• KSBB Journal
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• 제17권1호
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• pp.106-109
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• 2002

Gel electrophoresis of DNA is a well known technique in molecular biology. This technique is simple, rapid to perform, and capable of adequately separating fragments of DNA. A number of mixtures of DNA fragments ("DNA size markers") are frequently employed in a purpose of extrapolating the sizes or the amount of DNA molecules during gel electrophoresis. DNA size markers are constructed by digesting plasmid DNA, bacteriophage DNA, or recombinant DNA molecules with one or more restriction enzymes. However, liquid suspension containing DNA size marker needs to be kept at a low temperature during storage and shipping. In an attempt to maintain the DNA samples at room temperature for extended period of time, lyophilization of DNA with addition of nuclease inhibitor was studied. Gel loading buffer was also added to the lyophilized DNA to provide additional convenience such that DNA size marker was the "ready-to-use" followed by simply reconstituting with distilled water.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제42권1호
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• pp.63-68
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• 2017

Background: The combined effect of the low energy electron (LEE) irradiation and $Cu^{2+}$ ion on DNA damage was investigated. Materials and Methods: Lyophilized pBR322 plasmid DNA films with various concentrations (1-15 mM) of $Cu^{2+}$ ion were independently irradiated by monochromatic LEEs with 5 eV. The types of DNA damage, single strand break (SSB) and double strand break (DSB), were separated and quantified by gel electrophoresis. Results and Discussion: Without electron irradiation, DNA damage was slightly increased with increasing Cu ion concentration via Fenton reaction. LEE-induced DNA damage, with no Cu ion, was only 6.6% via dissociative electron attachment (DEA) process. However, DNA damage was significantly increased through the combined effect of LEE-irradiation and Cu ion, except around 9 mM Cu ion. The possible pathways of DNA damage for each of these different cases were suggested. Conclusion: The combined effect of LEE-irradiation and Cu ion is likely to cause increasing dissociation after elevated transient negative ion state, resulting in the enhanced DNA damage. For the decrease of DNA damage at around 9-mM Cu ion, it is assumed to be related to the structural stabilization due to DNA inter- and intra-crosslinks via Cu ion.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2006

최근 진단분야에 있어서의 가장 획기적인 진보로는 향상된 진단 술식의 민감도와 특이도를 들 수 있으며 이는 다양한 면역 화학물질과 분자생물학적 시약의 활용도가 증가되고 이와 더불어 진단용 기구의 수준 향상으로 가능해진 미세 술식의 발달에 따른 결과이다. 이러한 기술의 발전은 임상검사용 검체 뿐만 아니라 DNA의 공급원으로서의 타액의 진단학적 가치를 고려하게 되었다. 본 연구는 인체의 타액에서 genomic DNA를 분리하고 이를 혈액 및 협점막 swab에서 분리한 genomic DNA와 비교 검토해 봄으로써 타액 검체의 진단학적 활용도를 살펴보고, 타액 검체의 다양한 보관 과정이 genomic DNA의 분리에 미치는 영향을 살펴보고자 시행되었으며, 또한 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 $\beta$-globin 유전자의 증폭을 시행하였다. 10명의 피검자(평균 나이: $29.9{\pm}9.8$ 세)를 대상으로 혈액, 비자극성, 자극성 전타액 및 협점막 swab을 채취한 후 이로부터 genomic DNA를 분리하였다. 여러 다양한 보관조건이 genomic DNA에 미치는 영향을 알아보기 위하여 건강한 20명의 피검자(평균 나이: $32.3{\pm}6.6$ 세)를 대상으로 자극성 전타액을 채취하여 실온, $4^{\circ}C$, $-20^{\circ}C$, $-70^{\circ}C$, 자연 건조 및 동결 건조 상태에서 1, 3, 5 개월 동안 보관한 후 genomic DNA를 분리, 조사하였으며, 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 989-bp의 $\beta$-globin 유전자를 증폭한 후 전기영동 검사를 시행하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 타액으로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 낮았으며(p<0.05), 타액군 간에는 유의한 차이가 없었다. 자극성 전타액과 이를 동결 건조한 검체에서 분리한 genomic DNA의 순도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 높았으며(p<0.05), 협점막 swab으로부터 분리한 genomic DNA 의 순도는 타액의 경우에 비하여 유의하게 낮게 나타났다(p<0.05). 2. 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 1 개월 후부터 점차적으로 감소되었으며, 3 개월과 5개월 동안 보관한 타액 검체에서는 유의하게 감소되었다(각각 p<0.05, p<0.01). DNA의 순도 또한 점차적으로 감소되어 3 개월과 5 개월 동안 보관한 타액 DNA의 순도는 신선한 타액과 1 개월 동안 보관된 타액 검체의 순도보다 낮게 나타났다(p<0.05). 3. 타액 검체를 $4^{\circ}C$와 $-20^{\circ}C$에서 보관한 후 분리한 genomic DNA의 농도는 3 개월의 보관 기간 동안 유의한 변화가 없었으나, 보관 기간 5 개월 후의 검체에서는 유의하게 감소되었다(p<0.05). 4. 타액을 $-70^{\circ}C$에서 보관한 검체와 동결 건조한 후 보관한 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 보관 기간에 따른 유의한 차이를 보이지 않았으나, 보관 후 5 개월 후의 검체에서는 DNA의 농도가 감소되는 경향을 보였다. 5. 타액을 자연 건조한 후 즉시 genomic DNA를 분리한 결과, 신선한 타액에 비하여 약 60%의 DNA를 얻을 수 있었다. 자연 건조한 후에 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA 농도는 보관 2 주 만에 급격하게 감소되었다(p<0.05). 6. 중합효소 연쇄반응 방법을 이용한 $\beta$-globin 유전자의 증폭은 동결 건조한 후 보관한 타액의 경우 보관 기간 5 개월까지의 모든 검체에서 가능하였으며, 보관 기간 1 개월을 기준으로 보았을 때 $-20^{\circ}C$와 $-70^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 모든 검체에서, $4^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 일부분의 검체에서만 증폭이 가능하였고, 실온에서 보관한 타액과 자연 건조 후 실온에서 보관한 타액의 경우는 증폭이 이루어지지 않았다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제33권2호
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• pp.53-59
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• 2008

X선과 같은 고에너지 방사선에 의한 DNA 손상 중 간접적인 손상을 확인하기 위하여 탄탈륨(Ta) 박막위에 동결건조 과정으로 만들어진 pGEM-3Zf(-) plasmid DNA 단일층(monolayer)의 박막을 만든 다음, 에너지가 1.5 keV인 Al $K{\alpha}$ X선을 0분, 3분, 7분, 10분 동안 초고진공 상태에서 이 DNA 단일층에 조사하여 평균 흡수선량(mean absorbed dose)의 변화에 따른 DNA 손상을 관찰하였다. 또한 3 eV의 낮은 에너지 전자선을 조사하여 그 결과를 X선을 조사한 경우와 비교하였다. X선과 낮은 에너지 전자선으로 조사된 plasmid DNA를 전기영동(electrophoresis) 방법을 이용해 supercoiled DNA와 unsupercoiled DNA로 분리한 후 각각을 정량적으로 분석하였다. Supercoiled DNA는 X선과 3 eV 전자선의 조사에 따른 평균흡수선량이 증가함에 따라 선형적으로 감소했다. 그와 반대로 circular DNA와 crosslinked form 1 DNA는 평균흡수선량이 증가함에 따라 선형적으로 증가했다. 이것은 supercoiled DNA가 낮은 에너지 전자와 상호작용하여 외가닥 절단(single strand break)을 일으켰고 그 결과 unsupercoiled DNA로 변화되었음을 보여준다. 본 실험을 통해 X선과 같은 고에너지 방사선에 의한 DNA의 간접적 손상이 일어남을 관찰할 수 있었고, DNA의 이온화 에너지보다 작은 에너지($0{\sim}10\;eV$)를 갖는 전자에 의해서도 DNA 손상이 일어날 수 있음을 확인할 수 있었다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제41권3호
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• pp.157-163
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• 2011

Purpose: Curcumin is known to exert numerous biological effects including anti-inflammatory activity. In this study, we investigated the effects of curcumin on the production of interleukin-6 (IL-6) by murine macrophage-like RAW 264.7 cells stimulated with lipopolysaccharide (LPS) from Prevotella intermedia, a major cause of inflammatory periodontal disease, and sought to determine the underlying mechanisms of action. Methods: LPS was prepared from lyophilized P. intermedia ATCC 25611 cells by the standard hot phenol-water method. Culture supernatants were collected and assayed for IL-6. We used real-time polymerase chain reaction to detect IL-6 mRNA expression. $I{\kappa}B-{\alpha}$ degradation, nuclear translocation of NF-${\kappa}B$ subunits, and STAT1 phosphorylation were characterized via immunoblotting. DNA-binding of NF-${\kappa}B$ was also analyzed. Results: Curcumin strongly suppressed the production of IL-6 at both gene transcription and translation levels in P. intermedia LPS-activated RAW 264.7 cells. Curcumin did not inhibit the degradation of $I{\kappa}B-{\alpha}$ induced by P. intermedia LPS. Curcumin blocked NF-${\kappa}B$ signaling through the inhibition of nuclear translocation of NF-${\kappa}B$ p50 subunit. Curcumin also attenuated DNA binding activity of p50 and p65 subunits and suppressed STAT1 phosphorylation. Conclusions: Although further study is required to explore the detailed mechanism of action, curcumin may contribute to blockade of the host-destructive processes mediated by IL-6 and appears to have potential therapeutic values in the treatment of inflammatory periodontal disease.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제23권1호
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• pp.1-15
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• 1993

P. gingivalis has been implicated as a strong pathogen in periodontal disease and known to have three serotypes of P. gingivalis. The purpose of this study is to investigate on the relationship between virulence, metabolic acids and genetic heterogeneity of P. gingivalis. P. gingivalis W50 standard strain and five strains of P. gingivalis serotype b Korean isolates were used in this study. For in vitro virulence test, lyophilized whole cell P. gingivalis were suspended, and sonicated with ultrasonic dismembranometer. Sonicated samples were applied to cultured cells derived from periodontal ligament, and cell activity was assayed with growth and survival assay. The metabolic acids were also extracted, and determined by High Performance Liquid Chromatography. Pst I-digested bacterial genomic DNA was electrophoresed, and densitometric analysis was performed to study the genetic heterogeneity. All of the P. gingivalis serotype b produced butyric acid. In cell activity study, butyric acid inhibited the cell activity irrespective of its concentration. Densitometric analysis showed restriction fragment length polymorphism. These results suggested that there existed heterogeneity of the metabolic acids and the virulence of P. gingivalis and such heterogeneity might be related to genetic heterogeneity.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권12호
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• pp.1887-1894
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• 2007

In this paper, a rapid and reliable gene-targeted species-specific polymerase chain reaction (PCR) technique based on a two-step process was established to identify bifidobacteria in dairy products. The first step was the PCR assay for genus Bifidobacterium with genus specific primers followed by the second step, which identified the species level with species-specific primer mixtures. Ten specific primer pairs, designed from nucleotide sequences of the 16-23S rRNA region, were developed for the Bifidobacterium species including B. angulatum, B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis, B. longum, B. minimum, B. subtile, and B. thermophilum. This technique was applied to the identification of Bifidobacterium species isolated from 6 probiotic products, and four different Bifidobacterium spp. (B. bifidum, B. longum, B. infantis, and B. breve) were identified. The findings indicated that the 16S-23S rDNA gene-targeted species-specific PCR technique is a simple and reliable method for identification of bifidobacteria in probiotic products. PCR combined with Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) for identification of the bifidobacteria was also evaluated and compared with the gene-targeted species-specific technique. Results indicated that for fermented milk products consistency was found for both species-specific PCR and PCR-DGGE in detecting species. However, in some lyophilized products, the bands corresponding to these species were not visualized in the DGGE profile but the specific PCR gave a positive result.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제20권3호
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• pp.243-248
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• 1992

동결건조법이 Nocardia mediterranei의 세포막 손상에 미치는 영향을 3H-thymidine 표지에 의한 DNA 유출 방법과 전자현미경으로 조사하였으며, 재수화 과정이 생존도에 미치는 영향을 연구하였다. 그 결과 N.mediterranei의 동결건조시 세포벽과 세포막의 손상이 세포 사멸의 원인으로 판명되었다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제38권7호
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• pp.839-845
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• 2009

오만둥이는 우리나라의 전통적인 수산식품으로써 찜 또는 찌개류로 조리하여 널리 이용하여 왔다. 본 연구에서는 오만둥이의 기능성 소재로서의 기능적 특성을 파악하기 위하여 오만둥이 추출물의 항산화 활성 및 항유전독성 활성을 in vitro 방법으로 측정하였다. 또한 대장암에 대한 예방효과를 알아보기 위하여 DMH로 대장암을 유발한 SD 쥐를 이용하여 오만둥이를 경구투여한 후 DNA 손상 및 ACF 형성에 미치는 영향을 알아보았다. 그 결과 총항산화능은 모든 추출물에서 대조구에 비해 유의적으로 높은 활성을 나타내었다. 동결건조 한 추출물에서는 메탄올, 에탄올(0.225, 0.219 mM) > 물(0.179 mM) > 아세톤(0.150 mM) 순으로 나타났으며, 신선한 오만둥이에서는 메탄올 추출물(0.215 mM)이 가장 높은 항산화력이 있는 것으로 나타났다. Comet assay에서는 모든 추출물이 $H_2O_2$에 의한 산화적 스트레스에 대항한 DNA 손상억제력을 향상시키는 것으로 나타났으며 특히 동결건조 한 오만둥이에서 메탄올 추출물의 억제력이 가장 높은 것으로 나타났다. 백혈구의 DNA 손상정도는 대조군에 비해 DMH 투여군에서 유의적으로 손상정도가 증가한 반면, DMH+S. placata군에서는 DMH를 주입한 군에 비하여 손상정도가 유의적으로 감소하였다. 또한 ACF의 생성수치가 DMH군에 비하여 DMH+S. placata군에서 유의적으로 감소하는 결과를 나타내었다. 이상의 결과로 미루어 볼 때 오만둥이는 in vitro 뿐만 아니라 대장암을 유발한 쥐에서도 항산화 및 항암효과에 긍정적인 영향을 미치는 것으로 나타나 오만둥이가 대장암을 예방하기 위한 기능성식품 소재로서 가능성을 보여 주었다.

• 미생물학회지
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• 제34권4호
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• pp.212-218
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• 1998

세포외 다당류를 분비하는 새로운 methylotrophic bacteria를 분리하여 세균의 특징과 그 세균이 생산하는 세포외 다당류의 물리 화학적 특성을 조사하였다. 분리균주는 그람음성의 간균으로 편모가 없는 비운동성 세균이며, DNA의 G+C 함량은 53-56%이었고, plasmid를 가지고 있지 않았다. 메탄올과 메틸아민만을 기질로 이용하였으며, 탄소동화경로로는 ribulose monophosphate pathway를 이용하는 절대 methylotrophic bacteria이었다. 성장을 위한 최적온도와 pH는 각각 $35^{\circ}C$와 6.5이었고, 0.5%(v/v)의 메탄올이 포함된 배지에서 가장 빨리 성장하였다(세대시간=2.4시간). 분리균주는 절대 호기성 세균으로 질소원과 산소가 결핍된 조건에서 다량의 세포외 다당류를 분비하였다. 다당류 생산을 위한 최적온도와 pH는 각각 $30^{\circ}C$와 6.5이었고, 1.0%(v/v)의 메탄올이 포함된 배지에서 배지내의 탄소 대질소비가 57.4일 때 가장 많이 생산되었다. 정제된 다당류는 포도당과 galactose로 이루어져 있었다. 에탄올 처리전의 다당류는 낮은 pH에서 더 높은 점도를 보였고, 온도와 염류농도의 변화에도 비교적 안정하였다. 에탄올 처리후의 다당류는 xanthan gum보다 높은 점도를 나타내었고, pH, 온도, 염류농도의 변화에 대해 점도변화가 크지 않았다. 냉동건조된 다당류를 전자현미경을 이용하여 관찰하였을 때, 에탄올 처리전의 다당류는 얇은 막이 겹친 구조를 하고 있었고, 에탄올 처리후의 다당류는 굵은 섬유상의 모습을 띠고 있었다.