Several methods for rapid and accurate detection of VTe-producing E coli were established. These methods contain beta-glucuronidase-secretion test, beta-haemolysis-production test in blood agar, verocytotoxicity test, and PCR. All of the VTe-producing strains made beta-haemolysis on 5% sheep blood agar. VTe-producing strains secreted beta-glucuronidase whereas 0157:H7 strains producing VTI or VTII did not secrete that enzyme. Verocytotoxicity test was established for rapid diagnosis. VTe detection was rapider in Vero cell suspension than Vero cell monolayer. In PCR, there was a positive result only in VTe-producing E coli, not in VTI or VTII-producing E coli. In this experiment, 165 strains of E coli were islated from feces or intestinal contents of post-weaning piglets showing nervous sign or diarrhea. And 20 strains of E coli that produced VTe were selected by verocytotoxicity test and PCR. According to these experiments, there was a direct correlation between verocytotoxicity test and PCR. And verocytotoxicity test is recommended as a routine diagnostic method and PCR does as a accurate diagnostic method to detect VTe-producing E coli.
Porcine Proliferative Enteropathy(PPE) is an infectious enteric disease and a major cause of economic loss in swine industry due to weight loss, poor growth and sudden death in growing and finishing pigs at 6 to 20 weeks of age. PPE has been diagnosed by clinical signs, syndrom and lesions in the intestine in Korea. However, the diagnostic method had several problems in the detection of infected or carrier pigs. Therefore, in this study, we established the polymerase chain reaction(PCR) which was a fast, specific and sensitive method for identification of Lawsonia intracellularis (L intracellularis). We designed and synthesized primer on the 16S rDNA and p78 gene encoding L intracellularis. Specificity of the method was confirmed by comparison of the PCR results using other enteric bacteria and the study has shown that PCR method was sensitive to detect 1ng of genomic DNA as a template. Identity of the PCR products was confirmed by comparison of pattern of restriction endonuclease analysis with restriction enzyme Hae III and Pst I. Also, the PCR method was applicable to the naturally affected pigs with PPE. Based on the results from this study, the PCR method could be used as a fast and specific diagnostic tool for PPE.
Mo, Jongseo;Angelichio, Michael;Gow, Lisa;Leathers, Valerie;Jackwood, Mark W.
Journal of Veterinary Science
/
제23권2호
/
pp.21.1-21.7
/
2022
Newcastle disease (ND), infectious laryngotracheitis (ILT) and avian metapneumovirus (aMPV) can be similar making it critical to quickly differentiate them. Herein, we adapted pre-existing molecular-based diagnostic assays for NDV and ILTV, and developed new assays for aMPV A and B, for use under synchronized thermocycling conditions. All assays performed equivalently with linearity over a 5 log10 dynamic range, a reproducible (R2 > 0.99) limit of detection of ≥ 10 target copies, and amplification efficiencies between 86.8%-98.2%. Using biological specimens for NDV and ILTV showed 100% specificity. Identical amplification conditions will simplify procedures for detection in diagnostic laboratories.
새로 개발되거나 혹은 기존의 어떤 진단검사를 다양한 임상상황에 적용하기 위해서는 먼저 이들 검사법의 진단적 정확도를 추정하는 연구가 반드시 선행되어야 한다. 진단의 정확도에 대한 추정치를 모른다면 검사결과를 해석하는 것이 불가능하기 때문이다. 특히 동일한 개체에서 감염부위별로 3개 이상의 시료를 얻어 진단검사를 적용하는 경우 각 시료의 검사결과는 독립적인 측정시료가 아니라 개체내에서 연관성이 매우 높은 종속적인 시료에 해당 한다. 즉 동일한 개체에서 얻은 시료일수록 검사결과에서 유사한 반응을 보이며 이 경우 분석의 단위는 각각의 개체가 아니라 검사부위가 되는데 이는 의학연구에서 매우 흔하다. 본 연구에서는 Helicobacter 균에 의한 감염을 검출하기 위하여 동일한 개로부터 위의 해부학적 구조상 pyloric antrum, body 및 cardia의 생검시료에 대하여 urease 검사와 PCR 검사를 적용하여 각 검사의 진단적 정확도를 추정하였다. urease 검사의 민감도와 특이도는 0.74 (95% 신뢰구간: 0.64-0.84)와 0.87 (95% 신뢰구간: 0.67-1.00)이었으며 PCR 검사의 민감도와 특이도는 0.95 (95% 신뢰구간: 0.89-1.00)와 0.90 (95% 신뢰구간: 0.70-1.00)로 두 검사의 특이도는 높은 것으로 나타났다. 그러나 PCR 검사에 비하여 urease 검사의 경우 가음성 (false negative)의 가능성이 높기 때문에 진단결과에 대한 신중한 해석이 요구된다.
Gopal, Dhayaalini Bala;Lim, Chua Ang;Khaithir, Tzar Mohd Nizam;Santhanam, Jacinta
한국미생물·생명공학회지
/
제45권4호
/
pp.358-364
/
2017
Asymmetric PCR preferentially amplifies one DNA strand for use in DNA hybridization studies. Linear-After-The-Exponential-PCR (LATE-PCR) is an advanced asymmetric PCR method which uses innovatively designed primers at different concentrations. This study aimed to optimise LATE-PCR parameters to produce single-stranded DNA of Candida spp. and Aspergillus spp. for detection via probe hybridisation. The internal transcribed spacer (ITS) region was used to design limiting primer and excess primer for LATE-PCR. Primer annealing and melting temperature, difference of melting temperature between limiting and excess primer and concentration of primers were optimized. In order to confirm the presence of single-stranded DNA, the LATE-PCR product was hybridised with digoxigenin labeled complementary oligonucleotide probe specific for each fungal genus and detected using anti-digoxigenin antibody by dot blotting. Important parameters that determine the production of single-stranded DNA in a LATE-PCR reaction are difference of melting temperature between the limiting and excess primer of at least $5^{\circ}C$ and primer concentration ratio of excess primer to limiting primer at 20:1. LATE-PCR products of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis and Aspergillus terreus at up to 1:100 dilution and after 1 h hybridization time, successfully hybridised to respective oligonucleotide probes with no cross reactivity observed between each fungal genus probe and non-target products. For Aspergillus fumigatus, LATE-PCR products were detected at 1:10 dilution and after overnight hybridisation. These results indicate high detection sensitivity for single-stranded DNA produced by LATE-PCR. In conclusion, this advancement of PCR may be utilised to detect fungal pathogens which can aid the diagnosis of invasive fungal disease.
Eucalyptus dieback disease, caused by Cylindrocladium scoparium, has occurred in last few years in large Eucalyptus planting areas in China and other countries. Rapid, simple, and reliable diagnostic techniques are desired for the early detection of Eucalyptus dieback of C. scoparium prior to formulation of efficient control plan. For this purpose, three PCR-based methods of nested PCR, multiplex PCR, loop-mediated isothermal amplification (LAMP) were developed for detection of C. scoparium based on factor 1-alpha (tef1) and beta-tubulin gene in this study. All of the three methods showed highly specific to C. scoparium. The sensitivities of the nested PCR and LAMP were much higher than the multiplex PCR. The sensitivity of multiplex PCR was also higher than regular PCR. C. scoparium could be detected within 60 min from infected Eucalyptus plants by LAMP, while at least 2 h was needed by the rest two methods. Using different Eucalyptus tissues as samples for C. scoparium detection, all of the three PCR-based methods showed much better detection results than regular PCR. Base on the results from this study, we concluded that any of the three PCR-based methods could be used as diagnostic technology for the development of efficient strategies of Eucalyptus dieback disease control. Particularly, LAMP was the most practical method in field application because of its one-step and rapid reaction, simple operation, single-tube utilization, and simple visualization of amplification products.
Brachyspira (B.) hyodysenteriae is a causative agent of swine dysentery that is responsible for death and economic losses in the pig industry. It is imperative that clinical samples be delivered fresh for accurate diagnosis. The viability and DNA detection of B. hyodysenteriae using lab-made (phosphate buffered saline and modified tryptic soy broth) or commercial transport media (C, D, and E) were compared by culturing and real-time PCR at $4^{\circ}C$ or room temperature (RT), respectively. B. hyodysenteriae grown in D (Anaerobe Systems, USA) and E (Starplex Scientific, Canada) media was viable for 4 days at $4^{\circ}C$ and RT. However, B. hyodysenteriae in A, B, and C (culture swab; BD Biosciences, USA) media were not recovered after 2 days at RT. Ct values for real-time PCR at $4^{\circ}C$ and RT ranged from $27.2{\pm}2.1$ (C) to $29.6{\pm}0.5$ (B), and $28.0{\pm}0.9$ (E) to $30.2{\pm}1.5$ (B), respectively. Considering the field conditions, it is important that transport media is used for specimen isolation and PCR to obtain an accurate diagnosis of swine dysentery.
In this study, we developed a cost and time saving one-step multiplex RT-PCR for the simultaneous detection and differentiation of swine influenza viruses (SIV) and 2009 pandemic influenza H1N1 virus (pH1N1). The one-step multiplex RT-PCR using four sets of primer was confirmed to be capable of detection of all SIV subtypes and differential diagnosis of major SIV subtype H1, H3 and pH1N1 on individual or mixed viral culture samples. The sensitivity of the multiplex RT-PCR was determined to be at least $2^{-6}$$HA/25{\mu}L$ of the presented SIVs, providing sufficient efficacy for a routine SIV monitoring in diagnostic laboratories. In addition, compared with the conventional RT-PCR methods that cannot avoid the carryover DNA contamination, the developed RT-PCR applied with the uracil DNA glycosylase (UNG) system was proven to prevent a false positive reaction by carryover contamination of the pre-amplified DNA. In conclusion, the one-step RT-PCR with UNG system could be applicable to detect and differentiate of SIV from the viral cultures without worry of carryover DNA contamination in clinical laboratories.
Human Aichivirus A1 (HuAiV-A1) is a waterborne human pathogenic virus classified as Picornaviridae and Kobuvirus. In this study, we developed a method that can detect about 35 minutes faster with the same detection sensitivity level than the previously reported HuAiV-A1 diagnostic RT-PCR primer. The RT-PCR primer sets developed in this study are capable of detecting HuAiV-A1 at a level of about 100 ag and formed 563 bp amplification product. In addition, the RT-nested PCR method was able to amplify 410 bp using the RT-PCR product as a template. The detection sensitivity of our method was 10 times higher than the method with the highest detection sensitivity to date. Therefore, the detection method of HuAiV-A1 developed in this study is expected to be used in the water environment in which a small amount of virus exists. Also, this detection method is expected to be used as HuAiV-A1 diagnostic technology in both clinical and non-clinical field.
Mycobacterium paratuberculosis is the etiologic agent of Johne's disease, a chronic inflammatory bowel syndrome in ruminants. The attempts to control or eradicate the disease were severely hampered by the inadequacies of present diagnostic methods. The first purpose of this study was to detect Johne's disease out of 577 cows in the province of Kyunggi, Chungchong, Gangweon and the second purpose was to compare the results of non-absorbed ELISA, absorbed ELISA, PCR, and conventional culture methods. The third purpose was to increase diagnostic specificity, accuracy and rapidity. When non-absorbed ELISA test was conducted with Mycobacterium paratuberculosis antigen, the prevalence of positive was 10.9%. To increase diagnostic specificity, absorbed ELISA test with Mycobacterium phlei was used. In this test, the positive prevalence was 1.7%. For the specific detection of Mycobacterium paratuberculosis, PCR was applied to bacterial culture obtained from fecal samples of cattle. The DNA sequences derived from IS900 were used to prepare DNA primers for detection and identification of Mycobacterium paratuberculosis by PCR. PCR for M paratuberculosis isolated from fecal cultures amplified specific target DNA. PCR was much more rapid than that obtained by conventional culture technique in diagnosis of Johne's disease.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.