• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권1호
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• pp.31-37
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• 2019

Objective: At least eight local duck breeds have been recognized and documented as national germplasm of Indonesia so far. It is necessary to genetically characterize the local duck breeds for aiding conservation and future improvement strategies. Thus, this study was carried out to assess genetic diversity and phylogenetic relationship of eight local duck populations of Indonesia using microsatellite markers. Methods: In total, 240 individuals (30 individuals each population) from Alabio (AL), Bayang (BY), Magelang (MG), Mojosari (MJ), Pegagan (PG), Pitalah (PT), Rambon (RM), and Turi (TR) duck populations were genotyped using 22 microsatellite markers. Results: The results showed a moderate level of genetic diversity among populations, with a total of 153 alleles detected over all loci and populations, ranging from 3 to 22 alleles per locus. Observed (Ho) and expected heterozygosity (He), as well as polymorphism information content over all loci and populations were 0.440, 0.566, and 0.513, respectively. Heterozygote deficiency in the overall populations ($F_{IT}=0.237$), was partly due to the heterozygote deficiency within populations ($F_{IS}=0.114$) and moderate level of genetic differentiation among populations ($F_{ST}=0.137$). The most diverse population was MG (He = 0.545) and the least diverse population was AL (He = 0.368). The majority of populations were relatively in heterozygote deficiency (except AL), due to inbreeding. The genetic distances, phylogenetic trees, and principal coordinates analysis concluded that the populations can be grouped into two major clusters, resulting AL, MG, and MJ in one cluster separated from the remaining populations. Conclusion: The present study revealed a considerable genetic diversity of studied populations and thus, proper management strategies should be applied to preserve genetic diversity and prevent loss of alleles.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권5호
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• pp.975-983
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• 1998

연구배경: 3p는 종양억제유전자의 존재가 강력히 의심되는 염색체의 부위로 폐암을 비롯한 여러 암에서 변이가 관찰되고 있다. 본 연구에서는 한국인의 비소세포폐암을 대상으로 3p의 4부위의 microsatellite locus에 대한 PCR-LOH를 시행하여 deletion의 빈도를 관찰하고 그 임상적 의의를 알아보고자 하였다. 방 법: 3p의 3부위의 CA repeat [D3S1228 (3p14.1-14.3), D3S1067 (3p14.3-21.1), D3S1029 (3p21.1-21.3)] 및 1부위의 tetra repeat [D3S1537 (3p22-24.2)] 의 microsatellite를 대상으로 PCR을 시행한 후 polyacrylamide gel에서 전기영동 후 X-ray film에 현상하였다. 정상 폐의 DNA의 PCR product와 폐암 DNA의 PCR product의 band를 비교하여 LOH가 있는 경우를 관찰하였다. 결 과: 62명의 비소세포폐암환자 중 59명에서 informative case이었고 이중 31명 (52.5%)에서 PCR-LOH를 보여 3p의 deletion이 있음을 관찰하였다. 3p deletion의 유무에 따라 환자의 흡연력, 병기 및 병리소견의 차이(squamous cell carcinoma : 55%, adenocarcinoma : 47%)를 관찰할 수 없었다. 또한 3p deletion의 유무는 비소세포폐암환자의 생존기간에도 영향을 주지 못 했으며 squamous cell carcinoma 및 adenocarcinoma로 나눈 군에서도 생존기간에 차이가 없었다. 결 론: 본 연구의 결과로 3p deletion은 한국인의 비소세포폐암 환자에서 많이 관찰되어 중요 역할을 하고 있으나 임상적인 특정과의 연관성은 관찰할 수 없었다.

• Journal of Acupuncture Research
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• 제25권1호
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• pp.139-154
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• 2008

목적 : 홍화(紅花)는 활혈거어(活血祛瘀), 해독지통(解毒止痛)의 효능이 있어 관절염, 동맥경화(動脈硬化), 종양(腫瘍), 월경부조(月經不調), 뇌혈전(腦血栓)에 사용되어 왔다. 이에 홍화약침액(紅花藥鍼液)의 분자생물학적 효능 분석을 하고자 Lipopolysaccharide(LPS)로 염증을 유발한 RAW 264.7 cell의 유전자(遺傳子) 발현(發顯)에 미치는 영향을 Microarray를 통하여 관찰하였다. 방법 : RAW cell을 배양하고 홍화약침액(紅花藥鍼液)의 세포 독성을 확인한 후 (1) LPS, (2) 홍화약침액(紅花藥鍼液), (3) 홍화약침액(紅花藥鍼液)과 LPS를 처치했을 때의 유전자 발현양상을 microarray를 이용하여 관찰하였다. 대조군에 비해 2배 이상 발현의 차이가 있는 경우를 유의한 것으로 보았다. 결과 : 8,170개의 유전자 중 (1) LPS를 처치하였을 경우 35개의 유전자에서 발현이 상승되었고, (2) 홍화약침액(紅花藥鍼液)을 처치하였을 경우 11개의 유전자에서 발현이 상승되고 53개의 유전자에서 발현이 억제되었으며, (3) 홍화약침액(紅花藥鍼液)과 LPS를 동시에 처치하였을 경우에는 47개의 유전자에서 발현이 상승되었고 11개의 유전자에서 발현이 억제되었다. LPS 자극으로 발현이 상승되었지만 홍화약침액(紅花藥鍼液)을 처치할 때 발현이 억제되는 유전자는 SUMO1/sentrin specific protease 7(SENP7), Serine(or cysteine) proteinase inhibitor, clade B(ovalbumin), member 7(SERPINB7), M-phase phosphoprotein, mpp8(HSMPP8), Glycogenin 2(GYG2), InaD-like(Drosophila)(INADL), Copine III(CPNE3), Loss of heterozygosity, 11, chromosomal region 2, gene A(LOH11CR2A), Chromosome 9 open reading frame 33(SHC3), NADH dehydrogenase(ubiquinone) 1 beta subcomplex, 2, 8kDa(NDUFB2)로 9개가 있었다. 요약 : 홍화약침액(紅花藥鍼液)이 LPS로 염증을 유발시킨 RAW 264.7 cell의 유전자 발현에 미치는 영향을 Microarray를 통해 분석하였다. 홍화약침액(紅花藥鍼液)이 LPS로 발현을 항진시킨 35개의 유전자 중 9개를 효과적으로 억제하는 것을 확인하여 염증 치료 기전을 시사하는 유용한 자료를 얻을 수 있었으며 홍화약침액(紅花藥鍼液)이 발현을 항진시킨 유전자들을 통해 혈관생성과 종양억제 등 보다 넓은 범위에 대한 연구가 가능할 것으로 사료된다.

• Animal cells and systems
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• 제14권4호
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• pp.305-313
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• 2010

Pacific abalone Haliotis discus discus is an important fisheries resource in Jeju, Korea. For basic information about its current genetic status in relation to stock enhancement, the level and distribution of genetic variation between wild and released stocks of Pacific abalone in Jeju were examined at nine cross-species microsatellite markers including the use of two novel primers. High levels of polymorphism were observed between the two populations. A total of 146 different alleles were found at all loci, with some alleles being unique. The allelic variability ranged from five to 27 in the wild population and from four to 16 in the released sample. The average observed and expected heterozygosities were estimated to be 0.74 and 0.84 in the wild sample and 0.70 and 0.78 in the released sample, respectively. Although a considerable loss of rare alleles was observed in the released sample, no statistically significant reductions were found in heterozygosity or allelic diversity in the released sample compared to the wild population. Low but significant genetic differentiation was found between the wild and released populations. These results suggest that the intensive breeding practices for stock enhancement may have resulted in a further decrease in genetic diversity, and that the cross-species microsatellite markers used in this study represent a potentially efficient means for further genetic studies, providing beneficial information for the protection and management of H. discus discus.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권4호
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• pp.352-358
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• 2005

폐암의 조기 진단을 위한 방법으로써 MA의 의의를 알아보고자 전남대학교 병원 내과에 내원한 폐암 환자 9례(squamous cell carcinoma 6례, adenocarcinoma 2례, non-small cell lung cancer: 1례), 연령이 비슷한 비폐암 대조군 9례(AMC, 결핵: 3례, 비특이적 염증성 폐질환: 6례)와 40세 이하 정상인 12례(NC)를 대상으로, 이들의 말초혈액의 백혈구와 혈장으로부터 DNA를 추출하여 D21S1245, D3S1300, D3S1234 유전자좌의 MA를 분석하였다. 세가지 유전자좌 중 어느 한 유전자좌에서라도 MA가 관찰되면 MA가 있는 것으로 인정하였다. MA는 NC에서는 관찰되지 않았으나 0%(0/12), AMC에서는 88.9%(8/9)에서 관찰되었다. AMC와 NC 총 21례 중 흡연자에서 70%(7/10) 비흡연자에서 9.1%(1/11) MA가 관찰되었다(p<0.05). 폐암군과 AMC 총 18례 중 AMC에서 88.9%(8/9), 폐암군에서 66.7%(6/9)를 보여 양군간에 서로 차이 없이 모두 높은 빈도로 관찰되었다(p>0.05). 결과적으로 혈장 DNA의 MA는 40세 이하의 정상인들에서는 발견되지 않으며 폐암 환자들에서 높은 빈도로 발견되었다. 그러나 고령의 흡연자들인 비폐암 대조 군에서도 높은 빈도로 MA가 관찰되므로 폐암 조기진단의 지표로써는 적합하지 않을 것으로 예상된다. 그러나 본 연구는 소수의 한정된 대상을 이용한 결과로써 다양한 연령층과 흡연력 그리고 조직형에 따라 세분화된 더 큰 대상 군을 이용한 연구가 추구되어야 할 것이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제61권3호
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• pp.248-255
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• 2006

연구배경: 약 75% 의 비소세포 폐암에서 loss of heterozygosity (LOH)를 보이는 11p15.5 에 위치한 ribonucleotide reductase M1 subunit gene(RRM1) 유전자는 ras transformed fibroblast를 이용한 실험에서 암세포의 전이능력을 감소시키는 것으로 보고되어 있어서 암억제 유전자로서의 가능성이 높다. RRM1의 promoter 부위인 exon 1 시작에서 (-)37과 (-)524번째 염기에 A/C 그리고 C/T 다형성이 발견되었는데 이 다형성의 양상에 따라 RRM1 유전자의 발현 정도가 조절될 수 있어서 폐암 발생의 위험도가 다를 수 있다. 대상 및 방법: 전남대학교 병원에 내원한 폐암환자들과 비폐암 대조군 환자 127예와 미국인 폐암 환자 140예의 말초혈액 백혈구로부터 얻은 DNA를 이용하여 미국인과 한국인에서의 유전자 다형성의 분포 및 임상적 의의를 조사하였다. 결 과: RRM1 유전자의 Exon 1 으로 부터 (-)37 염기에서 A/C 유전자 다형성은 127예 중 CC가 64예(50.4%), AC는 55예(43.3%), 그리고 AA는 8예(6.3%)에서 발견되었다. Allele A의 빈도는 미국인들의 27.9%에 비하여 한국인에서 28.0%로 차이가 없었고, 폐암군과 비폐암군 간에도 유의한 차이는 관찰되지 않았다. RRM1 유전자의 (-)524 염기에서 C 또는 T 유전자 다형성의 양상은 CC가 24예(18.9%), CT는 44예(34.6%), 그리고 TT는 59예(46.5%)에서 발견되었다. Allele C의 빈도는 36.2%로써 미국인의 34.6%와 차이가 없었고, 폐암군과 비폐암군 간에도 차이는 관찰되지 않았다. RRM1 유전자의 (-)37 염기는 인종에 관계없이 70% 이상에서 C 이었고, (-)524 염기는 65% 정도에서 T를 보이고 있었다. 또한 (-)37과 (-)524 염기는 서로 밀접한 상관관계를 보이고 있었다. 즉 (-)37염기가 모두 C 인 경우 (-)524 염기도 모두 T인 빈도가 높았고, (-)37 염기가 한 개라도 A를 가지고 있는 경우 (-)524 염기도 C를 가지고 있는 빈도가 높았다 (p<0.001). 결 론: RRM1 유전자의 발현을 조절하는 promoter 부위의 두 개의 유전자 다형성의 빈도는 인종 간에 그리고 폐암군과 비폐암군 간에 차이가 없어서 폐암 발생의 위험인자는 아니었다. 그러나 두 유전자 다형성이 서로 특정 조합을 보임으로 그 조합 양상에 따른 promoter 활성도에 대한 연구가 뒤따라야 할 것이다.

• 한국자원식물학회지
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• 제28권1호
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• pp.101-110
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• 2015

부안지역 소나무 집단의 화분유동과 교배양식 모수를 추정하기 위하여 7개 microsatellite 표지로 모수, 주변 성목 및 종자에 대한 유전변이를 분석하였다. 이형접합도 기대치($H_e$)와 근교계수(F)는 각각 모수에서 0.614과 0.018, 종자에서 0.624과 0.087이며, 각 세대간에 차이는 없었다(P > 0.05). MLTR로 추정한 타가교배율($t_m$)은 0.967이며, 양친간 근연계수($t_m-t_s$)는 0.057, 부계상관($r_p$)은 0.012로 나타났다. 기존에 보고된 소나무의 동위효소 분석 결과에 비하여 타가교배율은 높고 근친교배 및 부계상관은 낮았으나, microsatellite 표지를 이용한 소나무류의 결과들과는 유사하였다. TwoGener로 추정한 최적 화분비산 모델은 유효밀도(d = 220 trees/ha)를 가정한 정규확산모델로 판명되었으며, 평균 화분비산거리(${\delta}$)는 11.42 m로 계산되었다. 화분원 유전적 분화(${\Phi}_{ft}$)는 0.021이며, Mental 검증에서 모수간 지리적 거리와 화분원의 유전적 분화는 상관성이 없는 것으로 나타났다(r = -0.141, P > 0.05). 부안지역 소나무 집단은 대부분의 화분이 가까운 거리에서 공급되지만, 화분수의 유전다양성이 높고 화분원의 유전적 차이가 작은 상태로 추정된다. 이러한 조건에서 완전한 임의교배가 이루어지기 때문에 종자의 유전자형이 다양하며 세대간 유전변이의 감소가 없는 것으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권3호
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• pp.285-293
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• 2017

대장암은 전 세계적으로 볼 때, 매년 135만명이 발생하고 매년 60만명이 사망하는 질환으로, 한국에서도 2015년도에 8,380명이 사망하였으며, 고형 암중에서 가장 높은 증가율을 나타내고 있다. 대장암의 진단과 연구를 위한 다양한 방법 중에서 동일한 검사 샘플을 이용하여, 세포유전학적인 방법과 분자유전학적인 방법을 통해 얻어지는 결과를 비교하였다. CGH에서 결실은 18q 47%, 17p 40%, 22q 27%, 10q 17%이 나타났고, LOH는 D18S59 57%, D18S68 50%, TP53CA 50%, D18S69 47%, D22S274 40%, D22S283 37%, D10S186 27%, D10S187 27%, D10S541 23%순으로 관찰되었다. Microsatellite marker별 일치율은 D22S274 100%, D22S283 100%, D10S186 100%, D10S187 100%, D10S541 100%, D18S69 93%, D18S68 93%, TP53CA 92%, D18S59 89% 순으로 검출되었으며, CGH에서의 양성결과를 기준으로, 두 방법간의 일치율은 94.4%로 나타났다. 이번 실험은 종양 genome전체에 대한 많은 정보들을 한 번에 얻을 수 있었던 CGH의 장점을 토대로, CGH에서 의미 있게 결실을 보인 부분을, 접근 방법이 전혀 다른 LOH로 좀 더 한정된 부위의 변화를 확인할 수 있었을 뿐 아니라, 재발 고위험군인 18q21의 대립유전자의 소실을 확인하면 치료방법 선정에 도움을 줄 수 있고, 예후 추정 및 치료 결정에 유용하므로, 대장암 환자가 수술 시에는 수술 부위 조직을 이용한 LOH를 시행하여, 재발 고위험군에 대한 치료방법 선정 등 임상에서 효율적으로 활용하는 것이 필요하다고 사료된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제48권2호
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• pp.180-190
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• 2000

연구배경: Microsatellite 돌연변이 유발유전자 표현형으로 나타나는 유전자 불안정화는 암 발생에 필요한 유전자 변이의 출현을 조장하는 것으로 알려져 있다. Merlo 등은 원발성 소세포폐암에서 빈번한 microsatellite 불안정화가 관찰됨을 보고하였으나 최근 Kim 등의 또 다른 보고에서는 검사를 시행한 loci중 오직 1%에서만 microsatellite instability가 관찰되어 상반된 결과를 보였다. 따라서 저자들은 종양 발생에 관여하는 원인을 찾는 노력의 일환으로 유전자 불안정화가 원발성 소세포폐암의 발생과 진행에 어떠한 병인적 중요성을 갖는지 확인하고, 외국의 결과와 비교하여 우리나라 환자들에서 유전적 변이의 차이점을 관찰하고자 하였으며, microsatellite 불안정화가 빈번히 관찰된다면 이를 우리나라 소세포폐암 환자들의 분자생물학적 조기 진단 및 환자의 예후 판정에도 활용할 수 있는지 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 연세대학교 의과대학 세브란스병원에서 원발성 소세포폐암으로 진단된 15 명의 남자 환자를 대상으로 하였다. 암조직과 이에 대응하는 정상 조직의 파라핀 포매 블록으로부터 DNA를 추출하였으며, 염색체 1p, 2p, 3p, 5q, 6p, 6q, 9p, 9q, 13q, 17p에 위치한 총 40개의 microsatellite markers를 이용하여 microsatellite 분석을 실시하였다. 결 과: 1) 대상 환자 15예중에서 LOH가 1개라도 관찰된 경우는 13예(86.7%) 이었다. 2) LOH가 관찰된 13예중 3예에서는 염색체 9p의 광범위한 지역에서 결손이 관찰되었다. 3) LOH는 염색체 2p에서 72.7%, 염색체 3p 40%, 염색체 5q 50%, 염색체 9p 46.7%, 염색체 13q 69.2%, 그리고 염색체 17p에서 66.7% 가 관찰되었다(Table 1). 4) 대상 환자 15예중에서 shifted bands가 1개라도 관찰된 경우는 9예(60%)이었다. 5) Shifted bands, 즉 microsatellite 불안정화를 보이는 9예중 altered loci는 2.5~52.5%( 평균 $9.4\pm16.19$)에서 관찰되었다(Table 2). 6) 검사한 총 600개 loci 중에서 shifted bands가 있는 경우는 34 loci로 5.7% 이었다(Table 2). 7) Shifted bands를 보이는 9예에서 LOH는 0~83.3% 까지 관찰되었으며, 중앙생존기간은 35주이었다. Shifted bands를 보이지 않는 6예에서 LOH는 0~83.3%까지 관찰되었으며, 중앙생존기간은 73주이었다(Table 1). 그러나 양군간의 중앙생존기간은 유의한 차이가 없었다(p=0.4712). 결 론: 원발성 소세포폐암 일부에서 여러 종양억제유전자들의 불활성화뿐 아니라 microsatellite 불안정화도 암발생에 관여하는 것으로 생각된다. 그러나 microsatellite 불안정화와 소세포폐암의 임상적 예후와의 연관성은 관찰할 수 없었다.