• Journal of Gastric Cancer
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• 제2권1호
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• pp.12-19
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• 2002

Purpose: The H. pylori cagA gene, vacA gene and iceA gene are considered to be important virurence factors that have been implicated in the development of gastric adenocarcinoma. It was reported that the presence of IS605 elements may be responsible for rearrangements and lead to partial or total deletions of the cag pathogenicity island (PAI) and the virulence of cag PAI may be changed. However, different results regarding the association between these virulence factors and clinical disease have been reported from different geographic regions. This study evaluated the relationship between H. pylori virulence factors such as cagA, vacA, iceA, IS605 and gastric adenocarcinoma. Materials and Methods: H. pylori isolates were obtained from 54 infected patients (24 cases of gastric adenocarcinoma, 30 cases of control). H. pylori isolates were identified by PCR with ureC gene and 16S rRNA. PCR was performed to examine cagA, vacA, iceA and IS605 genotypes. Results: Significant difference was found in the negative rates of cagA between gastric adenocarcinoma group and control ($62.5\%\;vs.\;33.3\%$ P=0.033). No significant difference was found in the prevalence of iceA, vacA between gastric adenocar cinoma and control. The genotype of cagA+ vacA s1-m1 iceA1 was predominant in H. pylori isolates irrespective of the clinical outcome. IS605 in PAI was not found in gastric adenocarcinoma gruop and control. The positive rates of IS605 in genome were $33.3\%$ in gastric adenocarcinoma group and $36.7\%$ in control (P>0.05). In gastric carcinoma, the positive rate of $cagA^{+}/IS605$ was lower than in control ($12.5\%\;vs\;40.0\%$, P=0.025) and the positive rate of cagA-/IS605 was higher than in control ($54.2\%\;vs\;23.3\%$, P=0.02). Conclusion: H. pylori virulence factors had not related significantly with gastric adenocarcinoma. Further study is needed to examine the specificity of H. pylori strains.

• The Plant Pathology Journal
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• 제38권1호
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• pp.12-24
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• 2022

In this study, we conducted whole-genome sequencing with six species of Pectobacterium composed of seven strains, JR1.1, BP201601.1, JK2.1, HNP201719, MYP201603, PZ1, and HC, for the analysis of pathogenic factors associated with the genome of Pectobacterium. The genome sizes ranged from 4,724,337 bp to 5,208,618 bp, with the GC content ranging from 50.4% to 52.3%. The average nucleotide identity was 98% among the two Pectobacterium species and ranged from 88% to 96% among the remaining six species. A similar distribution was observed in the carbohydrate-active enzymes (CAZymes) class and extracellular plant cell wall degrading enzymes (PCWDEs). HC showed the highest number of enzymes in CAZymes and the lowest number in the extracellular PCWDEs. Six strains showed four subsets, and HC demonstrated three subsets, except hasDEF, in type I secretion system, while the type II secretion system of the seven strains was conserved. Components of human pathogens, such as Salmonella pathogenicity island 1 type type III secretion system (T3SS) and effectors, were identified in PZ1; T3SSa was not identified in HC. Two putative effectors, including hrpK, were identified in seven strains along with dspEF. We also identified 13 structural genes, six regulator genes, and five accessory genes in the type VI secretion system (T6SS) gene cluster of six Pectobacterium species, along with the loss of T6SS in PZ1. HC had two subsets, and JK2.1 had three subsets of T6SS. With the GxSxG motif, the phospholipase A gene did locate among tssID and duf4123 genes in the T6SSa cluster of all strains. Important domains were identified in the vgrG/paar islands, including duf4123, duf2235, vrr-nuc, and duf3396.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.501-507
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• 2010

본 연구는 국내 타일레리아에서 주요항원단백질(major surface protein) 유전자의 다양성을 분석해 보고자 수행되었다. 나아가 Msp 유전자의 다양성과 타일레리아의 병원성과의 관계도 분석하였다. 제주에 있는 목장으로부터 총 177마리의 한우 혈액을 공시재료로 사용하여 혈액검사와 18S rRNA를 표적으로 하는 PCR을 실행하였다. 그 후, 타일레리아 18S rRNA에 양성인 28마리 (16마리 빈혈군과 12마리의 정상군)를 무작위로 선발하여 Msp유전자의 염기 서열을 반복하여 분석하였다. 총 56개의 염기서열 결과는 다변성 부위(517-571 bp)에 따라 크게 type I에서 type V까지 5가지 형태로 나눌 수 있었는데, 이는 유전자은행(GenBank)에 등록되어 있는 다음의 유전자와 98.9% 이상 일치하였다 (Theileria spp. from China-EU584237; T. sergenti from China-DQ078264; Theileria spp. from Thailand-AB081329; Theileria spp. from Japan-AB218442; T. sergenti from Japan-AB016280). 그 분포는 22, 15, 9, 8, 2개가 각각 type I에서 V까지 분포하였고 빈혈과 관계없이 type I이 가장 많이 나타나는 것으로 밝혀졌다(37.5%의 빈혈군과 41.7%의 정상군). 나머지 type중에서는 type II가 빈혈군에서 가장 많이(37.5%) 나타났으며, 반면 type IV는 정상군에서 많이 (25%) 나타났다. 본 연구는 국내 타일레리아 Msp유전자의 다양성을 밝히는데 좋은 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국산림과학회지
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• 제94권6호
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• pp.402-409
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• 2005

제주도에 조성한 리기다소나무(Pinus rigida Mill.), 리기테다소나무(Pinus rigida ${\times}$ P. taeda) 채종원내 조성년도가 다른 6개 식재지에서 푸사리움가지마름병(pitch canker) 피해를 입은 지 7년째 되는 잔존 임목의 피해를 개체별로 판정하여 채종원 및 수종간 피해도 차이를 비교하였으며 이들 중 표현형에 의해 선발한 내병성, 이병성 선발목의 반형매 차대 2년생 묘목을 리기다소나무와 해송(P. thunbergii Parl.)에서 분리한 푸사리움가지마름병균(Fusarium circinatum)으로 인공접종 한 뒤 기주의 감염성 여부를 검정하였고 균주들의 병원성 여부를 확인하였다. 조사한 특성 중 두 채종원(상효, 한남)내 리기테다소나무 4 식재지간에 SC(줄기궤양)에서 통계적 유의성(${\chi}^2=7.76$; P=0.05)이 있는 것으로 나타났다. 상효채종원내에서 리기다소나무가 리기테다소나무에 비해 수관피해도(top kill)와 가지끝 마름증상(branch tip symptoms)에서 피해도가 높은 것으로 나타났다. 인공접종 결과 내병성 후보목 차대가 이병성 후보목 차대에 비해 14% 높은 고사율을 보였는데, 이는 화분수의 영향이나 표현형에 의한 후보목 선발에서 온 결과로 사료된다. 처리균주 5개 중 C-6-L(9)과 C-6-L(19) 균주가 각각 68%, 60%의 고사율을 보여 차후 추진할 대규모 인공접종용 균주로 사용할 수 있을 것이다. 인공접종 실험을 통해 1차 선발된 내병성 후보목 개체들은 푸사리움가지마름병 저항성 품종 육종을 위한 유전적, 생화학적 기초 연구에 유용한 재료로 이용 될 수 있을 것으로 본다.