• 제목/요약/키워드: genetic model

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한우 등심부위 근육 내 조지방함량에 따른 inducible cAMP early repressor (ICER) 유전자발현 분석 (Gene Expression Analysis of Inducible cAMP Early Repressor (ICER) Gene in Longissimus dorsi of High- and Low Marbled Hanwoo Steers)

  • 이승환;김남국;김성곤;조용민;윤두학;오성종;임석기;박응우
    • 생명과학회지
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    • 제18권8호
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    • pp.1090-1095
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    • 2008
  • 근내지방 축적이 왕성하게 진행되는 12개월 및 27개월령 사이에 유전자발현이 증가하는 inducible cAMP early repressor (ICER) 유전자의 클로닝 및 유전자발현 특성을 규명하기 위하여 한우조직별, 근육 내 조지방 함량에 따라 마블링 high- 및 low 한우 각 4두와 3두씩을 공시하였다. ddRT-PCR 분석을 통하여 증폭된 300 bp PCR 산물 및 EST 서열을 중심으로 1.5 kb 한우 ICER cDNA를 염기서열 분석하였으며, 조직별 유전자발현분석결과, 식이지방이 흡수되는 소장 조직에서 ICER 유전자의 발현량이 가장 높았다. 아울러, 같은 근육타입인 등심 및 우둔조직 사이에서 ICER 유전자발현은 등심조직에서 2.5배 많이 발현하였다. 한우 마블링 high, low 두 그룹 간 유전자발현 분석 결과, high 그룹에서 ICER 유전자발현이 4배 이상 증가하는 것으로 분석되었다. 따라서, ICER 유전자는 가축의 마블링과 밀접한 관련이 있는 유전자임이 사료된다.

기업의 SNS 노출과 주식 수익률간의 관계 분석 (The Analysis on the Relationship between Firms' Exposures to SNS and Stock Prices in Korea)

  • 김태환;정우진;이상용
    • Asia pacific journal of information systems
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    • 제24권2호
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    • pp.233-253
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    • 2014
  • Can the stock market really be predicted? Stock market prediction has attracted much attention from many fields including business, economics, statistics, and mathematics. Early research on stock market prediction was based on random walk theory (RWT) and the efficient market hypothesis (EMH). According to the EMH, stock market are largely driven by new information rather than present and past prices. Since it is unpredictable, stock market will follow a random walk. Even though these theories, Schumaker [2010] asserted that people keep trying to predict the stock market by using artificial intelligence, statistical estimates, and mathematical models. Mathematical approaches include Percolation Methods, Log-Periodic Oscillations and Wavelet Transforms to model future prices. Examples of artificial intelligence approaches that deals with optimization and machine learning are Genetic Algorithms, Support Vector Machines (SVM) and Neural Networks. Statistical approaches typically predicts the future by using past stock market data. Recently, financial engineers have started to predict the stock prices movement pattern by using the SNS data. SNS is the place where peoples opinions and ideas are freely flow and affect others' beliefs on certain things. Through word-of-mouth in SNS, people share product usage experiences, subjective feelings, and commonly accompanying sentiment or mood with others. An increasing number of empirical analyses of sentiment and mood are based on textual collections of public user generated data on the web. The Opinion mining is one domain of the data mining fields extracting public opinions exposed in SNS by utilizing data mining. There have been many studies on the issues of opinion mining from Web sources such as product reviews, forum posts and blogs. In relation to this literatures, we are trying to understand the effects of SNS exposures of firms on stock prices in Korea. Similarly to Bollen et al. [2011], we empirically analyze the impact of SNS exposures on stock return rates. We use Social Metrics by Daum Soft, an SNS big data analysis company in Korea. Social Metrics provides trends and public opinions in Twitter and blogs by using natural language process and analysis tools. It collects the sentences circulated in the Twitter in real time, and breaks down these sentences into the word units and then extracts keywords. In this study, we classify firms' exposures in SNS into two groups: positive and negative. To test the correlation and causation relationship between SNS exposures and stock price returns, we first collect 252 firms' stock prices and KRX100 index in the Korea Stock Exchange (KRX) from May 25, 2012 to September 1, 2012. We also gather the public attitudes (positive, negative) about these firms from Social Metrics over the same period of time. We conduct regression analysis between stock prices and the number of SNS exposures. Having checked the correlation between the two variables, we perform Granger causality test to see the causation direction between the two variables. The research result is that the number of total SNS exposures is positively related with stock market returns. The number of positive mentions of has also positive relationship with stock market returns. Contrarily, the number of negative mentions has negative relationship with stock market returns, but this relationship is statistically not significant. This means that the impact of positive mentions is statistically bigger than the impact of negative mentions. We also investigate whether the impacts are moderated by industry type and firm's size. We find that the SNS exposures impacts are bigger for IT firms than for non-IT firms, and bigger for small sized firms than for large sized firms. The results of Granger causality test shows change of stock price return is caused by SNS exposures, while the causation of the other way round is not significant. Therefore the correlation relationship between SNS exposures and stock prices has uni-direction causality. The more a firm is exposed in SNS, the more is the stock price likely to increase, while stock price changes may not cause more SNS mentions.

한우의 체중 성장곡선 모수 추정을 위한 체중 측정 자료의 최적 범위에 관한 연구 (Study on the Optimum Range of Weight-Age Data for Estimation of Growth Curve Parameters of Hanwoo)

  • 조용민;윤호백;박병호;안병석;전병순;박영일
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제44권2호
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    • pp.165-170
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    • 2002
  • 본 연구는 한우의 성장형태 분석을 위한 성장곡선 모수 추정시 이용하는 체중 측정자료의 최적 월령을 결정하기 위해 실시하였다. 분석에 이용한 자료는 농협 한우개량부에서 사육된 한우 수소 1,133두의 일령별 체중자료를 이용하였으며, 비선형 회귀모형인 Gompertz 모형으로 성장곡선을 추정하였다. 24개월까지 측정한 자료에 대해 14개월부터 2개월 단위로 최종 자료입력 시기를 분할한 6개의 측정종료 월령별 체중자료에 대해 추정한 성장곡선 모수 가운데 성숙체중(A)은 22개월령과 24개월령의 추정치 평균간 차이에 유의성이 없었으며, 성숙률(k) 추정치는 18-24개월령의 추정치 평균간 차이가 유의성이 없는 것으로 나타났다.(p$<$0.05). 측정종료 월령별 성숙체중(A) 추정치간의 상관 계수는 22개월령과 24개월령간에 0.93으로 가장 높게 나타났으며, 성숙률(k) 추정치간의 상관계수는 18-24개월령간에 0.91-0.99로 높게 나타났다(p$<$0.05). 성숙체중과 성숙률 추정치간의 상관은 12개월령의 경우 0.84로 높게 추정되었으나, 22개월령과 24개월령의 경우 0.12 및 0.10으로 추정되어 체중자료의 최종입력 시기가 연장됨에 따라 추정 모수간의 상관이 낮아지는 것으로 나타났다. 따라서 한우의 체중 성장 형태를 분석하기 위한 성장곡선 추정을 위한 자료의 최종 입력시기의 최적 월령은 22개월령 이상으로 사료된다.

닭 특이 대사 경로 재확립 (Reconstruction of Metabolic Pathway for the Chicken Genome)

  • 김운수;이세영;박혜선;백운기;이준헌;서성원
    • 한국가금학회지
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    • 제37권3호
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    • pp.275-282
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    • 2010
  • 닭의 대사 생리에 대한 연구는 산업적 가치 및 생물학, 의학적으로도 매우 중요하다. 닭의 유전체 염기서열 분석 결과는 2004년에 처음 발표되었고, 이러한 유전체 정보를 바탕으로 유전형과 표현형의 상관관계를 분석하는 연구가 필요하다. 따라서 본 연구는 닭 유전체 정보를 바탕으로 대사 경로를 재확립하고, 닭 특이 대사 경로 유전체 데이터베이스를 구축하였다. 이를 위해 Perl 언어를 기반으로 개발된 자동 파이프라인(pipeline)을 이용하여 여러 생물정보 데이터베이스에 산재해 있는 닭 유전체에 관한 정보를 통합한 닭 특이 통합 데이터베이스를 구축하였다. 또한, 구축된 닭 특이 통합 데이터베이스를기반으로PathoLogic 알고리즘을구현한Pathway Tools 소프트웨어를 이용하여 닭 특이 대사 경로를 재확립하였다. 결과적으로, 닭 유전체 Gallus_gallus-2.1에서 2,709개의 효소, 71개의 운반체(transporter)와 1,698개의 효소 반응, 8개의 운반 반응(transport reaction)이 도출되었다. 이를 통해 총 212개의 대사 경로가 재확립되었고, 1,360개의 화합물(compound)이 닭 특이 대사 데이터베이스에 포함되었다. 다른 종(사람, 생쥐, 소)과의 비교 분석을 통해 중요한 대사 경로가 닭 유전체에 보존되어 있음을 보였다. 또한, 닭 유전체의 assembly와 annotation의 질을 높이는 노력과 닭 및 조류에서 유전자 기능 및 대사 경로에 대한 연구가 필요한 것으로 나타났다. 결론적으로, 본 연구에서 재확립된 닭의 대사 경로 및 데이터베이스는 닭 및 조류의 대사 연구뿐만 아니라 포유동물 및 미생물과의 비교 생물학적 접근을 통한 의학 및 생물학적 연구에 활용될 것으로 기대된다.

IFSA 알고리즘을 이용한 유전자 상호 관계 분석 (Analysis of Interactions in Multiple Genes using IFSA(Independent Feature Subspace Analysis))

  • 김혜진;최승진;방승양
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제33권3호
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    • pp.157-165
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    • 2006
  • 세포는 환경 변화 및 자극으로부터 자신을 보호하기 위해 유전자가 발현하여 생명을 유지 시스템을 갖고 있다. 유전자의 발현은 비정상적인 상태의 세포를 환경을 조절, 변화시켜 정상으로 바꾸기 위한 기능, 발달단계에 필요한 기능 등 생명현상에 필요한 특수 역할을 수행한다. 따라서 각 유전자의 기능을 아는 것은 생물학적으로 상당히 의미 있는 일이다. 본 논문에서는 유전자 기능을 알아보기 위해 발현 패턴을 통해 같을 때, 유사한 형태 혹은 시차를 갖고 동일한 형태로 발현하는 유전자들은 같은 기능을 한다는 가정을 하였다. 이 가정에 기반하여 각 유전자들을 기능에 따라 분류하였다. (1) IFSA선형 모델을 적용하여 데이타를 잘 나타내 줄 수 있는 특징 패턴을 찾았으며 (2) 이 특징 패턴으로부터 본 논문에서 제안한 Membership Scoring Function을 이용하여 유전자를 필터링(filtering) 하였다. 이 유전자들은 기존의 ICA(Independent Component Analysis) 방법에서 보다 IFSA 방법이 더 효과적으로 각 기능에 따른 유전자 그룹을 찾아내줌을 GO(Gene Ontology)에서 확인할 수 있었다. 이는 시차 혹은 위상 변화에 상관없이 데이타를 잘 나타낼 수 있는 IFSA의 특성이, ICA보다. 생물학적인 변수를 더 고려해 줄 수 있기 때문이라고 생각된다[1]. 이 논문의 또 다른 주요 작업은 유전자의 상호작용 관계로부터 유전자 네트웍을 얻어내는 것이다. 유전자 네트웍은 같은 그룹 내에서 유전자간의 상관 계수를 구하고 가장 높은 상관도를 보이는 유전자쌍을 연결시켜 얻게되었다. 이 네트웍 역시 GO 해석에서 그 유효성을 확인하였다.를 평균 66.02에서 58.98로 줄이면서 계산시간은 평균 71ms에서 44ms 으로 빠르게 됨을 알 수 있었다.적외선 분광법을 이용한 사일리지의 화학적 조성분 함량 측정은 적은 오차 범위 내에서 신속하고 정확한 분석법이 될 수 있음을 확인 할 수 있었다. 비록 원물 생시료(IF)에 대한 직접적인 측정은 다소 예측 정확성이 떨어지지만 현장 적용성과 편리성을 높이기 위해서는 생시료의 측정시 오차를 줄일 수 있는 스펙트럼의 수처리 방법이나 산란보정 방법과 같은 데이터 처리기법에 대한 더 많은 연구가 앞으로 진행되어야 한다고 생각되어진다.상자의 50% 이상이 매일 생선 콩 및 콩제품과 채소류를 먹고 있었고, 인스턴트나 패스트푸드는 정상 체중군이 저체중군이나 과체중보다 매일 섭취하는 빈도가 낮았다(p<0.0177). 7. 가장 낮은 영양 섭취 상태를 보여준 영양소(% RDA< 75%)는 철분과 칼슘으로 조사 대상자의 3/4에 해당하는 조사 대상자가 영양 부족 상태였다. 칼슘 섭취의 경우 정상 체중군이 과체중군과 저체중군보다 섭취율이 낮았으나(p<0.0257) 철분은 군간 유의차는 없었다. 8. 칼슘의 경우 과체중군이 저체중군이나 정상 체중군에 비해 영양소 적정비율(NAR) 값이 높았으며(p<0.0257) 철분, 단백질, 비타민 $B_1$$B_2$, 나이아신의 경우도 통계적으로 유의하지는 않으나 과체중군이 저체중군 또는 정상 체중군의 NAR 값이 높은 경향을 보여주었다. 9가지 영양소의 NAR을 평균한 MAR 값은 군간 유의적이지는 않으나 과체중군(0.76)이 정상체중(0.73) 또는 저체중군(0.73)에 비해 높은 값은 보여주었다. 9.

QUAL2Kw 모형을 이용한 자동보정 방법 비교분석과 섬강의 수질관리 대안 평가 (Comparative analysis of auto-calibration methods using QUAL2Kw and assessment on the water quality management alternatives for Sum River)

  • 조재현
    • 환경영향평가
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    • 제25권5호
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    • pp.345-356
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    • 2016
  • 본 연구에서는 GA와 QUAL2K를 통합한 QUAL2Kw 모형을 이용해서 수질모형 매개변수의 자동 보정 방법을 비교 분석하였다. 발전 속도가 빠른 원주시의 배출 오염부하의 영향을 크게 받는 섬강에 QUAL2Kw 모형을 적용하였고, 전 구간 단일 매개변수를 적용하는 방법과 구간별 매개변수를 적용하는 두가지 방법으로 자동보정 방법을 비교 분석하였다. CV(RMSE)의 오차와 GA의 적합도 분석결과 구간별 매개변수 방법이 단일 매개변수 방법보다 정밀도가 다소 높은 것으로 나타났으므로 본 연구에서는 구간별 매개변수 방법으로 계산한 자동보정 결과를 채택하였다. 검보정된 QUAL2Kw 모형을 섬강 수질관리를 위한 세가지 시나리오에 대해 적용해서 수질 개선 효과를 분석하였다. 원주하수처리장 방류수질을 개선하는 시나리오 1에서는 중권역 대표지점인 섬강 4-1지점의 BOD와 TP 농도가 각각 17.7%, 29.1% 감소되었고, 원주천 유입직후 섬강에서는 BOD와 TP 농도가 각각 50.4%, 40.5% 감소하여 섬강 수질 개선효과가 크다. 원주취수장을 폐쇄하고 섬강 이외의 수계에서 원주 일대에 광역상수도를 공급하는 시나리오 2에서는 섬강 중하류부의 유량이 증가함에 따라 섬강 본류의 수질이 소폭 개선된다. 원주천 합류 직후 섬강에서 BOD가 0.18mg/L, TP가 0.0063mg/L 감소하였다. 시나리오 3에서는 시나리오 1과 시나리오 2의 대안을 동시에 계획하는 것으로서 시나리오 1보다 섬강 수질이 소폭 더 개선된다. 시나리오별 수질 예측결과 원주하수처리장의 방류수질을 개선하는 것이 섬강 수질개선에 가장 효과적인 것으로 나타났다. 특히 원주천 합류직후 섬강 수질이 크게 개선된다. 원주취수장을 폐쇄하고 타 수계에서 광역상수도를 통해 원주 지역에 상수도를 공급하는 방안도 섬강 수질을 소폭 개선할 수 있다.

정상 및 atg5 유전자 제거 섬유아세포에서 자가포식체의 미세구조 및 이들의 정량적 분석 (Ultrastructural analysis and quantification of autophagic vacuoles in wild-type and atg5 knockout mouse embryonic fibroblast cells)

  • 최수인;전푸름;허양훈;이진아
    • 분석과학
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    • 제31권5호
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    • pp.208-218
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    • 2018
  • 자가소화작용은 세포 내 물질들을 이중막 구조의 자가포식체를 형성하여 라이소좀(lysosome)과 융합한 후 이들을 분해시키는 과정이다. 자가소화작용은 유전적, 세포적, 생화학 수준에서 연구가 진행되어왔지만, 자가포식체의 미세구조 분석 및 정량적 분석은 체계적으로 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 먼저, 기초 자가소화작용이 진행되는 환경과 기아상태로 자가소화작용을 유도한 환경의 세포에서 각각 자가포식체 막 형성에 중요한 역할을 하는 ATG5가 결핍된 섬유아세포와 정상 섬유아세포에서의 자가포식체의 미세구조를 비교 관찰 하였다. 정상 섬유아세포에서는 초기 패고포어, 초기 및 후기 자가포식체, 오토라이소좀과 같은 자가포식체의 단계별 미세구조를 확인한 반면, ATG5가 제거된 섬유아세포에서는 이중막 구조가 완성되지 않은 자가포식체 구조가 증가한 것을 확인하여 ATG5가 자가포식체 성숙에 중요한 역할을 함을 다시 한번 검증할 수 있었다. 본 연구를 통해 구축한 자가포식체 미세구조 분석법을 활용하여 확장된 폴리글루타민을 가지는 N-말단 헌팅틴 유전자를 발현시키는 헌팅턴병의 세포학적 모델에서 단계별 자가포식체를 분석하였다. 그 결과, 흥미롭게도 헌팅틴 단백질이 발현된 세포에서 후기 자가포식체가 증가하는 것을 확인할 수 있었으며, 이를 통해 헌팅틴 돌연변이 단백질 응집체 제거에 필요한 자가소화작용 활성화를 위해서 자가포식체와 라이소좀의 결합 단계를 촉진하는 것이 효과적일 가능성에 대해서 유추할 수 있었다. 결론적으로 전자현미경을 활용한 자가포식체의 단계별 미세구조 관찰 및 정량 분석이 다양한 인간 질병모델에 적용되고, 자가소화작용과 연관된 병리 메커니즘 연구에 기여할 수 있을 것으로 생각된다.

만성관절염 여성 환자의 산후조리 경험과 건강상태와의 관계 (A Study on the Relationship between the Experience of Sanhujori, the Traditional Postpartal Care in Korea and Present Health Status of Chronic Arthritis Female Patient)

  • 유은광;이선혜;김명희
    • 여성건강간호학회지
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    • 제4권2호
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    • pp.217-230
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    • 1998
  • The purpose of this descriptive correlational study was to define the relationship between the experience of Sanhuujori, Korean traditional non-professional postpartal care after delivery and abortion and present health status of chronic arthritis female patient who visited to outpatient clinic of rheumatic internal medicine at a hospital located in Seoul, Korea. A convenience sample of 64 women who orally agreed to be a participant and data were collected form October 1996 to May, 1997 for sis months by way of interview with semistructured questionnaire. The data were analyzed by the SPSS pc program using t-test, ANOVA and Scheffe test as a post hoc and Pearson Correlation Coefficient. The results of the study were as follows ; Mean age of participants was 53.2 years and mean number of children was 3.1. Mean frequency of abortion was 2.1 times per woman. Seventy four percentage of respondents did not have Sanhujori after abortion. The mean period of Sanhujori after delivery was 17.7, 15.2, 13.8 days from the first child to third child and shorter than that of general woman such as 20.0, 19.0, 17.3 days in the previous study. On the subjective evaluation of whether the women did Sanhujori well or not, the rate of 'did Sanhujori wrongly' was the highest rank in each child where as general woman 'did Sanhujori well' at the first child, 'moderate' at the second and third child and 'did Sanhujori wrongly' at the 4th and fifth child. The health status implies both subjective health status women perceived and the rate of complaints of physical symptom distress women are experiencing presently. The respondents of 82.5% perceived them as unhealthy or sick and 68.9% of women complained more than two symptoms. Mean number of physical symptom distress women complained was 2.33. The main sites of physical symptom distress were upper & lower extremities 69.1% including knee and hand, whole body 19.1%, neck 3.7%, waist & shoulders 2.7% respectively. The characteristics of the symptoms were mostly pain 60%, swelling 19.8%, rigidity & deformity 7.9% respectively, sensation of heat 6.8% and weakness 1.7%. Women perceived the etiology of the chronic arthritis as stress 25.8%, 'did Sanhujori wrongly' & overwork 23.4% respectively, genetic 12.9%, malnutrition, 4.8%, and aging process 3.2%. There were significant positive correlation between subjective health status and the period of Sanhujori after delivery of the second child(r=-0.22) and negative correlation with the number of child at the level of 5% of significance statistically(r=0.27). There were significant negative correlation between the rate of complaints of physical symptom distress and the subjective evaluation whether she did Sanhujori well or not at the level of 5% of significance statistically(r=-0.23). And the rate of complaints of physical symptom distress in the group of women who experienced abortion was significantly higher than that of women who did not experience it at the level of 5% significance statistically(t=2.00) In conclusion, this finding reconfirmed the possible relationship between health status of chronic arthritis female patient and the experience of Sanhujori after delivery & abortion. It provides a challenge to the professional care givers to research further on the effects of Sanhujori on the health status, health recovery after abortion or delivery from the various aspects through the crosssectional and longitudinal research for the refinement of the reality of not only as cultural phenomenon but as conceptual model for the appropriateness of intervention and quality of care for desirable health outcomes.

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Paraoxonase 1 (PON1) Q192R Gene Polymorphism and Cancer Risk: A Meta-Analysis Based on 30 Publications

  • Zhang, Meng;Xiong, Hu;Fang, Lu;Lu, Wei;Wu, Xun;Huang, Zhan-Sen;Wang, Yong-Qiang;Cai, Zhi-Ming;Wu, Song
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권10호
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    • pp.4457-4463
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    • 2015
  • Common genetic variation Q192R in the paraoxonase 1 (PON1) gene has been considered to be implicated in the development of many cancers. Nevertheless, results from the related studies were inconsistent. To elucidate the association, we performed a meta-analysis for 8,112 cases and 10,037 controls from 32 published case-control studies. Odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (CIs) were used to assess the strength of the association by STATA 12.0 software. Overall, we revealed that the PON1-192R allele was associated with a reduced risk of the overall cancers. Moreover, in the stratified analysis by cancer types (breast cancer, prostate cancer, brain cancer etc.), the results showed that PON1-192R allele was associated with a decreased risk in breast cancer (R vs Q: OR=0.605, 95% CI=0.378-0.967, $P_{heterogeneity}=0.000$; RR vs QQ: OR=0.494, 95% CI=0.275-0.888, $P_{heterogeneity}=0.002$; RQ vs QQ: OR=0.465, 95% CI=0.259-0.835, $P_{heterogeneity}=0.000$; and RR+RQ vs QQ: OR=0.485, 95% CI=0.274-0.857, $P_{heterogeneity}=0.000$), and associated with prostate cancer in homozygote (RR vs QQ: OR=0.475, 95% CI=0.251-0.897, $P_{heterogeneity}=0.001$) and recessive models (RR vs RQ+QQ: OR=0.379, 95% CI=0.169-0.853, $P_{heterogeneity}=0.000$), while an increased risk was identified in lymphoma (R vs Q: OR=1.537, 95% CI=1.246-1.896, $P_{heterogeneity}=0.944$; RR vs QQ: OR=2.987, 95% CI=1.861-4.795, $P_{heterogeneity}=0.350$; RR+RQ vs QQ: OR=1.354, 95% CI=1.021-1.796, $P_{heterogeneity}=0.824$; and RR vs RQ+QQ: OR=2.934, 95% CI=1.869-4.605, $P_{heterogeneity}=0.433$), and an increased risk in prostate cancer under heterozygote comparison (RQ vs QQ: OR=1.782, 95% CI=1.077-2.950, $P_{heterogeneity}=0.000$) and dominant models (RR+RQ vs QQ: OR=1.281, 95% CI=1.044-1.573, $P_{heterogeneity}=0.056$). When subgroup analysis that performed by the control source (hospital based or population based), a decreased risk of the overall cancers was revealed by homozygote (RR vs QQ: OR=0.601, 95% CI=0.366-0.987, $P_{heterogeneity}=0.000$) and dominant models (RR vs RQ+QQ: OR= 0.611, 95% CI=0.384-0.973, $P_{heterogeneity}=0.000$) in hospital based group. Stratifying by ethnicity, a significantly reduced risk of the overall cancers under allele contrast model (R vs Q: OR=0.788, 95% CI=0.626-0.993, $P_{heterogeneity}=0.000$) was uncovered in Caucasian. In summary, these findings suggested that PON1 Q192R polymorphism was associated with a reduced risk of the overall cancers, nevertheless, it might increase cancer susceptibility of prostate and lymphoma risk. Large well-designed epidemiological studies will be continued on this issue of interest.

메탄올 자화효모 Hansenula polymorpha에서의 재조합 단백질 분비발현을 위한 인체 혈청 알부민 융합단편의 활용 (Use of Human Serum Albumin Fusion Tags for Recombinant Protein Secretory Expression in the Methylotrophic Yeast Hansenula polymorpha)

  • 송지혜;황동현;오두병;이상기;권오석
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제41권1호
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    • pp.17-25
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    • 2013
  • 메탄올 자화효모 Hansenula polymorpha에서 분비 발현이 잘 된다고 보고된 인체 혈청 알부민(human serum albumin, HSA)을 융합단편으로 사용하여 외래 재조합 단백질을 효과적으로 분비 발현할 수 있는 발현시스템을 개발하고자 하였다. 이때 조작의 용이성 및 발현 효율 제고를 위하여 전장의 HSA 뿐만 아니라 세 종류의 각기 다른 크기의 HSA 단편을 설계하여 융합단편으로 사용하였다. 즉 HSA의 N-말단으로 부터 각기 137, 172, 320, 608개 아미노산을 갖는 융합단편 HSAft (1-4)를 제작하였다. 아울러 발현되는 HSA 단편의 검출 및 분리정제를 위한 His8-tag, HSA 융합단편과 외래 단백질간의 유연성을 부여하기 위한 2조의 $Gly_4Ser_1$ linker, 융합 발현된 타겟 단백질을 HSA 단편으로부터 용이하게 분리하기 위한 담배식각바이러스 단백질분해효소(tobacco etch virus protease, Tev) 인지 서열, 타겟 단백질 유전자를 클로닝하기 위한 멀티 클로닝 사이트(multiple cloning site, MCS)서열, 그리고 타겟 재조합 단백질의 발현 검출 및 정제를 위한 Strep-tag을 포함하는 작용기 도메인을 발현카세트 기본 골격에 포함시켰다. 이렇게 구축된 4종의 HSA 융합단편 분비발현 벡터를 H. polymorpha에 형질전환한 후 각 융합단편의 발현을 조사한 결과 HSAft 단편 3, 4의 발현을 확인할 수 있었다. 녹색형광단백질 유전자 ($GFP_{uv}$)를 상기 벡터에 클로닝한 후 H. polymorpha에 도입한 결과 형질 전환체 모두에서 녹색형광단백질의 발현을 관찰 할 수 있었다. 해당 세포로부터 분비되거나 세포내에 발현되는 HSA 단편 융합 형광단백질의 발현양을 비교한 결과 HSAft 단편 4에 융합된 경우를 제외하고 나머지 경우 모두에서 세포 파쇄액과 세포 배양액 양쪽에서 해당 HSA 단편 융합 형광단백질의 발현을 확인 할 수 있었다. 한편 HSA 융합단편의 크기에 따라 자체 혹은 타겟 단백질과 융합된 형태의 단백질 분비 발현 정도가 달라지는 것은 해당 단백질의 접힘이나 단백질 분해효소에 대한 민감성 등 여러 변수에 의한 것으로 사료되며 따라서 본 연구에서 개발한 H. polymorpha용 HSA 융합단편 분비발현 시스템은 특정 외래 재조합 단백질의 효율적인 분비발현 융합단편의 선별 및 과발현 시스템 구축에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.