• 제목/요약/키워드: restriction map.

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Perception-based analytical technique of evacuation behavior under radiological emergency: An illustration of the Kori area

  • Kim, Jeongsik;Kim, Byoung-Jik;Kim, Namhun
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제53권3호
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    • pp.825-832
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    • 2021
  • A simulation-based approach is proposed to study the protective actions taken by residents during nuclear emergencies using cognitive findings. Human perception-based behaviors are not heavily incorporated in the evacuation study for nuclear emergencies despite their known importance. This study proposes a generic framework of perception-based behavior simulation, in accordance with the ecological concept of affordance theory and a formal representation of affordance-based finite state automata. Based on the generic framework, a simulation model is developed to allow an evacuee to perceive available actions and execute one of them according to Newton's laws of motion. The case of a shadow evacuation under nuclear emergency is utilized to demonstrate the applicability of the proposed framework. The illustrated planning algorithm enables residents to compute not only prior knowledge of the environmental map, but also the perception of dynamic surroundings, using widely observed heuristics. The simulation results show that the temporal and spatial dynamics of the evacuation behaviors can be analyzed based on individual perception of circumstances, while utilizing the findings in cognitive science under unavoidable data restriction of nuclear emergencies. The perception-based analysis of the proposed framework is expected to enhance nuclear safety technology by complementing macroscopic analyses for advanced protective measures.

Evaluation of the classification method using ancestry SNP markers for ethnic group

  • Lee, Hyo Jung;Hong, Sun Pyo;Lee, Soong Deok;Rhee, Hwan seok;Lee, Ji Hyun;Jeong, Su Jin;Lee, Jae Won
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제26권1호
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    • pp.1-9
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    • 2019
  • Various probabilistic methods have been proposed for using interpopulation allele frequency differences to infer the ethnic group of a DNA specimen. The selection of the statistical method is critical because the accuracy of the statistical classification results vary. For the ancestry classification, we proposed a new ancestry evaluation method that estimate the combined ethnicity index as well as compared its performance with various classical classification methods using two real data sets. We selected 13 SNPs that are useful for the inference of ethnic origin. These single nucleotide polymorphisms (SNPs) were analyzed by restriction fragment mass polymorphism assay and followed by classification among ethnic groups. We genotyped 400 individuals from four ethnic groups (100 African-American, 100 Caucasian, 100 Korean, and 100 Mexican-American) for 13 SNPs and allele frequencies that differed among the four ethnic groups. Additionally, we applied our new method to HapMap SNP genotypes for 1,011 samples from 4 populations (African, European, East Asian, and Central-South Asian). Our proposed method yielded the highest accuracy among statistical classification methods. Our ethnic group classification system based on the analysis of ancestry informative SNP markers can provide a useful statistical tool to identify ethnic groups.

Mapping of Quantitative Trait Loci for Yield and Grade Related Traits in Peanut (Arachis hypogaea L.) Using High-Resolution SNP Markers

  • Liang, Yuya;Baring, Michael R.;Septiningsih, Endang M.
    • Plant Breeding and Biotechnology
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    • 제6권4호
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    • pp.454-462
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    • 2018
  • Yield and grade are the key factors that affect production value of peanut. The objective of this study was to identify QTLs for pod yield, hundred-seed weight, and total sound mature kernel (TSMK). A total of 90 recombinant inbred lines, derived from Tamrun OL07 and a breeding line Tx964117, were used as a mapping population and planted in Brownfield and Stephenville, Texas. A genetic map was developed using 1,211 SNP markers based on double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRAD-seq). A total of 10 QTLs were identified above the permutation threshold, three for yield, three for hundred-seed weight and four for TSMK, with LOD score values of 3.7 - 6.9 and phenotypic variance explained of 12.2% - 35.9%. Among those, there were several QTLs that were detected in more than one field experiment. The commonly detected QTLs in this study may be used as potential targets for future breeding program to incorporate yield and grade related traits through molecular breeding.

CURVES WITH MAXIMAL RANK, BUT NOT ACM, WITH VERY HIGH GENERA IN PROJECTIVE SPACES

  • Ballico, Edoardo
    • 대한수학회지
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    • 제56권5호
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    • pp.1355-1370
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    • 2019
  • A curve $X{\subset}\mathbb{P}^r$ has maximal rank if for each $t{\in}\mathbb{N}$ the restriction map $H^0(\mathcal{O}_{\mathbb{P}r}(t)){\rightarrow}H^0(\mathcal{O}_X(t))$ is either injective or surjective. We show that for all integers $d{\geq}r+1$ there are maximal rank, but not arithmetically Cohen-Macaulay, smooth curves $X{\subset}\mathbb{P}^r$ with degree d and genus roughly $d^2/2r$, contrary to the case r = 3, where it was proved that their genus growths at most like $d^{3/2}$ (A. Dolcetti). Nevertheless there is a sector of large genera g, roughly between $d^2/(2r+2)$ and $d^2/2r$, where we prove the existence of smooth curves (even aCM ones) with degree d and genus g, but the only integral and non-degenerate maximal rank curves with degree d and arithmetic genus g are the aCM ones. For some (d, g, r) with high g we prove the existence of reducible non-degenerate maximal rank and non aCM curves $X{\subset}\mathbb{P}^r$ with degree d and arithmetic genus g, while (d, g, r) is not realized by non-degenerate maximal rank and non aCM integral curves.

교통운영 개선을 통한 도로교통소음 저감 대안별 효과분석 (An Analysis of Effect on Road Traffic Noise Reduction Substitute through Traffic Management Improved)

  • 김형철;정재훈;장승일;김흥만
    • 한국음향학회지
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    • 제27권8호
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    • pp.403-410
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    • 2008
  • 급속한 도시인구의 증가와 교통량증가로 도로변 주거지역의 소음문제가 날로 심각해지고 있다. 본 연구에서는 도로교통량과 건축물의 위치와 형태를 고려한 소음수준을 평면적, 입체적으로 예측한다. 소음현황수준을 기초로 하여 소음원인 차량의 속도제어와 차종별 통행제한을 통한 변화치를 비교하여 개선방안을 도출하고자 한다. 분석결과 건물의 입체적분석보다 평면적 분석에서 소음환경기준치를 초과하는 면적의 비율이 높았고 주간보다 야간의 초과비율이 높게 나타났다. 개선방안은 하나의 방안을 실시했을 때보다 여러가지의 개선방안을 조합한 경우에 저감효과가 높게 나타났다.

Helicobacter pylori Strain 51 (Korean Isolate): Ordered Overlapping BAC Library, Combined Physical and Genetic Map, and Comparative Analysis with H. pylori Strain 26695 and Strain J99

  • KANG HYUNG-LYUN;LEE WOO-KON;SONG JAE-YOUNG;CHOI SANG-HAENG;PARK SEONG-GYU;RYU BOK-DEOK;LEE EUN-JOO;KIM JI-SUN;PARK JEONG-UCK;BAIK SEUNG-CHUL;CHOI MYOUNG-BUM;YOUN HEE-SHANG;KO GYUNG-HYUCK
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제15권4호
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    • pp.844-854
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    • 2005
  • We constructed a defined physical and genetic map of H. pylori strain 51, previously isolated from a Korean patient with a duodenal ulcer, by combining a restriction analysis by pulse-field gel electrophoresis with the construction of a BAC library. A Notl-digest of H. pylori strain 51 genome yielded seven fragments, from which the genomic size was estimated to be 1,698$\pm$24 kb. The BAC library was constructed from 50 to 200 kb fragments of HindIII-digested genomic DNA. From 700 BAC clones, an ordered overlapping maxi-set of 82 BAC clones was assembled that covered the entire genome. The positions of 15 genes were localized in the strain 51 genome with 4-22 kb of resolution and were compared with their orthologues in strain 26695 and strain J99. The arrangement of the 15 genes was identical in strain 51 and strain J99, except for flaA and hpaA. The plasticity zone of strain 51, like that of strain J99, was located in the single region, and was shorter than those of strain 26695 and strain J99. The strain 51 plasticity zone consisted of ORFs common only to strain 51 and J99 or to strain 51 and 26695, as well as strain 51-specific ORFs. Three genetic translocations and/or inversions were found between orthologue ORFs in strain 51 and strain J99. These results show that the chromosomal organization of strain 51 differs from Western strains such as strain 26695 and strain J99.

Genotyping-by-sequencing 기법을 이용한 사시나무(Populus davidiana) 유전연관지도 작성 및 양적형질 유전자좌 탐색 (Construction of Genetic Linkage Map and Identification of Quantitative Trait Loci in Populus davidiana using Genotyping-by-sequencing)

  • 김수비;김양길;이다영;이혜진;강규석
    • 한국산림과학회지
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    • 제112권1호
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    • pp.40-56
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    • 2023
  • 사시나무속 수종은 생장이 빠르고 우수한 탄소흡수 능력을 보여주며, 환경정화 효과가 큰 수종으로 이상기후 및 환경오염 문제에 대응하는 기후적응성 품종개발 및 육종집단 조성에 적합하다. 따라서 유전연관지도 작성 및 양적형질 유전자좌 탐색을 통하여 포플러 육종을 신속하게 진행할 수 있을 것이다. 본 연구에서는 차세대 염기서열 분석기술 방법인 genotyping-by-sequencing 기법을 이용해 인공교배 차대에 대한 고밀도 유전연관 지도를 작성하였다. 또한 사시나무의 수고와 근원경 생장 그리고 해충피해에 대한 회복력 형질을 조사하여 유전연관지도에 위치한 양적형질 유전자좌를 탐색하였다. 서울대학교 학술림에 조성된 사시나무 4년생 육종집단(오대19 × 봉현4 인공교배 차대집단)에서 수고 및 근원경 생장을 조사하였으며, 식엽성 해충인 꼬마버들재주나방 유충의 피해를 받은 후 이에 대해 회복 능력을 조사하였다. 잎 시료의 DNA 추출 후 5개 microsatellite 마커를 이용하여 유전자형을 확인하였으며 친자로 확인된 개체만을 연구재료로 사용하였다. 친자 확인이 완료된 시료의 DNA는 제한효소를 이용해 절단하였으며, 이렇게 얻은 DNA 조각들은 GBS 라이브러리로 제작하여 염기서열을 분석하였다. 분석된 결과는 Populus trichocarpa를 참조유전체로 하여 정렬하였다. 정렬된 SNP 마커는 총 58,040개였으며, 그 가운데 17,755개의 SNP 마커를 유전연관지도 작성에 사용하였다. 유전연관지도는 19개의 연관군으로 나누어졌으며, 전체 길이는 2,129.54 cM으로 나타났다. 조사된 세 가지 형질에 대한 양적형질 유전자좌 분석을 실시한 결과, 수고와 근원경 생장과 연관된 양적형질 유전자좌는 찾을 수 없었으나 전장유전체연관연구(GWAS)를 통하여 4번 연관군(염색체)에 해충피해 회복력과 관련이 있을 것으로 추정되는 유전자를 확인하였다.

SIFT와 신경망을 이용한 학습 기반 차량 번호판 검출 (Learning-based Detection of License Plate using SIFT and Neural Network)

  • 홍원주;김민우;오일석
    • 전자공학회논문지
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    • 제50권8호
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    • pp.187-195
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    • 2013
  • 차량 번호판 검출의 기존 연구들은 대부분 높은 성능을 얻기 위해 영상 획득 환경을 제한한다. 본 논문은 제약사항이 적은 환경에서 다양한 종류의 차량 번호판을 검출하기 위해 SIFT와 신경망을 이용한 새로운 방법을 제안한다. SIFT는 영상의 크기, 회전 변화에 불변하는 지역특징으로서 처리해야 할 환경이 고정되지 않은 경우에도 분별력이 뛰어나다. 영상에서 추출한 SIFT를 번호판 내부의 것(내부 부류)과 외부의 것(외부 부류)으로 나누어 2부류 분류기를 학습한다. 분류기는 신경망을 사용하며, 찾고자 하는 번호판의 종류를 학습 집합에 포함하는 것으로 다양한 종류의 번호판을 동일한 알고리즘으로 검출할 수 있다. 제안하는 방법은 입력 영상에서 지역특징을 추출하고 미리 학습한 분류기로 번호판 내부 부류를 가려낸다. 분류기의 성능이 높지 않더라도 분류 결과 내부 부류는 번호판 내부에 밀집하여 나타나고 번호판 외부에서는 흩어져 나타난다. 이러한 특성을 이용해 지역특징 맵을 만들고, 이 맵에서 임계값 이상인 전역 최댓값을 번호판 영역으로 검출한다. 다양한 환경에서 데이터 베이스를 수집하고 지역특징 분류와 번호판 검출 알고리즘을 실험한다. 지역특징을 분류기로 분류한 결과 정인식률은 97.1%, 정확률은 62.0%, 재현율은 50.2%를 보였다. 정인식률에 비해 정확률과 재현율은 낮았지만, 번호판 검출 결과 98.6%의 높은 검출 성능을 보였다.

영상 처리를 이용한 암석 절리 궤적의 추적 (Rock Joint Trace Detection Using Image Processing Technique)

  • 이효석;김재동;김동현
    • 터널과지하공간
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    • 제13권5호
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    • pp.373-388
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    • 2003
  • 불연속면의 기하학적 특성 조사는 일반적으로 조사자가 암반 노출면에서 직접 측정 작업을 수행하여 자료를 획득한다. 이러한 방법은 조사 범위에 대한 제약이 있을 수 있고, 자료의 획득과 처리에 많은 비용과 시간을 소요하게 되는 단점이 있다. 이를 극복하기 위하여 디지털 영상 분석은 현장 측정에 대한 대안적인 방법으로 제시될 수 있으며, 자동화된 측정과 분석을 제공한다는 장점이 있다. 본 연구는 디지털 사진기에 의해 촬영된 암반 노출면 영상으로부터 절리의 궤적을 인식하기 위한 목적으로 수행되었으며. 결과적으로 부존하는 절리맵을 자동화된 방법으로 작성하고자 하였다. 이를 위하여 개발된 해석 과정은 Media cybernetic사의 ImagePro Plus ver 4.1의 매크로 명령을 사용하여 프로그램으로 작성하였다. 본 연구에서 수행된 영상처리 과정은 영상처리, 절리 인식, 절리 궤적 추적 단계로 구분된다. 영상 처리 단계는 암반 사면 영상에 나타나는 노이즈를 제거하거나 완화시키기 위한 단계로서 영상 필터들을 조합하여 적용하였다. 절리 인식단계는 암반과 절리의 명도차에 의한 국부적인 절리 궤적을 인식하는 과정이다, 인식된 절리는 절리 궤적 추적 단계에서 수치적 의사 결정이 가능한 구조로 재구성된 후 서로 연결되어 절리맵으로 완성된다. 암반 사면의 원 영상과 이러한 영상 처리 알고리즘에 의한 일련의 과정을 거쳐 작성된 절리맵을 비교한 결과, 75~80% 정도의 불연속면들이 인식된 것으로 나타났다. 본 연구와 관련하여 앞으로는 절리 궤적 추적에 더욱 적합한 영상을 획득하기 위한 영상 필터의 조합부분과 절리 궤적의 연결과정에서 seed pixel을 자동적으로 선택할 수 있는 부분을 보다 집중적으로 연구할 필요가 있을 것으로 생각한다.

Bacillus licheniformis 포도당 이성화 효소 유전자의 Excherichia coli에 발현 (Expression of Glucose Isomerase Gene from Bacillus licheniformis in Escherichia coli.)

  • 신명교;고영희
    • 미생물학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.138-146
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    • 1985
  • 포도당 이성화효소를 coding는 Bacillus licheniformis ATCC31667의 유전자를 Escherichia coli LE 392-6에 클로닝하였다. Bacillus lieheniformis 염색체 DNA를 분리하고 제한효소인 Pst I.HindIII, Sal 1, EcoR 1, BamH1으로 절단한 후 운반제 plasmid인 pBR332에 연결하고 포도당 이성화효소 negative인 E. coli LE 3926-6에 형질전환하였다. 이중 E채꺄 제한효소를 사용한 것만이 glucose isomerase positive로 전환되어 xylose를 유일 탄소원으로 하여 성장하였다. 이 제조합 plasmid를 제한효소로 처리하여 본 결과 4.1Kb의 Bacillus licheniformisdb전자가 옮겨 졌음을 확인했고 여기에 제한효소 HindII와 Puv II의 절단위치가 확인되어 제한요소 지도를 작정하였다. 이 재조합 plasmid pBGI6는 연속계대 10일 후에도 매우안정하게 유지되었다. 한편 포도당 이정화 효소의 안정을 측정하여 본 바 야생숙주에 비해 약 20배의 증가를 나타냈다.

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