• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권7호
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• pp.2011-2014
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• 2010

The fluorescence intensity of a single-stranded oligonucleotide containing a fluorene-labeled deoxyuridine $(U^{Fl})$ unit increases by only 1.5-fold upon formation of its perfectly matched duplex. To increase the fluorescence signal during hybridization, we positioned a quencher strand containing a deoxyguanine (dG) nucleobase, functioning as an internal quencher, opposite to the $U^{Fl}$ unit to reduce the intrinsic fluorescence upon hybridization with a probe. From an investigation of the optimal length of the quencher strand and the effect of the neighboring base sequence, we found that a short strand (five-nucleotide) containing all natural nucleotides and dG as an internal quencher was effective at reducing the intrinsic fluorescence of a linear beacon; it also exhibited high total discrimination factors for the formation of perfectly matched and single base-mismatched duplexes. Such assays that function based on clear changes in fluorescence in response to single-base nucleotide mutations would be useful tools for accelerating diagnoses related to various diseases.

• 청정기술
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• 제23권1호
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• pp.42-53
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• 2017

탈질과 탈황을 동시에 수행하는 과산화수소($H_2O_2$) 수용액 세정탑의 반응효율을 증가시키기 위해 예혼합이 이루어지는 혼합 냉각기(mixing quencher) 영역 내부의 유체유동에 대한 수치해석이 수행되었다. 산업공정에서 상용화되고 있는 세정탑 전단부의 혼합냉각기에서 과산화수소 수용액이 주입되는 노즐의 분사방식은 배기가스와 과산화수소 수용액의 혼합에 중요한 역할을 하며, 혼합냉각기에서의 혼합도는 세정탑 의 효율을 결정하는 중요 요소가 된다. 본 연구에서는 혼합냉각기 내부유체의 농도분포 개선을 목적으로 하여 혼합냉각기 내의 노즐 관의 배열을 조절하거나 노즐 팁 각도를 변경하며 유체혼합을 최적화하였다. 전산해석은 이 냉각기영역의 내부유동 및 각 유체 농도에 대한 RMS (root mean square) 값을 계산하여 내부유체의 혼합도의 개선을 확인하였다. 세부적으로는 노즐 관의 위치를 조절할 때 변경되는 냉각기 영역 후단의 농도 RMS 값을 확인하여 난류형성위치에 따른 최적화된 혼합도를 확인하였으며 기본형상 대비 난류형성방향을 조절하는 목적의 노즐 팁 각도를 증감하여 농도분포의 균질화를 비교하였다. 노즐 관의 배열에 따라 난류형성위치와 그에 따른 유체혼합이 해석되었다. 또한 노즐 팁 각도를 조절하는 경우에는 유동방향과의 각도에 따라, 흐름이 병류와 향류에 따라 혼합도의 최적화를 확인할 수 있었다. 노즐 관의 위치는 0.3 m, 노즐 팁은 병류의 $15^{\circ}$일 때 최적의 조건을 가지며 가장 낮은 RMS 값인 12.4%를 가졌다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권4호
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• pp.816-824
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• 2017

Human noroviruses are widespread and contagious viruses causing nonbacterial gastroenteritis. Real-time reverse transcription quantitative PCR (real-time RT-qPCR) is currently the gold standard for the sensitive and accurate detection of these pathogens and serves as a critical tool in outbreak prevention and control. Different surveillance teams, however, may use different assays, and variability in specimen conditions may lead to disagreement in results. Furthermore, the norovirus genome is highly variable and continuously evolving. These issues necessitate the re-examination of the real-time RT-qPCR's robustness in the context of accurate detection as well as the investigation of practical strategies to enhance assay performance. Four widely referenced real-time RT-qPCR assays (Assays A-D) were simultaneously performed to evaluate characteristics such as PCR efficiency, detection limit, and sensitivity and specificity with RT-PCR, and to assess the most accurate method for detecting norovirus genogroups I and II. Overall, Assay D was evaluated to be the most precise and accurate assay in this study. A ZEN internal quencher, which decreases nonspecific fluorescence during the PCR, was added to Assay D's probe, which further improved the assay performance. This study compared several detection assays for noroviruses, and an improvement strategy based on such comparisons provided useful characterizations of a highly optimized real-time RT-qPCR assay for norovirus detection.

• 한국환경독성학회:학술대회논문집
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• 한국환경독성학회 2002년도 추계국제학술대회
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• pp.164-164
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• 2002

에스트로젠을 처리한 송사리의 간으로부터 choriogenin vitellogenin estrogen receptor의 발현량을 전사수준에서 Real-time을 사용하여 정량.비교하였다. 시험어종으로는 부화 후 5개월 이상된 성숙한 수컷 송사리(Oryzias latipes)를(체중 약 250mg/마리)를 사용하여 17$\beta$-estradiol(25ppt, 50ppt, 100ppt)에 24시간 노출시켰다. Fluorescence dye는 choriogenin vitellogenin estrogen receptor의 경우 FAM (6-carboxyfluorescein)을 사용하였으며, $\beta$-actin의 경우는 VIC를 사용하였다. 프로브에 사용하는 quencher dye는 TAMRA(6-carboxy-N',N',N',N'-tetramethyl rhodamine)을 사용하였다. Internal control로 사용된 $\beta$-actin은 17$\beta$-estradiol의 농도에 상관 없이 0~10pM 범위에서 일정하게 발현됨을 보여주었다. vitellogenin choriogenin L 및 choriogenin H는 17$\beta$-estradiol의 농도에 의존하여 발현이 증가되는 용량-반응양상(Dose-dependent)을 나타내었다. 반면, estrogen receptor는 모든 처리군에서 $10^{-2}$pM 정도로 발혐됨에 따라 본 시험농도의 17$\beta$-estradiol에 의해서는 거의 유도발현이 되지 않음을 보여주었다. choriogenin L, choriogenin H, vitellogenin I 및 estrogen receptor 발현감수성을 비교한 결과, 25ppt 및 50ppt의 17$\beta$-esoadiol 농도에서는 ChgL > ChgH > VTG I >ER의 순으로 감수성이 높았으며, 100ppt 노출에서는 ChgL > VTG I > Chg H > ER의 순으로 감수성이 높게 나타났다. 결론적으로 choriogenin이 에스트로젠물질에 의한 가장 민감한 생체지표임을 알 수 있었다.