• 제목/요약/키워드: phylogenetic relationship

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rDNA의 ITS 부위 염기서열 분석에 의한 Armillaria 속 수집 균주의 유전적인 유연관계 분석 (Phylogenetic relationships of Armillaria spp. on the basis of ITS region sequences)

  • 오진아;이찬중;정종천;유영복
    • 한국버섯학회지
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    • 제10권3호
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    • pp.143-149
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    • 2012
  • 수집한 83개의 뽕나무버섯속 균주의 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 분석한 결과 수집한 균주목록과 종이 다르게 동정된 균주가 52%였으며. 같은 종으로 분류한 균주들 간에도 균사 및 균사체의 배양 특성에 많은 차이를 보였다. 수집 균주간의 유전적인 유연관계 분석 결과 A. tabescens, A. mellea, A. novae-zelandia, A. gallica, A. ostoyae 등으로 분류되었고, A. gallica, A, cepistipes, A, gemina는 매우 가까운 유연관계를 보여 ITS 유전자 수준에서 종을 동정하기는 어려웠다. ASI10104 등 12균주는 A. gallica, A, cepistipes, A, gemina와 매우 가까운 유연관계를 보였으며, ASI10017과 ASI10114는 A. sinapina, ASI10045는 A. borealis, ASI10002와 ASI10025는 A. ostoyae와 같은 그룹으로 분류되었다. 따라서 뽕나무버섯속 균주에 대한 보다 정확한 동정을 위해서는 보다 많은 종류의 유전적인 분석이 필요할 것으로 판단된다.

다래나무속 식물의 분류 및 계통 특이밴드 탐색을 위한 범용 프라이머 개발 (Development of Universal Primers for Phylogenetic Analysis and Species-specific Band Identification in the Genus Actinidia)

  • 김성철;장기창;송은영;김공호;정용환;김미선;오순자;고석찬
    • 한국자원식물학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.107-115
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    • 2004
  • 참다래 육종을 위한 종 분류와 분자 표지인자로서 유용하게 이용될 수 있는 primer를 개발하기 위하여 참다래 genome 특이 반복 염기서열로부터 19∼20base 크기로 18개의 primer를 제작하여 kiwifruit target primer(KT primer)라 명명하였으며, 동아시아 지역에서 수집된 7종 22계통의 다래나무 속 식물을 이용하여 활용 가능성 을 조사하였다. 유연관계 분석을 위하여 7개의 primer가 선발되었으며, 이를 이용한 RAPD 결과 크게 2개의 군으로 나뉘어 졌다. 제 1 군(A. arguta, A. melanandra, A. kolumikta와 A. marcrosperma)은 주로 과실에 전혀 털이 없으며 잎에는 털이 전혀 없거나 어렸을 때 극소량의 연모가 있다가 없어지는 그룹으로서 Leiocarpae 절에 속하였다. 제 2 군(A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha)은 어린 과실에서는 털이 많았다가 성숙하면서 털이 없어지는 계통 및 잎과 줄기에 털이 아주 많거나 조밀한 솜털이 있는 그룹으로서 Stellatae절에 속하였다. 제 2 군은 Stellatae 절에서도 Pefectae 아절에 속하는 것으로 A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha가 포함되었으며, 다시 A. chinensis와 A. deliciosa를 포함하는 그룹과 A. eriantha 등 2개의 그룹으로 나뉘어졌다. 같은 부모로부터 유래된 것으로 알려진 A. chinensis와 A. deliciosa는 80%의 유사도에서 두 개의 그룹으로 나뉘어졌다. 또한 PCR 결과 A. deliciosa 종 및 헤이워드와 토무리 계통 특이 밴드가 KT12F와 KT6F에서 나타났으며, 유전양상 분석에서 KT7F와 KT12F가 유용하였다. 본 연구 결과 KT primer는 참다래의 유전양상 분석과 특이한 유전양상을 나타내는 개체선발 및 도태에 유용하게 이용될 수 있고, 또한 참다래 육종 효율향상에 많은 도움을 줄 수 있다고 판단되었다.

PCR-RAPD와 ITS 서열 분석에 의한 두릅나무과 (Araliaceae) 의 유연관계 분석 (A Phylogenetic Relationships of Araliaceae Based on PCR-RAPD and ITS Sequences)

  • 김남희;양덕춘;엄안흠
    • 한국자원식물학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.82-93
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    • 2004
  • 국내에 자생하는 두릅나무과 식물의 형태적 분류를 재확인하고, 분자적 방법에 의해 속 및 종간 유연 관계를 파악해 보고자 PCR-RAPD 와 ITS sequence 분석을 실시하였다. 채집된 오갈피과 식물을 이용하여 PCR-RAPD를 실시한 결과 속과 종을 구분할 수 있는 다양한 polymorphic 밴드를 관찰할 수 있었다. 또한 실험에 이용한 두릅나무 개체군 내에서 다양한 쓱 변이가 있음을 확인할 수 있었고, 인삼에서는 재배종 내의 변이는 관찰되지 않았으나 야생종과 재배종간의 유전적 차이가 존재함을 확인할 수 있는 밴드들이 나타났다. ITS분석에서는 각각의 속과 종만이 지니는 특이 염기 서열이 나타나 ITS를 이용한 속과 종 분류가 가능하였다. ITS 염기서열로 작성한 계통수를 분석 한 결과 오갈피속은 음나무속과 근연임을 알 수 있었고, 두릅속과 인삼속이 하나의 계통이며 송악은 다른 속과 명료하게 구분됨을 확인하였다. 두릅속과 인삼속이 근연관계임은 RAPD 결과에서도 확인되었다. 인삼은 RAPD 분석 결과 재배종과 야생종 사이에 변이가 존재함이 관찰되었으나, ITS 분석 결과에서는 야생종과 재배종간의 변이를 관찰 할 수 있는 결과가 나타나지 않았다. 또한 RAPD와 ITS 분석 결과 모두 지역에 따른 재배종 인삼의 유전적 차이도 관찰되지 않았다. 이를 통해 국내에서 재배중인 인삼이 단계통임을 알 수 있었다. ITS 분석에서는 속과 종 수준의 분류가 가능한 특이 염기 서열들이 관찰되었다.

Microsatellite Polymorphism and Genetic Relationship in Dog Breeds in Korea

  • Cho, G.J.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권8호
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    • pp.1071-1074
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    • 2005
  • Microsatellite polymorphism and their genetic relationships were estimated using genotype information of 183 dogs from 11 microsatellite loci. The breeds include the indigenous Korean breeds Jindo dog (30), Poongsan dog (20) and Miryang dog (44) together with Chihauhau dog (31) and German Shepherd dog (58). Jindo dogs showed the highest expected heterozygosity (0.796${\pm}$0.030) and polymorphic information contents (0.755) in all populations. The phylogenetic analysis showed the existence of two distinct clusters supported by high bootstrap values: the Korean native dogs and other dogs. They clearly show that Poongsan dog and Miryang dog are closely related to each other when compared with Jindo dog. Microsatellite polymorphism data was shown to be useful for estimating the genetic relationship between Korean native dogs and other dog breeds, and also can be applied for parentage testing in those dog breeds.

nrDNA-ITS 분자마커를 이용한 오미자(五味子) 종 감별 및 기원분석 -ITS 염기서열을 이용한 오미자(五味子) 감별- (Molecular Authentication of Schisandrae Fructus and Analysis of Phylogenetic Relationship based on nrDNA-ITS sequences)

  • 문병철;지윤의;서형석;이아영;천진미;김호경
    • 대한본초학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.47-54
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    • 2010
  • Objectives : The original plant species of Schisandrae Fructus (O-mi-ja) is prescribed as Schisandra chinensis $B_{AILL.}$, in Korea, but S. chinensis $B_{AILL.}$ and S. sphenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$ in China. Moreover, fruit of several other species in genus Schisandra also have been used as the same herbal medicines. To develop a reliable method for correct identification of Schisandrae Fructus and to evaluate the phylogenetic relationship of S. chinensis and its related species, we analyzed internal transcribed spacer (ITS) sequences of nuclear ribosomal DNA (nrDNA). Methods : Twenty-four plant samples of three Schisandra species and one Kadsura species, S. chinensis $B_{AILL.}$, S. spenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$, S. nigra $M_{ax.}$ and Kadsura japonica $D_{UNAL}$ were collected from each different native habitate and farm in Korea and China. The nrDNA-ITS region of each samples were amplified using ITS1 and ITS4 primer and nucleotide sequences were determined after sub-cloning into the pGEM-Teasy vector. Authentic marker nucleotides were estimated by the analysis of ClastalW based on the entire nrDNA-ITS sequence. Results : In comparative analysis of the nrDNA-ITS sequences, we found specific nucleotide sequences including indels (insertions and deletions) and substitutions to distinguish C. chinensis, S. spenanthera, S. nigra, and K. japonica. These sequence differences at corresponding positions are avaliable nucleotide markers to determine the botanical origin of O-mi-ja. Moreover, we evaluated the phylogenetic relationship of four plant species by the analysis of nrDNA-ITS sequences. Conclusions : These marker nucleotides would be useful to identify the official herbal medicines by the providing of definitive information that can identify each plant species and distinguish it from unauthentic adulterants for O-mi-ja.

아카시아흰가루병균(病菌)의 완전시대(完全時代) 및 Erysiphe 속(屬)과의 계통관계(系統關係) (Perfect stage of Microsphaera polygoni (DC.) Sawada on Robinia pseudoacasia and its phylogenetic relationship to Gen Erysiphe)

  • 김기청
    • 한국산림과학회지
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    • 제9권1호
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    • pp.81-86
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    • 1969
  • 본논문(本論文)은 1966년(年) 11월(月)에 전남대학교(全南大學校) 농과대학구내(農科大學構內)에서 채집(採集)한 아카시아흰가루 병균(病菌)의 자낭각시대(子囊殼時代)의 성상(性狀)을 조사관찰(調査觀察)하여 얻은 본균(本菌)의 분류동정(分類同定) 및 그 계통관계(系統關係)에 관(關)해서 연구(硏究)한 것인데 그 결과(結果)를 다음에 적요(摘要) 보고(報告)한다. 1. 아카시아흰가루 병균(病菌)의 완전시대(完全時代)인 자낭각(子囊殼)은 우리나라에서 형성(形成)되기 어려우나 간혹 만추(晩秋) 낙엽직전(落葉直前)에 형성(形成)되며 그 형성기간(形成期間)은 아주 짧다. 2. 아카시아흰가루병균(病菌)을 Microsphaera polygoni(DC.) Sawada로 동정(同定)한다. 3. 본균(本菌)의 부속계(附屬系)에는 Erysiphe 형(型)인 것과 Microsphaera형(型)인 것이 있으며 이를 양자간(兩者間)에는 다수(多數)의 중간형(中間型)이 개재(介在)해있고 이들의 단독(單獨) 혹은 혼합(混合)에 의(依)해서 생(生)긴 자낭각(子囊殼)의 수(數)는 전형적(典型的)인 Erysiphe형(型)과 Microsphaera형(型)을 양극(兩極)으로 한 정규분포(正規分布)를 이루며 연속적(連續的)이다. 4. 만약 Blumer(1993)의 흰가루병균류(病菌類)에 대(對)한 계통관계(系統關係)가 옳은 것이라면 본균(本菌)의 부속계변이(附屬系變異)는 Erysiphe에서 Microsphaera로 진화(進化)하였음을 뒷받침하는 것이다.

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구실바위취의 신조합명 및 계통 유연관계 (A new combination for Saxifraga octopetala (Saxifragaceae) and its phylogenetic relationship)

  • 김용인;조성현;김보윤;이정훈;강대현;김순옥;;김영동
    • 식물분류학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.306-317
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    • 2015
  • 본 연구에서는 간혹 흰바위취(Micranthes manchuriensis)와 동일종으로 취급되기도 하는 한국 고유종 구실바위취(Saxifraga octopetala)의 분류학적 지위를 알아보고자 수행되었다. 구실바위취의 계통학적 위치와 종의 경계를 확인하기 위해 두 종의 기준표본에 대한 형태적 검토와 핵 리보솜 DNA의 ITS 지역 염기서열에 대한 집중적인 계통분석을 시행하였다. 총 65개 구실바위취 개체는 ITS 계통수에서 하나의 무리를 이루면서 Micranthes 분기군(clade)에 포함되었고, 톱바위취 및 흰바위취와 가까운 계통 유연관계를 나타내었다. 중국과 러시아에서 채집된 다수의 흰바위취 개체 역시 독자적인 분기군을 형성하면서 M. nelsoniana var. pacifica 및 M. fusca와 자매군을 이루었다. 구실바위취의 실체가 모호했던 것은 흰바위취 개체와 톱바위취의 화서를 함께 포함하고 있는 복합표본인 Wilford의 채집품(흰바위취의 기준표본)을 Nakai가 잘못 관찰하였기 때문으로 생각되었다. 구실바위취와 흰바위취의 높은 형태적 유사성에도 불구하고 이들은 지하 포복경의 특징에 있어서 차이를 보였다. ITS 계통수에서 구실바위취가 Micranthes 내에 자리하는 것으로 나타나 구실바위취는 Micranthes 내에서 종의 지위를 유지하여야 할 것으로 판단되었고, 이에 따라 신조합명(Micranthes octopetala)을 발표하였다.

민숭머리말매미충족의 분지론적 분류(곤충강: 매미목: 매미충과) (Cladistic Taxonomy of the Tribe Errhomenini (Insecta ; Homoptera; Cicadellidae))

  • Eun Yeop Huh;Yong Jung Kwon
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제11권4호
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    • pp.485-495
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    • 1995
  • 분기론적 분류방식을 이용하여 Errhomenini족의 6속에 대한 계통 진화관계를 조사한 결과. 2개의 단배열계통군을 보였으며, 이 분석을 분류 체계화의 기초로 이용하고자 하였다.

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