• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제28권2호
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• pp.178-183
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• 2003

The purpose of this study was to investigate the frequency of 7 putative pathogens in endodontic infections. The specimens were collected from infected pulpal tissue of patients who were referred for root canal treatment to the department of conservative dentistry, Chosun University Samples were collected aseptically using a barbed broach and a paper point. The cut barbed broaches and paper points were transferred to an eppendorf tube containing 500 ml of 1 X PBS. DNAs were extracted from the samples by direct DNA extraction method using lysis buffer (0.5% EDTA, 1% Triton X-100). Identification of 7 putative pathogens was performed by PCR based on 16S rDNA. The target species were as follows : Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Bacteroides forsythus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, and Treponema denticola. Our data revealed that the prevalence of P. endodontalis was found in 88.6% (39/54), P. ginivalis 52.3% (23/44), P. nigrescens 18.2% (8/44), P intermedia 15.9% (7/44) B. forsythus 18.2% (8/44), A. actinomycetemcomitans 3.3% (1/44), T. denticola 25% (l1/44) of the samples. The high prevalence of P. endodontalis and P. ginivalis suggests that they may play an important role in the etiology of endodontic infections.

• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.189-207
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• 2006

로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제23권2호
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• pp.115-121
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• 1985

Lactobacillus casei에 감염하는 독성 phage중 각 분류꾼을 대표하는 5종의 phage (J1, TK93, K1, PD 5 빛 CP 1)와 l 종의 용원 phage (${\phi}$ 1043) 의 핵산의 특성을 바교 검토하였다. 실험한 6 종의 phage는 모두 double S stranded DNA를 갖고 있였으며 J1. TK93, K1 및 ${\phi}$ 1043 DNA의 크기는 약 42Kb, PD5 와 CP1 DNA는 140K Kb정도로 서로 비슷하였다. EcoR 1으로 절단시 J1, TK93, K1, PD5, CP1 및 ${\phi}$1043은 각각 13, 13. 11, 14, 14와 12개의 절편을 갖는 특징적인 절단양식을 보여주었다. J1, TK93 및 ${\phi}$ 1043 DNA에는 cohesive end가 존재 하였고 K1, PD5 빛 CP1 DNA에는 없는 것으로 사료되었다. J1과 TK93 DNA의 제한효소 지도를 작성하여 비교 검토하였으며 이상의 결과로부터 진화적 유연관계를 검토하였다.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.209-216
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• 2009

2005년 6월부터 2008년 5월까지 전북 장수, 전주 및 전남 장성 등에서 흰가루병에 걸린 44종의 기주식물을 채집하였으며, 12종의 식물에서 Ampelomyces의 중복기생이 확인되었다. Ampelomyces의 병자각의 형태는 대부분이 원형 또는 타원형이었으며, 같은 기주식물에서도 그 크기가 다양했고, 병자각의 색은 옅은 갈색에서 진한 갈색이었다. 봉선화, 고들빼기, 쥬키니호박, 삼잎국화 로부터 Ampelomyces 균을 분리하였고, 이 중 실험에 적합한 Ampelomyces 균주 12개를 최종 선발하였다. 선발된 12균주의 배양적 특성 및 영양요구를 조사한 결과 Malt extract agar에서 가장 생육이 좋았다. 삼투압이 Ampelomyces의 포자발아에 미치는 영향에 대해 조사한 결과 Czapek dox agar에 질소원인 NaCl 0.15M을 첨가한 배지에서 포자발아율이 가장 높았다. Ampelomyces 분리 균의 길항 효과를 실험한 결과 다른 식물 병원균에 대한 항균효과가 있었다. 분리한 균주는 식물체에 이상이 생기거나 병이 발생하지 않아서 Ampelomyces는 식물에 병원성을 가지고 있지 않다는 사실을 알 수 있었다. 본 실험에 주로 사용된 균주 BSLAH16의 rDNA ITS 영역에 대한 염기서열을 분석한 결과 A. quisqualis 또는 Ampelomyces sp.로 동정 되었다.

• 대한수의학회지
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• 제43권1호
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• pp.25-29
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• 2003

This study was carried out to investigate a usefulness of the microsatellite DNA markers for parentage verification of Thoroughbred (TB) horses. 9 TB horses samples were genotyped for nine international minimum standard markers (AHT4, 5, ASB2, HMS3, 6, 7, HTG4, 10, and VHL20), and the additional panel of four markers, ASB17, CA425, LEX33, and TKY321. This methods consisted of multiplexing PCR procedures, and it showed reasonable amplification of all PCR products. Genotyping was performed with an ABI 310 genetic analyzer. Foal I was excluded according to principles of Mendelian genetics in AHT4 (H/K), ASB2 (Q/Q), HMS3 (I/P), HTG4 (M/O), HTG1O (K/R), VHL20 (M/P), ASB17 (F/N), LEX33 (M/O), and TKY321 (G/I) markets. Foal II was excluded with markers AHT5 (K/M), ASB2 (M/N), HMS7 (N/N), HTG1O (K/K), VHL20 (I/I), ASB17 (F/F) and TKY321 (G/I). Foal III was excluded with markers AHT4 (O/O), AHT5 (K/K), ASB2 (M/R), HMS6 (M/P), HMS7 (O/O), HTG10 (R/S), VHL20 (L/M), and ASB17 (N/O). These results suggest that the present DNA typing is so useful for parentage verification of TB horses.

• 미생물학회지
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• 제38권4호
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• pp.235-240
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• 2002

식품폐수처리장의 활성슬러지와 논, 밭의 토양에서 우수한 protease 생성 균주을 분리 선별하였다. 이 중 효소활성이 우수한 PB16은 그람 음성, 간균이며 protease activity는 6.49 U/ml이었다. 생리, 생화학적 특성 및 16S rRNA 염기서열분석을 실시한 결과, Aeromonas hydrophila (99.0%) 인 것으로 확인 되었다. Bioscreen C를 사용한 최적 성장조건 평가는 합성폐수에 vitamin과mineral을 첨가한 배지의 중식속도(0.26 $h^{-1}$)가 무 첨가배지(0.21 $h^{-1}$)보다 높았으며, 분리균주의 합성폐수 유기물 제거능 실험에서는 초기 soluble-CODcr 2,472 mg/l인 고농도 합성폐수를 1일, 3일 반응 후 각각 59, 87%의 제거율을 나타내었다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2001년도 추계학술대회
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• pp.46-53
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• 2001

A commensal thermophile, Symbiobacterium toebii, isolated from hay compost (toebii) in Korea commensally interacted with a thermophilic Geobacillus toebii sp. nov., which was a new species within the genus Geobacillus on the basis of the phenotypic traits and molecular systematic data. S. toebii required the crude extracts and/or culture supernatant of the Geobacillus toebii for axenic growth and could grow on the temperature between 45 and $70^{\circ}C$ (optimum: $60^{\circ}C$; 2.4 h doubling time) and pH 6.0 and 9.0 (optimum: pH 7.5). The G+C content of the genomic DNA was $65 mol\%$, and the major quinones were MK-6 and MK-7. A phylogenetic analysis of its 16S rDNA sequence indicated that Symbiobacterium toebii was closely related with solely reported Symbiobacterium thermophilum. The presence of the commensal thermophile 16S rDNA and accumulation of indole in all the enriched cultures indicate that Symbiobacterium toebii is widely distributed in the various soils. The genome of S. toebii constituted a circular chromosome of 3,280,275 base pairs and there was not an extra-chromosomal element (ECE). It contained about 4,107 predicted coding sequences. Of these protein coding genes, about $45.6\%$ was encoded well-known proteins and annotated the functional assignment of 1,874 open reading frames (ORFs), and the rest predicted to have unknown functions. The genes encoding thermostable tyrosine phenol-lyase and tryptophan indole-lyase were cloned from the genomic DNA of S. toebii and the enzymatic production of L-tyrosine and L-tryptophan was carried out with two thermostable enzymes overexpressed in recombinant E. coli.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제33권1호
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• pp.70-73
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• 2005

A soil bacterium was isolated from maize roots cultivated in Korea (KNUC153). The isolate was partially classified on basis of l6S rDNA sequence analysis as Stenotrophomonas maltophilia. By the acetylene reduction assay (ARA), the strain KNUC153 contained nitrogen-fixing abilities. The amount of auxin produced by the strain KNUC153 was $77.6\;{\mu}g/ml$. The strain KNUC153 produced 4 times higher amount of l-amino-cyclopropane-l-carboxy­lic acid deaminase than that of the other known strain Azospirillum sp. KNUC82. Inoculation treatment with the strain KNUC153 for maize seeds showed positive effect on early growth of the plants.

• 대한환경공학회지
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• 제27권12호
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• pp.1285-1291
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• 2005

본 연구에서는 유류로 오염된 주유소 저장 창고 밑부분의 토양에서 경유 분해 균주를 순수분리한 후, 스크린 테스트를 거쳐 고효율의 경유분해균주 KDi19를 선별하였다. KDi19균주는 16S rDNA 분석, 지방산 분석, 생리 생화학적 특징 그리고 형태학적 특징을 확인한 결과 Pseudomonas sp.로 동정되었다. KDi19는 온도 $30^{\circ}C$, pH 7, 그리고 균농도 1.0 g/L의 조건에서 48시간 동안 초기 1,000 mg/L의 경유 중 956.3 mg/L(95.6%)를 제거하였다. 또한 균농도 1.0 g/L, pH 7의 조건에서, 낮은 온도($20^{\circ}C$, $15^{\circ}C$, $10^{\circ}C$) 적용 시, 경유 1,000 mg/L을 48시간 동안 각각 63.9%, 18.5%, 17.0% 제거하였다. 마지막으로 균 농도 1.0 g/L, pH 7, 온도 $30^{\circ}C$ 조건일 경우, KDi19는 저농도 경유 50 mg/L와 100 mg/L를 24시간 동안 각각 49.0 mg/L(97.9%)와 96.2 mg/L(96.2%)를 제거하였다.

• 생명과학회지
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• 제17권7호통권87호
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• pp.970-975
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• 2007

국내해안의 젓갈과 김치류로부터 86종의 GABA 생산균주를 분리하였다. 분리된 균주들을 Thin layer chromatography를 이용하여 GABA 생성능이 우수한 AML15, AML45-1, AML72의 3종의 균주를 선발하였다. 선별된 3종의 균주의 아미노산 분석 결과 GABA 생성능이 가장 우수한 AML15 균주를 본 실험에 사용하였다. AML15의 분류학적 위치를 규명하기 위하여 16S ribosomal DNA 영역의 부분염기서열 분석을 실시하였다. 165 rDNA 분석결과 Lactobacillus brevis ATCC 367과 99%의 유사도를 나타내어 L. brevis AML15로 명명하였다. MRS 배지에 최종 전환 농도로 설정된 5%(w/v) monosodium glutamic acid를 첨가하고 배지의 초기 pH를 4.0, 5.0과 6.0으로 조정하여 배양한 결과 배지의 초기 pH가 5.0일 때 GABA 생성능이 가장 높게 조사되었다. GABA 생산배지에 GAD 효소활성에 조효소로 작용하는 PLP를 0. 10. 50과 100 ${\mu}M$의 농도로 첨가하여 아미노산 분석결과 PLP를 10${\mu}M$ 첨가하였을 때 10,424 $nM/{\mu}$l의 GABA가생산되었다. PLP를 첨가하지 않았을 때보다 PLP 첨가 후 GABA 생성이 증가됨을 확인할 수 있었다.