Pituitary-specific transcription factor (PIT1) 유전자는 동물의 성장을 조절하고 근육 형성에 관여하는 유전자로서 최근에는 단일염기다형성 변이가 한우를 비롯한 동물에서 관찰되었으며, 한우의 경제 형질과 연관성이 보고되었다. 본 연구는 PIT1 유전자의 단일염기다형성 변이가 한우에서 성장 인자에 미치는 영향과 경제 형질에 대한 유전자형간 육종가와의 상관성에 대해 알아보고자 하였다. 도체 성적을 보유하고 있는 한우 후보종모우 집단 268두를 대상으로 PIT1 유전자 A1256G 다형성을 조사하여 유전자형의 빈도를 분석하였고 각각의 유전형에 따른 기본적인 검정 성적을 바탕으로 경제 형질과의 연관성을 비교 분석하였다. 268두의 한우에서 PIT1 유전자의 A1256G 유전자형 빈도는 MseI 제한 효소를 사용했을 때 A 유전자 빈도(0.37)보다 G 유전자 빈도(0.62)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제 형질과의 관련성을 분석한 결과, 각 유전자형 간에 12개월령 체중 (body weight 12, BW12)에서 유의한 차이를 보였고, 등지방 두께 육종가 (Backfat thickness-estimated breeding value, BF-EBV)와도 유의한 차이가 있었지만 (p<0.05), marbling score (MS), carcass weight (CW), M. longissimus dorsi area (LDA) 등 다른 경제 형질과는 통계학적으로 유의한 차이가 없었다. PIT1 유전자의 A1256G 다형성은 한우의 성장과 도체체중에 관여하는 인자로 작용하는 것으로 보여진다.
Phytophthora capsici 집단의 유전적 특성 분석용 DNA marker를 선발하고자 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119 균주의 genomic DNA library를 임의로 cloning 시킨 후 southern blot 분석을 실시하여 선발된 clone들의 특성을 조사하였다. Probe로 사용하기 위해 선발된 clone 내에 삽입된 DNA 단편들은 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119의 genomic DNA와 특이적으로 강하게 반응했다. 조사된 probe 중 PC9은 HindIII로 처리된 국내 P. capsici 균주들의 genomic DNA와 Southern 분석시 많은 밴드를 형성하였으며, 분리포장 단위별 균주들 간에는 물론 동일 포장 분리균주들 간에도 그 차이를 나타냈다. 그 밴드 양상을 기초로 집괴분석을 실시한 결과, 각 균주의 유전적 다양성이 잘 나타났다. Prove PC22는 다른 Phytophthora속과 Pythium속 균주들의 genomic DNA들과의 Southern hybridization에서는 반응을 나타내지 않았지만 특이적으로 P. capsici 균주들과는 다수의 밴드를 형성하였다. 이들 P. capsici 종특이적 DNA probe들은 추후 국내 및 전세계에 분포하는 P. capsici 집단의 유전적 다양성 분석 및 종동정에 유용한 marker로서 활용될 수 있을 것이다.
Hantaan (HTN) and Seoul (SEO) viruses, murid rodent-borne hantaviruses, are known to causes hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in Korea. To determine the genomic diversity and molecular phylogeny of HTN and SEO viruses found in Korea, we amplified for part of M and S genomic segments of hantaviruses from sera of HFRS patients and lung tissues of hantavirus seropositive striped-field mice. Both M and S segment of 16 HTN and 2 SEO viruses were amplified by nested reverse transcription-polymerase chain reaction. Based on 324 nucleotides in the M genomic segment, the HTN and SEO strains showed $93.8{\sim}100%$ and $99.1{\sim}99.4%$ homologies, respectively. Similarly, based on 230 nucleotides in the S genomic segment, HTN and SEO strains showed $90.9{\sim}100%$ and 100% homologies, respectively. Phylogenetic analysis of M and S segments indicated that HTN strains could be divided into at least two main groups in M and S trees and the sequence differences detected among the Sand M genomic segments of HTN viruses are consistent with reassortment having taken place between HTN virus strains.
Genetics is important for breeding and selection of horses but there is a lack of well-established horse-related browsers or databases. In order to better understand horses, more variants and other integrated information are needed. Thus, we construct a horse genomic variants database including expression and other information. Horse Single Nucleotide Polymorphism and Expression Database (HSDB) (http://snugenome2.snu.ac.kr/HSDB) provides the number of unexplored genomic variants still remaining to be identified in the horse genome including rare variants by using population genome sequences of eighteen horses and RNA-seq of four horses. The identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) were confirmed by comparing them with SNP chip data and variants of RNA-seq, which showed a concordance level of 99.02% and 96.6%, respectively. Moreover, the database provides the genomic variants with their corresponding transcriptional profiles from the same individuals to help understand the functional aspects of these variants. The database will contribute to genetic improvement and breeding strategies of Thoroughbreds.
UK-58,852의 생합성에 관여하는 유전자를 분리하기 위해 Actinomadura roseorufa의 genomic DNA와 E. coli-Streptomyces shuttle cosmid vector인 pOJ446이 genomic library를 만들었다. Genomic library는 dehydratase PCR product와 eryA 유전자를 probe로 하여 sugar 생합성 유전자와 polyketide typel 유전자가 집단으로 존재하는 cosmid pHD54를 분리하였고, 이를 제한 효소인 BamHI, SmaI와 Sonicater를 이용해서 subcloning 하였다. 이들의 염기서열을 부분 분석한 결과, polyketide 생합성에 관여하는 ketoacyl synthase, methylmalonyl acyltransferase, ketoreductase, enolreductase 그리고 PKS loading domain 등 polyketide synthase type I 임을 보여주고 있고, BLAST 분석된 결과를 보면 polyketide synthase 유전자는 rifamycin 생합성 유전자와 유사성이 높다. 그리고 sugar 생합성에 관여하는 유전자로는 oxidoreductase, dTDP-D-glucose 4,6 dehydratase, dTDP-D-glucose synthase 그리고 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glycose 3,5-epimerase으로 구성된 gene cluster를 확인하였다. 그리고 염기서열 분석된 유전자중 dTDP-D-glucose synthase를 발현하여 유전자의 기능을 확인하였다.
"Personalized medicine," the goal of which is to provide better clinical care by applying patient's own genomic information to their health care is a global challenge for the $21^{st}$ century "genomic era." This is especially true in Korea, where provisions for clinical genetic services are inadequate for the existing demand, let alone future demands. Genomics-based knowledge and tools make it possible to approach each patient as a unique biological individual, which has led to a paradigm-shift in medical practice, giving it more of a predictive focus as compared with current treatment oriented approach. With recent advancements in genomics, many genetic tests, such as susceptibility genetic tests, have been developed for both rare single gene diseases and more common multifactorial diseases. Indeed, genetic tests for presymtomatic individuals and genetic tests for drug response have become widely available, and personalized medicine will face the challenge of assisting patients who use such tests to make appropriate and wise use of genetic risk assessment. A major challenge of genomic medicine lies in understanding and communicating disease risk in order to facilitate and support patients and their families in making informed decisions. Establishment of a health care system with provisions for genetic counseling as an integral part of health care service, in addition to genomic literacy of health care providers, is vital to meet this growing challenge. Realization of the promise of personalized medicine in the era of genomics for improvement of health care is dependent on further development of next generation sequencing technology and affordable sequencing test costs. Also necessary will be policy development concerning the ethical, legal and social issues of genomic medicine and an educated and ready medical community with clinical practice guidelines for genetic counseling and genetic testing.
The avian uncoupling protein (avUCP) is a member of the mitochondrial transporter superfamily that uncouples proton entry in the mitochondrial matrix from ATP synthesis. The sequencing analysis method was used to identify nucleotide polymorphisms within the avUCP gene in Korean native chicken (KNC). This study identified ten single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the avUCP gene. We analyzed the SNPs of the avUCP gene to investigate whether polymorphism in the gene might be responsible for quantitative variations in economic traits in KNC. Three significant polymorphic sites for economic traits were avUCP C+282T (mean body weight, p<0.05), avUCP C+433T (daily percent lay, p<0.05), and avUCP T+1316C (daily percent lay, p<0.05). The frequency of each SNP was 0.125 (C+282T in avUCP gene exon 1 region), 0.150 (C+433T in avUCP gene intron 1 region), and 0.15 (T+1316C in avUCP gene exon 3 region), respectively. Among the identified SNPs, one pair of SNPs (genotype CC, C+282T and TT, avUCP C+433T) showed the highest daily percent lay (p<0.05) and mean body weight (p<0.05) and the frequency was 0.067. This study of the avUCP gene could be useful for genetic studies of this gene and selection on economic traits for KNC.
팽이버섯의 자실체형성 과정에 특이적으로 발현하는 FVFD16과 FVFD30 유전자의 genomic 클론을 단리하여 염기서열을 분석하였다. FVFD16은 Open Reading Frame(ORF)내에 2개의 intron이 관찰되었고, FVFD30 유전자에서는 4개의 intron이 관찰되었다. 또한 intron의 특징적인 염기서열인 GT/AG의 rule과도 일치하고 있음이 밝혀졌다. FVFD16과 FVFD30의 두 유전자 모두에서 진핵생물의 promoter영역에서 자주 관찰되는 CAAT box와 유사한 배열과 TATA box가 존재했다. 또한, 전사개시점의 바로 앞에서 관찰되어지는 CT-rich의 영역이 존재하고 있었으며, 특히 FVFD30에서는 전사개시 시에 중요한 역할을 할 것으로 예상되는 CCACC의 서열이 관찰되었다. 한편 FVFD16 genomic클론의 염기서열 분석결과 cDNA클론과 80%의 상동성을 나타내는 gene family임이 밝혀졌다. 여러 가지 제한효소에 의한 genomic southern blot 분석결과 FVFD16과 FVFD30은 2번 이상의 반복배열 또는 gene family의 존재가 확인되었다.
Head and neck squamous cell carcinoma(HNSCC) still has poor outcome, and laryngeal cancer is the most frequent subtype of HNSCC. Therefore, there is a need to develop novel treatments to improve the outcome of patients with HNSCC. It is critical to gain further understanding on the molecular and chromosomal alteration of HNSCC to identify novel therapeutic targets but genetic etiology of squamous cell carcinoma of the larynx is so complex that target genes have not yet been clearly identified. Array based CGH(array-CGH) allows investigation of general changes in target oncogenes and tumor suppressor genes, which should, in turn, lead to a better understanding of the cancer process. In this study, We used genomic wide array-CGH in tissue specimens to map genomic alterations found in laryngeal squamous cell carcinomas. As results, gains of MAP2, EPHA3, EVI1, LOC389174, NAALADL2, USP47, CTDP1, MASP1, AHRR, and KCNQ5, with losses of SRRM1L, ANKRD19, FLJ39303, ZNF141, DSCAM, GPR27, PROK2, ARPP-21, and B3GAT1 were observed frequently in laryngeal squamous cell carcinoma tissue specimens. These data about the patterns of genomic alterations could be a basic step for understanding more detailed genetic events in the carcinogenesis and also provide information for diagnosis and treatment in laryngeal squamous cell carcinoma. The high resolution of array-CGH combined with human genome database would give a chance to find out possible target genes which were gained or lost clones.
한국미생물생명공학회 2004년도 Annual Meeting BioExibition International Symposium
/
pp.258-265
/
2004
Numerous genes of Escherichia coli have been shown to growth phase-dependent expression throughout growth. The global patterns of growth phase-dependent gene expression of E. coli throughout growth using oligonucleotide microarrays containing a nearly complete set of 4,289 annotated open reading frames. To determine the change of gene expression throughout growth, we compared RNAs taken from timecourses with common reference RNA, which is combined with equal amount of RNA pooled from each time point. The hierarchical clustering of the conditions in accordance with timecourse expression revealed that growth phases were clustered into four classes, consistent with known physiological growth status. We analyzed the differences of expression levels at genome level in both exponential and stationary growth phase cultures. Statistical analysis showed that 213 genes are shown to, growth phase-dependent expression. We also analyzed the expression of 256 known operons and 208 regulatory genes. To assess the global impact of RpoS, we identified 193 genes coregulated with rpoS and their expression levels were examined in the isogenic rpoS mutant. The results revealed that 99 of 193 were novel RpoS-dependent stationary phase-induced genes and the majority of those are functionally unknown. Our data provide that global changes and adjustments of gene expression are coordinately regulated by growth transition in E. coli.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.