• 제목/요약/키워드: primer design

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Chemical Synthesis and Cloning of Panax ginseng Peptide Gene

  • Zhang, Hong-Ying;Chen, Dong-Song;Zhang, Jin
    • 고려인삼학회:학술대회논문집
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    • 고려인삼학회 1990년도 Proceedings of International Symposium on Korean Ginseng, 1990, Seoul, Korea
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    • pp.65-67
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    • 1990
  • The sequence of ginseng peptide gene was designed and synthesized by the solid phase plasmid pUC19. Escherichia coli JM101 cells were transformed with above hybrid plasmids. Ampicillin resistant transformants were screened and identified by in situ colony hybridization and Southern blot techinques. Finally the gene sequencing was done by the Sanger dideoxy method using primer extension.

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${\epsilon}$-다중목적 진화연산을 이용한 DNA Microarray Probe 설계 (A Probe Design Method for DNA Microarrays Using ${\epsilon}$-Multiobjetive Evolutionary Algorithms)

  • 조영민;신수용;이인희;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (A)
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    • pp.82-84
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    • 2006
  • 최근의 생물학적인 연구에 DNA microarray가 널리 쓰이고 있기 때문에, 이러한 DNA microarray를 구성하는데 필요한 probe design 작업의 중요성이 점차 커져가고 있다. 이 논문에서는 probe design 문제를 thermodynamic fitness function이 2개인 multi-objective optimization 작업으로 변환한 뒤, ${\epsilon}$-multiobjective evolutionary algorithm을 이용하여 probe set을 찾는다. 또한, probe 탐색공간의 크기를 줄이기 위하여 각 DNA sequence의 primer 영역을 찾는 작업을 진행하며, 사용자가 직접 프로그램을 테스트할 수 있는 웹사이트를 제공한다. 실험 대상으로는 mycoides를 선택하였으며, 이 논문에서 제안된 방법을 사용하여 성공적으로 probe set을 발견할 수 있었다.

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중합효소연쇄 반응에 의한 벼 흰잎마름병균의 특이적 검출 (PCR-Based Sensitive Detection and Identification of Xanthomonas oryzae pv. oryzae)

  • Lee, Byoung-Moo;Park, Young-Jin;Park, Dong-Suk;Kim, Jeong-Gu;Kang, Hee-Wan;Noh, Tae-Hwan;Lee, Gil-Bok;Ahn, Joung-Kuk
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.256-264
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    • 2004
  • 본 연구는 벼의 세균병 중 치명적인 흰잎마름병을 유발하는 Xanthomonas oryzae pv. oryzae를 검출할 수 있는 프라이머를 개발하기 위해 실시하였다. X. o. pv. oryzae str. KACC10331의 hpaA유전자 염기서열로부터 흰잎마름병만을 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머를 제작하여 중합효소연쇄반응에 사용하였다. 개발된 특이 프라이머는 X. o. pv. oryzae str. KACC10331과 X. campestris pv. vesicatoria, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. citri 그리고 X. axonopodis pv. glycines의 phaA유전자 염기서열의 상동성을 비교하여, 그 중 X. o. pv. oryzae만이 가지는 특이적인 부분을 바탕으로 각각 20-mer인 XOF와 XOR를 제작하였다. 제작된 프라이머를 이용하여 중합효소 연쇄반응을 실시한 결과 반응 후 생성된 단편의 크기는 534-bp였다. 반응 후 생성된 단편은 Southern hybridization을 통하여 Xanthomonas 균주들의 hpaA유전자 존재 여부 및 그 상동성을 비교분석하기 위해 사용하였다. 또한 제작된 프라이머를 이용하여 흰잎마름병에 감염된 벼 잎에서의 검출 여부를 확인하였고 X. o. pv. oryzae의 순수 균주 배양액을 중합효소연쇄반응에 이용하여 검출한계를 검정하였다. 본 연구에서 제작된 프라이머를 사용한 중합효소연쇄 반응 방법은 X. o. pv. oryzae의 검출 뿐만 아니라 흰잎마름병의 발생 예찰에 매우 유용할 것으로 판단 되었다.

Aeromonas veronii biogroup sobria와 Aeromonas caviae의 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Regions 분석 (Analysis of 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Regions of Aeromonas veronii biogroup sobria and A. caviae)

  • 강동율;이훈구
    • 미생물학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.173-180
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    • 2000
  • 부산의 가물치 양식장으로부터 분리된 A. veronii bv. sobria 와 A. caviae를 대상으 로 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Region을 cloning 하여 염기서dufd을 분석하였다. A. veronii bv. sobria 는 4그룹의 band pattern이 형성되었고 A. caviae는 1그룹만이 존재하였 다. A. veronii bv. sobria 의 4그룹에 대한 band 수는 2~4개까지 다양하게 나타났으며. 479~481 bp (ISR-1), 513~524 bp (ISR-2), 537~539 bp (ISR-3) 의 염기서열을 밝혀냈다. A. caviae는 3개의 band가 형성되었고,470~480bp (ISR-1), 521~525bp (ISR-2),568~602 bp (ISR-4)의 염기서열을 가지고 있었다. 그리고 이들에 대한 tRNA를 분석한 결과 ISR-1은 tRNAIle(GAT), tRNAAla(TGC)를 가지고 있고 ISR-2,3,4는 tRNAGlu(TTC)를 가지고 있었 다. A. caviae는 ISR-4의 151~281 bp에서 A. veronii bv. sobria 가 가지고 있지 않은 보존 적인 염기서열을 가지고 있었다. 그 중 A. vaviae의 178~197 bp 염기서열을 primer로 design하여 PCR을 실시한 결과 A. caviae 균주에서만 종특이적으로 생성되는 450 bp 정도 의 밴들르 얻을수 있었다.

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표면상태에 따른 고장력볼트 마찰이음부의 거동특성에 관한 연구 (A Study on the Characteristics of High-Tension Bolted Joints' Behavior due to Surface Condition)

  • 조선규;홍성욱
    • 한국강구조학회 논문집
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    • 제9권3호통권32호
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    • pp.421-430
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    • 1997
  • 본 연구에서는 숏브라스트한 후 무기징크 페인트로 도장한 무기징크면, 연마면, 흑피면에 대하여 정적 및 피로시험을 수행하여 기존의 연구결과와 비교평가함으로써 마찰면의 표면상태에 따른 고장력볼트 마찰이음부의 정적 및 피로거동을 규명하고자 하였다. 본 연구의 목적을 달성하기 위하여 일련의 정적 및 피로시험을 실시하고 토크관리법의 타당성 평가, 미끄러짐계수의 도출, 도입축력의 감소률 규명, 피로강도의 평가, 마찰면의 압축력 분포 조사 등을 수행하였다. 본 실험결과와 기존 연구자들의 연구결과를 종합적으로 검토한 결과 볼트의 설계축력 도입을 위한 토크관리법은 타당하며, 시간경과 및 반복하중의 작용에 따른 축력감소율을 고려할 때 설계축력의 110%로 초기축력을 도입하도록 규정한 시방서 기준은 적합한 것으로 평가되었다. 시간경과에 따른 도입축력의 초기감소율은 경과시간의 상용로그에 비례하는 것으로 나타났으며, 도입직후 약 20시간이 경과하면 일정한 값으로 수렴되고 있음을 알 수 있었고 이들은 마찰면의 표면조도와는 상관관계가 없는 것으로 평가되었다. 미끄러짐계수는 연마면, 무기징크프라이머 도포면, 흑피면 순으로 크게 나타났으며 미끄러짐하중은 도입축력에 크게 좌우되나 도입축력이 크면 마찰면의 표면조도의 손상으로 인하여 미끄러짐계수가 작아져 도입축력과 미끄러짐하중 사이에는 선형적 비례관계가 성립되지 않음을 알 수 있었다. 마찰면의 압축력 분포를 조사한 결과 내측볼트 주변의 마찰면적이 외측볼트 주변보다 응력방향에 있어서 더 넓게 분포하고 있는 것을 알 수 있었으며, 이는 외측볼트로부터 마찰접합에서 지압접합으로 천이되고 있는 것으로 판단된다.

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COCAW: A Genome-wide Pattern Search System for Designing Microbial Probes

  • Ryu, Seung-Hee;Park, Kie-Jung;Lee, Do-Hoon;Kim, Cheol-Min
    • Genomics & Informatics
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    • 제7권3호
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    • pp.178-180
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    • 2009
  • A few bioinformatics tools have been used to find out conserved regions as probes. We have developed a system based on a heuristic method with web interfaces to find out conserved regions against microbial genomes. The system runs in real time by using relative entropy in limited narrow regions and detecting similar regions between pair regions with local alignment. The system could be useful to find out conserved regions as genome-wide scale.

인공위성 카메라 주반사경 지지부에 적용되는 접착제의 전단 특성 연구 (A Study on the Shear Characteristics of Adhesives in Primary Mirror Supports of Satellite Camera)

  • 김현중;서유덕;박상훈;윤성기;이승훈;이덕규;이응식
    • 대한기계학회논문집A
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    • 제31권7호
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    • pp.808-815
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    • 2007
  • The optical performance of the mirror fur satellite camera is highly dependent on the adhesive properties between the mirror and its support. Therefore, in order to design a mirror with high optical performance, the mechanical properties of adhesives should be well defined. In this research, the mechanical properties of three kinds of space adhesives are studied. In case of the materials which show nearly incompressible behavior such as space adhesives, it is important to measure shear modulus which governs deviatoric stress components. Also the experiment should be performed in circumstances similar to real manufacturing process of mirror, because extra factors such as size effects, the adhesion effects of primer and reactions between adhesive and primer affect the properties of adhesive regions. In this research shear moduli of the adhesives are determined by using a single lap adhesively bonded joint. For the shear tests, several temperatures have been selected from $-20^{\circ}C$ to $55^{\circ}C$ which is operating temperature range of the adhesive. In the case of linear behavior materials, shear moduli are calculated through a linear curve fitting. Shear stress-strain relation is obtained by using an exponential curve fitting for material which shows non-linear behavior. The shear modulus of each adhesive is expressed as a function of temperature. Characteristics and adaptability of the adhesives are discussed regarding their temperature sensitivity.

수지의 하전 입자빔 전처리 공정의 최적화 (Optimization for Electro Deposition Process of PC/ABS Resin Surface Treatment)

  • 박영식;심하몽;나명환;송호천;윤상후;장근삼
    • 응용통계연구
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    • 제27권4호
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    • pp.543-552
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    • 2014
  • 최근 휴대단말기 시장에서는 블루투스, GPRS, EDGE, 3GSM, HSDPA 등과 같은 높은 대역폭의 RF를 사용하고 있다. 높은 대역폭의 RF 영역에서는 높은 면저항(Sheet resistance)을 갖는 무전도 금속박막 코팅 방법이 사용되고 있는데, 기존의 무전도 금속증착은 사출물 세정, UV 하도 코팅, 금속증착, UV 중도 코팅, 상도 코팅 등 다수의 복합 공정으로 이루어져 있다. 특히 하도공정은 금속 증착(Sputtering)과 일괄 처리가 어려워 생산성이 낮고 생산원가 상승의 원인이기도 하다. 따라서 이를 극복하기 위하여 최근 Na 등 (2014)은 무전도 금속코팅에서 Primer 대체를 위한 전자빔의 표면처리의 가능성을 가능함을 보였다. In this paper, 플라즈마 생성 전자빔 소스(Plasma generated electron beam source)를 활용하여 PC/ABS 수지 사출물의 공정을 실험계획법에 의한 전자빔 조사 조건을 탐색하여, 즉, 수지 표면처리공정 조건을 탐색하여, 그 실험 결과를 분석하여, 진공전처리공정 개발 및 양산공정라인의 처리의 최적 조건을 찾고자 한다.

중합효소연쇄반응을 이용한 한우에 감염된 Theileria sergenti의 신속한 검출 (Rapid detection of Theileria sergenti by the polymerase chain reaction in Korean cattle)

  • 채준석;이주묵;권오덕;박진호;채건상
    • 대한수의학회지
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    • 제36권1호
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    • pp.195-207
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    • 1996
  • To make the genomic DNA probe of Theileria sergenti, the merozoites were purified from erythrocytes of Korean cattle, The previous studies on the probe of T sergenti had resulted in two probes as KTS1 and KTS3 DNA fragment. Nucleotide sequence of both ends of the KTS1 and KST3 were determined in order to design primers for polymerase chain reaction. A pair of an uper primer(5'-CCTCTTGAAGTCATCCATGT-3'; nucleotide position 48) and a lower primer(5'-CACTGAGCTG GAAAGAGCTA-3'; nucleotide position 156) in pKTS1 were synthesized. The anticipated PCR product was 128bp in length. To examine the sensitivity of the PCR, KTS1 DNA and purified T sergenti DNA were serially diluted by tenfolds with distilled water. The primers were sensitive enough to detect 4ag of the authentic template DNA and 4fg of the purified T sergenti DNA by PCR. Furthermore, when the blood was serially diluted by two-folds with 0.9% saline, the pair could detect up to 0.00029%(about 164 parasites in $10{\mu}l$ of blood) of T sergenti infection in bovine erythrocytes by PCR. In a comparison of microscopic and PCR detection of T sergenti in the same samples from Chonbuk area, 47 and 51 out of 70 sample(67.1%) were positive by the former and by the latter method, respectively.

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콩에 발생하는 주요 병원세균의 동시검출을 위한 다중 PCR 방법 (Multiplex PCR Assay for the Simultaneous Detection of Major Pathogenic Bacteria in Soybean)

  • 이영훈;김남구;윤영남;임승택;김현태;윤홍태;백인열;이영기
    • 한국작물학회지
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    • 제58권2호
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    • pp.142-148
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    • 2013
  • 국내 콩에서 발생하는 세균병해인 불마름병, 들불병, 세균점무늬병, 세균갈색점무늬병의 다중 진단을 위한 PCR 방법을 요약하면 다음과 같다. 1. 콩에 발생하는 각각의 세균들은 서로 다른 박테리오신(bacteriocin) 이나 파이토톡신(phytotoxin)을 생산하는데 이와 관련한 유전자를 목적으로 하여 진단프라이머를 설계하였다. 2. 불마름병은 glycinecin A, 들불병은 tabtoxin, 세균점무늬병은 coronatine과 세균갈색점무늬병은 syringopeptin을 목적유전자로 하여 다중 진단프라이머 조합을 설계하였다. 3. 1차 선발로 각각의 균주에 대한 단일 진단 프라이머를 선발하였으며, 여기선 선발된 21개의 프라이머들을 조합하여 4종 다중진단프라이머 선발을 위한 2차 선발에 이용하였다. 최종적으로 280 bp의 불마름병, 355 bp의 세균갈색점무늬병, 563 bp의 들불병과 815 bp의 세균점무늬병으로 구성된 다중진단 프라이머 조합이 개발되었다. 4. 선발된 4종 다중 진단 프라이머 조합의 경우 다른 세균들과의 비특이적 반응이 있는지 확인하기 위한 3차 선발을 거쳐 그 특이성을 검증하였다.