The Tongcheng pig breed is a famous Chinese indigenous breed. The Ministry of Agriculture of China has filed it as 1 of 19 national key conservation breeds selected from more than 100 Chinese indigenous pig breeds in 2000. In order to improve the reproductive performance, it has been intensively selected to increase the litter size for about 10 years. The population randomly sampled from conservation nucleus of eight families in the Tongcheng pigs was genotyped for identification of their estrogen receptor locus polymorphisms with the PCR-RFLPs method. Only AB heterozygotes and BB homozygotes were detected, and $X^2$ test demonstrated that the locus was in disequilibrium at a significant level (p<0.05). In the present paper, the litter sizes in different parities were regarded as different traits. Holistic status of other unspecific and unidentified genes was estimated by using the statistical methods. Coefficients of kurtosis and skewness showed that the litter size still presented segregating characteristic in the 2nd, 5th, 7th, 8th and 9th parities. Analysis of homogeneity of variance between families confirmed the results for the 5th, 7th and 8th parities. The heritability of litter size for the 1st to 10th parities was estimated with paternal half-sib model and individual estimated breeding values (EBVs) were evaluated by a single trait animal model as well. We found that the averages of EBVs for litter size in each parity did not differ significantly between genotypes, despite the significant difference for original phenotype records in the 3rd, 4th and 5th parities (p<0.05 or p<0.01). The results may be explained by the deduction that the polymorphisms of ESR locus are no longer the important genetic base of litter size variation when the frequency of allele B accumulated in the experience of selection procedure, and further conferring that there exist special genes associated with litter size in the recent Tongcheng pigs population can be made.
Akinyele O. K. Adesehinwa;Bamidele A. Boladuro;Adetola S. Dunmade;Ayodeji B. Idowu;John C. Moreki;Ann M. Wachira
Animal Bioscience
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v.37
no.4_spc
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pp.730-741
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2024
Pig production is one of the viable enterprises of the livestock sub-sector of agriculture. It contributes significantly to the economy and animal protein supply to enhance food security in Africa and globally. This article explored the present status of pig production in Africa, the challenges, prospects and potentials. The pig population of Africa represents 4.6% of the global pig population. They are widely distributed across Africa except in Northern Africa where pig production is not popular due to religio-cultural reasons. They are mostly reared in rural parts of Africa by smallholder farmers, informing why majority of the pig population in most parts of Africa are indigenous breeds and their crosses. Pig plays important roles in the sustenance of livelihood in the rural communities and have cultural and social significance. The pig production system in Africa is predominantly traditional, but rapidly growing and transforming into the modern system. The annual pork production in Africa has grown from less than a million tonnes in year 2000 to over 2 million tonnes in 2021. Incidence of disease outbreak, especially African swine fever is one of the main constraints affecting pig production in Africa. Others are lack of skills and technical know-how, high ambient temperature, limited access to high-quality breeds, high cost of feed ingredients and veterinary inputs, unfriendly government policies, religious and cultural bias, inadequate processing facilities as well as under-developed value-chain. The projected human population of 2.5 billion in Africa by 2050, increasing urbanization and decreasing farming population are pointers to the need for increased food production. The production systems of pigs in Africa requires developmental research, improvements in housing, feed production and manufacturing, animal health, processing, capacity building and pig friendly policies for improved productivity and facilitation of export.
Microsatellite markers have been a useful genetic tool in determining diversity, relationships and individual discrimination studies of livestock. The level of genetic diversity, relationships among two Korean indigenous chicken brand populations (Woorimatdag: WR, Hanhyup3: HH) as well as two pure populations (White Leghorn: WL, Rhode Island Red: RIR) were analyzed, based on 26 MS markers. A total of 191 distinct alleles were observed across the four chicken populations, and 47 (24.6%) of these alleles were unique to only one population. The mean $H_{Exp}$ and PIC were estimated as 0.667 and 0.630. Nei's $D_A$ genetic distance and factorial correspondence analysis (FCA) showed that the four populations represented four distinct groups. However, the genetic distance between each Korean indigenous chicken brand (WR, HH) and the pure population (WL, RIR) were threefold that among the WR and HH. For the STRUCTURE analyses, the most appropriate number of clusters for modeling the data was determined to be three. The expected probabilities of identity among genotypes of random individuals (PI) were calculated as $1.17{\times}10^{-49}$ (All 26 markers) and $1.14{\times}10^{-15}$, $7.33{\times}10^{-20}$ (9, 12 with the highest PI value, respectively). The results indicated that the brand chicken breed traceability system employing the own highest PI value 9 to 12 markers, and might be applicable to individual identification of Korean indigenous chicken brand.
The purpose of this study is to analyze the changing housing construction in Jeju-do which is composed of two cities(Jeju-si, Seogwipo-si). The number of indigenous population and migrating population of Jeju-do has been increasing every year because it has more beautiful scenery, interesting culture and a higher ratio of natural green area to urban area than other provinces(inland). More than 70% of population in Jeju-si is concentrated in dong-area. As a result, urban area and commercial area are expanding in entire Jeju-do. On the other hand, green area and non-urban area of Jeju-do are decreasing steadily. And there was a lot of changing during a short of time after 2010 because of internationalization and urban development etc.. This study is an analysis about the changing of housing in Jeju-do by statistical data. As a results of the analysis. I discovered that 1) The supply ratio of available housing in Jeju-do is higher than other inland cities in other parts of the country. 2) Housing constructing is influenced by moving-in and moving-out population. 3) There are more detached houses in Jeju-do than apartments. The opposite phenomenon occurs in other provinces (inland cities). However, the number of detached houses is gradually declining in Jeju-do since 2000. 4) Most detached homes in Jeju-do have an area of $60m^2{\sim}90m^2$. Most apartments have smaller areas than $60m^2{\sim}90m^2$. Seogwipo has homes with a larger area than Jeju-si. 5) The ratio of concrete structure houses is increasing at high speed because of constructing of apartment buildings, on the other hand, the ratio of brick structure house is decreasing gradually. Finally, Even though Jeju-do has different from housing culture of inland, it is changing slowly like inland housing types.
Vivax malaria reemerged in Korea in 1993 and the outbreak has been continued with fluctuating numbers of annual indigenous cases. Understanding the nature of the genetic population of Plasmodium vivax circulating in Korea is beneficial for the knowledge of the nationwide parasite heterogeneity and in the implementation of malaria control programs in the country. Previously, we analyzed polymorphic nature of merozoite surface protein-1 (MSP-1) and MSP-$3{\alpha}$ in Korean P. vivax population and identified the Korean P. vivax population has been diversifying rapidly, with the appearance of parasites with new genetic subtypes, despite the recent reduction of the disease incidence. In the present study, we developed simple PCR-RFLP methods for rapid subtyping of MSP-1 and MSP-$3{\alpha}$ of Korean P. vivax isolates. These PCR-RFLP methods were able to easily distinguish each subtype of Korean P. vivax MSP-1 and MSP-$3{\alpha}$ with high accuracy. The PCR-RFLP subtyping methods developed here would be easily applied to massive epidemiological studies for molecular surveillance to understand genetic population of P. vivax and to supervise the genetic variation of the parasite circulating in Korea.
Study was conducted to investigate tree diversity and its population and regeneration status in homegardens of upper Assam, Northeast India through field study by quadrat method. A total of 154 tree species have been recorded from 135 studied homegardens under 109 genera 53 families. Most of these species (79%) are indigenous to our country, while the rest (21%) arealiens (naturalized and cultivated exotics) by origin. Tree species richness per homegarden varies greatly in different homegardens and is ranged from 5 to 52 tree species with a mean of 22 ($SE{\pm}0.58$). A. malaccensis is the most dominant tree species in the studied homegardens contributed 34% of the total tree density of the documented trees. The tree density is much higher with 4,259 individuals $ha^{-1}$ but, basal area ($36.32m^2ha^{-1}$) is very less. Based on the number of individuals present, very rare species is accounted for 10%, rare species 39%, common species 19%, dominants 14% and predominant species 18% in the present study. The population density of 154 tree species is 4,259 (individuals $ha^{-1}$) for adults (>3.18 cm DBH), 5,902 (individuals $ha^{-1}$) for saplings and 38,164 (individuals $ha^{-1}$) for seedlings. The density of seedlings>saplings>adults represents good regeneration status of tree species in studied homegardens. The population structure study showed that about 8% tree species have good regeneration status, 9% have fair regeneration status, 48% have poor regeneration status and 34% tree species have no regeneration. Study suggests that research and development action is needed to stimulate regeneration of those tree species which having high importance value indices but showing poor or no regeneration. Based on present observation, it can be conclude that homegarden can emerge as an effective means for both economic well-being and biodiversity conservation in upper Assam, Northeast India.
In spite of variation in coat color, size, and production traits among indigenous Bangladeshi cattle populations, genetic differences among most of the populations have not been investigated or exploited. In this study, we used a high-density bovine single nucleotide polymorphism (SNP) 80K Bead Chip derived from Bos indicus breeds to assess genetic diversity and population structure of 2 Bangladeshi zebu cattle populations (red Chittagong, n = 28 and non-descript deshi, n = 28) and a semi-domesticated population (gayal, n = 17). Overall, 95% and 58% of the total SNPs (69,804) showed polymorphisms in the zebu and gayal populations, respectively. Similarly, the average minor allele frequency value was as high 0.29 in zebu and as low as 0.09 in gayal. The mean expected heterozygosity varied from $0.42{\pm}0.14$ in zebu to $0.148{\pm}0.14$ in gayal with significant heterozygosity deficiency of 0.06 ($F_{IS}$) in the latter. Coancestry estimations revealed that the two zebu populations are weakly differentiated, with over 99% of the total genetic variation retained within populations and less than 1% accounted for between populations. Conversely, strong genetic differentiation ($F_{ST}=0.33$) was observed between zebu and gayal populations. Results of population structure and principal component analyses suggest that gayal is distinct from Bos indicus and that the two zebu populations were weakly structured. This study provides basic information about the genetic diversity and structure of Bangladeshi cattle and the semi-domesticated gayal population that can be used for future appraisal of breed utilization and management strategies.
Taoyuan pig is a native Taiwan breed. According to the historical record, the breed was first introduced to Taiwan from Guangdong province, Southern China, around 1877. The breed played an important role in Taiwan's early swine industry. It was classified as an indigenous breed in 1986. After 1987, a conserved population of Taoyuan pig was collected and reared in isolation. In this study, mitochondrial DNA sequences and 18 microsatellite markers were used to investigate maternal lineage and genetic diversity within the Taoyuan pig population. Population differentiation among Taoyuan, Asian type, and European type pig breeds was also evaluated using differentiation indices. Only one D-loop haplotype of the Taoyuan pig was found. It clustered with Lower Changjiang River Basin and Central China Type pig breeds. Based on the polymorphism of microsatellite markers, a positive fixation index value ($F_{IS}$) indicates that the conserved Taoyuan population suffers from inbreeding. In addition, high $F_{ST}$ values (>0.2105) were obtained, revealing high differentiation among these breeds. Non-metric multi-dimensional scaling showed a clear geometric structure among 7 breeds. Together these results indicate that maternally Taoyuan pig originated in the Lower Changjiang River Basin and Central China; however, since being introduced to Taiwan differentiation has occurred. In addition, Taoyuan pig has lost genetic diversity in both its mitochondrial and nuclear genomes.
Bae, Yeoung-Seuk;Guy R. Kundsen;Louise-Marie C. Dandurand
The Plant Pathology Journal
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v.18
no.1
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pp.30-35
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2002
The hyphal growth and biocontrol efficacy of Trichodemo harzianum in soil may depend on its interactions with biotic components of the soil environment. The effect of soil microbial biomass on growth and biocontrol efficacy of T. hanianum isolate ThzIDl-M3 (green fluorescent protein transformant) was investigated using artificially prepared different levels of soil microbial biomass (153,328, or 517ug biomass carbon per g of dry soil; BC). The hyphal growth of T. harzanum was significantly inhibited in the soil with 328 or 517 $\mu$g BC compared with 153 ug BC. When ThzIDl-M3 was added to the soils as an alginate pellet formulation, the recoverable population of ThzIDl-M3 varied, but the highest population occurred in 517ug BC. Addition of alginate pellets of ThzIDl-M3 to the soils (10 per 50 g) resulted in increased indigenous microbial populations (total fungi, bacterial fluorescent Pseudomonas app., and actinomycetes). Furthermore, colonizing ability of ThzIDl-M3 on sclerotia of Sclerotinia sclerotiorum was significantly reduced in the soil with high revel of BC. These results suggest that increased soil microbial biomass contributes to increased interactions between introduced T. harzianum and soil microorganisms, consequently reducing the biocontrol efficacy of 1T. harzianum.
Sphingomonas chlorophenolica ATCC39723 was successfully labeled with the gfp (green fluorescent protein) gene inserted into the pcpB gene by homologous recombination. As the gfp recombinant was easily distinguished from other indigenous organisms, the population of gfp recombinant was monitored after being released into the soil microcosms. Their population density dropped from 10$\^$8/ to 10$\^$6/ (cfu/$m\ell$) in the non-sterilized soil microcosms during the first 6 days. Moreover, the gfp recombinant was not detected even at lower dilution rates after a certain time period. The recombinant, however, survived for at least 28 days in the sterilized soil microcosms. Although the gfp recombinant did not degrade pentachlorophenol (PCP), this experiment showed the possibility of using gfp as a monitoring reporter system for S. chlorophenolica ATCC39723 and potentially other species of Sphingomonas.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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