Solid phase peptide synthesis method, which was introduced by Merrifield in 1963, has spawned the concept of combinatorial chemistry. In this review, we summarize the present technologies of solid phase peptide synthesis (SPPS) that are related to combinatorial chemistry. The conventional methods of peptide library synthesis on polymer support are parallel synthesis, split and mix synthesis and reagent mixture synthesis. Combining surface chemistry with the recent technology of microelectronic semiconductor fabrication system, the peptide microarray synthesis methods on a planar solid support are developed, which leads to spatially addressable peptide library. There are two kinds of peptide microarray synthesis methodologies: pre-synthesized peptide immobilization onto a glass or membrane substrate and in situ peptide synthesis by a photolithography or the SPOT method. This review also discusses the application of peptide libraries for high-throughput bioassays, for example, peptide ligand screening for antibody or cell signaling, enzyme substrate and inhibitor screening as well as other applications.
본 실험에서는 마이크로어레이 형태로 펩타이드와의 공유결합에 의한 고정화를 시키기 위해 유리 칩의 표면을 아민기에서 thiol기로 개질하였다. 펩타이드의 lysine기와 thiol기와의 공유결합반응에는 12시간 정도의 반응시간이 필요하였고 실온보다는 35$^{\circ}C$가 유리함을 확인하였다. Trypsin-FITC와의 반응을 통해 trypsin 결합부위를 가진 target 펩타이드가 control 펩타이드보다 더 높은 형광 신호를 나타냄을 확인하였고, 이를 통해 target 펩타이드를 마이크로어레이 상에서 식별할 수 있었다. 이 trypsin-FITC와의 결합 친화도 차이를 별도의 QCM 실험을 통해서도 확인하였다. 또한 작은 부피의 spot과 높은 농도의 펩타이드 용액이 더욱 높은 표면형광신호를 생성함을 확인하였다. 본 실험을 통해 펩타이드 마이크로어레이 칩 개발을 위한 기초 조건을 확립하였다.
This study was carried out to identify Korean ginseng cultivars using peptide nucleic acid (PNA) microarray. Sixty-seven probes were designed based on nucleotide variation to distinguish Korean ginseng cultivars of Panax ginseng. Among those PNA probes, three (PGB74, PGB110 and PGB130) have been developed to distinguish five Korean ginseng cultivars. Five Korean ginseng cultivars were denoted as barcode numbers depending on their fluorescent signal patterns of each cultivar using three probe sets in the PNA microarray. Five Korean ginseng cultivars, Chunpoong, Yunpoong, Gopoong, Gumpoong and Sunpoong, were simply denoted as '111', '222', '211', '221' and '122', respectively. This is the first report of PNA microarray which provided an objective and reliable method for the authentication of Korean ginseng cultivars. Also, the PNA microarray will be useful for management system and pure guarantee in ginseng seed.
비만세포는 염증 및 알레르기 반응과 관련하여 우리 몸에서 주요한 작용을 하는 세포이다. 봉독은 현재까지 진통기전에 관련된 모델로 연구가 진행되어 왔으나, 최근에는 항염증이나 항알러지반응 둥에서 면역세포와 관련 한 연구가 진행 중에 있다. 본 연구는 봉독의 주요성분인 melittin과 MCD Peptide가 비만세포주에서의 유전자 발현에 미치는 영향을 연구함으로써 향후 유전자 언구에 관련한 기초를 제시하고자 하였다. 본 연구에서는 사람의 비만세포주를 이용하여, 세포독성 실험을 거쳐서 얻은 유효농도에서 각각 melittin과 MCD Peptide를 처치하고, 이때 변화하는 유전자의 발현양상을 microarray분석기법을 통하여 정보를 얻었다. 실험적 통계에 의하여 global M이 1 또는 -1 이상인 것을 유의한 것으로 보았을 때, melittin에서는 모두 7개 의 유전자가 항진되고, 8개의 유전자가 어제되었다. MCDP에서는 7개의 유전자가 항진되고 17개의 유전자가 억제되었다. 이들 유전자들이 주로 관련하는 체내의 작용은 세포내에서 단백결합, lymphocyte 기능의 활성화, macrophage 항원관련 및 세포핵의 수용체, GABA A receptor 관련물질, cAMP 반응요소와 연관된 단백질, 보체계 8번 및 B-cell 관련물질, 다낭성 신질환에 관련된 단백물질, 염증관련물질, 혈액응고에 영향을 주는 단백물질등과 연관이 되었다. 이러한 분석결과를 통하여 동복에서의 주요약리작용을 담당하는 melittin과 MCD peptide의 작용기전을 밝히는데 보다 유용한 자료를 얻을 수 있었으며, 향후에 봉독의 주요성분 및 전체봉 독액이 항알레르기반응이나 항염증작용에 미치는 영향에 대한 심도있는 연구가 필요할 것으로 사료된다.
Recently developed cDNA microarray or DNA chip technology allows expression monitoring of expression of hundreds and thousands of genes simultaneously and provides a format for identifying genes as well as changes in their activity. In order to search for changes in gene expression after X irradiation in HL60 cells, cDNA microarray technique was done. In this study, expression of 588 human genes (including oncogenes, tumor suppressor genes, cell cycle regulator genes, intracellular signal transduction modulator genes, apoptosis related genes, transcription factor genes, growth factors and receptor genes, cytokine genes, etc) were analyzed. For cDNA microarray analysis mRNAs were extracted from control and 8 Gy-irradiated HL60 cells. As a result the changes in expression of several genes were observed. This alteration of gene expression was confirmed by reverse transcription-polymerase chain reaction. The expression of heat shock 60 KD protein, c-jun, erythroid differentiation factor, CPP32, myeloid cell nuclear differentiation antigen, MAP kinase-activated protein kinase, interleukin-8, monocyte chemotactic peptide 1 and RANTES genes was increased, but the expression of p55CDC gene was decreased after X irradiation.
Liver cancer is a leading cause of tumor-related mortality, Diethylnitrosamine (DEN) is one of the most extensively studied hepatic carcinogens to date. In this study, the mRNA expression profile in DEN-induced liver tumors in mice was analyzed using DNA microarrays. We report increased expression of genes that participate in hypoxia response, including metallothionein 1 (Mt1), metallothionein 2 (Mt2), fatty acid synthase (Fasn), transferrin (Trf), adipose differentiation-related Protein (AdfP) and ceruloplasmin (CP), as well as those involved in predisposition and development of cancers, such as cytochrome P450 2A5 (Cyp2a5), alpha 2-HS-glycoprotein (Ahsg) and Jun-B oncogene (Junb). The hepatic iron regulatory peptide, hepcidin (Hampl), was downregulated in DEN-stimulated liver tumors. Expression of tumor suppressor genes, such as tripartite motif protein 13 (Trim13), was decreased under these conditions. The data collectively indicate that DEN-induced tumor development can be exploited as a possible model for liver cancer, since this process involves various genes with important functions in hepatic carcinogenesis.
To study the gene expression change and possible signal pathway during androgen-dependent prostate cancer (ADPC) becoming androgen-independent prostate cancer (AIPC), an LNCaP cell model of AIPC was established using flutamide in combination with androgen-free environment inducement, and differential expression genes were screened by microarray. Then the biological process, molecular function and KEGG pathway of differential expression genes are analyzed by Molecule Annotation System (MAS). By comparison of 12,207 expression genes, 347 expression genes were acquired, of which 156 were up-ragulated and 191 down-regulated. After analyzing the biological process and molecule function of differential expression genes, these genes are found to play crucial roles in cell proliferation, differntiation, cell cycle control, protein metabolism and modification and other biological process, serve as signal molecules, enzymes, peptide hormones, cytokines, cytoskeletal proteins and adhesion molecules. The analysis of KEGG show that the relevant genes of AIPC transformation participate in glutathione metabolism, cell cycle, P53 signal pathway, cytochrome P450 metabolism, Hedgehog signal pathway, MAPK signal pathway, adipocytokines signal pathway, PPAR signal pathway, TGF-${\beta}$ signal pathway and JAK-STAT signal pathway. In conclusion, during the process of ADPC becoming AIPC, it is not only one specific gene or pathway, but multiple genes and pathways that change. The findings above lay the foundation for study of AIPC mechanism and development of AIPC targeting drugs.
There are many cyclic peptides with diverse biological activities, such as antibacterial activity, immunosuppressive activity, and anti-tumor activity, and so on. Encouraged by natural cyclic peptides with biological activity, efforts have been made to develop cyclic peptides with both genetic and synthetic methods. The genetic methods include phage display, intein-based cyclic peptides, and mRNA display. The synthetic methods involve individual synthesis, parallel synthesis, as well as split-and-pool synthesis. Recent development of cyclic peptide library based on split-and-pool synthesis allows on-bead screening, in-solution screening, and microarray screening of cyclic peptides for biological activity. Cyclic peptides will be useful as receptor agonist/antagonist, RNA binding molecule, enzyme inhibitor and so on, and more cyclic peptides will emerge as therapeutic agents and biochemical tools.
골격근의 분화 또는 근육 분화는 근육량과 신진대사 항상성을 유지하기 위해 중요하다. 근육 특이적 microRNAs (miRNAs)는 골격근 분화에 중요한 역할을 한다. 본 연구에서는 rat miRNAs 마이크로어레이를 사용하여 rat L6 근아세포의 근육 분화 과정에서의 miRNAs 발현 양상을 조사했다. 우리는 miR-128의 발현 증가를 발견했고, 동시에 이미 알려진 근육 분화 조절 miRNAs인 miR-1, miR-133b와 mi-206의 발현 증가를 확인했다. 이 microarray 결과를 확인하기위해 우리는 Quantitative RT-PCR 기술을 사용하였고, microarray 결과와 유사하게 발현 초기 mRNAs와 발현 후 성숙 miRNAs에서 모두 miR-128의 발현 증가를 확인했다. 또한 Rat L6 근아세포로의 miR-128 발현 향상은 muscle creatine kinase (MCK), myogenin, myosin heavy chain (MHC)와 같은 근육분화 표지 유전자 발현을 유발했고, 또한 MHC의 단백질 발현을 증가시켰다. 억제 PNAs를 사용한 miR-128의 작용 억제는 이러한 근육 분화 표지 유전자들의 발현을 차단했다. 또한, miR-128 발현 향상은 Erk와 Akt 단백질의 인슐린 자극에 의한 인산화를 증가시켰고, 고인슐린혈증과 고혈당증으로 인해 유도된 인슐린 저항성으로 인한 Erk와 Akt의 억제된 인산화를 회복했다. 이러한 발견은 miR-128이 근육분화와 인슐린 작용에 중요한 역할을 할 수 있다는 것을 시사한다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.