• 제목/요약/키워드: fingerprinting method

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젖소 유방염 유즙에서 분리한 Streptococcus uberis의 항생제 감수성 및 유전학적 특성 (Antimicrobial susceptibility and genetic characteristics of Streptococcus uberis isolated from bovine mastitis milk)

  • 이길;강현미;정충일;문진산
    • 대한수의학회지
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    • 제47권1호
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    • pp.33-41
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    • 2007
  • Streptococcus spp. comprising Streptococcus (S.) uberis S. dysgalactiae strains is major causeof bovine mastitis from particularly well-managed or low somatic cell count herds that have successfullycontrolled contagious pathogens. In this study, antimicrobial susceptibility and genetic characteristics of S.uberis isolated from clinical or subclinical mastitis milk at 2003 were investigated. Eighty seven isolatesof Streptococus spp. were identified by the conventional biochemical methods. The antimicrobialsusceptibility by disk diffusion method was determined for 46 S. uberis, 11 S. bovis, 10 S. oralis, 6 S.uberis and 14 other Streptococcus spp.. Overall, the tested strains were susceptible to tetracycline (11.5%),amikacin (14.9%), streptomycin (16.1%), neomycin (26.4%), kanamycin (35.6%), gentamicin (65.2%),oxacillin (70.1%), ampicillin (75.9%), chloramphenicol (78.2%), and cephalothin (97.7%). Additionally, S.uberis strains were susceptible to pencillin G (97.8%), but resistant to erythromycin (76.0%) by minimalinhibitory concentration test. The multiple-drug resistance rate of isolated bacteria to 4 more thanamplification fingerprinting patterns amplifed with primer 8.6d showed that 3 to 8 number of distinguishableDNA fragments ranged from 180 bp to 1,20 bp. Thirty seven isolates of S. uberis strains were subtypedinto 8 distinct patterns. Each subtype revealed a typical pattern of antimicrobial susceptibilities. Thesefindings demonstrate that S. uberis isolates were mastitis pathogens of diverse serotypes, and oftenencountered the diverse resistant patterns.

New Protein Extraction/Solubilization Protocol for Gel-based Proteomics of Rat (Female) Whole Brain and Brain Regions

  • Hirano, Misato;Rakwal, Randeep;Shibato, Junko;Agrawal, Ganesh Kumar;Jwa, Nam-Soo;Iwahashi, Hitoshi;Masuo, Yoshinori
    • Molecules and Cells
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    • 제22권1호
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    • pp.119-125
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    • 2006
  • The rat is an accepted model for studying human psychiatric/neurological disorders. We provide a protocol for total soluble protein extraction using trichloroacetic acid/acetone (TCA/A) from rat (female) whole brain, 10 brain regions and the pituitary gland, and show that two-dimensional gel electrophoresis (2-DGE) using precast immobilized pH (4-7) gradient (IPG) strip gels (13 cm) in the first dimension yields clean silver nitrate stained protein profiles. Though TCA/A precipitation may not be "ideal", the important choice here is the selection of an appropriate lysis buffer (LB) for solubilizing precipitated proteins. Our results reveal enrichment of protein spots by use of individual brain regions rather than whole brain, as well as the presence of differentially expressed spots in their proteomes. Thus individual brain regions provide improved protein coverage and are better suited for differential protein detection. Moreover, using a phosphoprotein-specific dye, ingel detection of phosphoproteins was demonstrated. Representative high-resolution silver nitrate stained proteome profiles of rat whole brain total soluble protein are presented. Shortcomings apart (failure to separate membrane proteins), gel-based proteomics remains a viable option, and 2-DGE is the method of choice for generating high-resolution proteome maps of rat brain and brain regions.

유전자형에 따른 Streptococcus mutans의 subtyping: Southern blot RFLP와 AP-PCR을 이용한 비교 (EVALUATING TWO METHODS FOR FINGERPRINTING GENOMES FOR STREPTOCOCCUS MUTANS IN CHILDREN : A COMPARISON WITH AP-PCR AND SOUTHERN BLOT RFLP)

  • 정태성;김신
    • 대한소아치과학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.292-303
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    • 1998
  • The arbitrary primer polymerase chain reaction(AP-PCR) and Southern blot restriction fragment length polymorphism(RFLP) were used to genotype the cariogenic pathogen S. mutans in children. Following the morphologic chracteristics of colony on selective medium for S. mutans, total genomic DNA from 155 strains was extracted by conventional methods. Among 155 strains, 143 strains (92.3%) were confirmed S. mutans by PCR with dexA gene and 114 strains were used in this study. Three random sequence 10-base oligonucleotide primers were chosen for AP-PCR. The amplified DNA products were separated electrophoretically in a 2% agarose gel containing ethidium bromide and the banding patterns were compared among different strains. For RFLP analysis, DNA was digested with EcoRI and BamHI, separated on a 0.7 % agarose gel and transferred to a nylon membrane. The membrane was probed with a previously characterised 1.6 kilobases (kb) DNA fragment cloned from gtf B gene of S. mutans. The probe was labeled with isotope[$^{32}P-{\alpha}CTP$], and hybridized fragments were detected with intensifying screen. AP-PCR produced 4-8 DNA bands in the 0.25-10 kb regions and distinguished 9, 10 or 12 genotypes, depending on the specific primer used. Southern blot RFLP analysis revealed 2 hybridization patterns consisting of 1 DNA fragments 450, 500 bp. These results indicate that AP-PCR is more discriminative method for genotyping of S. mutans.

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Salmonella Gallinarum 세포외막단백질의 프로테옴 분석 및 닭에서의 방어능 효과 (Proteomic Analysis and Protective Effects of Outer Membrane Proteins from Salmonella Gallinarum in Chickens)

  • 선지선;조영재;장주현;강정무;한장혁;한태욱
    • 한국축산식품학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.281-286
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    • 2013
  • Salmonella Gallinarum (SG) is known as an important pathogen that causes fowl typhoid in chickens. To investigate SG outer-membrane proteins (OMPs) as a vaccine candidate, we used proteomic mapping and database analysis techniques with extracted OMPs. Also, extracted OMPs were evaluated in several aspects to their safety, immune response in their host and protective effects. Our research has established a proteomic map and database of immunogenic SG-OMPs used as inactive vaccine against salmonellosis in chickens. A total of 22 spots were detected by 2-dimensional gel electrophoresis and immunogenic protein analysis. Eight spots were identified by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight-Mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) and peptide mass fingerprinting (PMF) and categorized into four different types of proteins. Among these proteins, OmpA is considered to be an immunogenic protein and involved in the hosts' immune system. To estimate the minimum safety dose in chickens, 35 brown layers were immunized with various concentrations of OMPs, respectively. Consequently, all chickens immunized with more than a $50{\mu}g$ dose were protected against challenges. Moreover, intramuscular administration of OMPs to chickens was more effective compared to subcutaneous administration. These results suggest that the adjuvanted SG-OMP vaccine not only induces both the humoral and cellular immune response in the host but also highly protects the hosts' exposed to virulent SG with $50{\mu}g$ OMPs extracted by our method.

지자기 기반 실내 위치 추정을 위한 지자기 벡터 보정법 (Vector Calibration for Geomagnetic Field Based Indoor Localization)

  • 손원준;최린
    • 한국차세대컴퓨팅학회논문지
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    • 제15권3호
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    • pp.25-30
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    • 2019
  • 지자기 벡터는 센서가 바라보고 있는 방향에 따라 그 값이 달라지는 특성이 있다. 본 논문에서는 그런 문제를 최소화하여 지자기 기반 실내 위치 추정에 사용될 수 있도록 지자기 벡터 보정법을 제안한다. 지자기 기반 실내 위치 추정에서 사용되는 핑거프린팅 기법은 자기장 지도와 현재 위치에서의 자기장 값을 매칭하여 위치를 추정해낸다. 이때, 자기장 센서는 사용자의 이동 방향에 따라 읽어 들이는 자기장 벡터 값이 달라지기 때문에 위치 추정 정확도가 낮아진다. 이를 해결하기 위해 많은 연구들은 자기장 벡터 크기를 사용하지만, 이는 지문의 고유성을 감소시킨다. 따라서 본 논문에서는 지문의 고유성을 유지할 수 있는 자기장 벡터를 그대로 사용하되, 벡터 크기처럼 사용자의 이동방향에 영향을 받지 않도록 벡터 값을 보정하는 방법을 제안한다. 임의의 방향으로 걸어본 결과, 본 연구에서 제안된 보정법을 사용하면 자기장 지도와의 매칭 정확도가 높아지는 것을 확인하였다.

핑거프린트에 기반한 실내 물류 위치추적 시스템 (Fingerprint-Based Indoor Logistics Location Tracking System)

  • 김도안;박성현;정회경
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제24권7호
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    • pp.898-903
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    • 2020
  • 본 논문에서는 핑거프린트를 기반으로 실내에 있는 물류의 위치와 재고를 파악하는 실내 물류 위치추적 시스템을 제안한다. 또한 이를 통해 실제 물류 센터 환경 인프라를 구축하고 물류 관리 시스템을 설계 및 구현하였다. 제안하는 시스템은 위치 단말기를 통해 신호 세기를 수집하고 신호지도를 제작하여 물품의 위치를 파악한다. 위치 단말기는 UHF RFID 리더기와 무선 랜카드로 이루어져 있으며 주변 RFID 신호와 무선 AP의 신호를 읽어 웹서버로 전송한다. 웹서버는 위치 단말기로부터 받아온 신호를 가공하여 데이터베이스에 저장하고 사용자는 해당 데이터를 이용하여 신호지도를 제작한다. 제안하는 시스템은 기존 핑거프린팅 방식에 UHF RFID 결합하여 다수의 객체를 조회하는 환경에서 성능을 개선하였다.

CNN-based Adaptive K for Improving Positioning Accuracy in W-kNN-based LTE Fingerprint Positioning

  • Kwon, Jae Uk;Chae, Myeong Seok;Cho, Seong Yun
    • Journal of Positioning, Navigation, and Timing
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    • 제11권3호
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    • pp.217-227
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    • 2022
  • In order to provide a location-based services regardless of indoor or outdoor space, it is important to provide position information of the terminal regardless of location. Among the wireless/mobile communication resources used for this purpose, Long Term Evolution (LTE) signal is a representative infrastructure that can overcome spatial limitations, but the positioning method based on the location of the base station has a disadvantage in that the accuracy is low. Therefore, a fingerprinting technique, which is a pattern recognition technology, has been widely used. The simplest yet widely applied algorithm among Fingerprint positioning technologies is k-Nearest Neighbors (kNN). However, in the kNN algorithm, it is difficult to find the optimal K value with the lowest positioning error for each location to be estimated, so it is generally fixed to an appropriate K value and used. Since the optimal K value cannot be applied to each estimated location, therefore, there is a problem in that the accuracy of the overall estimated location information is lowered. Considering this problem, this paper proposes a technique for adaptively varying the K value by using a Convolutional Neural Network (CNN) model among Artificial Neural Network (ANN) techniques. First, by using the signal information of the measured values obtained in the service area, an image is created according to the Physical Cell Identity (PCI) and Band combination, and an answer label for supervised learning is created. Then, the structure of the CNN is modeled to classify K values through the image information of the measurements. The performance of the proposed technique is verified based on actual data measured in the testbed. As a result, it can be seen that the proposed technique improves the positioning performance compared to using a fixed K value.

가우시안의 차를 이용하여 검색속도를 향상한 최소 오디오 핑거프린팅 (Search speed improved minimum audio fingerprinting using the difference of Gaussian)

  • 권진만;고일주;장대식
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제14권12호
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    • pp.75-87
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    • 2009
  • 본 논문은 오디오 핑거프린트 데이터 생성 방법과 이를 이용한 오디오 데이터 비교 방법에 관한 것으로서, 오디오 데이터의 특징을 이용하여 음악을 식별하는 방법을 제시한다. 일반적으로 영상인식을 위해 많이 사용되는 가우시안의 차(Difference of Gaussian, DoG)를 오디오 데이터에 적용하여 음악이 급진적으로 변하는 부분을 추출하고, 해당 위치를 핑거프린트로 정의하는 방식이다. 이렇게 만들어진 핑거프린트는 음질의 변화에 민감하지 않으며, 음악 데이터의 일정 부분만으로도 원본과 동일 위치의 핑거프린트 추출이 가능하다. 이 시스템은 기존의 주파수 영역을 이용한 시스템 보다 오디오 핑거프린트의 데이터량과 계산량을 줄여줌으로써 검색을 할 때 보다 효율적인 성능을 나타낸다. 이를 응용하여 인터넷에 유통되는 복사된 음악의 저작권 보호, 또는 음악의 메타정보 등을 사용자에게 나타낼 수 있다.

빅데이터 기반 미세먼지 이상 탐지 머신러닝 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of Machine Learning System for Fine Dust Anomaly Detection based on Big Data)

  • 이재원;인치호
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제24권1호
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    • pp.55-58
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    • 2024
  • 본 논문은 빅데이터 기반 미세먼지 이상 탐지 머신러닝 시스템 설계 및 구현을 제안한다. 제안하는 시스템은 빅데이터로 구성된 미세먼지 및 기상 정보를 통해 미세먼지 대기환경지수를 분류하는 시스템이다. 이 시스템은 머신러닝 기반의 대기환경지수 분류 카테고리별 이상치에 따른 이상치 탐지 알고리즘 설계를 통해 미세먼지를 분류한다. 카메라에서 수집된 영상의 심도 데이터는 미세먼지 농도에 따른 영상을 수집한 후 미세먼지 가시마스크를 생성합니다. 그리고 모노 심도 추정 알고리즘을 통한 학습 기반 핑거프린팅 기법으로 모노스코프 카메라에서 수집된 미세먼지의 가시거리를 추론하여 미세먼지 농도를 도출합니다. 본 방법의 실험 및 분석을 위해 미세먼지 농도 데이터와 지역별, 시간별 CCTV 영상 데이터를 매칭하여 학습 데이터를 생성한 후 모델을 생성하여 실제 환경에서 테스트한다.

RSSI 판독 라이브러리 함수 및 옥내 측위 모듈 구현 (Implementation of a Library Function of Scanning RSSI and Indoor Positioning Modules)

  • 임재걸;정승환;심규박
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제10권11호
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    • pp.1483-1495
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    • 2007
  • IEEE 802.11 기술 덕분에 학교와 대형 쇼핑몰을 비롯한 사무실, 병원, 역 등지에서도 무선 LAN을 통한 인터넷 접속이 가능하다. 본 논문은 무선 LAN에 현재 가장 많이 사용되는 2.4GHz 대역의 802.11b와 802.11g 프로토콜이 탑재된 액세스포인트(AP: Access Point)로부터 수신한 신호의 세기(RSSI: Received Signal Strength Indicator)를 판독할 수 있는 C# 라이브러리 함수를 제안한다. 위치기반서비스는 사용자의 현재 위치를 실시간으로 측정하여 현재 위치를 기반으로 길을 안내하거나, 현재 위치와 관련한 콘텐츠를 제공하는 등의 유용한 서비스를 제공한다. 옥내에서 위치기반서비스를 제공하려면 옥내에 있는 사용자의 위치를 판정하는 옥내측위가 반드시 선결되어야 한다. 옥내측위 기술로 적외선, 초음파, UDP 패킷의 신호세기 등을 이용하는 방법들이 소개된 바 있다. 이러한 방법들은 측위를 위한 특수 장비를 설비해야만 한다는 단점이 있다. 본 논문은 RSSI를 판독하는 라이브러리 함수를 제공할 뿐만 아니라 제공하는 함수를 이용한 옥내 측위 구현 예도 소개한다. 구현에 적용된 방법들은 이미 널리 알려진 K-NN(K Nearest Neighbors), 베이시안 방법 그리고 삼각측량법이다. K-NN 방법과 베이시안 방법은 일종의 지문방식인데, 지문방식은 준비단계와 실시간단계로 구성되며, 실시간 단계의 처리 과정은 처리속도가 빨라야만 한다. 본 논문은 실시간 단계의 속도를 개선하는 방법으로 판단나무 방법(Decision Tree Method)을 제안하고, 이러한 방법들의 성능을 실험적으로 평가한 결과를 소개한다.

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