Park, Chi-Hyun;Ahn, Jae-Gyoon;Yoon, Young-Mi;Park, Sang-Hyun
The KIPS Transactions:PartD
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v.18D
no.2
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pp.89-100
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2011
The CNV (Copy Number Variation) which is one of the genetic structural variations in human genome is closely related with the function of gene. In particular, the genome-wide association studies for genetic diseased persons have been researched. However, there have been few studies which infer the genetic function of CNV with normal human. In this paper, we propose the analysis method to reveal the functional relationship between common CNV and genes without considering their genomic loci. To achieve that, we propose the data integration method for heterogeneity biological data and novel measurement which can calculate the correlation between common CNV and genes. To verify the significance of proposed method, we has experimented several verification tests with GO database. The result showed that the novel measurement had enough significance compared with random test and the proposed method could systematically produce the candidates of genetic function which have strong correlation with common CNV.
Objectives : The root of Salvia miltiorrhiza, known as 'Dansam (DS, 丹參)', is used for and treating cardiovascular diseases based on its efficacy of promoting blood circulation and breaking through a blood stasis. In this study, we would like to see if DS could be effectively used for stroke from the perspective of network pharmacology. Methods : The analysis was conducted using Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP) database to derive the main active compounds of DS and identify the mechanism of each compound acting on the human body. The networks between compounds, target protein and disease were expressed through Cytoscape. Protein-protein interaction (PPI) analysis was performed using STRING database. Results : Fifty two active compounds of DS were identified by screening the ingredients of DS through TCMSP. Based on the networks of these compounds with target protein and disease, it can be said that DS might be effective for preventing and treating stroke. PPI result showed that adrenergic receptor has many interactions among proteins, indicating its significance in stroke pathway. Conclusion : In this study, we derived target proteins and target diseases of DS that could be used in study of stroke. However, since it is uncertain if these targets can be controlled by DS extracts or not, we would like to confirm the results with further animal experiments.
Phloem network integrates cellular energy status into post-embryonic growth, and development by tight regulation of carbon allocation. Phloem development involves complicated coordination of cell fate determination, cell division, and terminal differentiation into sieve elements (SEs), functional conduit. All of these processes must be tightly coordinated, for optimization of systemic connection between source supplies and sink demands throughout plant life cycle, that has substantial impact on crop productivity. Despite its pivotal role, surprisingly, regulatory mechanisms underlying phloem development have just begun to be explored, and we recently identified a novel translational regulatory network involving RNA G-quadruplex and a zinc-finger protein, JULGI, for phloem development. From this perspective, we further discuss the role of RNA G-quadruplex on post-transcriptional control of phloem regulators, as a potential interface integrating spatial information for asymmetric cell division, and phloem development.
International Journal of Fuzzy Logic and Intelligent Systems
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v.10
no.4
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pp.314-318
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2010
Predicting Alpha-helicies, Beta-sheets and Turns of a proteins secondary structure is a complex non-linear task that has been approached by several techniques such as Neural Networks, Genetic Algorithms, Decision Trees and other statistical or heuristic methods. This project introduces a new machine learning method by combining Bayesian Inference with offline trained Multilayered Perceptron (MLP) models as the likelihood for secondary structure prediction of proteins. With varying window sizes of neighboring amino acid information, the information is extracted and passed back and forth between the Neural Net and the Bayesian Inference process until the posterior probability of the secondary structure converges.
Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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2011.05a
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pp.347-348
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2011
단백질 상호작용 네트워크에 대한 분석은 거시적인 생물학적 현상을 이해하는 하나의 수단으로써 보편적인 연구방법으로 활용하고 있다. 매우 복잡한 단백질 상호작용 네트워크로부터 유용한 정보를 도출하는 연구의 일환으로 우리는 단백질 네트워크에 있는 단백질들이 KEGG 경로에 있는 생체대사와의 연관성을 분석하였다. 여기서 구축된 네트워크를 KEGG 경로 흐름 네트워크로 명명하고 두 네트워크 사이의 연관성을 분석하였다. 이를 위해 피루브산 탈수소 효소 및 알파-케토글루탐산 탈수소 효소 2차 상호작용 네트워크의 전체 단백질 목록을 기반으로 각각의 KEGG 경로들을 추출하였다. 각 KEGG 경로들에 나타난 단백질들을 통해 KEGG 경로 흐름 네트워크를 구축하였고 이 흐름 네트워크에 포함된 단백질의 분류를 통하여 유용한 정보를 추출하였다.
MatR in Rhizobium trifolii is a malonate-responsive transcription factor that regulates the expression of genes, matABC, enabling decarboxylation of malonyl-CoA into acetyl-CoA, synthesis of malonyl-CoA from malonate and CoA, and malonate transport. According to an analysis of the amino acid sequence homology, MatR belongs to the GntR family The proteins of this family have two-domain folds, the N-terminal helix-turn-helix DNA-binding domain and the C-terminal ligand-binding domain. In order to End the malonate binding site and amino acid residues that interact with RNA polymerase, a site-directed mutagenesis was performed. Analysis of the mutant MatR suggests that Arg-160 might be involved in malonate binding, whereas Arg-102 and Arg-174 are critical for the repression activity by interacting with RNA polymerase.
Han Dong-Soo;Jung Suk-Hoon;Lee Choon-Oh;Jang Woo-Hyuk
Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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2005.11b
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pp.274-276
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2005
본 논문에서는 단백질 상호작용 네트워크의 복잡성을 제어하고 생물학자가 자신이 설정한 조건을 만족시키는 환경에서 추가적인 다양한 제약 조건을 가하면서 원하는 상호작용 네트워크를 구성하고 조작할 수 있도록 지원하는 Constraints Based Dynamic Protein Interaction Network 이라는 새로운 개념의 단백질 상호작용 네트워크를 소개한다. 본 기법에서는 기존의 단백질 상호작용 네트워크에서 주로 사용하는 단백질 상호작용 정보뿐 아니라 단백질 상호작용에 영향을 미칠 수 있는 개개 단백질의 물리 화학적 특성 및 위치 정보와 상호작용의 환경 정보도 단백질 상호작용 네트워크 구성에 활용한다. 제안된 네트워크상에서 생물학자는 단백질 상호작용 네트워크 구성 조건을 변경하거나 얻어진 네트워크에 변경을 가하면서 점차 자신이 원하는 의미 일은 대사경로 모델을 찾거나, 제약조건의 다양한 조작을 통하여 생물학적 실험을 통하여 얻어진 대사모델의 유효성을 검증하는 것도 가능하다.
The publication of genetic epidemiology meta-analyses has increased rapidly, but it has been suggested that many of the statistically significant results are false positive. In addition, most such meta-analyses have been redundant, duplicate, and erroneous, leading to research waste. In addition, since most claimed candidate gene associations were false-positives, correctly interpreting the published results is important. In this review, we emphasize the importance of interpreting the results of genetic epidemiology meta-analyses using Bayesian statistics and gene network analysis, which could be applied in other diseases.
Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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2003.10a
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pp.164-169
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2003
In this paper, we propose the integrated Bayesian network framework to reconstruct genetic regulatory networks from genome expression data. The proposed model overcomes the dimensionality problem of multivariate analysis by building coherent sub-networks from confined gene clusters and combining these networks via intermediary points. Gene Shaving algorithm is used to cluster genes that share a common function or co-regulation. Retrieved clusters incorporate prior biological knowledge such as Gene Ontology, pathway, and protein protein interaction information for extracting other related genes. With these extended gene list, system builds genetic sub-networks using Bayesian network with MDL score and Sparse Candidate algorithm. Identifying functional modules of genes is done by not only microarray data itself but also well-proved biological knowledge. This integrated approach can improve there liability of a network in that false relations due to the lack of data can be reduced. Another advantage is the decreased computational complexity by constrained gene sets. To evaluate the proposed system, S. Cerevisiae cell cycle data [1] is applied. The result analysis presents new hypotheses about novel genetic interactions as well as typical relationships known by previous researches [2].
Background: CTLA4 (CD152), which is expressed on the surface of T cells following activation, has a much higher affinity for B7 molecules comparing to CD28, and is a negative regulator of T cell activation. In contrast to stimulating and agonistic capabilities of monoclonal antibodies specific to CTLA-4, CTLA4Ig fusion protein appears to act as CD28 antagonist and inhibits in vitro and in vivo T cell priming in variety of immunological conditions. We've set out to confirm whether inhibition of the CD28-B7 costimulatory response using a soluble form of human CTLA4Ig fusion protein would lead to persistent inhibition of alloreactive T cell activation. Methods: We have used CHO-$dhfr^-$ cell-line to produce CTLA4Ig fusion protein. After serum free culture of transfected cell line we purified this recombinant molecule by using protein A column. To confirm characterization of fusion protein, we carried out a series of Western blot, SDS-PAGE and silver staining analyses. We have also investigated the efficacy of CTLA4Ig in vitro such as mixed lymphocyte reaction (MLR) & cytotoxic T lymphocyte (CTL) response and in vivo such as experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), graft versus host disease (GVHD) and skin-graft whether this fusion protein could inhibit alloreactive T cell activation and lead to immunosuppression of activated T cell. Results: In vitro assay, CTLA4Ig fusion protein inhibited immune response in T cell-specific manner: 1) Human CTLA4Ig inhibited allogeneic stimulation in murine MLR; 2) CTLA4Ig prevented the specific killing activity of CTL. In vivo assay, human CTLA4Ig revealed the capacities to induce alloantigen-specific hyporesponsiveness in mouse model: 1) GVHD was efficiently blocked by dose-dependent manner; 2) Clinical score of EAE was significantly decreased compared to nomal control; 3) The time of skin-graft rejection was not different between CTLA4Ig treated and control group. Conclusion: Human CTLA4Ig suppress the T cell-mediated immune response and efficiently inhibit the EAE, GVHD in mouse model. The mechanism of T cell suppression by human CTLA4Ig fusion protein may be originated from the suppression of activity of cytotoxic T cell. Human CTLA4Ig could not suppress the rejection in mouse skin-graft, this finding suggests that other mechanism except the suppression of cytotoxic T cell may exist on the suppression of graft rejection.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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