• 제목/요약/키워드: domain sequence

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A Comparison of the Ability of Fungal Internal Transcribed Spacers and D1/D2 Domain Regions to Accurately Identify Candida glabrata Clinical Isolates Using Sequence Analysis

  • Kang, Min-Ji;Choi, Yoon-Sung;Kim, Sunghyun
    • 대한의생명과학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.430-434
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    • 2018
  • Candida glabrata is the second most prevalent causative agent for candidiasis following C. albicans. The opportunistic yeast, C. glabrata, is able to cause the critical bloodstream infections in hospitalized patients. Conventional identification methods for yeasts are often time consuming and labor intensive. Therefore, recent studies on sequence-based identification have been conducted. Recently, sequencing the D1/D2 domain of the large subunit ribosomal RNA gene and the internal transcribed spacers (ITS) 1 and ITS2 regions of the ribosomal DNA has proven useful for DNA-based identification of most species of fungi. In the present study, therefore, fungal ITS and D1/D2 domain regions were targeted and analyzed by DNA sequencing for the accurate identification of C. glabrata clinical isolates. A total of 102 C. glabrata clinical isolates from various clinical samples including bloodstream, catheterized urine, bile and other body fluids were used in the study. The results of the DNA sequence analysis showed that the mean standard deviation of species identity percent score between ITS and D1/D2 domain regions was $97.8%{\pm}2.9$ and $99.7%{\pm}0.46$, respectively. These results revealed that the D1/D2 domain region might be a better target for identifying C. glabrata clinical isolates based on DNA sequences than the ITS1 and ITS2 regions. However, in order to evaluate the usefulness of D1/D2 domain region for species identification of all Candida species, other Candida species such as C. albicans, C. tropicalis, C. dubliniensis, and C. krusei should be verified in further studies additionally.

CAZAC Sequence를 이용한 SC-FDE 시스템 설계 (Design of SC-FDE System Using CAZAC Sequence)

  • 강훈;임세빈;최형진
    • 한국통신학회논문지
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    • 제32권2A호
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    • pp.169-178
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    • 2007
  • 본 논문에서는 SC-FDE(Single Carrier with Frequency Domain Equalization) 시스템의 수신 성능을 최적화하기 위한 신호 구조와 수신기 설계 방안을 제안한다. 기존의 SC-FDE 시스템은 수신단에서 신호 복조를 위해 이용되는 파일럿 신호가 시간 영역에서 생성되기 때문에 주파수 영역 전력 분포가 불균일하여 채널 등화 과정에서의 오류를 발생시키며, 이는 수신기 성능 열화의 주요인으로 작용한다. 본 논문에서는 기존 방식의 단점을 보완하기 위해 시간과 주파수 영역 모두에서 전력 분포가 일정한 CAZAC(Constant Amplitude Zero Auto-Correlation) sequence를 응용하여 이를 반복하는 형태로 파일럿 신호를 생성함으로써 수신 성능을 향상시킬 수 있는 신호 구조를 설계하였으며, 이에 적합한 수신기 구조를 제시한다. 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 이동 무선 채널 환경에서 제안된 구조가 기존의 구조에 비해 프레임과 주파수 동기 그리고 채널 등화의 관점에서 더욱 우수한 성능을 보임을 입증하였다.

M시퀀스 신호를 이용한 로켓 추진기관 케이블 결함 위치 추정 기법 (Estimation Method of Cable Fault Location in Rocket Motors Using M-sequence Signals)

  • 손지홍
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제21권5호
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    • pp.84-92
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    • 2020
  • 본 논문은 M시퀀스 신호를 이용하여 로켓 추진기관의 케이블 결함 위치 추정 기법에 관한 논문이다. 케이블 내부 결함 위치를 추정하기 위해서 다양한 방법이 연구되어왔는데, 이 중에서 TDR(Time Domain Reflectometry), FDR(Frequency Domain Reflectometry), TFDR(Time-Frequency Domain Reflectometry) 등이 가장 널리 사용되어 왔다. 이 방법들은 케이블 결함 상태를 진단하기 위해 주로 사용되지만 사용자가 시험환경에 접근하여 수행해야하기 때문에 리스크가 매우 크다. 따라서 시험안전을 확보하고 기존의 방법 대비 동등 이상의 성능을 지니는 M시퀀스 신호를 이용한 케이블 결함 위치 추정 방법을 제안한다. 제안된 방법은 로켓 추진기관 시험에 사용되고 있는 DAS(Data Acquisition System)를 활용하도록 하고, 주로 물리량 계측에 이용되는 RG-58 케이블을 적용하여 기존의 방법인 TDR, TFDR과 비교하여 성능을 검증하였다. 시험 결과 40 m 이내 근거리 케이블 결함 추정에서는 기존의 방법보다 낮은 오차율을 나타났고, 50 m에서는 기존의 방법과 비슷한 오차율을 확인하였다. 따라서 무기체계에 사용되는 DAS를 활용하고 일반적으로 사용되는 M시퀀스 신호를 응용하여 작업자가 시험환경에 접근하지 않고 안전하게 케이블 결함을 추정할 수 있음을 확인하였다.

디지털 워터마킹을 위한 각종 시퀀스의 유사도 비교 (Comparison of Similarity to Digital Watermarking using Various Sequences)

  • 송상주;박두순;김선형
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제6권4호
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    • pp.21-29
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    • 2001
  • 본 논문에서는 웨이브릿 변환 알고리듬을 이용하여 영상을 다해상도 변환하고, 중간주파대역의 중요한 계수에 각종 워터마크 시퀀스를 삽입 후 이의 강인성을 유사도 비교를 통하여 측정한다. 웨이브릿 변환은 주파수 영역 특성과 공간 영역의 특성을 함께 갖고 있는 장점을 가지고 있으며, 워터마크로는 임의 난수, 가우시안 시퀀스, 카오스 시퀀스 그리고 소벨 시퀀스를 이용한다. 다양한 공격에 대하여 실험한 결과 카오스 시퀀스가 다른 시퀀스들에 비해 높은 유사도를 보임으로써 향후 워터마크 시퀀스로 사용하기에 적합함을 보인다.

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Lifting 기반 1D DWT 영역 상의 강인한 DNA 워터마킹 (A Robust DNA Watermarking in Lifting Based 1D DWT Domain)

  • 이석환;권기룡;권성근
    • 전자공학회논문지
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    • 제49권10호
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    • pp.91-101
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    • 2012
  • 개인 유전정보 또는 대용량 DNA 저장 정보의 보호와 GMO(Genetically Modified Organism) 저작권 보호를 위하여 DNA 서열 워터마킹 연구가 필요하다. 기존 멀티미디어 데이터 워터마킹에서는 강인성 및 비가시성에 대한 성능이 우수한 DCT, DWT, FMT(Fourer-Mellin transform) 등 주파수 기반으로 설계되어졌다. 그러나 부호 영역 서열의 주파수 기반 워터마킹은 아미노산 보존성을 유지하면서 변환 및 역변환을 수행하여야 하므로, 워터마크 삽입에 대한 상당한 제약을 가진다. 따라서 본 논문에서는 변이 강인성, 아미노산 보존성 및 보안성을 가지는 부호 영역 서열의 Lifting 기반 DWT 변환 계수를 이용한 워터마킹을 제안하며, 주파수 기반 DNA 서열 워터마킹에 대한 가능성을 제기한다. 실험 결과로부터 제안한 방법이 10%의 포인트 변이와 5%의 삽입 및 삭제 변이에 대한 강인성을 가지며, 아미노산 보존성 및 보안성을 가짐을 확인하였다.

Conditional Random Fields를 이용한 영역 행위 분류 모델 (A Domain Action Classification Model Using Conditional Random Fields)

  • 김학수
    • 인지과학
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    • 제18권1호
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    • pp.1-14
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    • 2007
  • 목적 지향 대화에서 사용자의 의도는 화행과 개념열의 쌍으로 구성된 영역 행위로 표현될 수 있다. 그러므로 지능적인 대화 시스템을 구성하기 위해서는 영역 행위를 정확히 파악하는 것이 매우 중요하다. 본 논문에서는 CRFs (Conditional Random Fields)를 이용하여 화행과 개념열을 동시에 결정하는 통계 모델을 제안한다. 편향 학습 문제를 피하기 위하여 제안한 모델은 어휘와 품사 같은 낮은 수준의 언어 자질을 입력 자질로 사용하며, 카이 제곱 통계량을 이용하여 불필요한 자질들을 제거한다. 일정 관리 영역에서 실험을 수행한 결과, 제안한 모델은 화행 분류 정착률에서 93.0%, 개념열 분류 정확률에서 90.2%의 좋은 성능을 보였다.

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Identification of a Protein Interacting with Human Nebulin SH3 Domain by Yeast Two-hybrid Screening

  • Lee, Min-A;Kim, Ji-Hee;Min, Byung-In;Park, Soo-Ho;Ko, Han-Suk;Kim, Chong-Rak
    • 대한의생명과학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.59-64
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    • 2001
  • Nebulin is an unusually large actin-binding protein specific to the skeletal muscle of vertebrates. The correlation of nebulin size with thin filament length have led to the suggestion that nebulin acts as a molecular ruler for the length of thin filaments. An SH3 domain occupies the C terminus of nebulin, in the sarcomeric Z-disk and is preceded by a 120-residue stretch containing multiple putative phosphorylation sites. SH3 domain mediates protein-protein interaction involved in the subcellular localization of proteins, cytoskeletal organization and signal transduction. However the binding partner and physiological role of nebulin SH3 domains remains unknown. Using the yeast two-hybrid system, we identified supervillin, an actin-binding protein, as a nebulin SH3 domain-interacting protein. The SH3 domain of nebulin binds to the sequence encoding amino acids 977 to 1335 of supervillin. But the sequence encoding amino acids 977 to 1335 displays weaker binding than the sequence encoding amino acids 977 to 1788.

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부호 제거기를 활용한 STDR/SSTDR 기법의 탐지 성능 개선 (Detection Performance Improvement of STDR/SSTDR Schemes Using Sign Eliminator)

  • 박소령
    • 한국통신학회논문지
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    • 제41권6호
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    • pp.620-627
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    • 2016
  • 이 논문에서는 STDR(sequence time-domain reflectometry)이나 SSTDR(spread-spectrum time-domain reflectometry) 방식에서 인가 신호 제거 기법을 사용하여 케이블의 고장 위치를 탐지할 때, 제거기 앞단에 부호기(sign detector)를 추가하여 복원된 부호를 제거하는 기법을 제안한다. 제안하는 방법은 케이블 선로나 측정 회로에 의해 변형된 신호를 수열의 형태로 복원시킨 후 제거하기 때문에 부호기를 쓰지 않은 경우보다 인가 신호 부분을 효과적으로 제거할 수 있고, 결과적으로 고장에 의한 반사 신호 부분의 탐지 성능을 향상시킬 수 있다. 특히, 원거리 고장에서 제안한 고장 탐지 기법이 기존의 기법에 비해 오탐지율을 크게 낮출 수 있음을 모의실험으로 보였다.

Sequence analysis of ORF4 gene of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) Korean isolate CNV-1

  • Park, Jee-yong;Lim, Bae-keun;Kim, Hyun-soo
    • 대한수의학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.294-300
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    • 1999
  • In this study PRRSV was isolated from serum of an infected pig and designated as CNV-1, ORF4 gene was sequenced, and the nucleotide sequence, deduced amino acid sequence and the amino acid sequence of the neutralizing domain was compared with other PRRSV Strains. ORF4 gene of the Korean isolate PRRSV CNV-1 was shown to be 537bp in length, which is the same as US strain ISU55 but 21bp longer than another US strain MN1b, and 15bp shorter than European strain LV. The homologies of the nucleotide sequences between the Korean isolate CNV-1 and the US strains ISU55, MN1b and European strain LV were 91.8%, 88.1%, 67.6%, respectively, and the homologies of the deduced amino acid sequences were 94.4%, 84.4%, 68.5%, respectively. The neutralizing domain of the CNV-1 was shown to be 36 amino acids in length which is the same as ISU55, MN1b, but 4 amino acids shorter than that of the neutralizing domain reported in LV. The homologies of the amino acid sequences of the neutralizing domain between the Korean isolate CNV-1 and the US strains ISU55, MN1b and European strain LV were 92.5%, 85%, 57.5%, respectively. The molecular characteristics of ORF4 gene of the Korean isolate PRRSV CNV-1 shown in this study suggests that the CNV-1 is genetically closer to the US strains. Also the wide variation of the neutralizing domain between the CNV-1 and LV suggests that there is substantial immunogenic variation between the two strains.

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