• 농업생명과학연구
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• 제50권2호
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• pp.151-160
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• 2016

염증성 사이토카인은 파골세포형성과정에서 중요한 요인이며, 뼈의 흡수는 자주 골다공증과 연결된다. 설포라판은 보로콜리의 화뢰로 부터 분리된 물질로 염증성 사이토카인을 억제한다고 알려져 있다. 본 실험에서는 Receptor activator of nuclear factor kappaB ligand(RANKL)로 자극된 세포에서 설포라판이 파골세포 형성 억제에 대한 효과를 측정하였다. 설포라판은 대식세포인 RAW 264.7 세포에서 파골세포 특이 마커 유전자인 tartrate-resistant acid phosphatase(TRAP), Cathepsin K, matrix metalloproteinase 9(MMP-9), calcitonin receptor을 저해하였으며, TRAP, MMP-9, tumor necrosis factor receptor-associated factor 6(TRAF6)와 전사인자인 nuclease factor of activated T cells(NFATc1)의 단백질 발현과 RANKL로 자극하였을 때 전자인사인 nuclear factor kappaB(NF-kappaB)의 전사활성도 억제 하였다. 이와 같은 결과로 설포라판이 NF-kappaB의 전사활성 억제뿐만 아니라, 파골세포형성인자(TRAP, cathepsin K, MMP-9, calcitonin, NFATc1)와 NFATc1의 발현을 억제시키는 효과가 있음을 확인하였다.

• Molecules and Cells
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• 제43권5호
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• pp.459-468
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• 2020

Nuclear receptor subfamily group H member 4 (NR1H4), also known as farnesoid X receptor, has been implicated in several cellular processes in the liver and intestine. Preclinical and clinical studies have suggested a role of NR1H4 in colon cancer development; however, how NR1H4 regulates colon cancer cell growth and survival remains unclear. We generated NR1H4 knockout (KO) colon cancer cells using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein-9 nuclease (CAS9) technology and explored the effects of NR1H4 KO in colon cancer cell proliferation, survival, and apoptosis. Interestingly, NR1H4 KO cells showed impaired cell proliferation, reduced colony formation, and increased apoptotic cell death compared to control colon cancer cells. We identified MYC as an important mediator of the signaling pathway alterations induced by NR1H4 KO. NR1H4 silencing in colon cancer cells resulted in reduced MYC protein levels, while NR1H4 activation using an NR1H4 ligand, chenodeoxycholic acid, resulted in time- and dose-dependent MYC induction. Moreover, NR1H4 KO enhanced the anti-cancer effects of doxorubicin and cisplatin, supporting the role of MYC in the enhanced apoptosis observed in NR1H4 KO cells. Taken together, our findings suggest that modulating NR1H4 activity in colon cancer cells might be a promising alternative approach to treat cancer using MYC-targeting agents.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제3권3호
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• pp.146-155
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• 1993

A DNA fragment from an alkali-tolerent Bacillus sp., conferring strong promoter activity, was subcloned into the promoter probe plasmid pPL703 and the nucleotide sequence of this promoter region was determined. The sequence analysis suggested that this highly efficient promoter region containing the complex clustered promoters comprised three kinds of promoters (P1, P2 and P3), which are transcribed by $\sigma^B (formerly \sigma^{37}), \sigma^E(formerly \sigma^{29}) and \sigma^A (formerly \sigma^{43})$ RNA polymerase holoenzymes which play major rules at the onset of endospore formation, during sporulation and at the vegetative phase of growth, respectively. S1 nuclease mapping experiments showed that all three promoters had staggered transcription initiation points. The results of chloramphenicol acetyltransferase assay after the subcloning experiments also indicated that the expression of these clustered promoters was correlated with the programs of growth and endospore development. Promoter P1, P2 and P3 were preceded by 75% AT, 79% AT and 81% AT regions, respectively, and a partial deletion of AT-rich region prevented transcription from promoter P1 in vivo. Two sets of 5 -AGTGTT-3 sequences and inverted repeat sequences located around the promoter P1 were speculated as the possible cis acting sites for the catabolite repression in B. subtilis. In vivo transcripts from these sequence regions may be able to form a secondary structure, however, the possibility that a regulatory protein induced by the excess amount of glucose could be bound to such a domain for crucial action remains to be determined.

• Animal cells and systems
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• 제9권2호
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• pp.79-85
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• 2005

Oxidized abasic residues arise as a major class of DNA damage by a variety of agents involving free radical attack and oxidation of deoxyribose sugar components. 2-deoxyribonolactone (dL) is a C1'-oxidized abasic lesion implicated in DNA strand scission, mutagenesis, and covalent DNA-protein cross-link (DPC). We show here that mammalian cell-free extract give rise to stable DPC formation that is specifically mediated by dL residue. When a duplex DNA containing dL at the site-specific position was incubated with cell-free extracts of Po ${\beta}-proficient$ and -deficient mouse embryonic fibroblast cells, the formation of major dL-mediated DPC was dependent on the presence of DNA polymerase (Pol) ${\beta}$. Formation of dL-specific DPC was also observed with histones and FEN1 nuclease, although the reactivity in forming dL-mediated DPC was significantly higher with Pol ${\beta}$ than with histones or FEN1. DNA repair assay with a defined DPC revealed that the dL lesion once cross-linked with Pol ${\beta}$ was resistant to nucleotide excision repair activity of cell-free extract. Analysis of nucleotide excision repair utilizing a model DNA substrate containing a (6-4) photoproduct suggested that excision process for DPC was inhibited because of DNA single-strand incision at 5' of the lesion. Consequently DPC mediated by dL lesion may not be readily repaired by DNA excision repair pathway but instead function as unusual DNA damage causing a prolonged DNA strand break and trapping of the major base excision repair enzyme.

• 미생물학회지
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• 제25권3호
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• pp.180-183
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• 1987

Type II제한효소 Stu I을 순수정제하고 그 효소적 특성을 연구하였다. 100g(we weight)의 Streptomyces tubercidicus(ATCC 25502)로부터 얻은 crude extranct를 ammonium sulfate fractionation한 후, DEAE-Sephadex(A-50), QAE-Sephadex(A-50) 그리고 Heparin-agarose의 순서로 column chromatography를 수행하여 1,2mg의 비특이성 nuclease가 없는 Stu I 제한효소를 얻었다. 이 시료에 포함되어 있는 다른 오염 단백질은 Sephadex G-100 column으로 gel filtration 하여 제거함으로써, 순수한 Stu I 단백질을 얻을 수 있었다. 정제된 Stu I 제한효소는 10% SDS-polyacrylamide gel electrophoresis 결과 한 개의 band로 나타났으며, 그 분자량은 34,000 $\pm$ 1,000 dalton이었다. 이 효소는 $Mg^{2+}$이온 존재하에 중성의 pH(7.0-8.0)에서 최대의 활성을 나타내었다. NaCl은 이 효소의 활성에는 필요하지 않았다.

• ALGAE
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• 제21권2호
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• pp.261-266
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• 2006

The innate soluble polysaccharides and phenolic compounds of marine macroalgae are serious contaminants which interfere with experimental procedures such as restriction enzyme digestion, polymerase chain reaction (PCR) and other enzymatic reactions using extracted DNA samples. The viscous polysaccharides are co-precipitated with DNA samples by isopropanol or ethanol precipitation in conventional experiment. To overcome the problem, a method for the isolation of high molecular weight DNA from Porphyra tenera is developed with the application of diatomaceous earth column. The isolated DNAs by this method were about 50-100 kb in size and could be digested well with restriction enzymes. The nuclease activity seemed to be minimal, and high reproducibility in the arbitrary primed PCR for RAPD analyses was a distinctive feature. These results suggest that this method is very efficient in isolating nucleic acid from macroalgae including Porphyra.

• BMB Reports
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• 제52권2호
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• pp.133-138
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• 2019

Upon viral infection, the 2', 5'-oligoadenylate synthetase (OAS)-ribonuclease L (RNaseL) system works to cleave viral RNA, thereby blocking viral replication. However, it is unclear whether OAS proteins have a role in regulating gene expression. Here, we show that OAS1 and OAS3 act as negative regulators of the expression of chemokines and interferon-responsive genes in human macrophages. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein-9 nuclease (Cas9) technology was used to engineer human myeloid cell lines in which the OAS1 or OAS3 gene was deleted. Neither OAS1 nor OAS3 was exclusively responsible for the degradation of rRNA in macrophages stimulated with poly(I:C), a synthetic surrogate for viral double-stranded (ds)RNA. An mRNA sequencing analysis revealed that genes related to type I interferon signaling and chemokine activity were increased in $OAS1^{-/-}$ and $OAS3^{-/-}$ macrophages treated with intracellular poly(I:C). Indeed, retinoic-acid-inducible gene (RIG)-I- and interferon-induced helicase C domain-containing protein (IFIH1 or MDA5)-mediated induction of chemokines and interferon-stimulated genes was regulated by OAS3, but Toll-like receptor 3 (TLR3)- and TLR4-mediated induction of those genes was modulated by OAS1 in macrophages. However, stimulation of these cells with type I interferons had no effect on OAS1- or OAS3-mediated chemokine secretion. These data suggest that OAS1 and OAS3 negatively regulate the expression of chemokines and interferon-responsive genes in human macrophages.

• Applied Biological Chemistry
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• 제38권5호
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• pp.387-392
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• 1995

대두 glycinin 유전자의 조직 특이적이고 분화 발달 특이적인 발현 조절 메카니즘을 연구하기 위하여 Gy2 유전자의 5' upstream 부위 염기서열을 조사한 결과, glycinin 유전자의 발현을 조절하는 인자로 여겨지는 여러 가지 조절 인자들을 발견하였다. 진핵세포 유전자에 공통적으로 존재하는 TATA box와 AGGA box가 존재하고, 종자 저장 단백질에서 공통적으로 발견되는 embryo factor binding sequence, RY repeat CACA sequence, ${\beta}$-conglycinin enhancer 와 유사한 sequence 등이 발견되었다. 이러한 조절 요소들이 Gy2 유전자의 발현 조절에 미치는 영향을 알아보기 위해 Gy2유전자의 5' upstream부위를 Exo III nuclease와 여러가지 제한효소를 이용하여 일련의 deletion mutants를 제조한 후 GUS 유전자와 결합시켰다. 이들 여러가지 chimeric constructs를 대두 원형질체에 전입하고 원형질체로부터 추출물을 분리하여 GUS 활성을 조사한 결과, $-28l{\sim}-223$ 혹은 $-l70{\sim}-122$ 부위를 포함하였을 경우 활성이 감소하였고, $-223{\sim}-170$ 혹은 $-l22{\sim}-16$ 부위를 포함하였을 경우 활성이 높게 나타났다. 이러한 Gy2 유전자의 이중적인 발현 양상은 glycinin 유전자의 발현조절에 음성 조절 요소와 양성 조절 요소가 관여하고있다는 사실을 제시해 주고 있다. 또한 이들 여러가지 chimeric constructs로 형질 전환된 담배의 종자와 잎에서 GUS활성을 조사한 결과, CaMV promoter를 포함하는 chimeric construct는 종자와 잎에서 모두 활성을 나타냈으나, Gy2 Promoter를 포함하는 chimeric constructs는 종자에서만 GUS 활성을 나타내고 잎에서는 활성이 나타나지 않는 조직 특이적인 발현 양상을 나타내었다.

• 대한화장품학회지
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• 제45권4호
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• pp.389-397
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• 2019

리소좀(lysosome)은 진핵세포에서 에너지 대사 및 세포 내 소화 작용에 관여하는 세포 소기관으로 protease, nuclease, glycosidase, lipase, phosphatase 들이 다수 존재한다. 우리는 선행 연구결과들을 통해 난백 리소좀의 멜라닌 색소 탈색능을 보고하였다[8]. 그러나 B16F10 melanocyte 세포주에서 난백 리소좀에 의한 멜라닌 함량 변화 및 피부장벽 조절 연구는 거의 보고되지 않았다. 따라서 우리는 계란 난백(egg white)으로부터 추출한 lysosome-related organelle extract (LOE)에 의한 세포 내 멜라닌 함량 변화 및 피부장벽 강화 효과를 규명하고자 하였다. 먼저 LOE의 미백 효능을 확인하기 위해 B16F10 세포주를 이용하여 세포독성 평가를 진행하였다. B16F10 세포주에서 LOE에 의한 세포독성은 0에서 20 mg/mL 농도에서 관찰되지 않았으나, 40 mg/mL 부터 세포독성이 관찰되어 이후 모든 실험에서 최대 농도값을 20 mg/mL로 설정하였다. 먼저 LOE를 이용한 melanin contents assay 결과, 음성 대조군인 α-MSH 처리군 대비 LOE 처리군 5, 10, 20 mg/mL 농도에서 61.5 ± 4.0%, 61.4 ± 7.3%, 58.3 ± 8.3%로 세포 내 멜라닌 함량이 감소되는 것을 확인하였고, 20 mg/mL 농도 조건에서 MITF 발현 억제도 관찰하였다. LOE의 피부 장벽에 미치는 영향을 관찰하기 위해 각질형성세포주(HaCaT)를 이용하여 TEER (trans-epithelial electrical resistance) assay를 수행한 결과, LOE에 의해 농도 의존적으로 TEER 저항값이 증가하여 LOE가 피부장벽 강화에도 효과가 있음을 알 수 있었다. 또한 피부 염증 유발을 위한 TNF-α 처리조건에서도 LOE는 TEER 저항값을 증가시켜 염증 유발 조건에서도 LOE에 의해 피부장벽이 정상적으로 회복되었음을 알 수 있었다. 마지막으로 cell migration assay를 통해 LOE에 의한 세포이동 촉진 효과를 관찰한 결과, LOE는 세포분열 및 세포이동을 촉진시켰다. 위 결과들을 통해 LOE는 미백 기능 뿐 아니라 피부재생 및 피부장벽 강화에도 효과를 나타내는 소재이며, 효소안정화 및 제형화 기술이 접목된다면 향후 새로운 미백 기능성 화장품 소재로도 개발될 수 있을 것이다.

• 한국버섯학회지
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• 제20권3호
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• pp.178-182
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• 2022

버섯의 오랜 역사에도 불구하고 버섯의 유전적 기능과 분자유전학을 응용한 신품종 개발에 대한 연구는 크게 부족한 상황이다. 그러나 최근 유전자 가위인 CRISPR/Cas를 이용한 새로운 유전자 교정 기술이 개발됨에 따라 버섯 연구에서 이 기술을 이용한 다양한 시도가 이루어지고 있다. 특히 선택의 용이성을 위해 외래 유전자 삽입 없이도 고효율로 유전자 편집이 가능한 RNPs를 활용한 연구가 활발히 진행되고 있다. 그러나 RNPs는 원형질체의 세포막을 통과하기에 Cas9이 너무 거대하고 guide RNA가 쉽게 파괴된다는 단점을 가지고 있다. 이러한 단점을 극복하기 위하여 세포막 통과에 용이한 미네랄 성분인 CaP와 PAA를 조합하여 Nanoparticle을 형성함으로써 극복하고자 했다. 표고버섯 단핵 균주인 산조705-13을 이용하여 원형질체 분리에 적합한 Osmotic buffer를 찾기 위하여 0.6M과 1.2M의 Sucrose, Sorbitol, Mannitol, KCl을 처리하였고 그 결과 0.6M Sucrose가 가장 적합한 osmotic buffer임을 확인하였다. 또한 CaP으로 RNPs와 Nanoparticle 복합체를 형성하고 이 복합체가 RNase A로부터 RNPs의 기능을 온전히 보호하는 것을 확인할 수 있었다.