The coronavirus disease 2019 is a contagious disease and had caused havoc throughout the world by creating widespread mortality and morbidity. The unavailability of vaccines and proper antiviral drugs encourages the researchers to identify potential antiviral drugs to be used against the virus. The presence of RNA binding domain in the nucleocapsid (N) protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be a potential drug target, which serves multiple critical functions during the viral life cycle, especially the viral replication. Since vaccine development might take some time, the identification of a drug compound targeting viral replication might offer a solution for treatment. The study analyzed the phylogenetic relationship of N protein sequence divergence with other 49 coronavirus species and also identified the conserved regions according to protein families through conserved domain search. Good structural binding affinities of a few natural and/or synthetic phytocompounds or drugs against N protein were determined using the molecular docking approaches. The analyzed compounds presented the higher numbers of hydrogen bonds of selected chemicals supporting the drug-ability of these compounds. Among them, the established antiviral drug glycyrrhizic acid and the phytochemical theaflavin can be considered as possible drug compounds against target N protein of SARS-CoV-2 as they showed lower binding affinities. The findings of this study might lead to the development of a drug for the SARS-CoV-2 mediated disease and offer solution to treatment of SARS-CoV-2 infection.
Nooriyan Sarvar, E.;Moeini, M.M.;Poyanmehr, M.;Mikaeli, E.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.22
no.6
/
pp.796-802
/
2009
The effects of docking on growth traits, fattening performance, carcass characteristics and blood biochemical parameters were investigated using 24 fat-tailed Sanjabi single-born male lambs raised from a large commercial sheep herd. The lambs were randomly divided into two groups. One group (n = 12) were docked at two days of age with rubber-rings using an elastrator. The second group (n = 12) were left intact. After weaning (90 days), all lambs were moved to rustic rangelands for 40 days. Then all the lambs were fed concentrates ad libitum for 60 days during the fattening period. Growth traits, body weight and average daily gain (kg) were recorded at the end of the weaning and fattening periods. Blood biochemical parameters including urea, total protein, glucose, triglycerides, cholesterol, low-density lipoproteins (LDL) and high-density lipoproteins (HDL) were measured during the fattening period. Finally, at the end of the fattening period, eight lambs (4 intact and 4 docked lambs) were slaughtered in order to determine carcass characteristics. Fat-tail docking had no effect (p>0.05) on lamb growth from birth to weaning. Body weight and average daily gain of docked lambs were significantly higher (p<0.05) than for intact lambs at the end of the fattening period. There was no difference in carcass measurements between the two groups, except for chest depth and leg weight which were higher (p<0.05) in docked lambs. During the fattening period, cholesterol and LDL of docked lambs were less than in intact lambs (p<0.05). The current results indicated that docking with rubber rings causes an improvement in growth traits during the fattening period and leads to desirable carcass characteristics compared to intact lambs; interestingly, this procedure had a significant effect on the lowering of blood cholesterol and LDL of docked lambs.
Demand for a new anti-malarial drug has been dramatically increasing in the recent years. Plasmodium falciparum enoyl-acyl carrier protein reductase (PfENR) plays a vital role in fatty acid elongation process, which now emerged as a new important target for the development of anti-microbial and anti-parasitic molecules. In the present study, 19 compounds namely alginic acid, atropine, chlorogenic acid, chrotacumine A & B, coenzyme $Q_1$, 4-coumaric acid, curcumin, ellagic acid, embelin, 5-O-methyl embelin, eugenyl glucoside, glabridin, hyoscyamine, nordihydroguaiaretic acid, rohitukine, scopolamine, tlatlancuayin and ursolic acid were evaluated on their docking behaviour on P. falciparum enoyl-acyl carrier protein reductase (PfENR) using Auto dock 4.2. The docking studies and binding free energy calculations exhibited that glabridin gave the highest binding energy (-8.07 kcal/mol) and 4-coumaric acid in contrast showed the least binding energy (-4.83 kcal/mol). All ligands except alginic acid, ellagic acid, hyoscyamine and glabridin interacted with Gln409 amino acid residue. Interestingly four ligands namely coenzyme $Q_1$, 4-coumaric acid, embelin and 5-O-methyl embelin interacted with Gln409 amino acid residue present in both chains (A & B) of PfENR protein. Thus, the results of this present study exhibited the potential of these 19 ligands as P. falciparum enoyl-acyl carrier protein reductase (PfENR) inhibitory agents and also as anti-malarial agents.
Beta-asarone is the well-known active ingredient of Rhizoma acori graminei. In this study, we investigated and compared the binding affinity of mosquito oviposition pheromone (MOP; (5R,6S)-6-acetoxy-5-hexadecanolide) and beta-asarone on the A domain of the mosquito odorant binding protein 1 (CquiOBP1) by in silico computational docking studies. The three-dimensional crystallographic structure of CquiOBP1 was obtained from the PDB database (PDB ID: 3OGN). In silico computational auto-docking analysis was performed using PyRx, Autodock Vina, Discovery Studio Version 4.5, and the NX-QuickPharm option based on scoring functions. The beta-asarone showed optimum binding affinity (docking energy) with CquiOBP1 as -6.40 kcal/mol as compared to the MOP (-6.00 kcal/mol). Among the interacting amino acids (LEU76, LEU80, ALA88, MET89, HIS111, TRP114, and TYR122), tryptophan 114 in the CquiOBP1 active site significantly interacted with both MOP and beta-asarone. Amino acids substitution (mutation) from non-polar groups to the polar (or charged) groups of the CquiOBP1 dramatically changed the X, Y, Z grid position and binding affinity of both ligands. These results significantly indicated that beta-asarone could be a more potent ligand to the CquiOBP1 than MOP. Therefore, the extract of Rhizoma acori graminei or beta-asarone can be applied to the fields of insecticidal and repellant biomaterial development.
Corticotropin - releasing hormone receptor 1 (CRHR1) forms an integral part of the pathophysiology of disorders like post-traumatic stress disorder, stress, anxiety, addiction, and depression. Hence it is essential to look for new, potent and structure-specific inhibitors of CRHR1. We have analysed the protein-protein interaction complexes of the CRHR1 receptor with its native ligand CRF and full agonist Sauvagine. The structure of Sauvagine was predicted using homology modelling. We have identified that the residues TYR253, ASP254, GLU256, GLY265, ARG1014 and LY1060 are important in the formation of protein-protein complex formation. Future studies on these residues could throw light on the crucial structural features required for the formation of CRHR1-inhibitor complex and in studies that try to solve the structural complexities of CRHR1.
Background: Breast cancer is the serious health concern in India causing the highest mortality rate in females, which occurs due to uncontrolled cell division and can be metastasize to other parts of the human body. Interactions with estrogen receptor (ER) alpha are mainly responsible for the malignant tumors with regulation of the transcription of various genes as a transcription factor. Most of the drugs currently used for the breast cancer treatment produce various side effects and hence we focused on natural compounds which do not exhibit any toxic effect against normal human cells. Materials and Methods: Structure of human ER was retrieved from the Protein Data Bank and the structures of flavonoid compounds have been collected from PubChem database. Molecular docking and drug likeness studies were performed for those natural compounds to evaluate and analyze the anti-breast cancer activity. Results: Finally two compounds satisfying the Lipinski's rule of five were reported. The two compounds also exhibited highest binding affinity with human ER greater than 10.5 Kcal/mol. Conclusions: The results of this study can be implemented in the drug designing pipeline.
Human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) is a causative agent of Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), which has affected a large population of the world. Viral envelope glycoprotein (gp120) is an intrinsic protein for HIV-1 to enter into human host cells. Molecular docking guided molecular dynamics (MD) simulation was performed to explore the interaction mechanism of heterobiaryl derivative with gp120. MD simulation result of inhibitor-gp120 complex demonstrated stability. Our MD simulation results are consistent with most of the previous mutational and modeling studies. Inhibitor has an interaction with the CD4 binding region. Van der Waals interaction between inhibitor and Val255, Thr257, Asn425, Met426 and Trp427 were important. This preliminary MD model could be useful in exploiting heterobiaryl-gp120 interaction in greater detail, and will likely to shed lights for further utilization in the development of more potent inhibitors.
Colon rectal cancer is one of the frequently diagnosed cancers worldwide. In recent times the drug discovery for colon cancer is challenging because of their speedy metastasis and morality of these patients. C-jun N-terminal kinase signaling pathway controls the cell cycle survival and apoptosis. Evidence has shown that JNK1 promotes the tumor progression in various types of cancers like colon cancer, breast cancer and lung cancer. Recent study has shown that inhibiting, JNK1 pathway is identified as one of the important cascades in drug discovery. One of the recent approaches in the field of drug discovery is drug repurposing. In drug repurposing approach we have virtually screened ChEMBL dataset against JNK1 protein and their interactions have been studied through Molecular docking. Cross docking was performed with the top compounds to be more specific with JNK1 comparing the affinity with JNK2 and JNK3.The drugs which exhibited higher binding were subjected to Conceptual - Density functional theory. The results showed mainly Entrectinib and Exatecan showed better binding to the target.
Auxin response factor (ARF) and Aux/IAA transcriptional repressor family proteins play a major role in auxin's signalling process. Using the GALAXY protein modelling programs, monomer, dimer and oligomer structures of Aux/IAA17 and ARF5 protein were predicted based on the known experimental structures. By analysing the proposed complex structures, key interacting residues on binding site could be determined, and further suggestions for experimental studies were made.
Serotonin or 5-hydroxytryptamine subtype 2C ($5-HT_{2C}$) receptor belongs to class A amine subfamily of G-protein-coupled receptor (GPCR) super family and its ligands has therapeutic promise as anti-depressant and -obesity agents. So far, bovine rhodopsin from class A opsin subfamily was the mostly used X-ray crystal template to model this receptor. Here, we explained homology model using beta 2 adrenergic receptor (${\beta}$2AR), the model was energetically minimized and validated by flexible ligand docking with known agonists and antagonists. In the active site Asp134, Ser138 of transmembrane 3 (TM3), Arg195 of extracellular loop 2 (ECL2) and Tyr358 of TM7 were found as important residues to interact with agonists. In addition to these, V208 of ECL2 and N351 of TM7 was found to interact with antagonists. Several conserved residues including Trp324, Phe327 and Phe328 were also found to contribute hydrophobic interaction. The predicted ligand binding mode is in good agreement with published mutagenesis and homology model data. This new template derived homology model can be useful for further virtual screening based lead identification.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.