• Korean Journal of Mathematics
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• 제20권3호
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• pp.307-314
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• 2012

Let M be a left R-module and R be a ring with unity, and $S=\{0,2,3,4,{\ldots}\}$ be a submonoid. Then $M[x^{-s}]=\{a_0+a_2x^{-2}+a_3x^{-3}+{\cdots}+a_nx^{-n}{\mid}a_i{\in}M\}$ is an $R[x^s]$-module. In this paper we show some properties of $M[x^{-s}]$ as an $R[x^s]$-module. Let $f:M{\rightarrow}N$ be an R-linear map and $\overline{M}[x^{-s}]=\{a_2x^{-2}+a_3x^{-3}+{\cdots}+a_nx^{-n}{\mid}a_i{\in}M\}$ and define $N+\overline{M}[x^{-s}]=\{b_0+a_2x^{-2}+a_3x^{-3}+{\cdots}+a_nx^{-n}{\mid}b_0{\in}N,\;a_i{\in}M}$. Then $N+\overline{M}[x^{-s}]$ is an $R[x^s]$-module. We show that given a short exact sequence $0{\rightarrow}L{\rightarrow}M{\rightarrow}N{\rightarrow}0$ of R-modules, $0{\rightarrow}L{\rightarrow}M[x^{-s}]{\rightarrow}N+\overline{M}[x^{-s}]{\rightarrow}0$ is a short exact sequence of $R[x^s]$-module. Then we show $E_1+\overline{E_0}[x^{-s}]$ is not an injective left $R[x^s]$-module, in general.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
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• pp.69-70
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• 2000

The completion of sequencing human genome would motivate us to map millions of human cDNAs onto the unique ruler "genome sequence", in order to identify the exact address of each cDNA together with its exons, its promoter region, and its alternative splicing patterns. The expression patterns of some cDNAs could therefore be associated with these precise gene addresses, which further accelerate studies on mining correlations between motifs of promoters and expressions of genes in tissues. Towards the realization of this goal, we have developed a time-and-space efficient software named SQUALL that is able to map one cDNA sequence of length a few thousand onto a long genome sequence of length thirty million in a couple of minutes on average. Using SQUALL, we have mapped twenty thousand of our Bodymap (http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp) cDNAs onto the genome sequences of Chr.21st and 22nd. In this talk, I will report the status of this ongoing project.

• Kyungpook Mathematical Journal
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• 제64권2호
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• pp.287-301
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• 2024

From the mathematical and statistical point of view, a segment of a DNA strand can be viewed as a sequence of four-state (A, C, G, T) trials. Herein, we consider the distributions of runs and patterns related to the run lengths of multi-state sequences, especially for four states (A, B, C, D). Let X₁, X₂, . . . be a sequence of four state independent and identically distributed trials taking values in the set 𝒢 = {A, B, C, D}. In this study, we obtain exact formulas for the probability distribution function for the discrete distribution of runs of B's of order k. We obtain longest run statistics, shortest run statistics, and determine the distributions of waiting times and run lengths.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제32권3호
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• pp.263-275
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• 2005

대규모 DNA 데이타베이스를 대상으로 원하는 서열을 빠르게 검색하기 위해 인덱싱 기법을 많이 사용하고 있다. 그러나 대부분의 인덱싱 기법은 원래 데이타베이스보다 더 큰 저장공간을 사용하고 DBMS와의 밀 결합이 어렵다는 문제점을 가지고 있다. 본 논문에서는 완전 매치, 와일드카드 매치, k-미스매치와 같은 근사 매치 질의 처리를 위해 작은 공간을 사용하는 디스크 기반의 효율적인 인덱싱 기법과 질의 처리 기법을 제안한다 인덱싱을 위해서 DNA 염기서열에 일정 크기의 슬라이딩 윈도우를 위치시킨 후, 윈도우 내에서 각 문자의 출현 빈도를 이용해 서명을 추출해서 R*-트리와 같은 다차원 공간 인덱스에 저장한다. 특히 윈도우 내의 각 위치에 따라서 가중치를 줌으로써 서명들이 인덱스 공간에 집중되는 현상을 억제한다. 제안된 질의 처리방법은 질의 시퀀스를 다차원 사각형으로 변환하고 그 사각형과 중첩되는 서명들을 인덱스로부터 찾아낸다 제안된 방법을 실제 생물학자들이 사용하는 데이타를 이용해 실험한 결과 서픽스 트리 기반의 방법에 비해서 완전 매치인 경우 3배 이상, 와일드카드 매치인 경우 2배 이상, k-미스매치인 경우 수십 배 이상의 성능향상을 보였다.

• Interdisciplinary Bio Central
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• 제4권4호
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• pp.14.1-14.6
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• 2012

Splice site prediction in DNA sequence is a basic search problem for finding exon/intron and intron/exon boundaries. Removing introns and then joining the exons together forms the mRNA sequence. These sequences are the input of the translation process. It is a necessary step in the central dogma of molecular biology. The main task of splice site prediction is to find out the exact GT and AG ended sequences. Then it identifies the true and false GT and AG ended sequences among those candidate sequences. In this paper, we survey research works on splice site prediction based on support vector machine (SVM). The basic difference between these research works is nucleotide encoding technique and SVM kernel selection. Some methods encode the DNA sequence in a sparse way whereas others encode in a probabilistic manner. The encoded sequences serve as input of SVM. The task of SVM is to classify them using its learning model. The accuracy of classification largely depends on the proper kernel selection for sequence data as well as a selection of kernel parameter. We observe each encoding technique and classify them according to their similarity. Then we discuss about kernel and their parameter selection. Our survey paper provides a basic understanding of encoding approaches and proper kernel selection of SVM for splice site prediction.

• International Journal of Computer Science & Network Security
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• 제21권8호
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• pp.281-287
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• 2021

Bioinformatics is formed with a blend of biology and informatics technologies and it employs the statistical methods and approaches for attending the concerning issues in the domains of nutrition, medical research and towards reviewing the living environment. The ceaseless growth of DNA sequencing technologies has resulted in the production of voluminous genomic data especially the DNA sequences thus calling out for increased storage and bandwidth. As of now, the bioinformatics confronts the major hurdle of management, interpretation and accurately preserving of this hefty information. Compression tends to be a beacon of hope towards resolving the aforementioned issues. Keeping the storage efficiently, a methodology has been recommended which for attending the same. In addition, there is introduction of a competent algorithm that aids in exact matching of small pattern. The DNA representation sequence is then implemented subsequently for determining 2 bases to 6 bases matching with the remaining input sequence. This process involves transforming of DNA sequence into an ASCII symbols in the first level and compress by using LZ77 compression method in the second level and after that form the grid variables with size 3 to hold the 100 characters. In the third level of compression, the compressed output is in the grid variables. Hence, the proposed algorithm S_Pattern DNA gives an average better compression ratio of 93% when compared to the existing compression algorithms for the datasets from the UCI repository.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제6권5호
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• pp.267-278
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• 2017

영어는 동일 철자의 발음이 매우 다양한 언어이기 때문에 사전에 기술되어 있는 단어의 발음기호를 읽어야만 정확한 발음을 알 수 있다. 영어 사전마다 사용하는 발음기호(phonetic alphabet) 시스템이 다르며 같은 단어에 대해 기술하고 있는 발음 역시 다르다. 본 연구에서는 최근 딥 러닝 분야에서 널리 사용되고 있는 sequence-to-sequence (seq2seq) model을 이용하여 사전마다 다른 발음을 자동으로 변환해 보고자 한다. 4가지 다른 종류의 사전에서 추출한 발음 데이터를 이용하여 모두 12개의 seq2seq model을 구현하였으며, 발음 자동 변환 모듈의 정확 일치율은 74.5% ~ 89.6%의 성능을 보였다. 본 연구의 주요 목적은 다음의 두 가지이다. 첫째 영어 발음기호 시스템과 각 사전의 발음 데이터 특성을 살펴보는 것이고, 둘째, 발음 정보의 자동 변환과 오류 분석을 통해 seq2seq model의 특성을 살펴보는 것이다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제13권4호
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• pp.618-625
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• 2010

인간이 정보를 수용하고 전달하는 것은 인간 사회의 커뮤니케이션 중에 가장 기본적이고 핵심적인 가치이다. 뉴미디어의 커뮤니케이션은 객관적인 정보만을 전달하는 개념뿐 아니라 각각의 감성과 이미지 모티브를 전달하는 시각적 커뮤니케이션으로 소통하게 되었다. 현 시대의 가장 핵심적인 매체인 뉴미디어의 발전과 보급으로 인해 정점에 도달한 모션그래픽의 도입은 영화 오프닝 타이틀 시퀀스를 단순 전달적인 크레딧의 범위에서 확대된 장르로 발전시켰다. 본 연구에서는 영화 오프닝 타이틀 시퀀스에 대한 활용범위의 새로운 가치를 언급하는데 목적이 있다. 무빙타이포그래피의 움직임이 가장 활발하게 적용되고 있는 영화 오프닝 타이틀 시퀀스에서 무빙타이포그래피가 어떻게 적용되고 이를 바탕으로 효과적으로 전달 할 수 있는 커뮤니케이션의 방법 중인 하나로 다양한 표현 가능성을 제시해보았다. 앞으로 디자인 분야에서 커뮤니케이션의 중요한 수단으로 모션그래픽은 계속해서 활용될 것이며, 독창적인 다양한 표현방식으로 관객에게 정확한 정보와 감성을 전달하는 가이드라인을 제시 할 것으로 기대된다.

• International Journal of Advanced Culture Technology
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• 제10권2호
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• pp.201-212
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• 2022

With the development of sequencing technology, there is a need for technology to predict the function of the protein sequence. Enzyme Commission (EC) numbers are becoming markers that distinguish the function of the sequence. In particular, many researchers are researching various methods of predicting the EC numbers of protein sequences based on deep learning. However, as studies using various methods exist, a problem arises, in which the exact prediction result of the sequence is unknown. To solve this problem, this paper proposes an All Enzyme Commission (AEC) algorithm. The proposed AEC is an algorithm that executes various prediction methods and integrates the results when predicting sequences. This algorithm uses duplicates to give more weights when duplicate values are obtained from multiple methods. The largest value, among the final prediction result values for each method to which the weight is applied, is the final prediction result. Moreover, for the convenience of researchers, the proposed algorithm is provided through the AllEC web services. They can use the algorithms regardless of the operating systems, installation, or operating environment.

• 지능정보연구
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• 제13권2호
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• pp.55-68
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• 2007

분자 생물학(computational molecular biology) 분야에서 DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 다양한 방법으로 개선되어 왔다. 본 논문에서는 기존의 DNA 염기의 품질 정보(quality information)를 이용한 DNA 염기 서열 배치 방법을 개선하기 위하여 퍼지 논리 시스템(fuzzy logic system)과 DNA 염기 서열 단편의 특징을 적용한 품질 정보와 퍼지 추론 기법을 이용한 DNA 염기 서열 배치 알고리즘을 제안한다. 기존의 알고리즘은 Needleman-Wunsch가 제안한 전역 배치 알고리즘에 각 DNA 염기의 품질 정보를 적용하여 DNA 염기 서열 배치 점수를 계산하였다. 그러나 전체 DNA 염기의 품질 정보를 이용하여 계산하기 때문에 DNA 염기 말단 부분의 품질이 낮은 경우에는 DNA 염기 서열 배치 점수를 계산하는 과정에서 오차가 발생한다. 본 논문에서는 기존의 품질 정보를 이용한 알고리즘을 개선하여 DNA 염기 서열의 말단 부위의 품질이 낮은 경우에도 정확히 서열을 배치할 수 있도록 한다. 또한 DNA 염기 서열 단편의 길이와 낮은 품질의 DNA 염기 빈도를 퍼지 논리 시스템에 적용하여 DNA 염기 서열 배치 점수를 계산하는데 적용되는 매핑 점수 인자(parameter)를 동적으로 조정한다. 제안된 알고리즘의 성능 평가를 위해 NCBI(National Center for Biotechnology Information)의 실체 유전체 데이터를 받아 성능을 분석한 결과, 제안된 알고리즘이 기존의 품질 정보만을 이용한 알고리즘 보다 DNA 염기 서열 배치에 있어서 효율적임을 확인하였다.