• Genomics & Informatics
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• 제14권3호
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• pp.112-124
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• 2016

Solid tumor is generally observed in tissues of epithelial or endothelial cells of lung, breast, prostate, pancreases, colorectal, stomach, and bladder, where several genes transcription is regulated by the microRNAs (miRNAs). Argonaute (AGO) protein is a family of protein which assists in miRNAs to bind with mRNAs of the target genes. Hence, study of the binding mechanism between AGO protein and miRNAs, and also with miRNAs-mRNAs duplex is crucial for understanding the RNA silencing mechanism. In the current work, 64 genes and 23 miRNAs have been selected from literatures, whose deregulation is well established in seven types of solid cancer like lung, breast, prostate, pancreases, colorectal, stomach, and bladder cancer. In silico study reveals, miRNAs namely, miR-106a, miR-21, and miR-29b-2 have a strong binding affinity towards PTEN, TGFBR2, and VEGFA genes, respectively, suggested as important factors in RNA silencing mechanism. Furthermore, interaction between AGO protein (PDB ID-3F73, chain A) with selected miRNAs and with miRNAs-mRNAs duplex were studied computationally to understand their binding at molecular level. The residual interaction and hydrogen bonding are inspected in Discovery Studio 3.5 suites. The current investigation throws light on understanding miRNAs based gene silencing mechanism in solid cancer.

• 대한화학회지
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• 제19권2호
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• pp.85-91
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• 1975

피페리디노티오세미카르바지드의 결정구조가 X-선을 이용한 단결정 해석에 의하여 해명되었다. 공간군은 $P2_1/c$이며 단위세포는 4분자를 포함하고 있고, 단위세포는 4분자를 포함하고 있고, 세포상수는 $a=14.68{\pm}0.04,\;b=4.59{\pm}0.02,\;c=12.92{\pm}0.04{\AA},\;{\beta}=109.4{\pm}0.2^{\circ}$이다. 3차원적인 회절반점의 강도는 목측에 의하여 얻었다. 결정구조는 패터슨 함수의 해석으로 밝혔고, 원자좌표치는 최소자승법으로 정밀화하였으며 378개의 독립적인 회절반점에 대한 최종 R값은 0.14이었다. 수소결합에는 $N-H{\cdot}{\cdot}{\cdot}S$ 형과 $N-H{\ldots}N$형의 두종류가 있다. $N-H{\ldots}S$형의 길이는 3.28 및 $3.39{\AA}$이고, $N-H{\ldots}N$형의 길이는 $3.03{\AA}$이다. 수소결합외의 분자들을 연결하는 힘은 van der Wasls힘이다.

• 센서학회지
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• 제17권5호
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• pp.369-374
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• 2008

A novel fiber optic surface plasmon resonance (SPR) sensor using cyclic olefin copolymer (COC) prism with the spectral modulation is presented. The SPR sensor chip is fabricated using the SU-8 photolithography, Ni-electroplating and COC injection molding process. The sidewall of the COC prism is partially deposited with Au/Cr (45/2.nm thickness) by e-beam evaporator, and the thermal bonding process is conducted for micro fluidic channels and optical fibers alignment. The SPR spectrum for a phosphate buffered saline (0.1.M PBS, pH.7.2) solution shows a distinctive dip at 1300.nm wavelength, which shifts toward longer wavelength with respect to the bovine serum albumin (BSA)concentrations. The sensitivity of the wavelength shift is $1.16\;nm{\cdot}{\mu}g^{-1}{\cdot}{\mu}l^{-1}$. From the wavelength of SPR dips, the refractive indices (RI) of the BSA solutions can be theoretically calculated using Kretchmann configuration, and the change rate of the RI was found to be $2.3{\times}10^{-5}RI{\cdot}{\mu}g^{-1}{\cdot}l^{-1}$. The realized fiber optic SPR sensor with a COC prism has clearly shown the feasibility of a new disposable, low cost and miniaturized SPR biosensor for biochemical molecular analyses.

• 폴리머
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• 제28권5호
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• pp.433-443
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• 2004

키토산과 폴리카프로락탐 (PA6) 복합체의 박막을 개미산을 사용하여 만들었다. FT-IR 분광학적 자료는 키토산의 히드록시기와 PA6의 아마이드기 사이의 수소 결합이 형성되었음을 보여주었다. 열무게분석법은 혼합체 시료는 수분을 포함하고 있음을 나타내었다. 시료 속의 물의 분산은 저장 탄성률 (E')을 크게 감소한다고 DMA 결과는 보여주었다. 혼합체 시료의 기게적 손실 탄젠트 (tan $\delta$) 자료는 $\beta$d 손실 피크가 $0^{\circ}C$ 부근에서 나타남을 보여주었다. 혼합체 시료들은 진공에서 완전히 건조하였고 그 다음 소위 w-다리를 만드는 물을 흡수할 수 있도록 높은 습도 속에 두었다. 이 시료들의 E' 자료는 비정상적으로 증가하였고 $50^{\circ}C$ 부근에서 손실 피크의 어깨에 추가적인 손실 피크가 나타났다. 건조한 조건하에서는, 40/60 혼합 비율의 키토산/PA6가 두 성분의 섞임성이 더 좋았다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2000년도 제18회 학술발표회 논문개요집
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• pp.170-170
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• 2000

Synthetic polymers such as polyimide, polycarbonate, and poly(methyl methacrylate) are long chain molecules which consist of carbon, hydrogen, and heteroatom linked together chemically. Recently, polymer surface can be modified by using a high energy ion beam process. High energy ions are introduced into polymer structure with high velocity and provide a high degree of chemical bonding between molecular chains. In high energy beam process the modified polymers have the highly crosslinked three-dimensionally connected rigid network structure and they showed significant improvements in electrical conductivity, in hardness and in resistance to wear and chemicals. Polyimide films (Kapton, types HN) with thickness of 50~100${\mu}{\textrm}{m}$ were used for investigations. They were treated with two different surface modification techniques: Plasma Source Ion Implantation (PSII) and conventional Ion Implantation. Polyimide films were implanted with different ion species such as Ar+, N+, C+, He+, and O+ with dose from 1 x 1015 to 1 x 1017 ions/cm2. Ion energy was varied from 10keV to 60keV for PSII experiment. Polyimide samples were also implanted with 1 MeV hydrogen, oxygen, nitrogen ions with a dose of 1x1015ions/cm2. This work provides the possibility for inducing conductivity in polyimide films by ion beam bombardment in the keloelectronvolt to megaelectronvolt energy range. The electrical properties of implanted polyimide were determined by four-point probe measurement. Depending on ion energy, doses, and ion type, the surface resistivity of the film is reduced by several orders of magnitude. Ion bombarded layers were characterized by Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry (TOF-SIMS), XPS, and SEM.

• Molecules and Cells
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• 제43권9호
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• pp.784-792
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• 2020

Arginine kinase (AK), a bioenergy-related enzyme, is distributed widely in invertebrates. The role of highly conserved histidines in AKs is still unascertained. In this study, the highly conserved histidine 284 (H284) in AK of Daphnia magna (DmAK) was replaced with alanine to elucidate the role of H284. We examined the alteration of catalytic activity and structural changes of H284A in DmAK. The catalytic activity of H284A was reduced dramatically compared to that in wild type (WT). Thus the crystal structure of H284A displayed several structural changes, including the alteration of D324, a hydrogen-bonding network around H284, and the disruption of π-stacking between the imidazole group of the H284 residue and the adenine ring of ATP. These findings suggest that such alterations might affect a conformational change of the specific loop consisting of G310-V322 at the antiparallel β-sheet region. Thus, we speculated that the H284 residue might play an important role in the conformational change of the specific loop when ATP binds to the substrate-binding site of DmAK.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제38권3호
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• pp.134-140
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• 2013

Objectives: There has been a growing interest in glass ceramic systems with good esthetics, high fracture resistance and bonding durability, and simplified fabrication techniques using CAD/CAM. The aim of this study is to compare flexural strength before and after heat treatment of two lithium disilicate CAD/CAM blocks, IPS e.max CAD (Ivoclar Vivadent) and Rosetta SM (Hass), and to observe their crystalline structures. Materials and Methods: Biaxial flexural strength was tested according to ISO 6872 with 20 disc form specimens sliced from each block before and after heat treatment. Also, the crystalline structures were observed using field-emission scanning microscopy (FE-SEM, Hitachi) and x-ray diffraction (XRD, Rigaku) analysis. The mean values of the biaxial flexural strength were analyzed by the Mann-Whitney U test at a significance level of p = 0.05. Results: There were no statistically significant differences in flexural strength between IPS e.max CAD and Rosetta SM either before heat treatment or after heat treatment. For both ceramics, the initial flexural strength greatly increased after heat treatment, with significant differences (p < 0.05). The FE-SEM images presented similar patterns of crystalline structure in the two ceramics. In the XRD analysis, they also had similar patterns, presenting high peak positions corresponding to the standard lithium metasilicate and lithium disilicate at each stage of heat treatment. Conclusions: IPS e.max CAD and Rosetta SM showed no significant differences in flexural strength. They had a similar crystalline pattern and molecular composition.

• 대한화학회지
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• 제64권6호
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• pp.350-353
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• 2020

물 분자내의 OH 신축진동(stretching vibration) 운동을 나타내는 정규모드(normal mode)와 국소모드(local mode) 진동수들을 비교하여 수소결합한 물 분자에 대한 국소모드에 기반한 계산의 타당성을 조사하였다. 물 분자의 단량체, 이합체, 삼량체에 대한 계산을 수행하여 분자 클러스터 크기가 커짐에 따라 국소모드 진동수, 국소모드의 비조화성, 그리고 국소모드와 정규모드 진동수들의 유사성이 어떤 경향성을 보이는지 순이론적 양자화학 계산 방법으로 연구하였다. 단량체에서 삼량체로 분자의 갯수가 증가할수록 OH 결합의 비조화성은 증가하며 국소모드와 정규모드 진동수 간의 차이는 줄어드는 것으로 나타났다. 따라서, 응축상에 존재하는 물 분자들의 OH 신축 진동수의 이론적 계산은 비조화성을 쉽게 다룰 수 있는 국소모드에 기반한 방식이 적절할 수 있음을 확인하였다.

• 대한화학회지
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• 제37권5호
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• pp.473-476
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• 1993

디프로파질디페니메탄$(C_{19}H_{16})$는 단사정계의 공간군 $C2/_c$에$ 속하며 a = 11304(3), b = 20.799(5), c = $6.622(2)\AA$, $\beta$ = $112.8(3)^{\circ}$, Z = 4, V = $1435.3\AA^3,\;F(000)\;=\;520,\;D_c\;=\;1.14g{\cdot}cm^{-3}$ and $\mu$ = 0.32 cm$^{-1}$이며 I $\geq$ -1.0 $\sigma(I)$인 1328개의 회절반점에 대한 최종 R값은 0.055였다. 직접법에 의하여 구조를 풀었으며 수소를 제외한 모든 원자는 E-map에서 찾았다. 한 분자는 단위세포내에 있는 결정학적 2-회전축과 일치하는 대칭축을 분자내의 메탄의 탄소원자에 가짐으로서 $C_2$ 점군에 속한다. 직선인 프로파질 부분은 벤젠기의 분자평면과 거의 수직$(94.2^{\circ})$을 이루고 있으며, 메탄의 탄소원자의 내부각은 $108.1(1)^{\circ}으로$ 벤젠기와는 $1.530(2)\AA$, 프로파질기와는 $1.560(2)\AA$의 길이로 결합하고 있다. 분자사이의 가장 짧은 접촉은 C(9)과 C(9)(-x,y, -1/2-z)사이의 $3.538(2)\AA$ 이다.

• 대한화학회지
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• 제26권5호
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• pp.265-273
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• 1982

두다른 방법을 사용하여 사면체 및 사각형[M(Ⅱ)$O_2S_2$] 형태 착물의 쌍극자모멘트에 대한 ${\pi}$결합의 영향을 고찰하였다. 그첫째 방법은 금속이온의 원자가 궤도함수와 리간드 궤도함수 사이의 혼성계수 CM이 ${\sigma}$ 및 ${\pi}$결합 분자궤도함수에 대하여 모두 같다는 가정에 기초를 둔 근사 분자궤도함수 법이며 다른 하나는 반경험적인 LCAO-MO법에 기초를 둔 계산이다. ${\sigma}$ 결합만이 형성되었다고 가정한다면 사면체 및 사각형 착물의 계산한 쌍극자 모멘트는 실험치 보다 작다. 계산한 쌍극자 모멘트에 ${\pi}$결합의 기여분을 모두 고려 해 준다면 사각형 및 사면체 $[M (II)O_2S_2]$형태 착물의 계산한 쌍극자모멘트는 실험치보다 크다. 그러나 ${\pi}$결합이 비편재 되었다고 가정한다면 사면체 [M(II)$O_2S_2$]형태 착물의 계산한 쌍극자 모멘트가 실험치 범위안에 들지만 사각형착물의 쌍극자 모멘트는 실험치에서 벗어난다. 이 결과는 [M(II)$O_2S_2$]]형태 착물이 비극성 용매의 용액에서 사면체 구조로 존재함을 암시하며 이 구조는 실험구조와 일치한다. 사면체 [M(II)$O_2S_2$] 형태착물의 계산한 쌍극자모멘트는 쌍극자모멘트에 ${\pi}$결합이 참여함을 지적한다.