• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제33권4호
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• pp.253-263
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• 2006

목 적: 본 연구에서는 EST Clustering 방법을 이용하여 이전의 연구에서 발굴한 B357 EST의 염기서열을 포함하는 유전자를 동정하고, 이 유전자의 발현을 생쥐의 난소와 정소를 포함한 여러 가지 조직들에서 살펴보고자 하였다. 연구방법: EST Clustering으로 얻어진 전체 염기서열을 5-day-ovary-specific gene-1 (5DOS1)이라고 명명하여 GenBank에 등록하였으며 (AY751521), northern blotting, real-time RT-PCR, in situ hybridization, western blotting, immunohistochemistry 등의 방법을 이용하여 생쥐 난소와 고환의 발달단계에 따라 그 발현양상을 관찰하였다. 결 과: 5DOS1의 전사체는 성장한 정소, 뇌, 근육에서 높게 발현하였으며, 난소의 경우에서는 원시난포시기부터 모든 난자에서 발현하였으며 특히 생후 5일째 높게 발현하였고 그 이후로는 점차 감소하였다. 반면 정소의 경우는 발달과 함께 계속 증가하였으며, 정모세포를 제외한 모든 발달단계별 정자에서 발현함을 관찰하였다. 결 론: 본 연구결과는 5DOS1에 대한 발견과 동정에 대한 첫 보고로써, 유전자 및 단백질이 생쥐의 난소 및 정소의 생식세포에서 발현하는 것을 관찰하였다. 앞으로 생식세포 발생 및 분화에 관련된 5DOS1의 기능에 대한 심층 연구가 더 필요하다고 사료된다.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권3호
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• pp.223-229
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• 1996

The genetic variation in Korean evening primorse (Oeothera odorata L.) populations was examiend to estimate the level of allozyme variation within populatons using starch gel electrophoresis. 7 of 13 loci (Adh, Est-1, Est-2, Mdh-2, Pgd-2, Pgm-1, and Idh) revealed (Ps=43.2%) were polymorphic. The mean number of alleles per locus (A) and polymorphic locus (Ap) for populations were 1.64 and 2.46, respectively. The effective number of alleles (Aep) within populations relatively was low ranging from 1.08 to 1.22 with a mean of 1.14. Within populations, the mean number of allele per polymorphic loci (Ap) was 2.46, the mean number of alleles per locus (A) was 1.64, and the mean genetic diversity was 0.093. About 2.7% of the total allozyme diversity resided among populations (Mean GST=0.0274). FIS, a measure of the deviation from random mating within 13 populations, was relative low (mean FIS=0.03636). The indirect estimate of gene flow, based on the mean GST, was high (Nm=8.88). Estimates of gene flow were consistent with low levels of genetic differentiation among populations.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.116-122
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• 2011

본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제24권4호
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• pp.209-218
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• 1986

유묘반응(幼苗反應)에서 벼멸구 생태형(生態型) 1에 저항성(抵抗性)인 수도품종(水稻品種)은 밀양(密陽) 30호(號), 청청(靑靑)벼, 밀양(密陽) 63호(號), 가야(伽倻)벼, 생태형(生態型) 2에는 밀양(密陽) 30호(號), 청청(靑靑)벼가, 생태형(生態型) 3에는 밀양(密陽) 63호(號)가 추청(秋晴)벼와같은 정도(程度)의 감수성(感受性) 반응(反應)을 보였으며 상풍(常豊)벼는 모든 생태형(生態型)에 감수성(感受性)이였다. 식이(食餌) 및 산란선호성(産卵選好性)에서 생태형(生態型) 1에 높은 선호율(選好率)을 보인 품종(品種)은 상풍(常豊)벼와 추청(秋晴)벼뿐이었지만 생태형(生態型) 2는 밀양(密陽) 3호(號)와 청청(靑靑)벼, 생태형(生態型) 3은 밀양(密陽) 63호(號)에서도 높은 선호율(選好率)을 보였다. 항충성(抗蟲性)에서 약충기간(若蟲期間)은 암컷이 길었으며, 유묘반응(幼苗反應)에서 감수성품종(感受性品種)인 것에서는 생태형(生態型) 1, 2, 3 모두가 더 길었다. 성충수명(成蟲壽命)은 약충기간(若蟲期間)에서 보여준 경향(傾向)과 반대(反對)이였다. 우화율(羽化率)은 밀양(密陽) 63호(號)에서의 생태형(生態型) 3을 제외(除外)하고 생태형(生態型) 1, 2, 3 모두 상풍(常豊)벼와 추청(秋晴)에서 높았으며, 단혈형암컷의 우화(羽化)가 많았고, 장혈형수컷은 거이 같은 비율(比率)로 발생(發生)되었다. 성충체중(成蟲體重)에서 생태형(生態型) 1은 상풍(常豊)벼와 추청(秋晴)벼에서 높았고 생태형(生態型) 2는 밀양(密陽) 30호(號)와 청청(靑靑)벼에서, 생태형(生態型) 3은 밀양(密陽) 63호(號)에서 추청(秋晴)벼에서와 같은 정도(程度)로 증가(增加)되었다. 산란수(産卵數)와 섭식량(攝食量)은 유묘반응결과(幼苗反應結果) 저항성(抵抗性)을 보인 품종(品種)에서 생태형(生態型) 1, 2, 3 모두 높았다. 생태형(生態型) 1의 차대밀도증식(次代密度增植)은 감수성품종(感受性品種)에서 높았지만 밀양(密陽) 63호(號)에서는 30일(日)에 조사(調査)된 것 보다 60일(日)에서 12배(倍)나 높은 증가(增加)를보였다. 현미(玄米)의 esterase isozyme은 상풍(常豊)벼와 추청(秋晴)벼에서 $Est\;{\beta}-1,\;Est\;{\beta}-3,\;Est\;{\beta}-5$ 영동대(泳動帶)가 검출(檢出)되었고 다른 품종(品種)에서는 $Est\;{\beta}-2,\;Est\;{\beta}-5,\;Est\;{\alpha}-1$파 음극(陰極)쪽에서 $Est\;{\alpha}-I$이 검출(檢出)되었다. 그러나 밀양(密陽) 30호(號)와 청청(靑靑)벼에서의 $Est\;{\beta}-5$는 밀양(密陽) 63호(號)와 가야(伽倻)벼에서 것보다 약(弱)하게 나타났다. 근단(根端)에서는 상풍(常豊)벼와 추청(秋晴)벼에서 $Est\;{\alpha}-2,\;Est\;{\beta}-2,\;Est\;{\beta}-4,\;Est\;{\beta}-5$가 검출(檢出)되었고 다른 품종(品種)에서는 $Est\;{\alpha}-1,\;Est\;{\beta}-1,\;Est\;{\beta}-3,\;Est\;{\beta}-5$가 검출(檢出)되었으며, $Est\;{\beta}-1,\;Est\;{\beta}-5$는 밀양(密陽) 63호(號)와 가야(伽倻)벼에서 보다 밀양(密陽) 30호(號)와 청청(靑靑)벼에서 더 약(弱)하게 나타났다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.80.2-81
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• 2003

Since hot peppers (Capsicum annuum L.) are getting reputation as an important source of vitamins, medicine and many other areas, consumption and cultivation is being increased in the world. In spite of this usefulness, so little attention has been given to the hot pepper plants. To date, less than 500 nucleotide sequences including redundancy has been identified in NCBI database. Therefore we started to EST sequencing project for initial characterization of the genome, because of the large genome size of hot pepper (2.7 3.3 ${\times}$ 109 bp), To date, a set of 10,000 non-redundant genes were identified by EST sequencing for microarray-based gene expression studies. At present, cDNA microarrays containing 4,685 unigene clones are used for hybridization labeled targets derived from pathogen infected and uninoculated leaf tissues. Monitoring of gene expression profiles of hot pepper interactions with soybean pustule pathogen (Xag；Xanthomonas axonopodis pv. glycine) will be presented.

• Molecules and Cells
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• 제24권3호
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• pp.409-415
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• 2007

The retinoblastoma (Rb) gene is one of the most important genes in cell cycle regulation and tumorigenesis. Homozygosity for a germ-line Rb mutation results in embryonic lethality and evokes developmental defects associated with inappropriate S-phase entry and high levels of apoptosis. Although Rb has been extensively studied, more target genes need to be identified and characterized to unravel the precise mechanism of Rb function. In order to identify Rb-regulated genes, we analyzed the gene expression profile of Rb-deficient mouse embryo fibroblasts (MEFs), and identified an unknown gene, RbEST47, that is transcriptionally upregulated in Rb-deficient MEFs. This gene is conserved from fruitfly to human. It is expressed in brain, lung, kidney, and testis, and is located on mouse chromosome 2. This region is syntenic to human chromosome 9q34.3, which frequently exhibits loss of heterozygosity in neoplastic diseases. RbEST47 was considerably down-regulated in immortalized cells, and showed cell cycle-dependent expression, suggesting important roles in S and/or G2.

• 원예과학기술지
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• 제28권6호
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• pp.1039-1050
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• 2010

당근은 서양뿐만 아니라 중국 및 한국과 같은 아시아 전역에서 요리로 많이 이용되는 유용한 작물 중 하나이다. 그러나 당근 종자 표면에는 모(毛)가 존재하고 이 종모는 발아율을 증가시키기 위해 제거해야 한다. 더욱이 종모 처리는 시간과 인력 및 자본의 소비와 같은 추가적인 손실을 동반하였다. 이러한 문제점을 방지하기 위해 단모종자를 이용하여 모형성과 관련된 유전자의 연구가 필요하다. 당근 종모의 발달은 2차 세포벽의 합성단계 동안 cellulose의 합성 과정과 연관되어 있음을 바탕으로, EST profiling을 통해 종모와 관련된 유전자를 탐색하고자 하였다. 당근 종모 형성에 관련된 유전자 발현을 조사하기 위해, 성숙 초기 단계의 단모종자 659-1개체와 유모종자 677-14개체를 이용하여 cDNA library를 구축하였다. 단모종자 659-1개체와 유모종자 677-14개체에서 확보된 EST 염기서열의 NCBI database BLASTX 분석을 통한 EST profiling 결과, 172개와 224개의 unigene은 이미 알려진 단백질 염기서열과 상동성을 보였으며 나머지 233개와 192개의 unigene은 확인되지 않는 유전자들이었다. EST는 추정되는 기능에 따라 16개의 category로 그룹화되었다. 전체 EST 중 29개의 unigene이 2차 세포벽 합성 단계 동안 cellulose의 합성 pathway상의 종모 형성을 조절하는 유전자로 추정되며, 실제로 종모 발달과 관련된 14개의 unigene이 유모종자 계통에서만 발견되었다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제17권2호
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• pp.229-234
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• 2008

We used serial analysis of gene expression (SAGE) approach to derive a profile of expressed genes of the posterior silk glands (PSG) and to create a reference for understanding gene cluster related to the mechanism of silk protein synthesis in the silkworm, Bombyx mori. We constructed a 3' SAGE library from the PSG of the fifth instar larvae of the silkworm. In total we obtained 2,406 SAGE tags, of which 682 were unique tags. Sorted by tag count number, 27 (4%) unique tags were significantly more abundant genes (ten or more times), whereas 445 (65%) unique tags were detected as single copies. The annotation of 682 unique SAGE tags revealed that 462 (68%) of the SAGE tag sequences represented known genes, whereas 220 (32%) of the tag sequences had no matches in SAGE map and silkworm EST databases. Of the 682 SAGE tags, the most abundant tag sequences were that of the fibroin light chain gene and the silk protein P25. In addition, we compared two relative abundance results of the SAGE and the EST approaches to verify whether their transcript quantitative aspects are significant or not. The comparative results of relative abundances of the fibroin H-, L- chain and P25 glycoprotein genes indicated that the quantitative approach based on SAGE tags is effective for quantitative cataloging and comparison of expressed genes in same organs. The SAGE tag information reported in this study would be useful for researchers in the field to analyze genes associated with silk processing mechanisms of insects.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2003년도 춘계 학술발표대회
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• pp.121-121
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• 2003

Expressed sequence tags (EST) are help to quickly identify functions of expressed genes and to understand the complexity of gene expression. To assist genetic study of the root development in Panax ginseng, which is one of the most important medicinal plant, expressed sequence tags (EST) analysis was carried out. We constructed a CDNA library using the 4-year Chunpoon root. Partial sequences were obtained from 3,841 clone. The ESTs could be clustered into 2,056 (64%) non-redundant groups. Similarity search of the non-redundant ESTs against public non-redundant databases of both protein and DNA indicated that 1,498 groups show similarity to genes of known function. These ESTs clones were divided into eighteen categories depending upon gene function. The most abundant transcripts were major latex protein (41), ribonuclease 2 (36), metallothionein 2(35). Our extensive EST analysis of genes expressed in 4-year Chunpoong root not only contributes to the understanding of the dynamics of genome expression patterns in root organ development but also adds data to the repertoire of all genomic genes.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권2호
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• pp.216-225
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• 2020

An esterase gene, estA1, was cloned from Alteromonas sp. 39-G1 isolated from the Beaufort Sea. The gene is composed of 1,140 nucleotides and codes for a 41,190 Da protein containing 379 amino acids. As a result of a BLAST search, the protein sequence of esterase EstA1 was found to be identical to Alteromonas sp. esterase (GenBank: PHS53692). As far as we know, no research on this enzyme has yet been conducted. Phylogenetic analysis showed that esterase EstA1 was a member of the bacterial lipolytic enzyme family IV (hormone sensitive lipases). Two deletion mutants (Δ20 and Δ54) of the esterase EstA1 were produced in Escherichia coli BL21 (DE3) cells with part of the N-terminal of the protein removed and His-tag attached to the C-terminal. These enzymes exhibited the highest activity toward p-nitrophenyl (pNP) acetate (C₂) and had little or no activity towards pNP-esters with acyl chains longer than C₆. Their optimum temperature and pH of the catalytic activity were 45℃ and pH 8.0, respectively. As the NaCl concentration increased, their enzyme activities continued to increase and the highest enzyme activities were measured in 5 M NaCl. These enzymes were found to be stable for up to 8 h in the concentration of 3-5 M NaCl. Moreover, they have been found to be stable for various metal ions, detergents and organic solvents. These salt-tolerant and chemical-resistant properties suggest that the enzyme esterase EstA1 is both academically and industrially useful.