• 한국해양학회지:바다
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• 제17권3호
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• pp.160-180
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• 2012

본 연구는 메타게놈 분석법을 기초로 낙동강 하류 담수 환경의 물금과 기수 환경의 을숙도대교 정점에서 채수된 환경 시료내의 진핵 플랑크톤 종다양성 및 군집 구조를 비교 분석하고자 하였다. 수환경 시료에서 추출된 DNA에 대한 environmental Polymerase Chain Reaction(PCR)을 수행하여 18S rDNA 클론라이브러리를 구축하였고, colony PCR, PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP), 염기서열 결정 및 유사도 분석을 통하여 종다양성을 분석하였다. 물금 및 을숙도대교 정점에서 338개의 클론들을 분석하였고(170 clones, 물금; 168 clones, 을숙도대교), 그 결과 총 74개의 phylotype을 발굴하였다(49개, 물금; 25개, 을숙도대교). 발굴된 phylotype에 대한 계통 분석 결과, Stramenopiles, Cryptophyta, Viridiplantae, Alveolata, Rhizaria, Metazoa 및 Fungi 등의 분류군에 속하는 다양한 생물종이 발굴되었으며, 국내 미기록종 및 신종 후보 가능 생물종과 속(genus)이상의 새로운 분류학적 처리가 필요한 생물종의 존재를 확인하였다. 특히 Stramenopiles의 Pirsonia 및 Alveolata의 Perkinsea에 속하는 phylotypes 등 국내 미기록 생물종을 포함한 숨은 종다양성(cryptic species diversity)의 발굴은 분자모니터링 기법이 낙동강 하구역 수생태계 변화 모니터링을 위한 새로운 유용한 생물학적 정보를 제공할 수 있음을 제시하고 있다.

• 한국음향학회지
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• 제23권8호
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• pp.554-561
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• 2004

반도체 기술과 멀티미디어 통신기술이 발달하면서 고품위 영상과 다중 채널의 오디오에 관심을 갖게 되었다. MPEG 오디오 계층 3 디코더는 표준안에 기반을 둔 프로세서로써 기존에 많이 구현되어 있다. MPBG-1오디오 계층3 디코더의 합성필터는 디코더 전체에서 가장 많은 연산을 필요로 하기 때문에 고속 프로세서를 설계하기 위해서는 연산량을 줄일 수 있는 새로운 방식의 합성필터를 필요로 한다. 따라서 본 논문에서는 MPEG-1 오디오 계층 3의 핵심부분인 합성필터 부분을 DALUT (distributed arithmetic look-up table)방식을 이용하여 FPGA (Field Programmable Gate Array)에 구현하였다. 고속 필터를 설계하기 위해서 승산기 대신에 DALUT방식을 사용하였고, 파이프라인 구조를 사용하였으며, 데이터를 코사인 함수와 곱셈한 결과를 테이블로 만듦으로써 곱셈기를 제거하여 30%의 성능향상을 얻었다. 본 논문에서의 하드웨어 설계는 모두 VHDL (VHSIC Hardware Description Language)로 기술하였다. VHDL 시뮬레이션은 ALDEC사의 Active-HDL 6.1과 Model-sim 및 합성은 Synplify Pro 7.2v을 사용하였다. 대상 라이브러리는 XILINX사의 XC4010E, XC4020BX, XC4052 XL, P&R 툴은 XACT Ml.4를 사용하여 구현하였다. 구현된 프로세서는 20MHz∼70MHz사이에서 동작한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제47권3호
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• pp.218-226
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• 2020

유전체 정보가 공공 데이터베이스 내에 빠르게 축적이 되면서 유전체 데이터의 활용도를 높이기 위한 재가공 기술과 공유 기술이 지속적으로 중요해지고 있다. 특히 분자육종을 가속화하기 위해서 다양한 목적에 맞는 분자 마커 개발이 중요하다. 본 연구는 이러한 요구를 해소하기 위해 유전자 단위에서 haplotype을 기본단위로 구분하고 해당 유전자의 haplotype을 대변하는 tag-SNP를 선발하여 분자 마커 등을 개발하는데 사용할 수 있도록 관련 정보를 웹 사이트를 통해서 제공하고자 웹 데이터베이스를 구축하였다. 본 연구를 통해 선발된 각 tag-SNP는 하나의 유전자를 대변할 수 있고, 각 유전자의 haplotype을 구분할 수 있으며, 해당 유전자의 염색체 내 위치 정보, non-synonymous SNP의 정보를 담고 있다. 따라서 기존 무작위 방식으로 선발되어 사용되던 SNP에 비하여 정보력이 높은 tag-SNP를 활용해서 haplotype block을 확장할 수 있을 것이다. Haplotype의 기본 단위를 유전자로 설정함으로써 집단이 바뀜에 따라 발생하는 SNP의 유무, LD block의 크기 등이 변하는 문제점을 극복하고, 표준화된 haplotype library 작성이 가능할 것이며 이는 또한 분자육종을 위한 분자 마커를 선발하는데 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제42권2호
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• pp.27-36
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• 2005

년 논문에서는 MPEG과 JPEG, H.26X 계열 등의 DCT-기반 영상/비디오 컨텐츠에 효과적인 암호화 방법을 제안하였고, 이를 최적화된 하드웨어로 구현하여 고속동작이 가능하도록 하였다. 영상/비디오의 압축, 복원 및 암호화로 인한 많은 연산량을 고려하여 영상의 중요한 정보(DC 및 DPCM계수)만을 암호화 대상 데이터로 선정하여 부분 암호화를 수행하였다. 그 결과 암호화에 소요되는 비용은 원 영상 전체를 암호화하는 비용이 감소하였다. 여기서 Nf는 GOP내의 프레임수이고 PI는 B와 P 프레임에 존재하는 인트라 매크로블록의 수이다. 암호화 알고리즘으로는 다중모드 AES, DES, 그리고 SEED를 선택적으로 사용할 수 있도록 하였다. 제안한 암호화 방법은 C++로 구현한 소프트웨어와 TM-5를 사용하여 약 1,000개의 영상을 대상으로 실험하였다 그 결과 부분 암호화된 영상으로부터 원 영상을 추측할 수 없어 암호화 효과가 충분함을 확인하였으며, 이 때 암호화에 의한 압축률 감소율은 $1.6\%$에 불과하였다. Verilog-HDL로 구현한 하드웨어 암호화 시스템은 하이닉스 $0.25{\mu}m$ CMOS 팬텀-셀 라이브러리를 사용하여 SynopsysTM의 디자인 컴파일러로 합성함으로써 게이트-수준 회로를 구하였다. 타이밍 시뮬레이션은 CadenceTM의 Verilog-XL을 이용해서 수행한 결과 100MHz 이상의 동자 주파수에서 안정적으로 동작함을 확인하였다. 따라서 제안된 암호화 방법 및 구현된 하드웨어는 현재 중요한 문제로 대두되고 있는 종단간(end-to-end) 보안에 대한 좋은 해결책으로 유용하게 사용될 수 있으리라 기대된다.

• 전자공학회논문지SC
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• 제44권1호
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• pp.85-93
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• 2007

본 논문에서는 다수의 병렬 입.출력 환경을 위한 높은 노이즈 마진을 갖고 있는 LVDS I/O 회로를 소개한다. 제안된 LVDS I/O회로는 송신단과 수신단으로 구성되어 있으며 송신단 회로는 차동위상 분할기와 공통모드 피드백(common mode feedback)을 가지고 있는 출력단으로 이루어져 있다. 차동위상 분할기는 SSO(simultaneous switching output) 노이즈에 의해 공급전압이 변하더라도 안정된 듀티 싸이클(duty cycle)과 $180^{\circ}$의 위상차를 가진 두 개의 신호를 생성한다. 공통모드 피로백을 가지고 있는 출력단 회로는 공급전압의 변화에 상관없이 일정한 출력전류를 생성하고 공통모드 전압(common mode voltage)을 ${\pm}$0.1V 이내로 유지한다. LVDS 수신단 회로는 VCDA(very wide common mode input range differential amplifier)구조를 사용하여 넓은 공통 입력전압 범위를 확보하고 SSO 노이즈에 의한 공급 전압의 변화에도 안정된 듀티 싸이클(50% ${\pm}$ 3%)을 유지하여 정확한 데이터 복원이 가능하다. 본 논문에서 제안한 LVDS I/O 회로는 0.18um TSMC 라이브러리를 기본으로 하여 설계 되었으며 H-SPICE를 이용하여 시뮬레이션 하였다.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제44권4호
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• pp.43-54
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• 2007

본 논문에서는 실시간 처리를 위한 얼굴 검출 알고리즘의 하드웨어 엔진을 설계하고 검증하였다. 얼굴 검출 알고리즘은 주어진 이미지에서 학습된 얼굴의 특징데이터를 통하여 얼굴의 대략적인 위치를 찾는 연산을 수행한다. 얼굴 검출 알고리즘을 하드웨어 구조로 설계하기 위해 Integral Image Calculator, Feature Coordinate Calculator, Feature Difference Calculator, Cascade Calculator, Window Detector 등의 5 단계로 구조를 나누었으며, On-Chip Integral Image memory 와 Feature Parameter Memory를 설계하였다. 삼성전자의 S3C2440A 프로세서 칩과 Xilinx사의 Virtex4LX100을 이용하여 검증 플랫폼을 구축하고, CCD카메라를 통하여 실제 얼굴의 영상을 받아들여 얼굴 검출을 실시간으로 구동시켜 검증하였다. 설계된 하드웨어는 Virtex4LX100 FPGA를 타겟으로 합성 시에 3,251 LUTs 를 사용하고, 24MHz의 동작 속도에서 검색 윈도우의 이동 간격에 따라 프레임 당 1.96$\sim$0.13 초의 실행속도를 가진다. 그리고 매그나칩 0.25um ASIC 공정으로 제작 시 41만 게이트 (Combinational area 약 34.5만 게이트, Noncombinational area 약 6.5만 게이트)의 크기를 가지며, 100MHz의 동작 속도에서 프레임 당 0.5초 미만의 실행 속도로, 임베디드 시스템의 실시간 얼굴 검출 솔루션에 적합함을 보여준다. 실제 XF1201칩의 일부 모듈로 구현되어 동작함이 확인되었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권14호
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• pp.5907-5912
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• 2015

Purpose: To evaluate and update evidence for prognostic effects of kidney-sparing (KS) management and nephroureterectomy (NU) for upper tract urothelial carcinomas. Materials and Methods: Pubmed, Embase and the Cochrane Library were retrieved for the identification of comparative studies of kidney-sparing procedure and nephroureterectomy for upper tract urothelial carcinoma prior to December 2014. The data were extracted independently by 2 reviewers and the quality of the included studies was assessed. Review Manager 5.3 and STATA 13 were used to perform the meta-analysis. Results: Twenty-three observational studies including 1,587 KS and 3,996 NU were evaluated. The results of the meta-analysis showed that nephroureterectomy had no significant benefit with regard to intravesical recurrence (IRFS), metastasis (MFS), cancer specific survival (CSS) and overall survival (OS) except the total tumor recurrence (RFS) when compared with kidney sparing management. The respectively pooled outcomes were HR 1.36 (0.69-2.68, P=0.38) for IRFS, 1.09 (0.59-2.01, P=0.78) for MFS, 1.17 (0.77-1.79, P=0.47) for CSS, 1.50 (0.90-2.48, P=0.12) for OS and 1.61 (1.03-2.51, P=0.04) for RFS. Conclusions: On the whole, kidney-sparing management had equivalent prognostic effect on upper tract urothelial carcinoma as the standard nephroureterectomy except in tumor recurrence. However, the results should be interpreted with caution for lack of stage and grade stratification and multi-center randomized controlled trials are still needed to verify our results.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권7호
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• pp.3165-3172
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• 2012

Objective: Genetic polymorphisms in metabolic enzymes are associated with numerous cancers. A large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CYP2D6 gene have been reported to associate with cancer susceptibility. However, the results are controversial. The aim of this Human Genome Epidemiology (HuGE) review and meta-analysis was to summarize the evidence for associations. Methods: Studies focusing on the relationship between CYP2D6 gene polymorphisms and susceptibility to cancer were selected from the Pubmed, Cochrane library, Embase, Web of Science, Springerlink, CNKI and CBM databases. Data were extracted by two independent reviewers and the meta-analysis was performed with Review Manager Version 5.1.6 and STATA Version 12.0 software. Odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (95%CIs) were calculated. Results: According to the inclusion criteria, forty-three studies with a total of 7,009 cancer cases and 9,646 healthy controls, were included in the meta-analysis. The results showed that there was a positive association between heterozygote (GC) of rs1135840 and cancer risk (OR=1.92, 95%CI: 1.14-3.21, P=0.01). In addition, we found that homozygote (CC) of rs1135840 might be a protective factor for cancer (OR=0.58, 95%CI: 0.34-0.97, P=0.04). Similarly, the G allele and G carrier (AG + GG) of rs16947 and heterozygote (A/del) of rs35742686 had negative associations with cancer risk (OR=0.69, 95%CI: 0.48-0.99, P=0.04; OR=0.60, 95%CI: 0.38-0.94, P=0.03; OR=0.50, 95%CI: 0.26-0.95, P=0.03; respectively). Conclusion: This meta-analysis suggests that CYP2D6 gene polymorphisms are involved in the pathogenesis of various cancers. The heterozygote (GC) of rs1135840 in CYP2D6 gene might increase the risk while the homozygote (CC) of rs1135840, G allele and G carrier (AG + GG) of rs16947 and heterozygote (A/del) of rs35742686 might be protective factors.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권8호
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• pp.3403-3410
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• 2014

Context: Interest exits in whether TNF-alpha antagonists increase the risk of breast cancer and total malignancies in patients with rheumatoid arthritis (RA). Objectives: To analyze the risk of malignancies, especially breast cancer, in patients with RA enrolled in randomized control trials (RCTs). Methods: A systematic literature search for RCTs from 1 January 1998 to 1 July 2013 from online databases, such as PubMed, WILEY, EMBASE, ISI web of knowledge and Cochrane Library was conducted. Studies included RCTs that compared the safety of at least one dose of the five TNF-${\alpha}$ antagonists with placebo or methotrexate (MTX) (or TNF-${\alpha}$ antagonists plus MTX vs placebo plus MTX) in RA patients for more than 24 weeks and imported all the references into document management software EndNote${\times}6$. Two independent reviewers selected studies and extracted the data about study design, patients' characteristics and the type, number of all malignancies. Results: 28 RCTs from 34 records with 11,741 patients were analyzed. Of the total, 97 developed at least one malignancy during the double-blind trials, and breast cancer was observed in 17 patients (17.5% of total malignancies). However, there was no statistically significant increased risk observed in either the per protocol (PP) model (OR 0.65, 95%CI [0.22, 1.93]) or the modified intention to treat (mITT) model (OR 0.75, 95%CI [0.25, 2.21]). There were also no significant trend for increased risk of total malignancies on anti-TNF-${\alpha}$ therapy administered at approved doses in either model (OR, 1.06, 95%CI [0.64, 1.75], and OR, 1.30, 95%CI [0.80, 2.14], respectively). As to the two models, modified intention to treat model analysis led to higher estimation than per protocol model analysis. Conclusions: This study did not find a significantly increased risk of breast cancer and total malignancies in adults RA patients treated with TNF-${\alpha}$ antagonists at approved doses. However, it cannot be ignored that more patients developed malignancies with TNF-${\alpha}$ antagonists therapy compared with patients with placebo or MTX, in spite of the lack of statistical significance, so that more strict clinical trials and long-term follow-up are needed, and both mITT and PP analyses should be used in such safety analyses.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권8호
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• pp.3419-3424
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• 2014

Background: Our aim was to conduct a meta-analysis to compare the efficacy and safety of pemetrexed and docetaxel for non-small cell lung cancer (NSCLC). Materials and Methods: We systematically searched the Cochrane Library, PubMed, Embase, China Biology Medicine Database for randomized controlled trials (RCTs) comparing the efficacy and toxicities of pemetrexed versus docetaxel as a treatment for advanced NSCLC. We limited the languages to English and Chinese. Two reviewers independently screened articles to identify eligible trials according to the inclusion and exclusion criteria and assessed the methodological quality of included trials, and then extracted data. The meta-analysis was performed using STATA12.0. Results: Six RCTs involving 1,414 patients were identified. We found that there was no statistically significant differences in overall response rate, survival time, progression-free survival, disease control rate, and 1-2yr survival rate (p>0.050) but it is worthy of mention that patients in the pemetrexed arms had significantly higher 3-yr survival rate (P=0.002). With regard to the grade 3 or 4 hematological toxicity, compared with docetaxel, pemetrexed led to lower rate of grade 3-4 febrile neutropenia, neutropenia, and leukocyts toxicity (p<0.001). There was no significant difference in anemia between the two arms (p=0.08). In addition, pemetrexed led to higher rate of grade 3-4 thrombocytopenia toxicity (p=0.03). As for the non-hematological toxicities, compared with docetaxel, pemetrexed group had lower rate of grade 3-4 diarrhea and alopecia. Conclusions: Pemetrexed was almost as effective as docetaxel in patients with advanced NSCLC. At the same time, pemetrexed might increase the 3-yr survival rate. As for safety, pemetrexed led to lower rate of grade 3-4 febrile neutropenia, neutropenia, leukocytes, diarrhea and alopecia toxicity. However, it was associated with a higher rate of grade 3-4 thrombocytopenia.