1998년 10월부터 1999년 9월까지 동진강 수계 3개 하천에서 21개 지점을 중심으로 조사한 결과 모두 7목 14과 37속 53종이 확인되었다. 이 중에서 동진강에서는 47종, 원평천에서는 36종, 고부천에서는 32종이 출현하였다. 이들 어류 중에서 Cyprinidae가 외래 어종 포함하여 32종으로 전체의 60.4%였고, 다음이 Cobitidae와 Gobiidae가 각각 4종씩으로 각각 7.5%, Bagridae와 Centrachidae가 각각 2종으로 3.8%였으며, 나머지 9개 과는 각각 1종씩 확인되었다. 또한 동진강 수계에서 출현한 어류 중 Z. platypus가 전체의 26.0%로 가장 높았고, 그 다음으로는 C. auratus가 14.7%, A. lanceolatus가 12.1%로써 이들 3종이 전체 어종의 52.8%를 차지하고 있었다. 각 하천별로 출현하는 어류 중에서, 동진강에서는 Z. platypus가 40.6%로 우점종이었고, 다음이 A. lanceolatus가 20.5%였으며, 원평천에서는 P. parva가 22.6%로 가장 많았고, 다음이 H. olidus가 13.2%이며, 고부천에서는 C. auratus가 54.3%였고, 다음은 C. carpio가 11.6% 였다. 동진강 수계에서 출현하는 우리나라 고유어종은 모두 14종으로, 우리나라 전체 고유어종의 약 28.6%를 나타내었다. 이들은 동진강에서 14종, 원평천에서 8종, 고부천에서 5종씩이 출현하였는데, 이 중에서 R. uyekii가 본수계에서 출현하는 고유어종의 전 개체수의 64.0%로 가장 높은 빈도를 나타내었고, 다음은 A. gracilis로 11.6%인데 반해, A. macropterus, A. rivularis, C. splendidus, S. variegatus wakiyae, C. herzi, M. jeoni 등은 출현 빈도가 아주 낮거나 극히 제한된 구역에서만 출현하였다. 동진강 수계에 분포하고 있는 외래어종은 C. cuvieri, C. carpio (이스라엘잉어), M. salmoides, L. macrochirus 등의 4종이 확인되었다. 한편 조사 구역의 각 정점별 어류 군집의 우점도는 St. 3가 0.17로 가장 낮았고, 다양도는 St. 3와 St. 21이 0.92로 가장 높았으며, 균등도는 St. 13에서 0.89로 가장 높았다. 또한 각 정점별 군집유사도에서는 St. 20과 St. 21 사이가 0.87이고, St. 9와 St. 10이 0.80으로 높은 유사도를 나타내었으나, St. 1과 St. 7, 그리고 St. 7과 St. 14 사이는 각각 0.09로 가장 낮은 유사도를 나타내고 있었다. 한편 각 하천별로 나타난 우점도, 다양도 및 균등도에서는 원평천이 0.12, 1.08, 0.91로 3개 하천 중에 가장 양호하였고, 어류상에서 원평천은 고부천보다는 동진강과 더 유사한 양상을 나타내었다.