• 제목/요약/키워드: rDNA spacer region

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Isolation and Identification of Three Newly Reported Ascomycete Fungal Species Isolated from Soil in Korea

  • Mohammad Hamizan Azmi;Seong-Keun Lim;Seok-Jin Park;Min-Gyeong Song;Jun-Soo Cha;Seung-Yeol Lee;Hee-Young Jung
    • 한국균학회지
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    • 제52권2호
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    • pp.97-108
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    • 2024
  • In this study, three fungal isolates belonging to the phylum Ascomycota under classes Leotiomycetes, Eurotiomycetes, and Sordariomycetes were isolated from soil in Korea. These species were designated as KNUF-22-003, KNUF-22-005, and KNUF-20-NI016, respectively, and identified based on their phylogenetic relationships and morphological characteristics. The isolates were confirmed through molecular phylogenetic analyses of their internal transcribed spacer (ITS) region, 28S rDNA large subunit (LSU), and actin (ACT1 ) gene sequences. Cultural and morphological characteristics of strains KNUF-22-003, KNUF-22-005, and KNUF-20-NI016 were matched with Chaetomella oblonga CBS110.78T, Oidiodendron chlamydosporicum CBS403.69T, and Sarocladium subulatum CBS217.35T, respectively. To the best of our knowledge, this is the first report on C. oblonga, O. chlamydosporicum, and S. subulatum in Korea.

먹물버섯류(Coprinus spp.)의 ITS II 영역 염기서열에 의한 유연관계 분석 (Genetic Relationships of Coprinus spp. on the Basis of Sequences in ITS II Region)

  • 박동석;고승주;김양섭;석순자;송재경;여윤수;류진창;성재모
    • 한국균학회지
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    • 제27권1호통권88호
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    • pp.27-31
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    • 1999
  • 먹물버섯속(Coprinus spp.)의 분자 생물학적 분류 가능성을 모색하기 위해 rDNA의 cluster중 ITS II영역을 PCR 증폭하여 염기서열을 밝혔다. 이들의 ITS II 영역은 $253{\sim}275$ 염기쌍으로 이루어져 있었으며 균주간 ITS II염기서열의 유사도는 $50.3{\sim}100%$로 나타났다. 이들의 염기서열을 이용해 분류도를 작성한 결과, Singer의 형태적 분류체계와 거의 유사한 결과를 보였으나 이들 그룹의 기준종(type species)인 C. comatus는 기타 종들과의 유사도에서 50% 수준의 저조한 상동성을 보여 주었다. 이와 같은 결과로 볼 때 이 종은 기존의 다수 학자들이 보고한 단일 계통진화를 해온 속이란 점에서는 다소 의문점을 남기었고, ITS II 영역은 종내 변이는 없는 것으로 보여지며 종내의 균주간의 변이가 밝혀진 그룹에 대해서는 종에 대한 재검토가 필요하다고 본다.

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New Species of the Genus Metschnikowia Isolated from Flowers in Indonesia, Metschnikowia cibodasensis sp. nov.

  • Sjamsuridzal, Wellyzar;Oetari, Ariyanti;Nakashima, Chiharu;Kanti, Atit;Saraswati, Rasti;Widyastuti, Yantyati;Ando, Katsuhiko
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권7호
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    • pp.905-912
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    • 2013
  • A novel species, Metschnikowia cibodasensis, is proposed to accommodate eight strains (ID03-$0093^T$, ID03-0094, ID03-0095, ID03-0096, ID03-0097, ID03-0098, ID03-0099, and ID03-0109) isolated from flowers of Saurauia pendula, Berberis nepalensis, and Brunfelsia americana in Cibodas Botanical Garden, West Java, Indonesia. The type strain of M. cibodasensis is ID03-$0093^T$ (= NBRC $101693^T$ =UICC $Y-335^T$ = BTCC-$Y25^T$). The common features of M. cibodasensis are a spherical to ellipsoidopedunculate shaped ascus, which contains one or two needle-shaped ascospores, and lyse at maturity. Asci generally develop directly from vegetative cells but sometimes from chlamydospores. The neighbor-joining tree based on the D1/D2 domain of nuclear large subunit (nLSU) ribosomal DNA sequences strongly supports that M. cibodasensis (eight strains) and its closest teleomorphic species, M. reukaufii, are different species by a 100% bootstrap value. The type strain of M. cibodasensis, ID03-$0093^T$, differed from M. reukaufii NBRC $1679^T$ by six nt (five substitutions and one deletion) in their D1/D2 region of nLSU rDNA, and by 18 nt (five deletions, four insertions, and nine substitutions) in their internal transcribed spacer regions of rDNA, respectively. Four strains representative of M. cibodasensis (ID03-$0093^T$, ID03-0095, ID03-0096, and ID03-0099) showed a mol% G+C content of $44.05{\pm}0.25%$, whereas that of M. reukaufii NBRC $1679^T$ was 41.3%. The low value of DNA-DNA homology (5-16%) in four strains of M. cibodasensis and M. reukaufii NBRC $1679^T$ strongly supported that these strains represent a distinct species.

참싸리 겹둥근무늬병균 Grovesinia moricola 동정 (Identification of Grovesinia moricola Causing Zonate Leaf Spots on Lespedeza cyrtobotrya in Korea)

  • 박지현;정복남;이상현;신현동
    • 한국균학회지
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    • 제48권1호
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    • pp.69-74
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    • 2020
  • 2017년 9월 춘천의 오봉산에서 참싸리 잎에 겹둥근무늬가 생기고 조기낙엽이 일어나는 등 큰 피해가 발견되었다. 병든 잎의 뒷면에는 원뿔형의 흰색 포자과가 다수 발견되었다. 2019년 9월 횡성의 태기산에서도 참싸리 잎에서 유사한 증상이 발견되었다. 이러한 증상에서 발견된 포자과의 형태적 특징으로 보아 이 곰팡이는 Grovesinia moricola와 일치하였다. 확보된 두 균주(KACC48417 및 KACC48934)의 ITS rDNA 염기서열 분석을 통해 동정을 확인하였다. 이 곰팡이의 병원성은 상대습도 100%와 15±2℃의 조건에서 인공접종을 통하여 확인하였다. 이는 한국에서 참싸리와 G. moricola의 관계를 연구한 최초의 보고이다.

경기도 연천비무장지대 근역에서 분리한 국내 미기록 Eupenicillium, Mortierella, Trichoderma 진균 종 보고 (Undescribed Fungal Species of Eupenicillium, Mortierella, and Trichoderma Isolated in the Vicinity of Demilitarized Zone in Yeoncheon-gun, Gyeonggi-do, Korea)

  • 안금란;김지은;오윤석;이경민;진협;김민욱;김준영;김성환
    • 한국균학회지
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    • 제46권4호
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    • pp.359-367
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    • 2018
  • 비무장지대 일원의 진균 다양성을 연구하기 위한 일환으로 경기도 연천군 마전리에 있는 산과 황진리에 있는 임진강변에서 11가지 식물체 시료와 토양시료 2개를 채집하여 진균을 분리 동정하였다. 그 결과 총 18속 23종의 진균을 확인하였다. 이 중 Eupenicilliumsaturniforme, Mortierellasclerotiella, M. sossauensis, M. verticillate, Trichoderma hispanicum등 5종의 진균이 국내에 보고가 되어있지 않는 미기록 종이었다. 본 연구에서 이들의 형태적, 분자적 특성을 기술하였다.

동해안 자생식물로부터 분리된 내생균류의 식물생장촉진활성 및 동정 (Plant growth-promoting activity and identification of endophytic fungi isolated from native plant in East coast)

  • 유영현;진용주;강상모;오세종;이명철;김종국
    • 미생물학회지
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    • 제51권1호
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    • pp.14-20
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    • 2015
  • 동해안에 자생하는 해안식물인 개질경이를 채집하였고, 뿌리로부터 형태적으로 다른 내생균류 20균주를 선발하였다. 개질경이 뿌리에 공생하는 내생균류의 ITS-rDNA 염기서열을 분석하였으며, 분리된 내생균류의 유연관계는 Bayesian 프로그램을 이용하여 계통분석을 하였다. 모든 내생균류의 농축배양여과액을 난장이벼에 처리하여 식물생장촉진활성을 스크리닝하였고, 분리된 균류 중에서 E/PC/10/1 균주가 생장촉진활성이 우수한 것으로 확인되었다. E/PC/10/1 균주의 배양여과액을 HPLC와 GC/MS-SIM을 이용하여 분석한 결과, 식물호르몬인 지베렐린 $GA_1$, $GA_3$, $GA_4$가 정량분석 되었다. 그리고 E/PC/10/1 균주의 명확한 동정을 위하여, beta-tubulin 유전자 염기서열을 이용한 분자적인 방법과 현미경을 이용한 형태적인 방법으로 동정하였다. 최종적으로 E/PC/10/1 균주는 GAs을 생산하는 새로운 P. spinulosum으로 동정되었다.

Erysiphe abeliicola에 의한 꽃댕강나무 흰가루병 발생 (Occurrence of Powdery Mildew Caused by Erysiphe abeliicola on Glossy Abelia in Korea)

  • 조성은;박지현;이승규;이상현;신현동
    • 식물병연구
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    • 제18권2호
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    • pp.133-138
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    • 2012
  • 2009년 11월에 서귀포에서 꽃댕강나무 흰가루병을 발견하였다. 이어 제주, 부산, 통영 등 남부지방에서도 추가적으로 발견되었다. 흰색의 균체가 잎, 어린 줄기, 꽃을 감염하여 관상가치를 떨어뜨렸으며, 발병이 지속되면 잎 앞면의 병환부는 적자색으로 변하였다. 이 흰가루병균의 형태적 특징과 분자적 분석을 통하여 이 곰팡이는 Erysiphe abeliicola U. Braun & S. Takam.로 동정되었다. 무성세대의 분류학적 특징은 이 연구를 통하여 처음으로 기재되는데, 균사의 굴곡형 부착기와 분생포자경의 짧은 기부세포가 특징적이었다. 성숙한 자낭구의 분류학적 특징은 앞선 일본의 기재와 거의 일치하였다. 우리나라 시료에서 rDNA ITS 영역의 염기서열을 처음으로 분석하여 이 종이 Erysiphe속의 Microsphaera절에 속함을 밝혔으며, 이는 형태적 특징과 상응하는 결과였다. 이로써 우리나라에서 E. abeliicola에 의한 꽃댕강나무 흰가루병을 처음으로 보고하고, 꽃댕강나무가 이 흰가루병균의 기주로 확인된 것은 세계적으로 처음이다.

Insecticidal Activity of Ethyl Acetate Extracts from Culture Filtrates of Mangrove Fungal Endophytes

  • Abraham, Silva;Basukriadi, Adi;Pawiroharsono, Suyanto;Sjamsuridzal, Wellyzar
    • Mycobiology
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    • 제43권2호
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    • pp.137-149
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    • 2015
  • In the search for novel potent fungi-derived bioactive compounds for bioinsecticide applications, crude ethyl acetate culture filtrate extracts from 110 mangrove fungal endophytes were screened for their toxicity. Toxicity tests of all extracts against brine shrimp (Artemia salina) larvae were performed. The extracts with the highest toxicity were further examined for insecticidal activity against Spodoptera litura larvae and acetylcholinesterase (AChE) inhibition activity. The results showed that the extracts of five isolates exhibited the highest toxicity to brine shrimp at 50% lethal concentration ($LC_{50}$) values of 7.45 to 10.24 ppm. These five fungal isolates that obtained from Rhizophora mucronata were identified based on sequence data analysis of the internal transcribed spacer region of rDNA as Aspergillus oryzae (strain BPPTCC 6036), Emericella nidulans (strains BPPTCC 6035 and BPPTCC 6038), A. tamarii (strain BPPTCC 6037), and A. versicolor (strain BPPTCC 6039). The mean percentage of S. litura larval mortality following topical application of the five extracts ranged from 16.7% to 43.3%. In the AChE inhibition assay, the inhibition rates of the five extracts ranged from 40.7% to 48.9%, while eserine (positive control) had an inhibition rate of 96.8%, at a concentration of 100 ppm. The extracts used were crude extracts, so their potential as sources of AChE inhibition compounds makes them likely candidates as neurotoxins. The high-performance liquid chromatography profiles of the five extracts differed, indicating variations in their chemical constituents. This study highlights the potential of culture filtrate ethyl acetate extracts of mangrove fungal endophytes as a source of new potential bioactive compounds for bioinsecticide applications.

Genetic and Biochemical Characterization of Monokaryotic Progeny Strains of Button Mushroom (Agaricus bisporus)

  • Kwon, Hyuk Woo;Choi, Min Ah;Yun, Yeo Hong;Oh, Youn-Lee;Kong, Won-Sik;Kim, Seong Hwan
    • Mycobiology
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    • 제43권1호
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    • pp.81-86
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    • 2015
  • To promote the selection of promising monokaryotic strains of button mushroom (Agaricus bisporus) during breeding, 61 progeny strains derived from basidiospores of two different lines of dikaryotic parental strains, ASI1038 and ASI1346, were analyzed by nucleotide sequencing of the intergenic spacer I (IGS I) region in their rDNA and by extracellular enzyme assays. Nineteen different sizes of IGS I, which ranged from 1,301 to 1,348 bp, were present among twenty ASI1346-derived progeny strains, while 15 different sizes of IGS I, which ranged from 700 to 1,347 bp, were present among twenty ASI1038-derived progeny strains. Phylogenetic analysis of the IGS sequences revealed that different clades were present in both the ASI10388- and ASI1346-derived progeny strains. Plating assays of seven kinds of extracellular enzymes (${\beta}$-glucosidase, avicelase, CM-cellulase, amylase, pectinase, xylanase, and protease) also revealed apparent variation in the ability to produce extracellular enzymes among the 40 tested progeny strains from both parental A. bisporus strains. Overall, this study demonstrates that characterization of IGS I regions and extracellular enzymes is useful for the assessment of the substrate-degrading ability and heterogenicity of A. bisporus monokaryotic strains.

Botryosphaeria dothidea에 의한 오미자 줄기마름병 (Twig Blight on Chinese Magnolia Vain Caused by Botryosphaeria dothidea in Korea)

  • 박상규;김승한;이승열;백창기;강인규;정희영
    • 식물병연구
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    • 제22권1호
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    • pp.44-49
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    • 2016
  • 2015년 6월에 경북 문경시에서 재배하는 오미자에서 줄기마름증상이 발생하였다. 발병 초기에는 잎의 선단 부위부터 위축되면서 고사현상이 발생하였고, 병이 진행됨에 따라 줄기를 거쳐 식물체 전체가 고사하였으며 주변으로 전염되었다. 감염된 줄기에서 병원균을 분리배양하여 배양적, 형태적 특징을 관찰한 결과 해당 병원균은 Botryosphaeria속에 속하는 것으로 나타났으며, 인공접종에 의한 병원성 검정에서도 동일한 병징을 나타내었다. 병원균의 정확한 동정을 위해 ITS 영역과 ${\beta}$-tubulin, EF1-${\alpha}$ 유전자의 염기서열을 복합적으로 사용한 염기서열 분석을 수행하였으며, 분석 결과 오미자의 줄기마름 증상을 일으키는 원인균은 B. dothidea로 동정되었다. 지금까지 국내에서 B. dothidea에 의한 오미자의 병이 보고되지 않았기에 본 연구를 통해 국내 처음으로 B. dothidea에 의한 오미자 줄기마름병을 보고한다.