Nuclear DNA contents of spermatia from eight ceramiacean and four dasyacean algae (Ceramiales, Rhodophyta) and microspores from two land plants were estimated by fluorescence microscopic image processing and their nuclear SSU rDNA sequence data were analyzed. In frequency distribution patterns, the DAPI-stained nuclear volume (NV) of spermatia showed two peaks corresponding to 1C and 2C. Nuclear 2C DNA contents estimated from NV were 0.45-2.31 pg in ceramiacean and 0.40-0.57 pg in dasyacean algae and 8.42-9.51 pg in two land plants, Capsicum annuum and Nicotiana tabacum. By nuclear patterning of vegetative cells derived from an apical cell, 2C DNA contents of spermatia were 2.31 pg in an alga having uninucleate and non-polyploid nucleus (Aglaothamnion callophyllidicola), 0.45-1.94 pg in algae having uninucleate and polyploid nucleus (Antithamnion spp. and Pterothamnion yezoense), and 0.40-0.62 pg in algae having multinucleate and non-polyploid nuclei (Griffithsia japonica and dasyacean algae). Each mature spermatium and microspore (pollen grain) seemed to have a 2C nucleus, which may provide a genetic buffering system to protect the genetic content of a spermatium and microspore from potentially lethal mutations. Nuclear DNA content and SSU rDNA sequence of Antithamnion sparsum from Korea were reasonably different from those of Antithamnion densum from France. The data did not support the previous taxonomic studies that these two taxa could be conspecific.
Two culture-independent methods, namely ribosomal DNA libraries and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), were adopted to examine the microbial community of a Malaysian light crude oil. In this study, both 16S and 18S rDNAs were PCR-amplified from bulk DNA of crude oil samples, cloned, and sequenced. Analyses of restriction fragment length polymorphism (RFLP) and phylogenetics clustered the 16S and 18S rDNA sequences into seven and six groups, respectively. The ribosomal DNA sequences obtained showed sequence similarity between 90 to 100% to those available in the GenBank database. The closest relatives documented for the 16S rDNAs include member species of Thermoincola and Rhodopseudomonas, whereas the closest fungal relatives include Acremonium, Ceriporiopsis, Xeromyces, Lecythophora, and Candida. Others were affiliated to uncultured bacteria and uncultured ascomycete. The 16S rDNA library demonstrated predomination by a single uncultured bacterial type by >80% relative abundance. The predomination was confirmed by DGGE analysis.
Mahmoud, Enas H;Fawzy, Amal;Ahmad, Omar K;Ali, Amr M
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
제16권18호
/
pp.8299-8305
/
2016
Background: In Egypt, breast cancer is estimated to be the most common cancer among females. It is also a leading cause of cancer-related mortality. Use of circulating cell-free DNA (ccf-DNA) as non-invasive biomarkers is a promising tool for diagnosis and follow-up of breast cancer (BC) patients. Objective: To assess the role of circulating cell free DNA (nuclear and mitochondrial) in diagnosing BC. Materials and Methods: Multiplex real time PCR was used to detect the level of ccf nuclear and mitochondrial DNA in the peripheral blood of 50 breast cancer patients together with 30 patients with benign lesions and 20 healthy controls. Laboratory investigations, histopathological staging and receptor studies were carried out for the cancer group. Receiver operating characteristic curves were used to evaluate the performance of ccf-nDNA and mtDNA. Results: The levels of both nDNA and mtDNA in the cancer group were significantly higher in comparison to the benign and the healthy control group. There was a statistically significant association between nDNA and mtDNA levels and well established prognostic parameters; namely, histological grade, tumour stage, lymph node status andhormonal receptor status. Conclusions: Our data suggests that nuclear and mitochondrial ccf-DNA may be used as non-invasive biomarkers in BC.
목 적: 정액 내 tumor necrosis factor-alpha (TNF-${\alpha}$) 농도와 정자 DNA 손상 및 정액 검사 소견과의 관련성을 평가하고자 하였다. 연구방법: 정액 표본은 45명의 건강한 남성에서 자위에 의하여 획득하였다. 정자의 상태는 컴퓨터 정액 분석기를 이용하여 판정하였으며, 두부의 DNA 손상은 TUNEL 분석방법에 의해 측정하였다. TNF-${\alpha}$ 농도는 동결-융해된 정장액에서 ELISA법으로 측정하였다. 결 과: 정자 DNA 손상율은 1.9%에서 53% (mean ${\pm}$ SD, 12.4${\pm}$9.6%)로 매우 광범위하게 나타났다. 단변량분석에 의하면 DNA 손상 정도와 정자의 농도, 운동성과는 관련이 없었으나, 직진운동성 (linearity)과는 음의 상관 관계를 나타내었으며 (r=-0.325, p=0.03) 연구 대상 남성의 연령과는 양의 상관 관계를 나타내었다 (r=0.484, p=0.001). 정액내에 존재하는 TNF-${\alpha}$ (>1 pg/mL)는 연구 대상 남성의 73.3% (33/45)에서 검출되었으며 평균 농도는 4.9 pg/mL, 범위는 1.1에서 22.6 pg/mL이었다. 정액 검사 상의 정자 상태와 정자 DNA 손상과는 유의한 관련성이 나타나지 않았다. 결 론: 본 연구에서는 정자 DNA의 손상이 남성의 연령과 관련성이 있음을 확인하였으나, TNF-${\alpha}$와의 관련성은 확인할 수 없었다.
Nuclear mitochondrial DNA segment (Numt) insertion describes a well-known phenomenon of mitochondrial DNA transfer into a eukaryotic nuclear genome. However, it has not been well understood, especially in plants. Numt insertion patterns vary from species to species in different kingdoms. In this study, the patterns were surveyed in nine plant species, and we found some tip-offs. First, when the mitochondrial genome size is relatively large, the portion of the longer Numt is also larger than the short one. Second, the whole genome duplication event increases the ratio of the shorter Numt portion in the size distribution. Third, Numt insertions are enriched in exon regions. This analysis may be helpful for understanding plant evolution.
The main purpose of the current study was to obtain nuclear DNA content data among the representatives of the families and subfamilies of 31 endemic fishes that inhabit river of Korea. DNA contents of 31 endemic species were observed to rang from 1.5 to 4.8 pg DNA/nucleus. In Cyprinidae, DNA content of Abbottina springeri (1.5±0.03 pg DNA/nucleus) was the lowest value and DNA content of Carassius cuvieri (4.5±0.32 pg DNA/nucleus) was the highest value in all experimental groups. In Cobitidae, DNA content of Iksookimia longicorpa (3.9±0.17 pg DNA/nucleus) was the highest value and DNA content of Orthrias toni (1.5±0.18 pg DNA/nucleus) was the lowest value in all experimental groups. This study provides new information for a better understanding of the process of genomic evolution in 31 endemic species in river of Korea.
Kumar, Prakash P.;Turner, Ian M.;Rao, A. Nagaraja;Arumuganathan, K.
Plant Biotechnology Reports
/
제5권4호
/
pp.317-322
/
2011
We determined the nuclear DNA content (genome size) of over 35 accessions each of bamboo and rattan species from Southeast Asia. The 2C DNA per nucleus was quantified by flow cytometry. The fluorescence of nuclei isolated from the leaves and stained with propidium iodide was measured. The genome size of the bamboo species examined was between 2.5 and 5.9 pg DNA per 2C nucleus. The genome size of the rattan species examined ranged from 1.8 to 10.5 pg DNA per 2C nucleus. This information will be useful for scientists working in diverse areas of plant biology such as biotechnology, biodiversity, genome analysis, plant breeding, physiology and molecular biology. Such data may be utilized to attempt to correlate the genome size with the ploidy status of bamboo species in cases where ploidy status has been reported.
Anti double-stranded DNA (Anti-ds DNA)항체의 검출은 SLE의 진단에 중요하며 American College of Rheumatologists의 SLE 진단기준에 포함되어 있다. 또한 SLE 질병의 활성도와 Anti-ds DNA 항체 수준의 상관성이 보고되어 있으며 Anti-ds DNA 항체 정량검사는 SLE의 치료 전, 후 추적에 매우 유용하다. Anti-ds DNA 항체의 검출을 위한 검사 방법으로 방사면역측정법(radioimmunoassay, RIA)을 이용한 Farr assay, Crithidia luciliae를 이용한 면역형광 측정법(immunofluorescence Test, CLIFT), 효소면역측정법(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA), 화학발광면역 측정법(chemiluminescence immunoassay, CLIA)이 있다. 본원에서 방사면역측정법(radioimmunoassay, RIA)으로 Anti-ds DNA 항체 검사 과정에서 lipemic한 검체의 경우 침전물의 형성이 원활하지 않거나 침전물도 같이 흡입되는 상황이 발생 하였고, 이러한 문제점을 해결하기 위해 lipemic 검체가 분석 결과에 미치는 영향 정도를 평가하였다. 2012년 9월부터 2013년 2월까지 Anti-ds DNA 항체 검사가 의뢰된 검체 중 lipemic한 검체(n=81)를 선택하여 마이크로 원심분리기로 전처리(고속 원심분리: 14,000 rpm 5 mins)한 후 동시에 Anti-ds DNA 항체 검사(Anti-ds DNA kit, Trinity Biotech, Ireland)를 시행하였다. 실험군 1 (lipemic 검체의 Anti-ds DNA 항체 농도 ${\leq}7IU/mL$)에서 y=0.3636x+4.7322, $R^2=0.0238$, Pearson 상관계수는 0.154, paired t-test (P=0.003), Difference (%) mean 65.7의 결과를 얻었으며 통계적으로 유의한 차이를 보였다. 그러나 실험군 2 (lipemic 검체의 Anti-ds DNA 항체 농도 ${\geq}8IU/mL$)에서 y=0.9837x+0.2982, $R^2=0.994$, Pearson 상관계수는 0.997, paired t-test (P=0.181), Difference (%) mean -5.53을 보였고 통계적으로 유의한 차이가 없음을 확인할 수 있었다. 임상에서 SLE (systemic lupus erythematosus)의 진단에 중요한 역할을 하는 Anti-ds DNA 항체 검사는 lipemic 검체의 영향을 배제하기 위해서 반드시 전처리(고속 원심분리: 14,000 rpm 5 mins) 과정을 통해 혈청 내 지질 성분을 제거한 후 검사를 시행하여야 한다.
자외선 등에 의한 DNA 합성억제의 회복과정에서의 기작을 규명하기 위하여 자외선에 의하여 억제되었던 DNA 합성이 새로운 replication origin을 사용하는 지를 DNA 복제가 일어나는 장소로 알려진 nuclear matrix와 연관지어서 살펴 보았다. 자외선 조사후 새로 합성된 DNA 분자들의 크기는 시간이 경과하여도 대조군의 DNA 분자들의 크기보다 작았으나 그 성장 양상은 차이가 얼었고, 자외선이 조사된 세포에서 parental DNA의 부가적인 결합이 DNA 합성률의 회복에 필요함을 알 수 있었다. 또한 자외선 상해의 회복과정에서 생기는 알카리 민감성 부위는 RNA linker에 의해 생겨남을 알 수 있었다. 이상의 결과들을 종합하여 보면, 자외선에 의해 pyrimidine dimer가 생기면 첫째로 절제회복에 의해 제거되어지지만, 남아 있는 pyrimidine dimel에 의해서 DNA 복제억제는 여전히 억제되어 있다. DNA 복제억제의 회복은 새로운 복제원점이 활성화되어 nuclear matrix에 결합하여 새로운 DNA 합성이 시작됨으로써 이루어진다. 이때 RNA linker는 복제진행시 DNA 상의 gap으로 생긴 tyopological strain을 제거하는데 이용되어진다.
Phylogenetic classification of the Aphyllophorales was conducted based on the analysis of nuclear small subunit ribosomal RNA (nuc SSU rDNA) sequence. Based on phylogenetic groupings and taxonomic characters, 16 families were recognized and discussed. Although many of the characters had more or less homoplasies, miroscopic characters such ad the mitic system and clamp, spore amyloidity and rot type appeared to be important in the classification of the Aphyllophorales. Phylogenetically significant families were newly defined to improve the classification of the order Aphyllophorales.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.