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Detection of HER2 Status in Breast Cancer: Comparison of Current Methods with MLPA and Real-time RT-PCR

  • Pazhoomand, Reza;Keyhan, Elahe;Banan, Mehdi;Najmabad, Hossein;Karimlou, Masoud;Khodadad, Faranak;Iraniparast, Alireza;Feiz, Farnaz;Majidzadeh, Keivan;Bahman, Ideh;Moghadam, Fatemeh Aghakhani;Sobhani, Atoosa Madadkar;Abedin, Seyedeh Sedigheh;Muhammadnejad, Ahad;Behjat, Farkhondeh
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권12호
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    • pp.7621-7628
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    • 2013
  • Human epidermal growth factor receptor (HER) status is an important prognostic factor in breast cancer. There is no globally accepted method for determining its status, and which method is most precise is still a matter of debate. We here analyzed HER2 mRNA expression by quantitative reverse transcription-PCR (qRT-PCR) and HER2 DNA amplification using multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). In parallel, we performed a routine evaluation of HER2 protein by immunohistochemistry (IHC). To assess the accuracy of the RT-PCR and MLPA techniques, a combination of IHC and fluorescence in situ hybridization (FISH) was used, substituting FISH when the results of IHC were ambiguous (2+) and for those IHC results that disagreed with MLPA and qRT-PCR, this approach being termed IHC-FISH. The IHC results for four samples were not compatible with the MLPA and qRT-PCR results; the MLPA and qRT-PCR results for these samples were confirmed by FISH. The correlations between IHC-FISH and qRT-PCR or MLPA were 0.945 and 0.973, respectively. The ASCO/CAP guideline IHC/FISH correlation with MLPA was (0.827) and with RT-PCR was (0.854). The correlations between the IHC results (0, 1+ as negative, and 3+ as positive) and qRT-PCR and MLPA techniques were 0.743 and 0.831, respectively. Given the shortcomings of IHC analysis and greater correlations between MLPA, qRT-PCR, and FISH methods than IHC analysis alone with each of these three methods, we propose that MLPA and real-time PCR are good alternatives to IHC. However a suitable cut-off point for qRTPCR is a prerequisite for determining the exact status of HER2.

덱사메타손 처치에 따른 폐 표면 활성 단백질-A 유전자 변이의 반응의 차이점에 관한 연구 (Differential Response of Surfactant Protein-A Genetic Variants to Dexamethasone Treatment)

  • 김을순;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제46권4호
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    • pp.335-339
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    • 2003
  • 목 적 : 폐 표면 활성제 단백질-A는 폐 표면 활성제의 생리작용과 구조에 관여하며, 폐의 숙주방어와 염증반응에 주된 역할을 하고 있다. 스테로이드 치료는 미숙아의 분만이 예측되는 산모에 대해서 미숙아의 급성 호흡곤란 증후군 등을 예방할 목적으로, 또는 미숙아의 만성 폐질환을 예방하기 위하여 널리 사용되고 있다. 현재까지 인간에서 두 가지의 SP-A 유전자 및 여러 종류의 대립형질이 밝혀져 있고, 덱사메타손 치료에 서로 다른 반응을 보이고 있으며, SP-A 3'UTR이 관여 할 가능성이 있다는 연구가 발표되었다. 저자들은 가장 많은 빈도를 보이는 8가지 SP-A 대립형질에서 덱사메타손 처치에 대하여 서로 다른 반응이 3'UTR에 의하여 이루어지는지를 규명하고자 연구를 하였다. 방 법 : 리포터 유전자로서 luciferase를 사용하여 8종류의 SP-A 대립형질의 3'UTR을 포함하는 구성체를 만들었다. 이 구성체들은 SV40 promotor에 의하여 조절되었으며, SP-A를 생산하는 H441 세포내로 형질도입 되었다. 덱사메타손 처치 후 리포터 유전자의 활성도를 측정하였으며, 대조군에 따라 표준화되었다. 결 과 : 덱사메타손 처치 시 $6A^3$, 6A, 1A 대립 유전자에서 리포터 유전자의 활성 반응이 유의하게 감소하였다. 결 론 : SP-A 유전자 변이 중 덱사메타손 처치에 대한 유전자 표현 반응이 서로 다르다는 사실은 스테로이드 치료 시 미숙아의 개개인의 SP-A 유전자 변이에 따라 고려하여 사용해야함이 타당할 것으로 생각된다.

다결정 실리콘 기판 위에 형성된 나노급 니켈 코발트 복합실리사이드의 미세구조 분석 (Microstructure Characterization on Nano-thick Nickel Cobalt Composite Silicide on Polycrystalline Substrates)

  • 송오성
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제8권2호
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    • pp.195-200
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    • 2007
  • 최소선폭 $0.1{\mu}m$ 이하의 살리사이드 공정을 상정하여 $10nm-Ni_{0.5}Co_{0.5}/70\;nm-Poly-Si/200\;nm-SiO_2$ 구조로부터 쾌속 열처리를 이용해서 실리사이드 온도를 $600{\sim}1100^{\circ}C$까지 변화시키면서 복합실리사이드를 제조하고 이들의 면저항의 변화와 미세구조의 변화를 면저항 측정기와 TEM 수직단면, 오제이 두께 분석으로 확인하였다. 기존의 동일한 공정으로 제조된 니켈실리사이드에 비해 제안된 니켈 코발트 복합실리사이드는 $900^{\circ}C$까지 저저항을 유지시킬 수 있는 장점이 있었고 20nm 두께의 균일한 실리사이드 층을 폴리실리콘 상부에 형성시킬 수 있었다. 고온 처리시에는 복합실리사이드와 실리콘의 전기적으로 상분리되는 혼합현상으로 고저항 특성이 나타나는 문제를 확인하였다. 제안된 NiCo 합금 박막을 70nm 높이의 폴리실리콘 게이트를 가진 디바이스에 $900^{\circ}C$이하의 실리사이드화 온도에서 효과적으로 산리사이드 공정의 적용이 기대되었다.

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전광섬유형 8채널 DWDM용 광다중화기의 온도보상 특성 (Temperature Compensation of 8 Channel DWDM Multiplexer Using All Optical fiber Mach-Zehnder Structure)

  • 장진현;정진호;김영권
    • 한국통신학회논문지
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    • 제30권8A호
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    • pp.697-704
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    • 2005
  • 온도보상 패키지를 적용하여 1000Hz 채널간격을 갖는 DWDM용 8채널 광다중화기를 제작하였다. 8채널 광다중화기는 전광섬유형 Mach Zehnder 간섭계(MZI)를 3단으로 다단 연결하여 제작되었으며, 광 다중화기 채널별 출력파장의 삽입손실을 균일하게 하기 위하여 파장에 대한 삽입손실변화가 적은 파장무의존형 커플러(WFC)를 이용하여 전광섬유형 MZI를 제작하였다. 전용 제작 장치를 이용하여, 전광섬유형 MZI를 제작하였으며, 미세한 파장을 조절하기 위해서, $CO_2$ 레이저를 이용하였다. 광 다중화기의 출력중심파장이 주위온도변화에 영향을 받지 않도록 하기 위해서 별도의 외부 온도제어기를 사용하지 않은 온도보상 패키지가 적용되었다. 제작된 8채널 광 다중화기는 평균 삽입손실 2.1dB, 5.5dB에서의 통과대역폭이 0.8nm 이며, 2.1dB의 채널 Crosstalk를 갖는 특성을 얻을 수 있었다. 이때 편광의존 손실은 0.06dB이며, $60^{\circ}C$ 정도의 주위온도 변화에 대해서 출력파장 0.05nm이내에서 변하도록 제작할 수 있다.

성형공정(成形工程)과 원료입도(原料粒度)가 다공성(多孔性) 탄화규소(炭火硅素) 세라믹 캔들 필터 특성(特性)에 미치는 영향(影響) (Effect of Forming Process and Particle Size on Properties of Porous Silicon Carbide Ceramic Candle Filters)

  • 한인섭;서두원;홍기석;우상국
    • 자원리싸이클링
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    • 제19권5호
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    • pp.31-43
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    • 2010
  • 석탄가스화 복합발전 시스템의 집진설비용 다공성 탄화수소 캔들 필터 제조를 위해 래밍성형과 진공 압출성형 공정에 외해 캔들필터 성형체를 제조하였다. 다양한 입도를 갖는 탄화규소 분말을 출발원료로 하였으며, 비점토계 무기 소결조제로 뮬라이트와 칼슘 카보네이트 분말을 사용하였다. 래밍성형과 진공 압출성형에 의한 캔들 필터 성형체들은 대기 분위기 $1400^{\circ}C$에서 2시간 소성하여 제조하였다. 캔들 필터 성형공정과 출발원료 입도가 소결된 다공성 캔들 필터 지지층의 기공율, 밀도, 강도 (굽힘강도, 압축강도)와 미세구조에 미치는 영향을 조사하였다. 래밍성형 공정에 외한 제조원 다공성 탄화규소 캔들 필터 소결체가 압출성형된 필터에 비해 높은 밀도 및 강도를 나타내고 있었으며, 그 최고 값은 각각 $2.0\;g/cm^3$과 45 MPa이었다. 한편 캔들 필터 지지층의 장기 내식성 평가 예측을 위하여 소결된 시편에 대해 석탄가스화 복합발전 $600^{\circ}C$의 모사 합성가스 분위기에서 2400시간 부식실험을 수행하였다.

컴파일러에 의한 C레벨 에러 체크 (Compiler triggered C level error check)

  • 정지문;윤종희;이종원;백윤흥
    • 정보처리학회논문지A
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    • 제18A권3호
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    • pp.109-114
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    • 2011
  • IR(Intermediate Representation) 최적화 과정은 컴파일러 back-end의 중요한 부분으로서 sub-expression elimination, dead code elimination 등 최적화 기법들을 사용한다. 하지만 IR 최적화 단계에서 생기는 에러들을 검출하고 디버깅하는데 많은 어려움이 있다. 그 첫 번째 이유로는 컴파일 된 어셈블리 코드를 해독하여 에러를 체크하기 어렵고 두 번째로는 IR 최적화 단계에서 에러가 생겼는지 결정 짓기 어렵기 때문이다. 이런 이유들로 인하여, 우리는 C 레벨에서 IR 코드변환 무결점 여부를 체크하기 위한 기법들에 관한 연구를 진행하여 왔다. 우리는 MeCC(Memory Comparison-based Clone) 탐색기를 기반으로 하여, 최적화하기 전 IR코드와 최적화 한 후의 IR코드를 각각 C코드로 다시 변환한 뒤, 이 두 개의 C코드를 MeCC의 입력으로 주고, 결과의 일치 여부를 확인하는 방법을 사용한다. 하지만 MeCC가 완벽한 결과를 알려주지 않기 때문에, 우리는 각 IR 최적화 기법마다의 특징에 대한 정보를 사전에 처리해서 그 결과의 정확도를 높였다. 이 논문에서는 dead code elimination, instruction scheduling 및 common sub-expression elimination 등 최적화 기법들을 이용한 변환 코드들을 예시로 실험하여 최종적으로 MeCC에서의 C 레벨 코드의 정확한 에러 체크 동작여부를 보여준다.

Baltic Ice Class IA를 적용한 115K Ice Tanker 개발 (Development of 115K Tanker Design Adopted Ice Class 1A)

  • 김현수;하문근;백명철;김수형;박종우;전호환
    • 대한조선학회논문집
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    • 제41권6호
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    • pp.120-125
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    • 2004
  • There are very few numbers of 115K FPP (Fixed Pitch Propulsion) Tankers for the Baltic ice class IA because the minimum power requirement of FMA (Finish- Swedish Maritime Association) needs quite large engine power and the 40 m Beam is out of calculation range of FMA minimum power requirements. The shipyard has no choice except to increase the engine power to satisfy FMA minimum power requirement Rule. And the operation cost, efficiency of hullform and its building cost are not good from the ship owners' point of view To solve this problem, the experience of ice breaking tanker development and the ice tank test results were adopted. The main idea to reduce the ice resistance is by reducing waterline angle at design load waterline. The reason behind the main idea is to reduce the ice-clearing force. Two hull forms were developed to satisfy Baltic Ice class IA. Two ice tank tests and one towing tank test was performed at MARC (Kvaener-Masa Arctic Research Center) and SSMB (Samsung Ship Model Basin) facilities, respectively. The purpose of these tests was to verify the performance in ice and open water respectively The hull form 2 shows less speed loss compared to Hull form 1 in open water operation but hull form 2 shows very good ice clearing ability. finally the Hull Form 2 satisfying Baltic ice class IA. The merit of this hull form is to use the same engine capacity and no major design changes in hull form and other related designs But the hull structure has to be changed according to the ice class grade. The difference in two hull form development methods, ice model test methods and analysis methods of ice model test will be described in this paper.

Ovarian Transposition for Stage Ib Squamous Cell Cervical Cancer - Lack of Effects on Survival Rates?

  • Turan, A. Taner;Keskin, H. Levent;Dundar, Betul;Gundogdu, Burcu;Ozgul, Nejat;Boran, Nurettin;Tulunay, Gokhan;Kose, M. Faruk
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권1호
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    • pp.133-137
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    • 2013
  • Background: To investigate the impact of ovarian transposition (OT) on survival rates of the patients with stage Ib squamous cell cervical cancer. Materials and Methods: Ninety-two subjects who underwent a radical hysterectomy including oophorectomy were evaluated. For nineteen (20.7%), OT was performed. Patients were divided into two groups, OT versus oophorectomy alone. The primary end-point of this study was to investigate the impact of OT on tumor recurrence rate and time, 5-year disease-free survival (DFS) and overall survival (OS). These comparisons were performed for subgroups including patients who received radiotherapy versus who did not. Statistical analyses were conducted using the Chi-square test, T-test and Mann-Whitney test. OS was examined using the Kaplan-Meier method. $P{\leq}0.05$ was considered to be statistically significant. Results: The median follow-up period was 89 months for OT and 81 months for the oophorectomy group (p>0.05). Both groups experienced similar recurrence rates (31.6% vs. 26.4%, p=0.181). The median duration from surgery to recurrence, and surgery to death were also similar between the groups (p>0.05). The 5-year DFS and OS rates were both 68.4% for the OT group, and 73.6% and 77.8% for the oophorectomy group (p=0.457 and p=0.307, respectively). While the 5-year DFS rate was not statistically significant between the OT and oophorectomy groups who did not receive radiotherapy (p=0.148), the 5-year OS rate was significantly higher in the oophorectomy group (95.4% vs 66.7%, respectively) without radiotherapy (p=0.05). The 5-year DFS and OS rates were statistically similar between the groups who received adjuvant radiotherapy (p>0.05). Conclusions: Ovarian transposition has not significantly negative effect on the survival rates when adjuvant radiotherapy will be applied, while 5-year OS may be less in OT group if radiotherapy is not mandatory.

자폐아동 어머니의 스트레스에 대한 연구 (A STUDY ON THE STRESS IN MOTHER OF AUTISTIC CHILDREN)

  • 윤수영;한경자
    • Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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    • 제4권1호
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    • pp.54-67
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    • 1993
  • 본 연구는 자폐아 어머니 160명을 대상으로 자폐아 어머니의 스트레스와 스트레스 정도에 영향을 끼치는 자폐아 어머니와 아동의 특성을 파악하여, 자폐아 어머니를 위한 간호전략 수립을 위한 기초 자료를 제공하는데 그 목적을 두고 본 연구를 시도하였다. 이를 위하여 본 연구자가 개발한 자폐아 어머니의 스트레스에 관한 도구는, 어머니의 일상 생활에 관련된 스트레스(11문항),어머니의 가족, 사회적 관계 에서의 스트레스(26문항), 아이의 장애 원인, 치료, 교육 및 예후에 관련된 스트레스 (28문항) 및 어머니의 부정적 심리 상태에 관련된 스트레스(9문항) 등 74개 문항으로 구성되어 있으며 도구 신뢰도는 Cronbach's ${\alpha}$ =0.94였다. 연구 결과는 다음과 같다1) 자폐아 어머니의 스트레스 정도는 영역별로 볼 때 장애원인, 치료, 교육 및 예후에 관련된 스트레스 평점이 3.19로 가장 높았으며 어머니의 부정적 심리상태에 관련된 스트레스 평점은 2.85, 어머니의 일상생활애 관련된 스트레스 평점은 2.45,그리고 가족, 사회적 관계에서의 스트레스 평점은 2.05의 순으로 나타났다. 2) 총 74개의 스트레스 항목 인지정도의 평점은 2.62였다 스트레스 정도가 가장 높게 인지된 항목은 '자폐아에 대한 사회의 이해가 부족하다', '부모가 사망한다면 누가 이 아이를 돌볼 수 있을지 걱정이다', '아이가 성장함에 따라 단계적으로 교육받을 수 있는 시설이 없다' 등이었으며, 낮은 스트레스로 인지된 항목은 '남편이 아이를 미워한다', '남편과 이혼하고 싶다' 등이었다. 3) 자폐아 어머니 특성 중에서 자녀의 수, 아이 문제에 대한 인지 정도는 스트레스 정도에 유의한 차이를 나타내었는데 자녀의 수가 많을수록, 문제 인지가 심할수록 어머니가 느끼는 스트레스가 높았다.

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Pleural Fluid Pentraxin-3 for the Differential Diagnosis of Pleural Effusions

  • Yeo, Chang Dong;Kim, Jin Woo;Cho, Mi Ran;Kang, Ji Young;Kim, Seung Joon;Kim, Young Kyoon;Lee, Sang Haak;Park, Chan Kwon;Kim, Sang Ho;Park, Mi Sun;Yim, Hyeon Woo;Park, Jong Y.
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제75권6호
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    • pp.244-249
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    • 2013
  • Background: Conventional biomarkers cannot always establish the cause of pleural effusions; thus, alternative tests permitting rapid and accurate diagnosis are required. The primary aim of this study is to assess the ability of pentraxin-3 (PTX3) in order to diagnose the cause of pleural effusion and compare its efficacy to that of other previously identified biomarkers. Methods: We studied 118 patients with pleural effusion, classified as transudates and exudates including malignant, tuberculous, and parapneumonic effusions (MPE, TPE, and PPE). The levels of PTX3, C-reactive protein (CRP), procalcitonin (PCT) and lactate in the pleural fluid were assessed. Results: The levels of pleural fluid PTX3 were significantly higher in patients with PPE than in those with MPE or TPE. PTX3 yielded the most favorable discriminating ability to predict PPE from MPE or TPE by providing the following: area under the curve, 0.74 (95% confidence interval, 0.63-0.84), sensitivity, 62.07%; and specificity, 81.08% with a cut-off point of 25.00 ng/mL. Conclusion: Our data suggests that PTX3 may allow improved differentiation of PPE from MPE or TPE compared to the previously identified biomarkers CRP and PCT.