• 제목/요약/키워드: genetic structure

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한국고유종 북방종개(어류강, 미꾸리과)의 집단유전학적 구조 (Population Genetic Structure of the Korean Endemic Species, Iksookimia pacifica (Pisces: Cobitidae) Distributed in Northeast Korea)

  • 장숙진;고명훈;권예슬;원용진
    • 한국환경생태학회지
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    • 제31권5호
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    • pp.461-471
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    • 2017
  • 북방종개(Iksookimia pacifica)의 유전적 다양성과 구조적 특징을 밝히기 위해 동해 독립하천들에 서식하는 10개의 집단들을 대상으로 핵유전자와 미토콘드리아 유전자에 기반한 집단유전학적 분석을 실시하였다. 일부 예외적인 경우를 제외하고, 미토콘드리아와 핵유전자 모두 통계적으로 유의미한 집단 간 유전적 분화가 관찰되었다. 핵유전자들의 DNA 서열자료에서 추출한 유전자형 자료를 Bayesian 방법으로 분석한 결과 북방종개는 천진천과 양양남대천을 기준으로 북쪽과 남쪽의 두 개의 그룹으로 나뉘는 구조를 보였다. 현재 동해 하천들이 지리적으로 단절되어 온 독립 수계라는 것을 감안했을 때, 남북으로 구별되는 집단유전적 구조는 북방종개가 한반도에 정착했던 초기 조상 집단이 남북으로 갈라지는 지리적인 분리 사건과 관련되었을 것으로 해석되며, 이러한 초기 조상집단의 지리적 분리 이후, 두 조상그룹들은 남북의 지리적인 범위 내에서 하천 별 고립에 따른 추가적인 분화 과정을 거쳤을 것으로 추정된다. 주목할 점으론, 자산천 집단의 많은 개체들이 지리적 거리가 먼 양양남대천 및 강릉남대천 집단과 하나의 유전적 cluster를 형성하고 있는 것이다. 이와 함께 미토콘드리아 유전자의 경우 몇몇 이웃하는 집단들 사이에 현저히 낮은 유전적 분화도 그리고 일부 집단들에서 매우 낮은 유전적 다양성이 관찰되었다. 본 집단유전학적 결과는 향후 북방종개의 보존 및 관리를 위한 기초자료로 제시될 것이다.

한국 재래품종과 외래품종의 구별을 위한 초위성체 마커의 개발 (Development of Microsatellite Markers for Discriminating Native Korean and Imported Cattle Breeds)

  • 김승창;조창연;노희종;연성흠;최성복
    • 생명과학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.464-470
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    • 2017
  • 성염색체에 위치하는 5 개의 초위성체 마커(INRA30, TGLA325, UMN0803, UMN0905, UMN0929) 를 이용하여 재래소 3품종과 외래소 7품종(칡소, 한우, 제주흑우, 홀스타인, 일본화우, 샤롤레, 앵거스, 헤어포드, 시멘탈, 한우X 샤롤레 교잡종)의 유전적 특징을 확인하였다. 상업적으로 판매되는 소고기의 잘못된 원산지 표기를 통해 부당한 경제적 이득을 취하고자 하는 문제를 해결하기 위한 방법으로 소고기 샘플을 빠르고 저비용으로 확인 하기 위한 방법으로 사용하기 위해 좌위 또는 품종 특이적 대립유전자를 탐색하고 좌위별 대립유전자수, 대립유전자빈도, 이형접합도 그리고 다형정보량(PIC)을 구하여 이들 10품종의 유전적 다양성을 평가하였다. STRUCTURE 분석을 통한 군락의 분류 및 유전적 균일성 분석에서 재래소 품종과 외래소 품종으로 두개의 주요 그룹으로 나뉘어진다. 이러한 결과들은 재래소와 외래소 품종의 특이적인 유전적 차이를 나타낸다. 또한 Nei's 표준 유전적 거리로 나타난 neighbor-joining tree에서도 독립적인 계통유전학적인 위치를 보여주었다. 이러한 결과는 국내 재래종과 외래품종 사이의 유전적 거리, 품종의 역사 및 그들의 지리적 기원 사이에 명백한 차이를 나타내는 증거로 사료된다. 이러한 결과들로 이들 성염색체의 초위성체 마커들에 의해 소 품종들의 유전적 다양성과 연관성은 과학적인 기초자료로 활용되고 재래소와 외래품종 소고기를 구별할 수 있는 DNA 마커들로 이용될 수 있을 것으로 사료된다. 그러므로 이러한 마커들은 효율적인 이력추적 시스템을 만드는데 사용되어 원산지 표시 위반을 억제하는데 유용할 것이다.

Assessment of Genetic Variability in Two North Indian Buffalo Breeds Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers

  • Sodhi, M.;Mukesh, M.;Anand, A.;Bhatia, S.;Mishra, B.P.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제19권9호
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    • pp.1234-1239
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    • 2006
  • Murrah and NiliRavi are the important North Indian buffalo breeds occupying the prominent position of being the highest milk producers. These breeds are more or less similar at morphological as well as physiological levels. The technique of RAPD-PCR was applied in the present study to identify a battery of suitable random primers to detect genetic polymorphism, elucidation of the genetic structure and rapid assessment of the differences in the genetic composition of these two breeds. A total of 50 random primers were screened in 24 animals each of Murrah and NiliRavi buffaloes to generate RAPD patterns. Of these, 26 (52%) primers amplified the buffalo genome generating 263 reproducible bands. The number of polymorphic bands for the 26 chosen RAPD primers varied from 3 (OPG 06 and B4) to 26 (OPJ 04) with an average of 10.1 bands per primer and size range of 0.2 to 3.2 kb. DNA was also pooled and analyzed to search for population specific markers. Two breed specific RAPD alleles were observed in each of Murrah (OPA02 and OPG16) and NiliRavi (OPG09) DNA pools. RAPD profiles revealed that 11 (4.2%) bands were common to all the 48 individuals of Murrah and NiliRavi buffaloes. Pair-wise band sharing calculated among the individual animals indicated considerable homogeneity of individuals within the breeds. Within breed, band sharing values were relatively greater than those of interbreed values. The low genetic distance (Nei's) value (0.109) estimated in this study is in accordance with the origin and geographical distribution of these breeds. The RAPD analysis indicated high level of genetic similarity between these two important North Indian buffalo breeds.

한국의 유전적 정보 생산 구조 (The Production Structure of Genetic Information in South Korea)

  • 이정호
    • 과학기술학연구
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    • 제5권1호
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    • pp.55-92
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    • 2005
  • 한국에서 중요한 과학적 개념의 형성과 그 사회적 유통에 기여하는 것은 미국과 유럽, 그리고 일본에서 형성, 성숙, 정립된 후에 한국으로 유입되고 수용되는 과학 지식과 한국 사회가 근대화의 과정에 형성한 제도이다. 유전적 정보라는 개념도 이러한 맥락에서 예외일 수는 없다. 유전적 정보 개념은 고전적 유전학의 틀에서 이해되는 유전, 또는 계승성의 개념에서 인간유전체 연구사업의 와중에서 등장하여 성숙한 유전체학과 생물정보학에 의해 확대 심화된 것이다. 본 연구는 서구적 개념 및 지식 생산 구조를 모델로 하는 개념적, 과학지식적, 제도적 통합성을 기준으로 한국에서 유전적 정보의 생산 구조가 어떻게 형성되어 있는가에 대한 것이다. 한국에서 1980년대 중반에 나타났던 유전공학 담론은 한국에서 분자생물학의 발달은 촉진시켰지만, 생화학-생화학교실과 같은 균형성이 없이 유전공학-유전학교실의 불균형성이 존재하게되었다. 주로 의과대학의 (인간)유전학과 혹은 유전학교실의 수와 질에 있어서의 부족함 때문에 생명과학 전체에 미치는 영향력에서도 크게 성공하지 못했고, 통합적, 거시적 발전을 이루지 못한 것으로 보인다. 유전학의 발전적 재구성이라고 할 수 있는 유전체학은 한국에서는 유럽, 미국, 일본의 인간유전체연구사업의 발전 궤적의 '기초단계' 혹은 '제 1기' 형태에는 거의 인프라, 투자, 연구개발이 없었고 기능유전체학과 단백체학을 중심으로 하는 '성숙단계' 혹은 '제 2기' 형태를 주축으로 하여 한국의 연구개발이 진행되고 있다. 유전체학과 같이 발달한 생물정보학에는 내적 구조에 이미 정보학과 연결되는 논리와 내용을 가지고 있는데, 한국에서는 정보기술(IT)의 아류 정도로 보는 편협하고 왜곡된 시각이 주도적인 가운데 시작된 것으로 보인다. 결과적으로 한국 생물정보학은 유전학 및 생명과학과의 통합적인 면에서는 결함을 노출하고 있다. 이러한 유전적 정보의 생산 구조가 가지는 문제점으로 인하여 한국에서 유전적 정보는 기초가 부실한 편이며 파편화된 유형으로 생산되어 나올 개연성을 가진다. 개념적, 제도적인 파편화의 사례는 개인식별의 유전학이 기존의 유전공학-유전학교실 체제로 흡수되지 못하고 의과대학 법의학교실에서 전문성과 연구실천을 확보한 것에서도 확인된다. 유전적 정보의 생산 구조에 영향을 미치는 환경은 한국의 생명공학과 시민사회운동으로 존재한다.

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강화된 유전알고리즘을 이용한 이중 동조 기반 퍼지 예측시스템 설계 및 응용 (Design of Fuzzy Prediction System based on Dual Tuning using Enhanced Genetic Algorithms)

  • 방영근;이철희
    • 전기학회논문지
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    • 제59권1호
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    • pp.184-191
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    • 2010
  • Many researchers have been considering genetic algorithms to system optimization problems. Especially, real-coded genetic algorithms are very effective techniques because they are simpler in coding procedures than binary-coded genetic algorithms and can reduce extra works that increase the length of chromosome for wide search space. Thus, this paper presents a fuzzy system design technique to improve the performance of the fuzzy system. The proposed system consists of two procedures. The primary tuning procedure coarsely tunes fuzzy sets of the system using the k-means clustering algorithm of which the structure is very simple, and then the secondary tuning procedure finely tunes the fuzzy sets using enhanced real-coded genetic algorithms based on the primary procedure. In addition, this paper constructs multiple fuzzy systems using a data preprocessing procedure which is contrived for reflecting various characteristics of nonlinear data. Finally, the proposed fuzzy system is applied to the field of time series prediction and the effectiveness of the proposed techniques are verified by simulations of typical time series examples.

바이러스-진화 유전 알고리즘을 이용한 퍼지 모델링 (Fuzzy Modeling Using Virus-Evolutionary Genetic Algorithm)

  • 이승준;주영훈;박진배
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제10권5호
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    • pp.432-441
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    • 2000
  • 본 논문은 기존의 수학적인 모델링으로는 만족스러운 결과를 얻기 어려운 복잡하고 불확실한 비선형 시스템에 대한 퍼지 모델링 기법을 다룬다. 유전 알고리듬은 어느 정도 최적해를 전역적으로 찾을 수 있기 때문에 퍼지 모델링시에 파라미커와 구조를 동정하기 위하여 사용되었다. 하지만, 유전 알고리듬은 개체군이 유전적 다양성을 잃었을 경우 조기 수렴한다는 문제점이 있으며 바이러스-진화 유전 알고리듬은 이러한 지역수렴에 대한 방아닝 될 수 있다. 따라서, 본 논문에서는 바이러스 이론이 적용된 VEGA를 퍼지 모델링 할 때 이용할 수 있는 방법을 제안한다. 이 방법에서는 지역정보가 개체군 내에서 교환됨으로써 유전적 다양성을 유지하게 된다. 마지막으로, 본 논문에서 제안한 방법의 우수성과 일반성을 평가하기 위해 몇 가지의 수치적 예제를 제공한다.

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