• 환경생물
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• 제28권3호
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• pp.125-132
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• 2010

하계 진해만 16개의 정점에서 해양생태계의 오염 정도를 평가하기 위해서 플랑크톤 건강 지수를 살펴보았다. 해양생태계 건강지수 산출은 부유성 플랑크톤 생물 엔테로박테리아 Escherichia coli, HB, ANF, HNF, HABs 그리고 섬모충류 등과 더불어 무기와 유기 오염원인 DOC, COD, 그리고 Chl.a 등을 각각 조사하였다. 그 중 플랑크톤 지수 산출은 오염압력의 반응에 민감한 Chl.a, HABs, HB, E. coli 등 4개의 지표를 시범적 선정하였다. 또한 점수산정기준은 과거자료를 바탕으로 통계학적 기법으로 해석하였으며, 그들 건강지수 등급도 4개로 나누었다. 그 결과 진해만 해역은 전반적으로 "좋음"의 B등급을 받았다. 본 연구에서 산출한 플랑크톤 건강지수는 진해만의 해양생태계 건강성 평가를 하기 위한 좋은 방법 중 하나로 고려하여도 될 것이다.

• 한국식품과학회지
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• 제16권4호
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• pp.443-450
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• 1984

온도와 식염농도를 달리하여 김치를 발효시키면서 생화학적 및 미생물의 변화를 검토하였다. 김치의 적숙시기는 발효온도와 식염농도에 따라 달랐다. 김치발효는 저온, 고식염농도에서 보다, 고온 저식염 농도에서 더 빨리 진행되었고 김치의 비휘발성 유기산에 대한 휘발성 유기산의 비는 김치 적숙시기에 최대로 되었다가 김치가 시어지면서 감소되었다. 식염농도와 발효온도를 달리 하여 숙성시킨 김치에서 Leu. mesenteroids, Lac. brevis, Lac. plantarum, Ped. cerevisiae, St. faecalis 및 산생성이 낮은 Lactobacilli가 분리되었다. 그러나 김치발효에 관여하는 주 미생물은 Leu. mesenteroides이며, Lac. plantarum은 김치의 숙성보다는 산패와 더 관련이 있는 것으로 추정되었다. 총 생균수는 발효초기에 급증하여 적숙기간에 최대로 되었다가, 그 이후 서서히 감소되었고, 호기성 세균과 사상균수는 발효가 진행되면서 계속 감소하였고, 효모는 $10^{\circ}C$ 전후의 온도와 고 식염농도에서 그 수가 증가하였다가 다시 감소되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권1호
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• pp.29-35
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• 2013

A Nodulisporium sp. (Hypoxylon sp.) has been isolated as an endophyte of Thelypteris angustifolia (Broadleaf Leaf Maiden Fern) in a rainforest region of Central America. It has been identified both on the basis of its morphological characteristics and by scanning electron microscopy as well as ITS sequence analysis. The endophyte produces volatile organic compounds (VOCs) that have both fuel (mycodiesel) and use for biological control of plant disease. When grown on potato dextrose agar, the organism uniquely produces a series of ketones, including acetone; 2-pentanone; 3-hexanone, 4-methyl; 3-hexanone, 2,4-dimethyl; 2-hexanone, 4-methyl, and 5-hepten, 2-one and these account for about 25% of the total VOCs. The most abundant identified VOC was 1,8 cineole, which is commonly detected in this group of organisms. Other prominent VOCs produced by this endophyte include 1-butanol, 2-methyl, and phenylethanol alcohol. Moreover, of interest was the presence of cyclohexane, propyl, which is a common ingredient of diesel fuel. Furthermore, the VOCs of this isolate of Nodulisporium sp. were selectively active against a number of plant pathogens, and upon a 24 h exposure caused death to Phytophthora palmivora, Rhizoctonia solani, and Sclerotinia sclerotiorum and 100% inhibition to Phytophthora cinnamomi with only slight to no inhibition of the other pathogens that were tested. From this work, it is becoming increasingly apparent that each isolate of this endophytic Nodulisporium spp., including the Daldina sp. and Hypoxylon spp. teleomorphs, seems to produce its own unique set of VOCs.

• 미생물학회지
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• 제42권2호
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• pp.116-124
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• 2006

직접 생균수 측정법(DVC)과 평판계수법(PC)을 이용하여 소나무림과 상수리나무림 토양에 분포하는 세균군집의 정량적 평가를 실시한 결과, DVC법에 의해 계수된 생균수에 대해 평판법에 의해 계수된 생균수 1% 미만으로 나타났다. 이상의 결과로부터 산림토양 내에 평판배양법으로는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non culturable; VBNC) 세균이 99% 이상 존재해 있는 것으로 판단되었다. 이들 VBNC 세균의 군집구조 해석을 위하여 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA 분석을 통하여 계통학적 특성을 검토하였다. 소나무림과 삼수리나무림 토양으로부터 각각 111 clones, 108 clones을 획득하고 HaeIII 절편양상에 따라 30 groups과 26 groups의 ARDRA group으로 분류하였다. 각 ARDRA group으로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA 염기서 열을 결정한 결과, 소나무림 토양의 경우 ${\alpha}$-proteobacteria (12 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (3 clones), ${\delta}$-proteobncteria (1clone), Flexibacter/Cytophaga (1 clone), Actinobacteria (4 clones), Acidobacteria (4 clones), 그리고 Planctomycetes (5 clone)의 7개의 계통군이 확인되었으며, 상수리나무림 토양에서는 ${\alpha}$-proteobacteria (4 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (2 clones), Actinobacteria (10 clones), Acidobacteria (8 clones), Planctomycetes (1 clone), 그리고 Verrucomicrobia (1clone)로 6개의 다양한 계통군이 확인되었다. 이상, 소나무림과 상수리나무림 토양 내에 존재하는 99% 이상의 VBNC 세균군집의 대부분은 미배양성 혹은 미동정균으로 계통학적으로 다양한 미지의 미생물로 구성되어 있음이 확인되었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제49권7호
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• pp.777-783
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• 2006

목 적 : 최근 소아 요로감염의 가장 흔한 원인균인 E. coli에 대한 항생제 내성 문제가 점차 대두되고 있다. 본 연구에서는 소아 원외 요로감염 환아에서 분리된 E. coli에 대한 cefixime을 포함하여 흔히 사용되고 있는 경구용 항생제의 시험관 내 감수성 연구를 시행하여 적합한 치료 항생제 선택의 기초 자료를 얻고자 하였다. 방 법 : 2004년 10월부터 2005년 9월까지 연구 참여 병원 소아과 외래에서 요로감염으로 진단된 206명 환아의 요 배양검사에서 동정된 211개 균주 중 188개 E. coli를 대상으로 경구용 항생제(ampicillin, amoxillin, ampicillin-sulbactam, cefaclor, TMP-SMX, cefixime)에 대한 시험관 내 감수성 검사를 실시하였다. 결 과 : 분리된 E. coli 균주에 대한 항생제별 감수성 결과에서 내성률은 각각 ampicillin 81.4%, amoxicillin 85.6%, ampicillin-Sulbactam 77.2%, cefaclor 93.6%, TMP-SMX 50.5%, cefixime 13.3%이었다. ESBL 생성 E. coli는 7.0%이었다. 결 론 : Aminopenicillins계, cefaclor, sulfa약제들은 E. coli에 대한 내성률이 매우 높아 소아 요로감염의 일차 선택 항생제로 유용하지 못한 것으로 추정할 수 있었다. 그러나 cefixime과 같은 3세대 cephalosporin은 일차 치료 실패할 경우 이차 선택항생제로 유용할 수 있으며, 일차 선택 항생제로도 사용될 수 있을 것으로 추정되었다. E. coli의 항생제 내성 양상에 대한 광범위한 연구와 지속적 감시를 통하여 소아 원외 요로감염 치료에서 1차적으로 선택될 수 있는 경구용 항생제에 대한 지침 자료가 요구된다.

• 대한화장품학회지
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• 제37권4호
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• pp.347-350
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• 2011

바이오필름은 부유 미생물이 피부 표면에 부착되어 형성된 미생물 집락이며 형질적 생화학적 특성에서 부유상태와는 차이가 있다. 바이오필름으로 증식하는 미생물은 부유 상태의 미생물 보다 숙주의 방어나 항생제에 대한 저항성이 훨씬 높기 때문에 바이오필름이 형성되면 감염 상태를 치료하기 위해 더욱 많은 항생제를 사용해야 한다. 따라서 감염된 세균의 내성을 피하면서 치료를 하기 위해서는 단순히 세균을 사멸하는 것이 아니라 표적을 달리하는 새로운 전략이 필요하다. 이번 연구에서는 아토피 등 염증성 피부 질환의 원인균의 S. aureus의 바이오필름을 억제하는 기작에 초점을 맞추어 연구를 진행하였다. 이 연구의 목적은 S. aureus의 바이오필름의 형성을 억제하여 피부질환을 조절할수 있는 후보 물질을 찾는 데에 있다. 슬라이드글라스를 human placental 콜라겐으로 코팅고 시험 물질과 함께 배양하여 억제된 바이오필름의 양을 crystal violet 염색법으로 측정하여 정량적으로 측정하였다. 이 실험에서는 표준균인 S. aureus ATCC 6538 strain이 사용되었다. 실험 결과 편백다당체가 바이오필름의 형성을 강하게 억제하였으며 녹차다당체와 황촉규근은 오히려 바이오필름의 형성을 촉진하였다. 자일리톨은 1 %의 낮은 농도에서는 바이오필름을 촉진하나 그 이상의 높은 농도인 3 %와 5 %에서는 억제하여 농도 의존적인 결과를 보였다.

• 환경생물
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• 제33권1호
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• pp.1-6
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• 2015

전세계적으로 2000년대 이후로 남조류에 의한 녹조의 발생이 증가하고 있으며, 이와 관련된 환경 문제가 공중건강을 위협하고 인간 활동을 제한하고 있다. 1970년대 캐나다의 호수를 중심으로 수행된 다년간의 현장 연구를 통하여, 녹조발생의 핵심적인 영양 제한인자로 인이 제시되었고, 인 저감에 대한 수계 관리가 진행되었다. 그러나 2000년대 이후, 대형 담수수계에서 특히 Microcystis에 의한 녹조 현상에서는 인뿐만 아니라 질소가 남조류 녹조 발생에 미치는 영향이 부각되고 있다. 한국의 담수 수계에서도 이와 비슷한 남조류에 의한 위해성 녹조 번성 특징을 갖고 있으므로, 이러한 패러다임의 변화는 국내 담수수계의 영양염류 관리에서 중요한 의미를 갖는다. 최근 국제적인 관련 연구를 통하여, 위해성 남조류 번성을 막기 위해 제안된 방법은 다음과 같다. 1) 질소와 인을 함께 관리하는 전략, 2) 폐수의 수집 및 처리, 3) 호소 유입수의 사전처리, 4) 저니의 준설, 5) 체류시간의 단축, 6) 조류의 효율적 회수법, 7) 조류의 침강 및 응집 등이 제시되고 있다. 추가적으로 남조류의 생태학적 특성에 기반한 지속가능하고 통합적인 담수수계의 녹조 관리기법이 수립되어야 한다. 녹조를 유발하는 남조류는 척결되어야 할 생물체가 아니라, 담수 수계에 필수적인 미생물 구성원이기 때문이다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제30권3호
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• pp.661-676
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• 2000

Gingivitis and periodontitis are infectious diseases in that microorganisms are the primary extrinsic cause of the diseases. the occurrence of gingivitis has been associated clearly with the presence of microorganisms at the disease site, and the histologic nature of the tissue involved is indicative of an inflammatory response induced by microorganisms. additional evidence for the microbial etiology of periodontal disease is that numerous antimicrobial agents are effective in reducing plaque accumulation and periodontal diseases. the purpose of this article is to analyze the antimicrobial effects of Pulsatilla koreana. Well-dried Pulsatilla koreana purchased from herbs distributor was ground and extracted into methanol(MeOH), ethylacetate(EtoAc), chlorform($CHCl_3$) and Butyl alcohol(BuOH). we have then applied each solution to the bacteria samples(Bacteroides forsythus, Streptococcus mutans, Streptococcus sanguis, Porphylomonas gingivalis, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Eikenella corrodens, Prevotella intermedia, Actinomyces viscosus, Prevotella nigrescens , Rothia dentocariosa, Fusobacterium nucleatum, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus) collected from several organizations. To conduct susceptibility test(Kirby-Bauer method), plate contained each periodontopathic bacteria is spread extracted into methanol(MeOH), ethylacetate(EtoAc), chlorform($CHCl_3$) and Butyl alcohol(BuOH) and to measure the minimum inhibition concentration(MIC) of the bacteria against the solutions to ultimately determine antimicrobial effects of the solutions, insert bacteria sample into $20{\mu\ell}/{m\ell}$, $10{\mu\ell}/{m\ell}$, $5{\mu\ell}/{m\ell}$, $2.5{\mu\ell}/{m\ell}$ of each solution and control group(not contained solution) 1. Solution extracted into methanol did not show clear zone against all bacteria samples. Only P.nigrescens, S. mutans and S. sanguis in solution extracted into ethylacetate, S. mutans and S. anguis in solutions extracted into chlorform and Butyl alcohol showed clear zone against all bacteria samples. Solution extracted into Butyl alcohol showed clear zone against 13 types of bacteria, excluding P. gingivalis. 2. In Solution extracted into methanol, the bacteria samples grew in the highest concentrated plate, showing minimal variation from control group. 3. In Solution extracted into Butyl alcohol, S. aureus, P. intermedia, E. corrodens, A. actinomycetemcomitans, B. forsythus, P. gingivalis et al. showed decreased growth in the highest concentrated plate. P. auruginosa, R. dentocariosa, A. viscosus, P. nigrescens, S. mutans et al. showed decreased growth at MIC $20{\mu\ell}/{m\ell}$ and S. sanguis showed decreased growth at MIC $10{\mu\ell}/{m\ell}$. 4. By analyzing the MIC level through considering the results from Kirby-Bauer method, Solution extracted into methanol did not reveal any antimicrobial effects and Solution extracted into Butyl alcohol showed the highest antimicrobial effects In conclusion, it can be used the extracts of Pulsatilla koreana as wide spectrum antimicrobial agent.

• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.250-255
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• 2007

Deinococcus radiodurans recA는 이 미생물의 방사선 저항성을 나타내는 표현형에 필수적이며 재조합성 DNA 수선 과정에 관여한다. 이 과정에서 RecA 단백질은DNA와 결합하여 반응의 활성 종인 RecA nucleoprotein 필라멘트를 형성한다. DNA-의존성 ATPase 활성과 함께, RecA 단배질의 외가닥 DNA 혹은 이중가닥 DNA와의 상호작용은 RecA 단백질이 관여하는 반응의 중심과정으로 이에 관한 분석을 시도하였다. D. radiodurans RecA 단배질은 DNA에 결합한 DNA-단백질 복합체만이 ATPase 활성을 나타내므로, ATP (혹은 dATP) 가수분해를 측정함으로써 RecA와 외가닥 DNA와의 상호작용 정도를 분석하였다. D. radiodurans RecA 단백질은 외가닥 DNA의 염기 구성의 이질성에 영향을 받았으며, homopolymer인 poly(dT)와의 상호작용에서 가장 높은 가수분해 활성을 보였다. Homopolymer인 합성 DNA-의존성 ATP 및 dATP의 가수분해는 pH 6.0과 9.0의 범위에서 다소 일정한속도로 일어났으며 최적 pH는 7.0과 7.5 사이였다. 외가닥 DNA-의존성 ATPase 활성은 염의 존재에 영향을 받아 KCl이 존재하면 다소 억제되나, K-glutamate가 존재하면 오히려 촉진되었다. RecA 단백질과 외가닥 DNA의 상호작용을 ATP 가수분해로 분석하였을 때 2 mM 이상의 magnesium 이온이 DNA 결합반응에 필요하였으며, 비교적 넓은 범위의 pH에서 외가닥 DNA와의 결합반응이 일어나며, 이러한 결합반응은 당량적인 비(1:3, RecA protein: DNA nucleotide)로 일어났다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제10권6호
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• pp.482-493
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• 2005

Biomass is originally photosynthesized from inorgainic compounds such as $CO_2$, minerals, water and solar energy. Recent studies have shown that anaerobic bacteria have the ability to convert recalcitrant biomass such as cellullosic or chitinoic materials to useful compounds. The biomass containing agricultural waste, unutilized wood and other garbage is expected to utilize as feed, food and fuel by microbial degradation and other metabolic functions. In this study we isolated several anaerobic, cellulolytic and chitinolytic bacteria from rumen fluid, compost and soil to study their related enzymes and genes. The anaerobic and cellulolytic bacteria, Clostridium thermocellum, Clostridium stercorarium, and Clostridium josui, were isolated from compost and the chitinolytic Clostridium paraputrificum from beach soil and Ruminococcus albus was isolated from cow rumen. After isolation, novel cellulase and xylanase genes from these anaerobes were cloned and expressed in Escherichia coli. The properties of the cloned enzymes showed that some of them were the components of the enzyme (cellulase) complex, i.e., cellulosome, which is known to form complexes by binding cohesin domains on the cellulase integrating protein (Cip: or core protein) and dockerin domains on the enzymes. Several dockerin and cohesin polypeptides were independently produced by E. coli and their binding properties were specified with BIAcore by measuring surface plasmon resonance. Three pairs of cohesin-dockerin with differing binding specificities were selected. Two of their genes encoding their respective cohesin polypeptides were combined to one gene and expressed in E. coli as a chimeric core protein, on which two dockerin-dehydrogenase chimeras, the dockerin-formaldehyde dehydrogenase and the dockerin-NADH dehydrogenase are planning to bind for catalyzing $CO_2$ reduction to formic acid by feeding NADH. This reaction may represent a novel strategy for the reduction of the green house gases. Enzymes from the anaerobes were also expressed in tobacco and rice plants. The activity of a xylanase from C. stercorarium was detected in leaves, stems, and rice grain under the control of CaMV35S promoter. The digestibility of transgenic rice leaves in goat rumen was slightly accelerated. C. paraputrificum was found to solubilize shrimp shells and chitin to generate hydrogen gas. Hydrogen productivity (1.7 mol $H_2/mol$ glucos) of the organism was improved up to 1.8 times by additional expression of the own hydrogenase gene in C. paraputrficum using a modified vector of Clostridiu, perfringens. The hydrygen producing microflora from soil, garbage and dried pelletted garbage, known as refuse derived fuel(RDF), were also found to be effective in converting biomass waste to hydrogen gas.