• 미생물학회지
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• 제46권1호
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• pp.63-67
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• 2010

생리 및 상업적 응용분야에서 중요한 위치를 차지하는 단백질 분해효소는 펩타이드 결합의 가수분해를 촉매한다. 단백질 분해효소를 생산하는 신규 균주를 분리하기 위하여 부패한 나무로부터 균을 분리하여 1% skim milk가 포함된 LB 배지에서 투명환의 생성 능력이 높은 두 균주 WD12와 WD32를 선발하였다. 선발균주의 동정을 위하여 16S rRNA gene의 염기서열을 결정한 후 GenBank 상에 등록된 서열들과 상동성을 조사한 결과, WD12는 Pseudoxanthomonas mexicana와 97.8%, WD32는 99.8%의 상동성을 보여주었다. 계통적 유연관계를 조사한 결과 이들 균들은 P. mexicana와 P. japonensis와 cluster를 형성하였다. WD12와 WD32는 그람 음성 간균으로 catalase와 oxidase 활성을 보였다. WD12의 경우 P. mexicanna와 달리 malate를 동화할 수 있었으며, D-mannose를 동화할 수 없었다. 두 균주의 최적 단백질 분해효소를 생산하는 온도는 $35-37^{\circ}C$로 나타났으며, 최대활성은 WD12가 656 unit/ml, WD32가 267 unit/ml을 나타내었다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제56권4호
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• pp.241-244
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• 2013

질산이온은 식물체의 주된 영양분중의 하나이며, 다수확을 위하여 자주 과량이 시용되고 있다. 이것은 토양중 질산이온이 집적되어 염류장애의 주된 이유가 되며, 유리 및 비닐 온실의 토양에서 심각한 문제가 될 수 있다. 본 연구에서는 축산농가의 배수구 주위 젖은 토양으로 부터 6가지 미생물을 분리하였으며, 그들의 질산이온 흡수 활성을 측정하였다. 이 미생물들은 1,000-3,000 ppm (10-50 mM) 수준의 질산이온을 제거할 수 있었으며, 특히 PCE3 균주는 4,000 ppm으로 가장 높은 활성을 보였다. 이 균주들을 동정하기 위하여, 16S rRNA 유전자 서열을 결정하고 분석하였다. 이들 균주중 PCE3 균주는 Bacillus 속으로 확인되었다. 균주의 성장과 질산이온 흡수활성을 측정하였을 때, $37^{\circ}C$와 pH 7-9 범위에서 최대 값을 보였다. Bacillus sp. PCE3 균주는 배지의 질산이온 농도에 따라 40-60 mM (2,500-3,700 ppm)의 질산이온을 제거할 수 있었다. 그러므로, Bacillus sp. PCE3 균주는 질산이온이 집적한 시설원예 토양에서 질산이온 제거에 유용하게 이용될 수 있을 것이다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제38권2호
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• pp.81-92
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• 1996

1. 우리나라 재래뽕과 육성종 30품종에 대한 재배 생태학적 조사를 한 결과는 다음과 같다. 올뽕에 속한 것은 금상, 조상1호, 영변추우, 순천뽕, 당상3호, 대당상이고 당상6호, 황추우, 영변교, 당상4호, 당상5호는 늦뽕이었다. 가지끝마름률은 당상8호, 덕천뽕, 금상, 용천뽕, 영변추우, 수계뽕, 조선상, 강원3호, 조상1호이었다. 연간수량은 순천뽕, 당상7호, 황추우가 비교적 높았다. 그루당 가지수는 금상, 정선뽕, 순천뽕, 용천뽕이 많았고, 평균가지길이에서는 자산, 강원3호가 길었으며 절간장이 짧고 측지가 적은 품종으로서는 수원뽕, 영변교, 순청뽕, 당상5호, 당상6호이었다. 2. 우리나라 재래뽕 및 육성종 30품종과 장려뽕 15품종의 peroxidase, acid phosphatase, malate dehydrogenase, glutamate dehydrogenase isozymes을 분석한 결과 품종간 특이성이 나타난 효소종은 peroxidase 뿐이었으며, acid phosphatase는 희미한 band 출현상황만 확인할 수 있었을 뿐 품종간 특이성은 나타나지 않았다. Malate dehydrogenase와 glutamate dehydrogenase isozyme에 있어서는 어떠한 band도 출현하지 않았다. 3. 뽕품종을 RAPD 분석한 결과 상당히 많은 유전적 변이를 찾을 수 있었다. 다섯개의 random decamer primer를 사용하여 분석한 결과 PCR 증폭된 DNA의 단편은 5개에서부터 13개까지 primer에 따라 달랐으며, 이들간의 뚜렷한 구분은 없었다. 4. 가장 유연정도가 높은 품종들은 수원상 1호와 수원상 2호로서 이들의 유연정도는 90%정도였으며 여타 품종들과 가장 유연정도가 낮은 품종은 재래뽕들 중 은척뽕으로서 이는 60%정도에서 다른 품종들과 유연을 이루었다.

• ALGAE
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• 제32권4호
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• pp.359-377
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• 2017

Pyropia haitanensis (T. J. Chang et B. F. Zheng) N. Kikuchi et M. Miyata is one of the most commercially useful macroalgae cultivated in southeastern China. In red algae, the biosynthesis of terpenoids through 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathway can produce a direct influence on the synthesis of many biologically important metabolites. In this study, two genes of cDNAs, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXS) and 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductase (DXR), which encoding the first two rate-limiting enzymes among MEP pathway were cloned from P. haitanensis. The cDNAs of P. haitanensis DXS (PhDXS) and DXR (PhDXR) both contained complete open reading frames encoding polypeptides of 764 and 426 amino acids residues, separately. The expression analysis showed that PhDXS was significant differently expressed between leafy thallus and conchocelis as PhDXR been non-significant. Additionally, expression of PhDXR and its downstream gene geranylgeranyl diphosphate synthase were both inhibited by fosmidomycin significantly. Meanwhile, we constructed types of phylogenetic trees through different algae and higher plants DXS and DXR encoding amino acid sequences, as a result we found tree clustering consequences basically in line with the "Cavalier-Smith endosymbiotic theory." Whereupon, we speculated that in red algae, there existed only complete MEP pathway to meet needs of terpenoids synthesis for themselves; Terpenoids synthesis of red algae derivatives through mevalonate pathway came from two or more times endosymbiosis of heterotrophic eukaryotic parasitifer. This study demonstrated that PhDXS and PhDXR could play significant roles in terpenoids biosynthesis at molecular levels. Meanwhile, as nuclear genes among MEP pathway, PhDXS and PhDXR could provide a new way of thinking to research the problem of chromalveolata biological evolution.

• Molecules and Cells
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• 제26권6호
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• pp.566-575
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• 2008

Twenty-five chipmunk species occur in the world, of which only the Siberian chipmunk, Tamias sibiricus, inhabits Asia. To investigate mitochondrial cytochrome b sequence variations and population structure of the Siberian chipmunk in northeastern Asia, we examined mitochondrial cytochrome b sequences (1140 bp) from 3 countries. Analyses of 41 individuals from South Korea and 33 individuals from Russia and northeast China resulted in 37 haplotypes and 27 haplotypes, respectively. There were no shared haplotypes between South Korea and Russia - northeast China. Phylogenetic trees and network analysis showed 2 major maternal lineages for haplotypes, referred to as the S and R lineages. Haplotype grouping in each cluster was nearly coincident with its geographic affinity. In particular, 3 distinct groups were found that mostly clustered in the northern, central and southern parts of South Korea. Nucleotide diversity of the S lineage was twice that of lineage R. The divergence between S and R lineages was estimated to be 2.98-0.98 Myr. During the ice age, there may have been at least 2 refuges in South Korea and Russia - northeast China. The sequence variation between the S and R lineages was 11.3% (K2P), which is indicative of specific recognition in rodents. These results suggest that T. sibiricus from South Korea could be considered a separate species. However, additional information, such as details of distribution, nuclear genes data or morphology, is required to strengthen this hypothesis.

• 한국균학회지
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• 제35권1호
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• pp.28-32
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• 2007

오대산의 1,100 m 부근에 자생하는 사스래나무에서 차가버섯을 채집하였다. 나무의 흉고직경은 $10{\sim}50$ cm이었으며, 차가버섯 균핵의 크기는 $8{\times}5{\sim}20{\times}16$ cm이었다. 시험 균주들과 NCBI에 등록되어 있는 Inonotus obliquus 균주 간의 유연관계가 아주 가까운 것으로 확인되었다. 그리고 NCBI 등록균주들을 제외한 10가지 균주 모두 ITS 분석에서 높은 상동성을 보였다. 균사생장력은 균주간에 큰 차이를 보였다. KFRI 744가 가장 빠른 생장력을 보였으며, KFRI 739가 가장 낮은 생장력을 보였다. 그리고 KFRI 744와 739 간에는 거의 두 배 가까운 생장력의 차이가 발생한 반면에 KFRI 735와 738 간에는 차이가 거의 없었다. 중량감소율은 KFRI 744가 가장 높았으며, KFRI 741이 가장 낮았다. 대부분의 대치배양 조합에서 대치선이 형성되었지만 KFRI 740과 741, KFRI 742와 743 조합에서는 대치선이 형성되지 않았다.

• 식물병연구
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• 제23권1호
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• pp.75-81
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• 2017

2016년 5월, 우리나라 복숭아의 주요산지인 경북 영천 지역에서 퇴록, 괴저반점, 엽맥퇴록, 황화와 같은 바이러스 병징과 이상증상을 보이는 복숭아 잎 24점을 채집하였다. 이 시료들의 바이러스 감염 여부를 확인하기 위해 RT-PCR 진단법을 이용하여 진단하였다. 진단 대상은 검역 병원체로 지정된 바이러스 또는 바이로이드를 중심으로, 국내외 연구를 참고하여 국내 발생가능성이 높거나 발생 시 위험도가 높은 종 17종이다. 진단결과, 국내에서 보고된 적이 없는 바이러스 1종(Apricot pseudo-chlorotic leaf spot virus, APCLSV)과 검역 바이로이드 1종(Peach latent mosaic viroid, PLMVd)을 포함하여, 총 7종의 바이러스와 바이로이드가 검출되었다. 바이러스를 동정하기 위해, RT-PCR 산물을 sequencing 하여 확인하였다. 또, 국내 미보고 종인 APCLSV가 검출된 시료를 이용하여 APCLSV의 외피단백질을 암호화하고 있는 염기서열을 증폭하여 결정하였다. 결정된 염기서열은 기 보고된 APCLSV 분리주와 97%의 상동성을 보였다. 이 외피단백질 염기서열을 Trichovirus속 바이러스들과 비교 분석하여, 최종적으로 APCLSV임을 확인하였다. 동정된 APCLSV를 Yeongcheon 분리주로 명명하고 결정된 외피단백질 염기서열은 NCBI GenBank에 등록하였다. APCLSV의 발생 양상을 보면, APCLSV가 검출된 시료들은 모두 Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV)가 복합감염되어 있었으며, APCLSV는 ACLSV와 유전학적 유연관계가 가까운 것으로 알려져 있다. ACLSV의 특성에 비추어 볼 때, APCLSV는 국내 과수 농가에 널리 퍼질 가능성이 높을 것으로 생각된다. 따라서, 추후 국내 농가에 미칠 영향 등에 관련된 연구가 필요하다.

• 식물병연구
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• 제22권3호
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• pp.158-167
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• 2016

육묘장과 재배포장의 애호박에서 새롭게 발생한 병원균의 특성을 분석하여 동정하였다. 병징은 잎에 수침상의 병반과 강한 노란색의 둘레무리를 가진 점무늬, 꽃에서 갈색 병반, 열매에 노란색의 점무늬였다. 잎의 점무늬로부터 분리된 세균은 박과작물 8개의 식물체, 흑종호박, 애호박, 쥬키니호박, 풋호박, 참박, 참외, 멜론, 오이에 병원성이 있었지만 수박과 밤호박에서는 병을 일으키지 못했다. 분리세균은 다발모를 가진 막대형으로 그람음성이며 King's B 배지에서 형광성이었으며, LOPAT 1a 그룹에 속했다. 그들의 Biolog 기질이용성은 Biolog database의 P. syringae pv. syringae 이용성과 유사하였다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용한 계통수와 4개의 항존유전자(gapA, gltA, gyrB, rpoD)의 염기서열과 PAMDB에 있는 P. syringae균주들의 염기서열을 이용한 MLST는 애호박 분리균주들이 P. syringae pv. syringae 균주들과 동일한 그룹(clade)으로 그룹화되었고, MLST 계통수에서 애호박 분리균주들의 그룹(clade)은 genomospecies 1에 속하였다. 표현형적, 유전적 특성은 애호박 분리균이 P. syringae pv. syringae임을 제시하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권1호
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• pp.73-79
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• 2020

Echinostoma revolutum is a zoonotic food-borne intestinal trematode that can cause intestinal bleeding, enteritis, and diarrhea in human and birds. To identify a suspected E. revolutum trematode from a red-crowned crane (Grus japonensis) and to reveal the genetic characteristics of its mitochondrial (mt) genome, the internal transcribed spacer (ITS) and complete mt genome sequence of this trematode were amplified. The results identified the trematode as E. revolutum. Its entire mt genome sequence was 15,714 bp in length, including 12 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, 2 ribosomal RNA genes and one non-coding region (NCR), with 61.73% A+T base content and a significant AT preference. The length of the 22 tRNA genes ranged from 59 bp to 70 bp, and their secondary structure showed the typical cloverleaf and D-loop structure. The length of the large subunit of rRNA (rrnL) and the small subunit of rRNA (rrnS) gene was 1,011 bp and 742 bp, respectively. Phylogenetic trees showed that E. revolutum and E. miyagawai clustered together, belonging to Echinostomatidae with Hypoderaeum conoideum. This study may enrich the mitochondrial gene database of Echinostoma trematodes and provide valuable data for studying the molecular identification and phylogeny of some digenean trematodes.

• The Journal of Advanced Prosthodontics
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• 제7권6호
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• pp.468-474
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• 2015

PURPOSE. The aim of this study was to characterize and compare bacterial diversity on the removable partial denture (RPD) framework over time. MATERIALS AND METHODS. This descriptive pilot study included five women who were rehabilitated with free-end mandibular RPD. The biofilm on T-bar clasps were collected 1 week ($t_1$) and 4 months ($t_2$) after the RPD was inserted ($t_0$). Bacterial 16S rDNA was extracted and PCR amplified. Amplicons were cloned; clones were submitted to cycle sequencing, and sequences were compared with GenBank (98% similarity). RESULTS. A total of 180 sequences with more than 499 bp were obtained. Two phylogenetic trees with 84 ($t_1$) and 96 ($t_2$) clones represented the bacteria biofilm at the RPD. About 93% of the obtained phylotypes fell into 25 known species for $t_1$ and 17 for $t_2$, which were grouped in 5 phyla: Firmicutes ($t_1=82%$; $t_2=60%$), Actinobacteria ($t_1=5%$; $t_2=10%$), Bacteroidetes ($t_1=2%$; $t_2=6%$), Proteobacteria ($t_1=10%$; $t_2=15%$) and Fusobacteria ($t_1=1%$; $t_2=8%$). The libraries also include 3 novel phylotypes for $t_1$ and 11 for $t_2$. Library $t_2$ differs from $t_1$ (P=.004); $t_1$ is a subset of the $t_2$ (P=.052). Periodontal pathogens, such as F. nucleatum, were more prevalent in $t_2$. CONCLUSION. The biofilm composition of the RPD metal clasps changed along time after RPD wearing. The RPD framework may act as a reservoir for potentially pathogenic bacteria and the RPD wearers may benefit from regular follow-up visits and strategies on prosthesis-related oral health instructions.