• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권2호
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• pp.217-221
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• 2023

Aeromonas spp., are Gram-negative rods that can cause infections in healthy and immunocompromised hosts. The clinical presentation of gastroenteritis varies from mild diarrhoea to shigella-like dysentery to severe cholera-like watery diarrhoea. Here, we report a case of acute hemorrhagic gastroenteritis in a newborn infant by Aeromonas caviae and its draft genome sequence. It is important to reduce the chance of incorrect isolate identification, which could lead to the exclusion of pathogenic Aeromonas spp., from routine laboratory identification in cases of diarrheal diseases. The genome sequence of A. caviae SVJ23 represents a significant step forward in understanding the diversity and pathogenesis, virulence, and antimicrobial resistance profile.

• 미생물학회지
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• 제49권2호
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• pp.156-164
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• 2013

방선균은 의약, 농업 및 식품 생산 등에 유용하게 사용되는 이차대사물질을 생산하는 미생물 자원으로 자연환경 내에서 많은 생물들과 긴밀한 상호작용을 유지하고 있다. 본 연구에서는 장수풍뎅이 유충의 분변에 존재하는 방선균의 다양성과 기능성을 조사하기 위해서 비배양적 접근과 배양적 방법으로 실험을 수행하였다. 먼저 시료로부터 직접 추출한 community DNA에서 방선균-특이 primer를 이용하여 방선균의 16S rRNA 유전자를 PCR로 증폭, 클로닝한 후에 각 clone에 삽입된 염기서열을 분석하였다. 총 37개의 염기서열을 얻었으며 계통분류학적 분석을 수행한 결과, 15속 24종으로 분류되었다. 아울러 53개의 방선균 균주를 장수풍뎅이 유충 분변으로부터 분리하였다. 형태학적 특징을 비교하여 최종적으로 27개의 균주를 선발하여 다양성, 항균활성 및 생화학적 특징을 검정하였다. 분리된 균주들은 4속 14종으로 분류되었으며, 24균주(89%)는 Streptomyces 속으로 분류되었다. 대다수의 균주들이 식물병원성 곰팡이와 그람양성 세균에 대해 길항 효과를 보였다. 또한 많은 균주들이 셀룰로오스와 카제인을 분해하는 생화학적 특징을 보였다. 본 연구를 통해, 장수풍뎅이 유충의 분변 시료로부터 다양한 방선균이 분리될 수 있으며, 분리된 균주들은 다양한 항균효과 및 효소활성을 지니고 있다는 것을 확인하였다. 결론적으로 본 연구는 장수풍뎅이와 같은 곤충의 장과 분변은 다양한 방선균의 서식처이며, 이곳에서 유용한 생리활성 물질을 발견할 수 있다는 것을 제시한다.

• 대한미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.19-29
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• 2000

Although most persons infected with Helicobacter pylori harbor a single strain of the organism, multiple strain colonization in the same patient is also occasionally reported in developed countries. The aims of this study were to determine the prevalence of multiple strain colonization in Korean patients and to detect the cagA, iceA1, and babA status of H. pylori isolated from the antrum and body of the stomach. H. pylori was obtained from 35 patients from the antrum and body of the stomach. The genomic diversity of H. pylori was determined by random amplified polymorphic DNA analysis. The status of cagA, iceA1, and babA genes of H. pylori was assessed by polymerase chain reaction with appropriate primers. Clearly different diversity patterns were identified among the isolates from 35 individual patients. Eighteen (51.4%) patients had a single strain of H. pylori. Eight (22.9%) and nine (25.7%) patients had subtypically (one or two bands difference) and typically (clearly different pattern) different strains of H. pylori in the antrum and body, respectively. Among the 70 isolates of H. pylori from 35 patients, the positive rates of 349-bp and 208-bp cagA gene fragments and the iceA1 gene were 68/70 (97.1%), 68/70 (97.1%), and 58/70 (82.9%), respectively. However, the babA gene was found in 22/66 cases (31.4%). In five out of 18 patients with a single strain, the genetic status of cagA, iceA1, and babA varied between the isolates from the antrum and the body. In 8/17 patients with sub typically or typically different strains, the gene status differed between antrum and body isolates. The prevalence of co-colonization with typically or subtypically different strains is high in Korea, and sub-clones with different pathogenic gene status exist within strains of identical RAPD patterns.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.41-41
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• 2015

Oomycetes belong to the kingdom Straminipila, a remarkably diverse group which includes brown algae and planktonic diatoms, although they have previously been classified under the kingdom Fungi. These organisms have evolved both saprophytic and pathogenic lifestyles, and more than 60% of the known species are pathogens on plants, the majority of which are classified into the order Peronosporales (includes downy mildews, Phytophthora, and Pythium). Recent phylogenetic investigations based on DNA sequences have revealed that the diversity of oomycetes has been largely underestimated. Although morphology is the most valuable criterion for their identification and diversity, morphological species identification is time-consuming and in some groups very difficult, especially for non-taxonomists. DNA barcoding is a fast and reliable tool for identification of species, enabling us to unravel the diversity and distribution of oomycetes. Accurate species determination of plant pathogens is a prerequisite for their control and quarantine, and further for assessing their potential threat to crops. The mitochondrial cox2 gene has been widely used for identification, taxonomy and phylogeny of various oomycete groups. However, recently the cox1 gene was proposed as a DNA barcode marker instead, together with ITS rDNA. To determine which out of cox1 or cox2 is best suited as universal oomycete barcode, we compared these two genes in terms of (1) PCR efficiency for 31 representative genera, as well as for historic herbarium specimens, and (2) in terms of sequence polymorphism, intra- and interspecific divergence. The primer sets for cox2 successfully amplified all oomycete genera tested, while cox1 failed to amplify three genera. In addition, cox2 exhibited higher PCR efficiency for historic herbarium specimens, providing easier access to barcoding type material. In addition, cox2 yielded higher species identification success, with higher interspecific and lower intraspecific divergences than cox1. Therefore, cox2 is suggested as a partner DNA barcode along with ITS rDNA instead of cox1. Including the two barcoding markers, ITS rDNA and cox2 mtDNA, the multi-locus phylogenetic analyses were performed to resolve two complex clades, Bremia lactucae (lettuce downy mildew) and Peronospora effuse (spinach downy mildew) at the species level and to infer evolutionary relationships within them. The approaches discriminated all currently accepted species and revealed several previously unrecognized lineages, which are specific to a host genus or species. The sequence polymorphisms were useful to develop a real-time quantitative PCR (qPCR) assay for detection of airborne inoculum of B. lactucae and P. effusa. Specificity tests revealed that the qPCR assay is specific for detection of each species. This assay is sensitive, enabling detection of very low levels of inoculum that may be present in the field. Early detection of the pathogen, coupled with knowledge of other factors that favor downy mildew outbreaks, may enable disease forecasting for judicious timing of fungicide applications.

• 한방비만학회지
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• 제19권2호
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• pp.97-105
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• 2019

Objectives: We investigated differences between the tracheostomized and the non-tracheostomized stroke patients through microbiological analysis for the purpose of preliminary explorations of full-scale clinical research in the future. Methods: We collected tracheal aspirates samples from 5 stroke patients with tracheostomy and expectorated sputum samples from 5 stroke patients without tracheostomy. Genomic DNA from sputum samples was isolated using QIAamp DNA mini kit. The sequences were processed using Quantitative Insights into Microbial Ecology 1.9.0. Alpha-diversity was calculated using the Chao1 estimator. Beta-diversity was analyzed by UniFrac-based principal coordinates analysis (PCoA). To confirm taxa with different abundance among the groups, linear discriminant analysis effect size analysis was performed. Results: Although alpha-diversity value of the tracheostomized group was higher than that of the non-tracheostomized group, there was no statistically significant difference. In PCoA, clear separation was seen between clusters of the tracheostomized group and that of the non-tracheostomized group. In both groups, Bacteroidetes, Proteobacteria, Fusobacteria, Firmicutes, Actinobacteria were identified as dominant in phylum level. In particular, relative richness of Proteobacteria was found to be 31% more in the tracheotomized group (36.6%) than the non-tracheostomized group (5.6%)(P<0.05). In genus level, Neisseria (24%), Prevotella (17%), Streptococcus (13%), Fusobacteria (11%), Porphyromonas (7%) were identified as dominant in the tracheostomized group. In the non-tracheostomized group, Prevotella (38%), Veillonella (20%), Neisseria (9%) were genera that found to be dominant. Conclusions: It is meaningful in that the tracheostomized group has been identified a higher rate of microbiotas known as pathogenic in respiratory diseases compared to the non-tracheostomized group, confirming the possibility that the risk of opportunity infection may be higher.

• 생명과학회지
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• 제26권4호
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• pp.496-502
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• 2016

본 논문은 프로바이오틱 세균의 잠재적 기원으로서의 중요성으로 한국 발효식품의 다양성을 살펴보았다. 한국에서 소비되고 있는 발표식품들은 여러 물질들을 기반으로 나눌 수 있다. 김치, 메주, 된장, 간장, 젓갈, 막걸리와 같은 발표식품은 중요한 약리적인 성질들을 가진 것으로 보고되고 있다. 이러한 발효 식품들은 지역 주민들에게 규칙적으로 소비되고 있으며, 이들 발효식품들은 Weissella spp., Lactobacillus spp., Leuconostoc spp., Mucor, Penicillium, Scopulariopsis, Aspergillus, Rhodotorula, Candida, Saccharomyces, Bacillus와 유산균을 포함한 다양한 유익 미생물을 기반으로 만들어 진다. 발효식품들은 음식으로서의 이용가치의 경계를 넘어서 약리적인 식품으로써 뿐만 아니라 기능적인 면에서까지 높아지고 있다. 이러한 발효식품은 잠재적 항산화, 항암, 항콜레스테롤, 항당뇨, 항노화의 물질이 풍부한 기원으로 여기고 있다. 전반적으로 전통발효 식품은 식품공급원뿐만 아니라 인간 건강을 높여주는 특성을 가지고 있다. 여러 다양한 발효식품이 식이에 대한 효과가 과학적 보고들이 많이 출판되었고 전통발효식품이 건강에 유익하다는 것에 대한 인식이 증가되고 있다. 이러한 영역에서 현재 많은 보고서가 있다. 식품미생물학자가 이용할 수 있는 충분한 기회를 제공할 뿐만 아니라 발효식품의 탐험과 신종균주의 분리, 미생물연구에 잠재적 응용가치를 높일 수 있다.

• 한국식품과학회지
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• 제47권1호
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• pp.126-131
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• 2015

본 연구에서는 한국의 전통적인 식품인 비빔밥에서 2005년에서 2011년에 분리한 대장균에 대한 특성을 연구하였다. 전체 1,142건의 비빔밥에서 84 균주(7.4%)의 대장균이 분리되었다. 분리한 균주의 항생제 내성 분석 및 다제 내성 패턴은 ampicillin의 내성이 가장 높았으며 6 균주(7.2%)에서는 다제 내성을 보였다. 분리한 균주의 병원성 유전자 13종의 유무를 확인한 결과 5 균주(5.9%)에서 ent 유전자를 보유하여 STEC/EPEC 형의 대장균으로 분류되었다. 그러나 EIEC, EAEC, ETEC 형은 검출되지 않았다. 병원성 유전자가 검출되지 않은 대장균에 대한 혈청형은 O103 (1.2%), O91 (1.2%), O128 (6.0%)으로 확인되었고 O26, O157, O145, O111, O121 혈청형은 없었다. 동일한 O 혈청형 균주는 독소 유전자를 가지고 있는 것과 없는 것이 동시에 있다고 보고 되어 있고 혈청형으로 병원성 유전자를 구분하는 것은 균주의 특성에 따라 차이가 많이 나므로 향후 연구가 필요하다. 위해 요소가 있는 균주에 대해서 유전적 상동성을 시험한 결과 균주의 상동성이 낮아서 서로 다른 오염원에서 분리 되었음을 유추 할 수 있었다. 비빔밥은 다양한 재료를 사용하며 제조 과정이 복잡하기 때문에 대장균에 의한 오염의 가능성이 매우 높은 식품이다. 그러므로 원재료부터 완성까지 위생적으로 철저하게 조리해야 하며 교차 오염 방지 및 관리를 통해 안심하고 섭취할 수 있도록 해야 한다.

• 동아시아식생활학회지
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• 제13권5호
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• pp.433-438
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• 2003

4종류의 식중독 세균 E. coli, S. typhimurium, S. aureus, L. monocytogenes 에 대하여 35 종의 국내산 자생 식물 열매 추출물에 의한 항균작용을 조사하였다. 1 mg/disc 농도의 추출물을 6.0 mm paper disc 에 흡수시켰으며 disc 주위의 clear zone의 직경 (mm)을 생육저해환으로서 비교하였다. S. aureus에서는 덜꿩나무가 6.5 mm, 가막살나무와 독활이 각각 7.0 mm, 신나무가 8.0 mm 동백나무 와 만주고로쇠가 각각 9.5 mm의 clear zone을 보이며 우수한 항균성을 가진 것으로 검색되었고 L. monocytogenes에서는 동백나무 열매 추출물만 7.0 mm의 clear zone이 나타났으며 E. coli 와 S. typhimurium에서는 모든 추출물이 항균성을 나타내지 않았다. 또한 S. aureus 와 L. monocytogenes에 항균성을 보인 동백나무 열매 MeOH 추출물의 최소 저해 농도를 측정한 결과 S. aureus에 대하여 1,250 $\mu\textrm{g}$/mL, L. monocytogenes에 대하여 1,250∼2,500 $\mu\textrm{g}$/mL로 나타났다. 이상의 본 연구 결과는 35종의 국내산 자생 식물 열매의 항균 효과를 검토하고 동백나무 열매의 최소 저해 농도를 측정하여 향후 천연 항균 소재 개발에 필요한 기초 자료를 제시하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제48권6호
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• pp.904-912
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• 2015

There is a great deal of research interest regarding substitutes for antibiotics because of various obstacles to the efficacy and use of antibiotics. We isolated and analyzed diversity of microbiota which exhibited antibacterial activity against 23 pathogenic bacteria, to develop alternative agent of antibiotics. By investigating the microbiota from rocks on the seashore, we characterized and obtained various antibacterial material-producing bacteria. Thirty-one isolates belong to four genera and seven species, according to 16S rDNA sequence analysis, showed antibacterial activities against 23 pathogenic bacteria. The Identity of 16S rDNA sequences indicated three species of Bacillus, one species of Paenibacillus, one species of Pseudomonas and two species of Enterobacter. Two isolates were similar to Bacillus aerophilus, four isolates were similar to Bacillus pumilus, seven isolates were similar to Bacillus safensis, 15 isolates were similar to Paenibacillus polymyxa, respectively. In addition, one isolate was similar with Pseudomonas poae, one isolate was similar to Enterobacter asburiae, and one isolate was similar to Enterobacter ludwigii, respectively. Variations of antibacterial activity and level among the same species were indicated the diverse strains of isolates. Vibrio vulnificus showed the highest degree of growth inhibition by 29 isolates. Further studies regarding antibacterial materials and bacteria suggest that development of probiotic strains or alternative agents to antibiotics.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.126-132
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• 2009

레지오넬라균은 치명적인 폐렴을 일으킬 수 있는 균으로서, 기후 온난화와 함께 노출의 수위가 높아지고 있는 병원성균이다. 본 연구는 2008년 6월부터 8월까지 서울시내 25개구 소재 수계시설에서 분리한 레지오넬라균 73개 주에 대해 혈청형, Dot/Icm라 일컬어지는 병원성 유전자 분석 그리고 Pulsed field gel electrophoresis (PFGE)를 실시하여 유전자형과 그들 사이의 상관관계를 파악하였다. 73개주 중 69주는 Legionella pneumophila로 혈청형의 분포는 sg1 43주, sg6 9주, sg5 8주, sg3 8주, sg2 1주로 파악되었으며, Legionella spp. 4개주는 Legionella nautarum였다. 분리된 Legionella pneumophila 대부분이 여러 개의 병원성 유전자를 보유하고 있었으며, 반면에 Legionella nautarum은 병원성 유전자가 많이 결핍되어있었다. PFGE pattern을 분석해 볼 때, Legionella pneumophila가 동일한 혈청형안에서 다양하게 분화되어감을 볼 수 있었으며, 병원성 유전자의 분포와 깊은 상관관계를 보였다.