• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2004년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
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• pp.271-274
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• 2004

Microarray-based DNA chips provide an architecture for multi-analyte sensing. In this paper, we report a new approach for DNA chip microarray fabrication. Multifunctional DNA chip microarray was made by immobilizing many kinds of biomaterials on transducers (particles). DNA chip microarray was prepared by randomly distributing a mixture of the particles on a chip pattern containing thousands of m-scale sites. The particles occupied a different sites from site to site. The particles were arranged on the chip pattern by the random fluidic self-assembly (RFSA) method, using a hydrophobic interaction for assembly.

• Journal of Microbiology
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• 제35권3호
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• pp.181-187
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• 1997

Filamentous cyanobacteria are an ecologically important group of bacteria because they are able to provide both organic carbon fixed nitrogen that can support the nutritional requirements for other microorganisms. Because of their prokaryotic nature, they can also be used as potentially powerful model systems for the analysis of oxygenic photosynthesis and nitrogen fixation. Gene transfer is an indispensable procedure for genetic analysis of filamentous cyanobacteria. Electroporation was used to introduce foreign DNA into cyanobacterial cells. In experiments designed to optimize the electroporation technique, the effects of the field strength (amplitude of pulse) and time constant (duration of pulse), DNA concentration and host restriction/modification of DNA on the efficiency of electro-transformation were investigated. The results of this research revelaed that a high voltage pulse of short duration was effective for the electro-transformation of Anabaene sp. M131. The maximal number of transformants was obtained at 6 kV/cm with a pulse duration of 5 msec. The efficiency of electro-transformation was also sensitive to concenetration of DNA; even small amounts of DNA (0.01 .mu.g/ml) were able to gie a large number of transformants (1.0 * 10$\^$3/ cfu/ml).

• Plant Biotechnology Reports
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• 제5권4호
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• pp.317-322
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• 2011

We determined the nuclear DNA content (genome size) of over 35 accessions each of bamboo and rattan species from Southeast Asia. The 2C DNA per nucleus was quantified by flow cytometry. The fluorescence of nuclei isolated from the leaves and stained with propidium iodide was measured. The genome size of the bamboo species examined was between 2.5 and 5.9 pg DNA per 2C nucleus. The genome size of the rattan species examined ranged from 1.8 to 10.5 pg DNA per 2C nucleus. This information will be useful for scientists working in diverse areas of plant biology such as biotechnology, biodiversity, genome analysis, plant breeding, physiology and molecular biology. Such data may be utilized to attempt to correlate the genome size with the ploidy status of bamboo species in cases where ploidy status has been reported.

• 한국식품영양과학회지
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• 제40권2호
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• pp.149-155
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• 2011

산수유 5 g에 100 mL의 증류수를 가하고 항온수조를 이용하여 $25^{\circ}C$, $50^{\circ}C$, $90^{\circ}C$에서 추출한 다음 농축하여 각각 온도별 추출물을 얻었다. 각 온도별 추출물을 이용하여 산수유의 항산화 활성 조사 결과, 총 페놀함량은 가장 높은 온도($90^{\circ}C$)에서 추출한 추출물이 5.5 g/100 g GAE으로 가장 높았고, 그 다음으로 $50^{\circ}C$, $25^{\circ}C$ 추출물 순으로 페놀 함량이 많았다. DPPH 라디칼 소거능 측정에서는 각 시료의 농도가 증가할수록 DPPH 라디칼 소거능이 유의하게 증가하였다. 그러나 라디칼의 50%를 저해하는 농도인 $SC_{50}$은 추출 온도에 따른 유의적 차이는 나타나지 않았다. SOD 유사활성에서도 역시 각 시료의 농도가 증가할수록 활성이 높았으며, $SC_{50}$은 다른 온도에 비해 $25^{\circ}C$에서 유의하게 낮았는데 이는 $25^{\circ}C$에서 SOD 유사활성이 가장 좋음을 나타낸다. 또한 ORAC assay를 이용한 peroxyl 라디칼 소거능은 저농도에서는 각 온도에 따라 유의적은 차이를 보이지 않았으나, 고농도에서는 $50^{\circ}C$에서 유의하게 높았다. 한편 산수유 추출물의 산화적 스트레스에 의한 DNA 손상 억제 효과를 보기 위해 1, 10, $50\;{\mu}g$/mL의 농도로 백혈구에 처리한 후 $200\;{\mu}M$ $H_2O_2$로 DNA 손상을 유도한 결과, $50\;{\mu}g$/mL 농도에서 손상된 DNA tail 부분의 DNA 함량을 측정한 % tail DNA inhibition이 $25^{\circ}C$에서 28.5%, $50^{\circ}C$에서 37.5% 그리고 $90^{\circ}C$에서는 38.5%로 나타났다. 이상의 결과에서 산수유를 물로 추출할 경우 추출 온도가 높을수록 총 페놀함량은 증가한 것으로 나타났지만 항산화 활성과 항유전독성 효과는 추출 온도와는 상관 없이 우수한 것으로 나타났다. 이는 산수유가 일반적으로 고온에서 열수 추출하는 한약재로서 뿐만 아니라 비교적 낮은 온도에서 우려내는 식용 음료로서도 사용이 가능하다는 것을 제시한다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제35권1호
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• pp.93-97
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• 2011

Previously, we reported that the osmolarity conditions in the satellite region were affected CpG DNA methylation status while Pre-1 sequence was not affected CpG DNA methylation in pNT blastocyst stage. This study was conducted to investigate the DNA methylation status of repeat sequences in pig nuclear transfer (pNT) embryos produced under different osmolarity culture conditions. Control group of pNT embryos was cultured in PZM-3 for six days. Other two treatment groups of pNT embryos were cultured in modified PZM-3 with 138 mM NaCl or 0.05 M sucrose (mPZM-3, 320 mOsmol) for two days, and then cultured in PZM-3 (270 mOsmol) for four days. The DNA methylation status of the Pre-1 sequences in blastocysts was characterized using a bisulfite-sequencing method. Intriguingly, in the present study, we found the unique DNA methylation at several non-CpG sequences at the Pre-1 sequences in all groups. The non-CpG methylation was hypermethylated in all three groups, including in vivo group (86.90% of PZM-3; 83.87% of NaCl; 84.82% of sucrose; 90.94% of in vivo embryos). To determine whether certain non-CpG methylated sites were preferentially methylated, we also investigated the methylation degree of CpA, CpT and CpC. Excepting in vivo group, preference of methylation was CpT>CpC>CpA in all three groups investigated. These results indicate that DNA methylation of Pre-1 sequences was hypermethylated in CpG as well as non-CpG site, regardless modification of osmolarity in a culture media.

• 한국작물학회지
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• 제37권5호
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• pp.397-404
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• 1992

본 연구는 내염성이 비교적 강한 Japonica형 품종인 섬진벼와 내염성이 비교적 약한 통일형 품종인 칠성벼를 염분농도에 따른 세포주기를 측정하고 각 phase의 기간 변화도 조사하였으며, 또한 DNA, RNA 및 단백질 합성량를 제출하여 세포주기와 어떠한 관련성이 있는지를 조사한 결과 다음과 같다. 1. 섬진벼와 칠성벼의 세포주기는 염분농도 0%, 0.3% 및 0.6%에 서 12시간으로 동일하였다. 2. 세포주기로부터 측정된 각 phase 별 기간은 무처리구와 처리구에서 차이를 보였다. 섬진벼가 무처리구에서 G1=3.3, S=3.8, G2=2.8, 그리고 M=2.1 시간이었고, 0.3%에서 G1=3.5, S=3.6, G2=2.8, 그리고 M=2.1 시간이었으며, 0,6%에서 G1=3.5, S=3.6, G2=2.8, 그리고 M=2.1 시간으로 무처리구에 비하여 G1 기간은 길어겼고, S 기간은 약간 짧아졌다. 칠성벼에서는 무처리구에서 G1=2.6, S=5.2, G2=2.3, 그리고 M=1.9 시간이었고, 0.3%에서 G1=2.5, S=6.2, G2=1.6 그리고 M=1.7 시간이었으며, 0.6%에서 G1=2.1, S=6.0, G2=2.0 그리고 M=1.9 시간으로 무처리구에 비하여 처리구의 G1과 G2 기간은 짧아졌고 S 기간은 길어졌으며, 이는 섬진벼의 변화와 반대 성향을 보여 주었다. 3. 섬진벼에서 처리구가 무처리구에 비하여 DNA와 RNA 합성은 감소한 반면, 단백질 합성은 증가하였으며, 칠성벼에서는 처리구가 무처리구에 비하여 DNA와 단백질 합성은 증가하였으나, RNA 합성은 섬진벼와 같이 감소하였다.

• 한국어류학회지
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• 제23권1호
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• pp.21-29
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• 2011

볼락의 성장단계에 따른 차등발현 유전자를 탐색하기 위하여 6개월령 및 18개월령 근육조직을 사용하여 subtracted cDNA library를 제작하였고, 각각의 연령에서 발현량 차이를 나타낸 202개의 cDNA 단편을 확보하였으며, 발현량 차이가 뚜렷한 32개의 cDNA 클론은 성장단계별 특이발현 후 보유전자로 선발하여 염기서열을 분석하였다. Myosin, adenylate kinase, calsequestrin, dystrobrevin beta, diphosphate kinase 유전자는 6개월령 근육조직에서 발현량이 많았으며, desmin, TGFBR2 (transforming growth factor-beta receptor), creatine kinase (muscle type), cathepsin D 유전자는 18개월령 근육조직에서 발현량이 많았다. 볼락의 성장초기와 성장절정기에서 차등발현 양상을 나타낸 유전자는 6, 18, 30, 42개월령 근육조직에서 연령 증가에 따른 발현양상을 분석하였으며, dystrobrevin beta와 diphosphate kinase-Z1은 6개월령 이후에는 발현량이 급격히 감소하여 18개월령, 30개월령 및 42개월령에서는 발현량이 극히 적었으며, creatine kinase (muscle type)와 cathepsin D 유전자는 연령 이 증가함에 따라 발현량이 증가되어 18개월령 이후, 30개월령과 42개월령 근육조직에서도 발현량이 많았다. 이와 같이 성장단계에 따른 차등발현 유전자를 탐색하고 연령 증가에 따른 발현양상을 비교 분석한 결과로부터 본 연구에서는 어류의 성장 초기단계 근육조직에서는 근육수축 관련 유전자가 많이 발현되고, 성장 절정기에는 근육 내 에너지 양 조절 관련 유전자가 많이 발현되는 것을 확인하였다.

• 환경영향평가
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• 제22권6호
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• pp.591-607
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• 2013

본 연구에서는 생물학적 바이오마커, 물리적 서식지 지표 및 화학적 수질지표를 종합하여 12-메트릭 생태평가 모형을 확립하였고, 도심하천에 적용하여 수생태계 평가를 실시하였다. 생태모형 적용을 위해 도심하천의 상류역의 대조군 지역($C_Z$), 중류의 전이대($T_Z$) 및 하류역의 오염지역(IZ)을 선정한 후, 모델값에 대한 계절별 변이특성을 분석하였다. DNA 손상도 분석은 혈액을 이용한 단세포 전기영동법(Single-cell gel electrophoresis, SCGE)인 Comet assay 지표에 의거한 생지표 메트릭으로 이용되었고, Tail moment, Tail DNA(%) 및 Tail length(${\mu}m$)값이 분석되었다. DNA의 손상은 하류역의 오염지역($I_Z$)에서 분명하게 나타났지만, 대조군($C_Z$) 지역에서는 그렇지 않았다. 개체군 지표로서 비만도 지수인 $C_F$ 값 분석, 체장빈도 분포 지표 및 개체 이상도(Abnormality) 지표가 생물지표로서 이용되었다. 물리적 서식지 지표는 QHEI 모델을 이용하였고, 4개 메트릭이 분석되었다. 화학적 수질지표는 부영양화 지표인 인(P)/질소(N), 화학적 산소요구량 및 전기전도도 지표가 이용되었다. 본 연구를 종합해보면, 12-메트릭 생태모형의 생지표 속성은 대조군($C_Z$)지역에 비해 오염지역($I_Z$)에서 화학적 스트레스 지표(부영양화 지표)에 아주 민감하게 반응 하는 것으로 나타났으며, 또한 이들은 부분적으로 서식지 평가지표에 의해 영향 받는 것으로 분석되었다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제13권4호
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• pp.388-393
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• 1998

시장개방화로 수입쇠고기의 물량은 급증하여 최종 유통과정에서 수입쇠고기가 한우로 판매되어 소비자가 피해를 보는 등 사회적 물의를 일으키는 경우가 종종있다. 따라서 본 연구에서는 한우와 수입쇠고기의 과학적 판별을 위하여 시중에 유통 중인 한우와 수입쇠고기를 최근 유전자 기법인 PCR-RAPD를 이용하여 연구하였으며 아울러 위생에 대한 안전성 문제를 점검하기 위하여 장관출혈성 대장균과 식중독 세균에 대한 미생물 시험을 실시하였다. PCR 분석에 사용된 DNA 증폭조건은 $1{\times}Taq$ polymerase buffer, 1.5 mM $MgCl_2,\;50\;\mu\textrm{M}$ dNTP, 100ng primer, 2.5 unit Taq polymerase(perkin Elmer AmpliTaq), 5~20 ng template DNA이며 최종 반응용액은 $50\;\mu\textrm{\ell}$이다. 증폭산물의 크기는 대개 0.5 kbp~2.0kbp 사이의 범위에서 검출되었다. 수입 쇠고기에서만 DNA 크기가 약 1.2kbp인 유전자 표지인자가 확인되었으며 이 유전자 표지인자의 확인으로 한우와 수입쇠고기가 90%이상 구별되었으며 이는 한우 육간의 품종판별에 유용하리라 생각된다. 위생 시험 결과 최근 사회적으로 문제가 있었던 장관출혈성 대장균 O157:H7, O26, 등을 비롯하여 주요 식중독균인 Salmonella spp. 과 Listeria monocytogenes은 전혀 검출되지 않았다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.223-228
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• 2002

본 연구실에서 개발된 particle inflow gun (PIG)은 조작이 간편하고, 사용비용도 저렴하며, 식물 세포 내의 유전자 도입효율이 높은 특징을 갖고 있다. PIG 장비를 이용하여 벼 캘러스 내로의 유전자 도입 조건을 검토하기 위해서 사용된 vector는 pIG121Hm으로서 T-DNA 내부에 intron GUS ($\beta$-glucuronidase)와 hygromycin 및 kanamycin 저항성 유전자를 포함하고 있다. 또한 벼 캘러스 내에 물리적으로 DNA를 도입할 때에 DNA 도입 효율과 관계가 높은 요인들을 GUS의 발현빈도를 통하여 조사하였다. 그 결과 gold particle에 DNA를 부착하는 과정에 사용되는 spermidine과 calcium chloride의 경우 무첨가구에 비해 16 mM의 spermidine과 1.5 M의 calcium chloride 첨가구에서 GUS 발현율이 각각 2배, 3배 증가하였다. 그리고 1회 분사되는 gold particles양이 2 mg의 경우 가장 높은 GUS 발현율을 보여주었으며, 또한 PIG장비의 분사거리와 헬륨의 압력은 벼의 배양세포의 경우 12cm의 분사거리에서 3.5 bar (50 psi)의 헬륨압력으로 분사하였을 때 GUS 발현율이 가장 높았다. 이상의 결과에서 PIG 장비를 이용한 유전자 도입은 본 연구에서 검토한 최적의 조건을 이용하였을 경우 기존에 많이 사용되고 있는 Biolistic Gun (Bio-Rad 사)과 거의 비슷한 유전자 도입효율을 보여 주었다. 특히 PIG 장비의 경우 조작이 매우 간편하고, 분사에 사용되는 일회용 부품이 필요하지 않기 때문에 대량의 반복실험을 필요로 하는 연구에서 손쉽게 사용되리라 기대된다.