23권3호
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• pp.133-160
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• 2006

Objectives : Scolopendrae Corpus has a broad array of clinical applications in Korean medicine, including treatment of inflammatory conditions such as arthritis. To explore the global gene expression profiles in human Raw cell lines treated with Scolopendrae Corpus herbal-acupuncture solution (SCHAS), cDNA microarray analysis was performed. Methods : The Raw 264.7 cells were treated with lipopolysaccharide (LPS), SCHAS, or both. The primary data was normalized by the total spots of intensity between two groups, and then normalized by the intensity ratio of reference genes such as housekeeping genes in both groups. The expression ratio was converted to log2 ratio. Normalized spot intensities were calculated into gene expression ratios between the control and treatment groups. Greater than 2 fold changes between two groups were considered to be of significance. Results : Of the 8 K genes profiled in this study, with a cut-off level of two-fold change in the expression, 20 genes (BCL2-related protein A1, MARCKS-like 1, etc.) were upregulated and 5 genes (activated RNA polymerase II transcription cofactor 4, calcium binding atopy-related autoantigen 1, etc.) downregulated following LPS treatment. 139 genes (kell blood group precursor (McLeod phenotype), ribosomal protein S7, etc.) were upregulated and 42 genes (anterior gradient 2 homolog (xenopus laevis), phosphodiesterase 8B, etc.) were downregulated following SCHAS treatment. And 10 genes (yeast saccharomyces cerevisiae intergeneic sequence 4-1, mitogen-activated protein kinase 1, etc.) were upregulated and 8 genes (spermatid perinuclear RNA binding protein, nuclear receptor binding protein 2, etc.) were downregulated following co-stimulation of SCHAS and LPS. Discussions : It is thought that microarrays will play an ever-growing role in the advance of our understanding of the pharmacological actions of SCHAS in the treatment of arthritis. But further studies are required to concretely prove the effectiveness of SCHAS.

• 한국임상수의학회지
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• 제28권5호
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• pp.516-518
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• 2011

한국 황새복원센터에서 사육중인 황새의 정상 장내 세균총을 검사하기 위한 조사를 실시하였다. 44마리의 건강한 황새의 총배설강으로부터 44개의 분변시료를 채취하여 호기 및 혐기조건에서 배양하였다. 배양된 미생물의 16Sribosomal RNA 및 heat shock protein 60 유전자의 염기서열을 조사하였다. 호기조건 하에서는 Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Bacillus spp., Enterococcus avium, Enterococcus gallinarum, Pseudomonas spp., Alcaligenes spp., Enterobacter spp., Corynebacterium spp., Proteus mirabilis가 동정되었다. 혐기조건 하에서는 E. coli, Clostridium tertium, En. faecalis, P. mirabilis가 동정되었다. 모든 시료에서 E. coli, En. faecalis 혹은 두 가지 모두가 분리되었다. 이러한 정상 황새의 장내 미생물 정보는 향후 분변 배양 결과의 해석에 도움이 될 것으로 판단된다.

• 대한상부위장관⦁헬리코박터학회지
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• 제18권4호
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• pp.277-279
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• 2018

전 세계적으로 Helicobacter pylori의 항생제 내성률은 지속적으로 증가하고 있으며, 기존의 제균 치료에 실패한 H. pylori 감염 환자들에 대한 효과적인 구제요법(rescue therapy)의 필요성 역시 증가하고 있다. 이 연구는 두 개 기관, 공개, 평행 그룹, 무작위 배정 연구로서 불응성 H. pylori 감염 환자들의 구제요법으로 유전자형 내성을 기반한 치료(genotype resistance-guided therapy)와 경험적 치료(empirical therapy) 중 어느 것이 보다 효과적인지를 비교하고자 하였다. 2012년 10월부터 2017년 9월까지 20세 이상의 불응성 H. pylori 감염 환자들을 대상으로 하였으며, 불응성 H. pylori 감염은 과거 두 종류 이상의 H. pylori 제균 치료를 받았음에도 불구하고 H. pylori 제균에 실패한 환자들로 정의하였다. 이들에게서 한 군은 14일간의 유전자형 내성을 기반한 순차 치료(n=21 in trial 1, n=205 in trial 2)를, 다른 한 군은 환자들의 과거 제균 치료 종류를 감안한 14일간의 경험적 순차 치료(n=20 in trial 1, n=205 in trial 2)를 시행하였다. 순차 치료법은 첫 7일은 esomeprazole 40 mg과 amoxicillin 1 g을 하루 두 번 복용한 다음, 나머지 7일은 esomeprazole 40 mg과 metronidazole 500 mg, 그리고 1) levofloxacin 250 mg 또는 2) clarithromycin 500 mg 또는 3) tetracycline 500 mg을 하루 두 번 복용하는 것으로 구성하였다. 23S ribosomal RNA (rRNA)나 gyrase A에 대한 내성 관련 돌연변이 여부는 direct sequencing을 통한 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR) 검사를 이용하였고, 제균 성공 여부는 요소호기검사를 통해 확인하였다. 일차 결과 지표는 치료 방법에 따른 제균율로 정하였다. Trial 1에서는 tetracycline 대신 doxycycline 100 mg을 사용하였는데, 제균 성공률이 유전자형 내성을 기반한 치료군에서는 17명(81%), 경험적 치료군에서는 12명(60%)으로 나타났다(P=0.181). 하지만, 다른 순차 치료군들과 비교하였을 때, doxycycline을 포함한 순차 치료군의 제균율이 현저히 낮은 것으로 나타나서(15/26, 57.7%) doxycycline을 포함한 순차 치료법은 종결하기로 하고, trial 2부터는 doxycycline 대신 tetracycline으로 교체하여 연구를 지속하였다. Trial 2의 intention-to-treat (ITT) 분석 결과, 유전자형 내성을 기반한 치료군에서는 160/205명(78%), 경험적 치료군에서는 148/205명(72.2%)으로 두 그룹 간의 통계적인 제균율의 차이는 보여주지 못하였다(P=0.170). 부작용 및 환자 순응도에서도 양 군 간의 의미 있는 차이는 없었다. 따라서, 두 종류 이상 H. pylori 제균 치료에 실패한 환자들이라고 할지라도 기존의 제균 치료력을 바탕으로 적절한 경험적 치료를 시행하는 것은 유전자형 내성을 기반한 치료 정도의 효과는 있으며 접근성, 비용, 환자들의 선호도 등의 여러 가지 부가적인 사항들을 고려할 때, 제균 치료력을 고려한 경험적 치료는 간단한 수준의 유전자형 내성을 기반한 치료의 대안으로 받아들여질 수 있을 것으로 제안하였다.

• 생명과학회지
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• 제29권1호
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• pp.84-89
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• 2019

신규 항세균물질을 탐색하는 사전조사에서 몇몇 분리균주들이 그람양성 세균과 그람음성 세균 모두에 항균활성을 보이며, 심지어 methicillin내성 Staphylococcus aureus (MRSA)에도 항균활성을 나타내었다. 이들 균주 중에서 한 균주가 표현형과 계통분석을 이용하여 특히 16S 리보좀 RNA 유전자 염기서열에 기초하여 Pseudomonas aeruginosa로 동정되었다. BCNU 1204 균주의 항균물질은 King's medium B (pH 7.0)에서 $35^{\circ}C$의 온도 조건으로 4일 배양 후 가장 최대로 생산되었다. 항균물질을 각종 유기용매로 분획한 결과, P. aeruginosa BCNU 1204의 dichloromethane (DCM)분획과 ethylacetate (EA) 분획이 그람 양성 세균에 강력한 항균활성을 보였으며, 특히 ethylacetate (EA) 분획이 methicillin내성 Staphylococcus aureus (MRSA)에 대하여 강한 항균활성을 나타내었다. Recycling preparative LC와 preparative TLC 로 활성물질 하나(분획 5-2)를 분리하여 GC-MS 분석한 결과 phenazine 화합물에 속하는 phenazine-1-carboxylic acid 로 동정하였다. 그리고 MRSA 균주에 대한 최소저해농도(minimum inhibitory concentration, MIC)가 MRSA균주인 CCARM 3089, 3090, 3091 그리고 3095 균주에 대하여 각각 $25{\mu}g/ml$, $50{\mu}g/ml$, ${\geq}25{\mu}g/ml$ 그리고 ${\geq}50{\mu}g/ml$ 임을 확인하였다. 그러므로 P. aeruginosa BCNU 1204 분리균주는 항 MRSA 항생물질을 개발하기 위한 잠재 가치가 높은 생물자원으로 기대되며, P. aeruginosa BCNU 1204 균주로부터 리더 화합물을 획득하기 위한 보다 많은 연구가 요구된다.

• 생명과학회지
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• 제32권3호
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• pp.249-255
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• 2022

대사는 생존과 번식에 필수적이다. 2020년에 업그레이드된 COG (cluster of orthologous proteins) 데이터베이스에는 "pathways" 항목이 있다. 본 연구에서는 COG pathways를 이용하여 1,309개의 원핵생물의 대사 경로를 분석하였다. 63개의 대사경로와 관련된 822개의 COG가 있었고, 각 분류단위의 대사관련 COG의 평균은 200.50개(phylum Mollicutes)에서 527.07개(phylum Cyanobacteria)의 사이였다. MPCR을 대사경로구성율(하나의 게놈에 존재하는 COG 수 / 각 대사 경로를 구성하는 COG의 총 수)로 정의하였다. MPCR이 100%인 대사경로의 수는 원핵생물에 따라 0에서 26의 범위였다. 다수의 원핵생물에서 100% MPCR인 대사경로는 세포벽 합성과 관련된 murein biosynthesis (922종), glycine cleavage (918종), ribosome 30S subunits (903종) 등이었다. MPCR이 0%인 대사경로(종의 수)는 photosystem I (1,263종), A/V (archaea/vacuolar)-type ATP synthase (1,028종) 및 Na⁺-translocation NADH dehydrogenase (976종) 등이었다. 원핵생물에 따라 3~49개의 대사경로를 전혀 수행할 수 없었다. MPCR의 보존성이 높은 대사경로의 순서는 ribosome 30S subunit (1,309종의 96.1%), murein biosynthesis (86.8%), arginine biosynthesis (80.4%), serine biosynthesis (80.3%) 및 aminoacyl-tRNA synthetases (82.2%) 등이었다. 단백질과 세포벽 합성이 원핵생물에서 중요한 대사경로인 것을 알 수 있었다. 본 연구의 결과와 원핵생물 사이의 대사경로와 관련된 COG는 항생제 및 인공세포의 개발 등에 활용될 수 있을 것이다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제38권5호
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• pp.541-549
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• 2022

Potato late blight caused by Phytophthora infestans is a destructive disease in Korea. To elucidate the genomic variation of the mitochondrial (mt) genome, we assembled its complete mt genome and compared its sequence among different haplotypes. The mt genome sequences of four Korean P. infestans isolates were revealed by Illumina HiSeq. The size of the circular mt genome of the four major genotypes, KR_1_A1, KR_2_A2, SIB-1, and US-11, was 39,872, 39,836, 39,872, and 39,840 bp, respectively. All genotypes contained the same 61 genes in the same order, comprising two RNA-encoding genes, 16 ribosomal genes, 25 transfer RNA, 17 genes encoding electron transport and ATP synthesis, 11 open reading frames of unknown function, and one protein import-related gene, tatC. The coding region comprised 91% of the genome, and GC content was 22.3%. The haplotypes were further analyzed based on sequence polymorphism at two hypervariable regions (HVRi), carrying a 2 kb insertion/deletion sequence, and HVRii, carrying 36 bp variable number tandem repeats (VNTRs). All four genotypes carried the 2 kb insertion/deletion sequence in HVRi, whereas HVRii had two VNTRs in KR_1_A1 and SIB-1 but three VNTRs in US-11 and KR_2_A2. Minimal spanning network and phylogenetic analysis based on 5,814 bp of mtDNA sequences from five loci, KR_1_A1 and SIB-1 were classified as IIa-6 haplotype, and isolates KR_1_A2 and US-11 as haplotypes IIa-5 and IIb-2, respectively. mtDNA sequences of KR_1_A1 and SIB-1 shared 100% sequence identity, and both were 99.9% similar to those of KR_2_A2 and US-11.

• 한국어류학회지
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• 제36권3호
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• pp.288-294
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• 2024

2023년 8월 한국 제주도 남부 해역에서 참서대과에 속하는 Symphurus longirostris의 치어 1개체가 채집되었다. Mitochondrial DNA 16S rRNA 영역의 염기서열 475 base pairs를 분석한 결과, 이 표본은 일본의 S. longirostris 완모식표본과 일치하였으며(Kimura-2-parameter distance, d=0.002), 동속의 보섭서대, S. orientalis (d=0.199)와는 잘 구분되었다. 이 종의 치어는 등지느러미와 뒷지느러미 기저부에 1열의 흑색소포를 가지며, 등지느러미 기저의 흑색소포는 등지느러미 13~14번째 기조 부근에서 끊어져 있다. 또한, 복강의 가장 등쪽은 청흑색을 띤다. 국내 분포하는 보섭서대와는 지느러미 기조 수, 척추골 수 등의 계수형질과 유안측 복강 위쪽의 흑색소포군의 유무에서 잘 구분된다. 본 종은 일본의 Wakasa Bay 및 Tosa Bay에서 보고되었으며, 이번 연구를 통해 한국 제주 남부 해역에서도 출현하는 것을 확인할 수 있었다. 본 연구는 우리나라에서 처음으로 확인된 S. longirostris의 기록이며, 본 종에 대한 새로운 국명으로 "긴코보섭서대"를 제안한다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제49권9호
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• pp.977-982
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• 2006

목 적 : M. pneumoniae는 기도 점막의 상피세포에서 증식하면서 호흡기 질환을 일으키며 기관지 천식의 발생이나 악화와 관계된다고 알려져 있다. IL-6은 급성 염증을 유도하는 사이토카인으로 B 세포의 분화에 관여하며 Th2 염증반응을 촉진시키며, IL-8은 기도에서 염증부위로의 세포이동을 매개하는 케모카인으로 알레르기 염증 반응에 밀접한 관련을 가진다. 기도 상피세포에서 생성되는 NO는 기도 염증과 기도과민성의 조절에 중요하다. VEGF는 천식에서 기도개형에 주된 역할을 담당한다. 본 연구에서는 기관지 상피세포에 M. pneumoniae를 감염시켰을 때 IL-6, IL-8, NO 및 VEGF의 발현을 살펴보았다. 방 법 : M. pneumoniae를 기관지 상피 세포주인 A549 세포에 감염시킨 후 여러 시간 간격으로 배양하여 세포와 배양 상층액을 수거하였다. 면역 형광 염색과 M. pneumoniae 16S ribosomal RNA gene의 oligonucleotide primers를 이용한 중합효소 연쇄반응을 시행하여 감염을 확인하였다. IL-6, IL-8, VEGF 단백질 생성은 ELISA kit를 이용하여 정량하였고, NO는 Griess 반응을 이용하여 측정하였다. 역전사 중합효소 연쇄반응을 이용하여 IL-6, IL-8, VEGF의 mRNA 발현을 관찰하였다. 결 과 : 기관지 상피세포에 M. pneumoniae를 감염시킨 후 시간이 지남에 따라 IL-6, IL-8, NO, VEGF의 생성이 증가하였고, IL-6, IL-8, VEGF mRNA 발현이 증가됨을 관찰하였다. 결 론 : M. pneumoniae 감염은 IL-6, IL-8, NO, VEGF 등의 매개물질의 발현을 증가시켜 기관지 천식의 알레르기 염증반응에 관여할 것으로 사료된다.

• 한국어류학회지
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• 제33권4호
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• pp.226-239
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• 2021

좀볼락 (Sebastes minor), 세줄볼락 (Sebastes trivittatus), 황볼락 (Sebastes owstoni) 및 노랑볼락 (Sebastes steindachneri)은 한국 동해 중부 이북해역에 서식하는 동해안 특산 어종이다. 이들 동해안 특산 볼락류의 분자진화를 이해하기 위하여 좀볼락과 세줄볼락의 미토콘드리아 유전체 (미토게놈)를 해독하였고, 한반도 주변 해역에 출현하는 16종 볼락의 미토게놈과 비교하였다. 좀볼락 및 세줄볼락의 미토게놈 전체 크기는 각각 16,408 bp 및 16,409 bp이었으며, 37개의 유전자 (13개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 리보솜 RNA 유전자 및 22개의 tRNA 유전자)와 1개의 비암호화 영역으로 이루어져 있었다. 동해안 특산 볼락에 속하는 좀볼락, 세줄볼락, 황볼락 및 노랑볼락의 미토게놈을 분석한 결과, 유전체 구조, 뉴클레오티드 구성, 유전자 배열 등에서 매우 유사한 특징을 가지고 있었다. 또한 비암호화 영역인 조절영역에 잘 보존된 "ATGTA" 모티프(motif) 2개가 존재하는 것이 확인되었고, 특정 염기서열의 반복(tandem repeats)은 발견되지 않았다. 이들 동해안 특산 볼락류 4종의 미토게놈 염기서열 간에 차이는 단백질 코딩 유전자 영역보다 조절영역에서 더 큰 것으로 나타났다. 한반도 주변 해역에 출현하는 볼락속 어류의 미토게놈 정보를 이용하여 분자계통학적 유연관계를 분석한 결과, 16종의 볼락을 4개의 클러스터(cluster)로 그룹화할 수 있었고, 이 중에서 동해안 특산 볼락류 4종은 3개의 클러스터에 속해 있었다. 황볼락(S. owstoni)은 흰꼬리볼락(S. longispinis), 우럭볼락(S. hubbsi), 개볼락(S. pachycephalus), 황점볼락(S. oblongus), 황해볼락 (S. koreanus), 조피볼락 (S. schlegelii) 및 탁자볼락(S. taczanowskii)과 동일한 클러스터에 속하고, 세줄볼락 (S. trivittatus)은 누루시볼락 (S. vulpes)과 동일한 유전적 분기군으로 나타났다. 동해안 특산 볼락류 4종 중에서 좀볼락(S. minor)과 노랑볼락(S. steindachneri)은 동일한 클러스터로 분류되어 유연관계가 가장 높은 것으로 나타났다. 본 연구의 결과는 한국 동해 중부해역에 서식하는 볼락류의 진화양상을 이해하거나, Sebastidae 어류의 유전적 진화연구에 유용한 정보로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.