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ITS 염기서열 분석 및 CAPS를 이용한 조이시아 속(Zoysia) 들잔디와 갯잔디의 구별 (Molecular Identification of Zoysia japonica and Zoysia sinica (Zoysia Species) Based on ITS Sequence Analyses and CAPS)

  • 홍민지;양대화;정옥철;김양지;박미영;강홍규;선현진;권용익;박신영;양바오로;송필순;고석민;이효연
    • 원예과학기술지
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    • 제35권3호
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    • pp.344-360
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    • 2017
  • Zoysia 속 잔디는 학교운동장 및 공원, 골프장, 스포츠경기장과 같이 다양한 장소에 식재되고 있는 중요한 잔디이다. 해안가에서 자생하는 Zoysia 속 들잔디와 갯잔디는 외부 형태적 특성이 유사하여 외부 형태적 분류 뿐 만 아니라 분자생물학적 분류도 필요하다. 본 연구에서는 nrDNA-ITS(Internal Transcribed Spacer)의 DNA 바코드 분석을 통해서 자생하는 들잔디와 갯잔디의 분자생물학적 신속한 분류체계를 확립하고자 하였다. 이를 위해 난지형 잔디인 Zoysia 속 들잔디(Z. japonica) 및 갯잔디(Z. sinica)와 한지형 대표 잔디인 크리핑 벤트그라스(A. stolonifera) 및 켄터키 블루그라스(P. pratensis)의 nrDNA-ITS 염기서열을 확보하였다. 확보된 들잔디및 갯잔디, 크리핑 벤트그라스, 켄터키 블루그라스의 ITS 염기서열 전체 구간은 각 686bp와 687bp, 683bp, 681bp으로 확인되었으며, nrDNA-ITS 내부 염기서열구간 분석 결과, ITS1의 크기는 248-249bp, ITS2는 270̵-274bp, 5.8S rDNA는 163-164bp의 차이로, 각 4종의 잔디가 ITS 염기서열을 이용하여 식별되었다. 특히, 들잔디와 갯잔디 nrDNA-ITS 염기서열은 19 염기(2.8%) 차이를 나타냈으며, ITS1과 ITS2의 G + C 함량은 55.4-63.3% 임을 확인하였다. 이러한 들잔디와 갯잔디의 ITS 염기서열 차이를 바탕으로 CAPS 마커로 전환하여 대조구 및 수집된 자생 Zoysia 속 잔디 영양체 62개체를 분석한 결과, 외부형태학적 분류법으로 들잔디 개체, 갯잔디 개체로 동정되었지만, ITSCAPS 마커를 이용한 분자생물학적 분류법으로 들잔디 36개체와 갯잔디 22개체 뿐만 아니라 들잔디와 갯잔디간의 자연교배종 4개체도 식별하였다. 이상의 결과에서 들잔디와 갯잔디는 ITS 염기서열 및 ITS 기반 CAPS를 통하여 식별할 수 있을 것으로 판단된다.

Identification of the quantitative trait loci for breaking and bending types lodging resistance in rice, using recombinant inbred lines derived from Koshihikari and a strong culm variety, leaf star

  • Samadi, Ahmad Fahim;Yamamoto, Toshio;Ueda, Tadamasa;Adachi, Shunsuke;Hirasawa, Tadashi;Ookawa, Taiichiro
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.93-93
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    • 2017
  • To develop rice cultivars with increased biomass and grain yield, superior lodging resistance is an essential trait. The new breeding approach can be adopted for the improvement of stem lodging resistance by enhancing culm strength. The resistance to breaking type lodging is attributed to bending moment of basal culm (M), which is composed of the section modulus (SM) and bending stress (BS). The resistance to the bending type lodging is attributed to flexural rigidity (FR) of stem, which is composed of the secondary moment of inertia (SMI) and Young's modulus (YM). Starch and cell wall components such as cellulose, hemicellulose and lignin also play a significant role in physical strength of culm, and thus affect lodging. Leaf Star has a superior lodging resistance due to its thick and stiff culm because of its high M and FR compared with Koshihikari. Furthermore, Leaf Star contains high densities of hemicellulose, cellulose and low lignin density in culm compared with Koshihikari. In this study, we performed QTL analysis for these traits associated with culm strength, using 94 recombinant inbred lines (RILs, $F_8$), derived from a cross between Leaf Star and Koshihikari. The SM in the RILs showed a continuous distribution. QTLs for SM were detected on chrs.2, 3 and 10. Leaf Star alleles increased SM on chrs. 2 and 3, but Koshihikari allele increased on chr.10. These QTLs overlapped with those QTLs identified using backcrossed inbred line derived from a cross between Chugoku 117 and Koshihikari, the parents of Leaf Star. The FR in Leaf Star was higher than that in Koshihikari due to the larger SMI and YM. 3 QTLs for SMI were detected on chrs.2, 3 and 10. Leaf Star alleles increased SMI on chrs.2 and 3, and Koshihikari alleles increased on chr.10. One QTL on chr.3 and two QTLs on chr.5 for hollocelulose content were detected with Leaf Star alleles contribution. Moreover, two QTLs were detected for hemicellulose density on chrs.3 and 5. Leaf Star allele increased hemicellulose density on chr.5, and Koshihikari allele increased on chr.3. Furthermore, two QTLs for cellulose density were detected on chr.5, and one QTL on chr.2. For starch content, one QTL on chr.3 and two QTLs on chr.5 with Leaf Star alleles contribution were detected. TULK-6 carrying a chromosome segment of Leaf Star on chr.5 in the Koshihikari genetic background showed higher densities of starch and hemicellulose than those in Koshihikari. These results suggest that the detected QTLs for culm strength could be utilized for the improvement of lodging resistance in rice by marker-assisted selection.

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콩 우수 계통 '천알'에서 발견한 역병 저항성 유전자좌 (Identification of a Locus Associated with Resistance to Phytophthora sojae in the Soybean Elite Line 'CheonAl')

  • 유희진;강은지;강인정;김지민;강성택;이성우
    • 한국작물학회지
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    • 제68권3호
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    • pp.134-146
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    • 2023
  • 콩 역병(Phytophthora root rot, PRR)은 난균(oomycete)인 Phytophthora sojae에 의해 발생하는 콩의 주요 병 중 하나로, 배수가 잘 안 되는 밭이나 습한 토양에서 심하게 발생한다. 역병의 피해를 효과적으로 줄일 수 있는 방법은 주로 역병 저항성 품종을 재배하는 것으로, 이는 저항성 유전자 Rps (resistance to P. sojae)에 대한 연구를 중심으로 이루어진다. 본 연구는 대풍 과 천알(계통명 SS0404-T5-76)을 교배하여 구축한 RIL (recombinant inbred line) 집단을 이용하여 콩 역병 균주40468과 연관된 저항성 유전자좌를 탐색하기 위해 수행되었다. 역병 균주40468에 대한 저항성 평가는 하배축 접종(hypocotyl inoculation) 방법으로 이루어졌다. 저항성 검정 결과, 천알은 저항성,대풍은 감수성을 보였고 집단 내에서는 계통들의 표현형이 분리되는 양상을 보였다. 집단 내에서 표현형 분포는 1:1 (R:S) (χ2 = 0.57, p = 0.75) 분리비와 일치하였으며, 이는 저항성 반응이 단일 유전자에 의해 조절됨을 나타낸다. 대풍, 천알과 각 RIL 계통들은 고밀도 SNP 유전자형 분석을 통해 데이터를 얻었고, 이를 바탕으로 유전자 지도를 작성하였다. 일원분산 분석(Single-marker ANOVA) 및 linkage analysis 결과, 18번 염색체의 55.9~56.4 Mbp에서 높은 통계적 유의성을 보였으며, 이 지역의 표현형 분산은 ~98%로 나타났다. 탐색된 영역은 다수의 선행연구에서 Rps의 위치로 보고된 지역과 겹치며, 콩 표준 유전체 정보를 기반으로 0.5 Mbp 범위 내에서 leucine-rich repeat (LRR) 또는 serine/threonine kinase(STK)을 합성하는 유전자 9개를 포함하고 있다. 천알은 역병 균주40468에 대한 저항성 유전자좌가 밝혀진 첫 국내 콩 품종으로, 본 연구에서 밝힌 천알의 저항성 유전자좌는 향후 역병 저항성 육종 및 연구에서 유용한 재료가 될 것이다.

UML의 부분-전체 관계에 대한 메타모델 형식화 이론의 적용: 집합연관 및 복합연관 판별 실험 (Applying Meta-model Formalization of Part-Whole Relationship to UML: Experiment on Classification of Aggregation and Composition)

  • 김태경
    • 지능정보연구
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    • 제21권1호
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    • pp.99-118
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    • 2015
  • 정보 시스템 개발에 있어 객체지향 프로그래밍 언어가 널리 사용된다. 이와 함께 객체지향 설계를 뒷받침하는 개념적 모델링 언어에 관한 관심도 높다. 이를 배경으로 통합 모델링 언어 혹은 UML로 알려진 개념적 모델링 언어는 여러 객체 지향 프로그래밍 언어와 함께 사용되면서 사후적 표준으로 자리 잡았다. UML은 클래스를 설계의 중심에 둔다. 또한 클래스들 간의 관계를 통해 체계적인 이해를 가능하게 한다. 특히 부분에 해당하는 클래스들과 전체에 해당하는 클래스의 관계인 부분-전체 관계를 설계할 수 있는 문법 또한 UML에 포함된다. 현실 세계에 부분-전체 관계로 파악될 수 있는 여러대상들이 존재하고 비즈니스 활동에 존재하는 각종 역할들의 구조에서도 부분-전체 관계로 표현될 수 있는 대상들이 보편적으로 보인다. 따라서 UML로 클래스들 간의 부분-전체 관계를 드러내는 일은 자연스럽다. 문제는 부분-전체 관계를 파악하는 활동은 UML 2.0의 표준에 포함되었으나 실제 설계 과정에서 적극 활용하기 위한 실천적 이론화가 부족하다는 점이다. 부분-전체 관계를 집합연관과 복합연관으로 세분화한 UML 문법은 표현 양식에서 부족함은 없을지라도 어떤 대상을 부분-전체로 파악하고, 이를 어떻게 집합연관이나 복합연관으로 분류해야 할 것인지에 대한 판단이 쉽게 결여된다. 지금까지 UML의 부분-전체 관계 규명은 언어적 표현법을 활용하는 것에 치우쳤다. 이와 같은 문제에 대한 대안을 제시하기 위해 본 연구는 메타모델 형식화 이론을 기반으로 UML 사용자가 부분-전체 관계를 판단하고 이를 집합연관과 복합연관으로 분류할 수 있는 실천적 대안을 제시한다. 이를 활용한 실험의 결과 메타모델 형식화가 UML 사용자들에게 통용되어 온 언어적 구분법보다 더 나은 결과를 낳는다는 점이 밝혀졌다. 본 연구는 부분-전체의 판별과 구분에 도움을 주는 실용적인 방법을 제안하고 검증하였다는 점에서 의의가 있다.

Sclerotium rolfsii에 의한 녹두 흰비단병 (Sclerotium Rot of Mungbean (Phaseolus radiatus L.) Caused by Sclerotium rolfsii in South Korea)

  • 권진혁;김민근;강동완;한인영;이병정;김진우
    • 한국균학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.246-250
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    • 2017
  • 2015년 9월 경상남도농업기술원 시험연구포장에 재배중인 녹두에서 흰비단병 증상이 발생하였다. 병징은 녹두의 줄기 지제 부위가 수침상으로 물러지고 부패되어 서서히 시들면서 포기 전체가 말라 죽었다. 줄기의 병반부와 토양 표면에 흰색의 곰팡이가 발생하며 갈색의 작은 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 감자한천배지에서 균총은 흰색이고 잘 자라며 배양기간이 경과됨에 따라 갈색의 작은 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1~3 mm이며 균사의 폭은 $4{\sim}9{\mu}m$였다. 균사 생육과 균핵 형성 적온은 $30^{\circ}C$이었다. 균사 특유의 clamp connection이 관찰되었다. 녹두에서 발생한 병징과 병원균의 균학적 특징, internal transcribed spacer rDNA 염기서열 비교분석 결과를 토대로 이 병을 Sclerotium rolfsii Saccardo에 의한 녹두 흰비단병으로 명명하고자 제안한다.

Daphnia magna와 Euglena agilis를 이용한 도금폐수 독성평가 (Toxic Effects of Metal Plating Wastewater on Daphnia magna and Euglena agilis)

  • 이정아;박다경
    • 환경생물
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    • 제34권2호
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    • pp.116-123
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    • 2016
  • 본 연구에서는 경기도 안산 도금폐수 처리시설에서 총 4개 시료를 대상으로 국내 생태독성시험 표준 생물 종인 D. magna와 국내서식 종 E. agilis를 이용한 생태독성을 수행하였다. 시료에 대한 독성원인물질 탐색은 D. magna 급성 독성시험법을 이용하여 1) 시료 내 개별 중금속 농도와 시료의 독성영향과의 상관분석, 2) 원인물질탐색 실험 (단계적 pH, SS, 중금속, 산화제 Test), 3) 중금속 목적물질에 대한 독성영향 농도와 시료 내 목적물질의 농도와의 비교 등을 통해 평가하였다. 도금폐수 시료에 대한 E. agilis 시험법의 적용 가능성 평가는 E. agilis 실시간 생태독성 모니터링장비(E-Tox 시스템)를 이용하여 수행하였다. D. magna 시험 결과, 시료의 독성원인물질군은 부유물질 (SS), 산화제 그리고 중금속으로 예측되었으며 개별 중금속 원인물질은 Cu, Hg, Ag로 판단되었다. E. agilis는 D. magna에 비해 독성 민감도는 높지 않으나 D. magna에 독성영향을 나타내는 도금폐수시료에 신속하고 민감하게 반응하였다. 본 연구의 결과 D. magna를 이용한 단계별 독성원인물질 탐색평가과정은 생태독성기준을 초과하는 도금폐수 시료에 대한 독성 원인물질을 파악하는데 효과적으로 나타났다. 또한 E-agilis 시험은 향후 도금폐수의 수질을 실시간으로 모니터링 하는데 적용 가능 할 것으로 판단된다.

교모세포종 세포주 U-87에서 세포내 PKC 농도와 종양침습성과의 상관 관계 (The Relationship between Intracellular Protein Kinase C Concentration and Invasiveness in U-87 Malignant Glioma Cells)

  • 지철;조경근;이경진;박성찬;조정기;강준기;최창락
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제30권3호
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    • pp.263-271
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    • 2001
  • 교모세포종은 비교적 흔한 원발성 뇌종양이며 생물학적 특성상 빠른 성장률을 보이는 것 외에 침습성이 강하여 종양과 인접한 부분을 파괴 시킬 뿐 아니라 직접접촉하지 않는 부분의 파괴도 일어나게 되어 그 결과 치료 예후가 매우 불량한 것으로 되어 있다. 이러한 불량한 예후를 개선 시키기 위해서는 이들 종양의 침습에 대한 기전의 정확한 이해가 필요하며 이를 이용한 새로운 치료방법이 요구된다할 것이다. Protein kinase C(PKC)는 세포내 신호전달체제 과정에서 매우 중요한 역할을 하는 효소로 세포막 수용체 신호를 핵으로 전달하는 역할을 하며 세포내 여러 생물학적 작용이 알려져 있다. 본 실험은 종양침습과 연관하여 세포내 PKC가 어떠한 작용을 하는지에 대해서 악성교종 세포를 대상으로 하여 알아보고자 하였다. 따라서 PKC가 종양침습에 중요한 역할을 할 것이라는 가설을 세웠고 이 가설을 증명하기 위해 세포내 PKC농도를 길항제 및 촉진제를 이용하며 높고 낮게 조절함으로써 그에 따른 침습성의 변화를 살펴보았다. 방법으로는 교모세포종 세포주인 U-87 세포를 약제로 처리한 후 인위적으로 조절된 세포내의 PKC에 대해 효소의 활성도를 측정하였고 침습성은 matrigel artificial basement membrane assay 및 tumor spheroid fetal rat brain aggregate(FRBA) confrontation assay를 이용하여 측정하였다. 결과로 PKC의 길항제인 tamoxifen과 hypericin으로 처치한 세포는 PKC의 활성과 침습도가 모두 감소하였으며 이는 약제농도에 비례하여 나타났다. 반면 PKC 자극제인 TPA로 처치된 세포는 증가된 PKC 활성도나 침습도을 보이지 않았다. 이러한 결과를 종합해 보았을 때 PKC는 종양세포의 침습성에 중요한 역할을 함을 알 수 있었으며 PKC의 길항제는 종양 치료에 유용한 화학 요법 제가 될 수 있을 것으로 사료된다.

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Sclerotium rolfsii에 의한 오이 흰비단병 발생 (Occurrence of Sclerotium Rot of Cucumber Caused by Sclerotium rolfsii)

  • 권진혁;이상대;최옥연;신순선;심홍식
    • 식물병연구
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    • 제19권3호
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    • pp.229-232
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    • 2013
  • 경상남도농업기술원 시험포장에서 S. rolfsii에 의한 오이 흰비단병 증상이 발생하였다. 전형적인 병징으로 시들음, 썩음, 줄기와 과실 수침상을 보였고 감염된 식물체는 결국 시들어 말라 죽었다. 병반부와 토양 표면에 흰색의 곰팡이가 발생하며 갈색의 작고 둥근 균핵이 형성되었다. 감자한천배지에서 균총은 흰색이고 잘 자라며 배양기간이 경과됨에 따라 갈색의 작은 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1-3 mm이며 균사의 폭은 4-8 ${\mu}m$였다. 균사생육과 균핵 형성 적온은 $30^{\circ}C$이었다. 주사전자현미경 검경결과 균사 특유의 clamp connection이 관찰되었다. 코흐의 가설을 만족하기 위해, 50일간 키운 오이 유묘를 이용하여 병원성 검정을 실시한 결과 흰비단병 특유의 병징을 유도하였다. 오이에서 발생한 병징과 병원균의 균학적 특징, 그리고 ITS rDNA 염기서열 비교분석 결과, 이 병을 Sclerotium rolfsii Saccardo에 의한 오이 흰비단병으로 명명하고자 제안한다.

시진핑 시대 중국의 외교적 과제와 전망 (China's Diplomatic Challenges and Prospect in the Xi Jinping Era)

  • 조영남
    • Strategy21
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    • 통권33호
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    • pp.5-36
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    • 2014
  • This article aims to analyze the diplomatic challenges currently facing China as well as the foreign policy the Xi Jinping administration is adopting to address them. With these purposes in mind, it will look into three areas: first, diplomatic tasks confronting the Xi leadership; second, foreign policy that the Xi administration has implemented since the 18th Party Congress in 2012; and third, the prospects for China's foreign policy under the Xi leadership. As the Xi Jinping administration entered into office, it has encountered two major diplomatic challenges. One is the searching for a new foreign policy, and the other the restructuring of the existing foreign affairs and national security systems. The Xi administration, during its first year in office, has responded actively to tackle these issues. To begin with, it has attempted to make some adjustments on foreign policy while maintaining the Deng Xiaoping line of foreign policy. One of these modifications is placing emphasis on national "core interest," as illustrated by changes in guideline for maritime conflicts, pushing for building maritime power, and proclamation of Air Defense Identification Zone in the East China Sea. Second is the decision on the new guideline for peripheral diplomacy. That is, the administration regarded creating peaceful and stable environments to realize "Chinese Dream" as an important goal of foreign policy, and proposed such new guiding ideology as "familiarity, integrity, benefit, and accommodation." In additoin, the Xi administration restructured the existing foreign affairs and national security systems. Establishing the Central State Security Committee and the Internet Leading Small Group (LSG) are cases in point. As comprehensive organizations for policy coordination that encompass party, government, and military, the two LSGs are in charge of enacting related policies and fine-tuning policy implementation, based upon leadership consisting of chiefs of each relevant organs. Moreover, since Xi himself became the chief of these two newly-found organs, the conditions under which these LSGs could demonstrate unified leadership and adjusting role in its implementation of military, diplomatic, and security policies were developed. The future Chinese diplomacy will be characterized with three main trends. First, peripheral diplomacy will be reinforced. The peripheral diplomacy has become far more important since the Work Conference on Peripheral Diplomacy in October 2013. Second, economic diplomacy will be strengthened with an eye on reducing the "China Threat Theory," which still exists in Asia. Third, the policies to isolate the Philippines and Japan will continue in regard to maritime disputes. All in all, Chinese diplomacy in the Xi Jinping era is likely to feature practical diplomacy which combines both hard and soft approaches to best realize Chinese national interest.

우편용 4-state 바코드 고속판독 방법에 관한 연구 (A Study on the Method of High-Speed Reading of Postal 4-state Bar Code for Supporting Automatic Processing)

  • 박문성;김혜규;정희경
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제8D권3호
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    • pp.285-294
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    • 2001
  • 집배원이 배달순서로 자동구분하기 위하여 요구되는 요소 기술인 4-state 바코드 시스템 개발이 진행중이며, 우편번호, 배달순서코드, 고객정보 등이 적용될 수 있다. 기존의 고객 바코드 판독 시스템은 우편물상의 바코드 심볼로지가 존재하는 판독대상 영역의 기울기가 $\pm 1.47^{\circ}$이고, 심볼의 훼손과 잡영이 없을 경우에 79∼100msec의 속도로 자동구분 정보가 판독된다. 본 논문에서는 판독범위 및 판독성능의 개선을 위하여 CCD(Charge Coupled Device) 센서로부터 획득된 이미지상에서 존재하는 심볼로지 정보의 고속판독 방법을 제시한 것이다. 이 판독방법은 다진(gray) 이미지 바탕면의 경계값(threshold) 기울기 분포를 기준으로 2개의 경계값을 설정하여 판독대상 정보를 획득하였다. 또한, 바코드 심볼로지의 존재 가능성 영역만을 검사하고, 판독대상 영역에서 트래커(tracker)를 탐색하여 심볼로지에 대한 기울기값, 경계값, 좌표값 등을 생성한 후 심볼값이 판독되도록 한 것이다. 판독시험 결과는 심볼로지가 $\pm 45^{\circ}$ 기울어지고, 잡영이 존재할 경우에도 30∼60msec(58,000∼116,000통/시간) 이내에 판독되었다. 우편물 자동구분용 바코드 판독기로써 적용될 경우에 판독속도가 평균 57.25% 이상 개선되고, 판독범위의 확장으로 0.2%미만의 기계적인 오류(이송과정에서의 Jam 발생비율)를 제외할 경우에 거의 99.8% 우편물을 판독하여 자동구분 처리할 수 있게 될 것으로 기대한다.

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