• Journal of Animal Science and Technology
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• 제64권1호
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• pp.183-186
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• 2022

Lactiplantibacillus plantarum (L. plantarum) ST was isolated from De'ang pickled tea in Yunnan Province, China. The genomes of strain ST were fully sequenced and analyzed using the PacBio RS II sequencing system. Our previous study has shown that L. plantarum ST is a potential probiotic strain. It had strong tolerance in the simulated artificial gastrointestinal tract, and in the antagonism tests, this strain showed strong antibacterial activity. Therefore, as a probiotic, it may be used in animal breeding. L. plantarum ST genome was composed of 1 circular chromosome and 7 plasmids. The length of the whole genome was 3320817 bp, and the annular chromosome size was 3058984 bp, guanine + cytosine (G ± C) content (%) was 44.76%, which contained 2945 protein-coding sequences (CDS). This study will contribute to a further comprehensive understanding of L. Plantarum ST at the genomic level and provide a theoretical basis for its future application in animal breeding.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제51권6호
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• pp.719-726
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• 2013

Mitochondrial genomes have been extensively studied for phylogenetic purposes and to investigate intra- and interspecific genetic variations. In recent years, numerous groups have undertaken sequencing of platyhelminth mitochondrial genomes. Haplorchis taichui (family Heterophyidae) is a trematode that infects humans and animals mainly in Asia, including the Mekong River basin. We sequenced and determined the organization of the complete mitochondrial genome of H. taichui. The mitochondrial genome is 15,130 bp long, containing 12 protein-coding genes, 2 ribosomal RNAs (rRNAs, a small and a large subunit), and 22 transfer RNAs (tRNAs). Like other trematodes, it does not encode the atp8 gene. All genes are transcribed from the same strand. The ATG initiation codon is used for 9 protein-coding genes, and GTG for the remaining 3 (nad1, nad4, and nad5). The mitochondrial genome of H. taichui has a single long non-coding region between trnE and trnG. H. taichui has evolved as being more closely related to Opisthorchiidae than other trematode groups with maximal support in the phylogenetic analysis. Our results could provide a resource for the comparative mitochondrial genome analysis of trematodes, and may yield genetic markers for molecular epidemiological investigations into intestinal flukes.

• 미생물학회지
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• 제55권1호
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• pp.69-73
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• 2019

향장원료 개선을 위한 미생물 탐색 실험을 통하여 Marinobacter salarius HL2708#2을 제주도의 용암 해수 환경에서 분리하였다. 균주 HL278#2의 완전한 게놈 서열을 분석하였으며, 원형 염색체는 4,304,603 bp이고 57.21% G+C이고 플라스미드는 244,163 bp이고 53.14% G+C였다. 4,180개의 단백질 코딩서열이 과 49개의 tRNA와 18개의 rRNA 유전자와 함께 확인되었다. 균주 HL2708# 2의 게놈은 알콜, 말토덱스트린/전분 및 단당류 대사 유전자를 보유하고 있었다. 호염성 및 중금속 저항성을 담당하는 유전자와 방향족 및 알칸 계열 탄화수소를 대사하는 유전자를 가지고 있는 것으로 분석되었다. Marinobacter salarius가 질산염 및 아질산염 환원능력이 없다고 알려져 있는 것과 달리, HL2708#2 균주는 질산염/아질산염 환원 효소, 질산염/질산염 운반체 및 질산염 모노 옥시게나제를 가지고 있는 것으로 보아 세포 체외의 니트로알켄을 활용할 수 있는 능력을 가진 것으로 사료된다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.78-82
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• 2005

Three of the genus Pseudomonas (P. aeruginosa, P. putida, P. syringae) show highly different phenotypic characteristics among them. Two of the three members are pathogenic and the other is non-pathogenic. Comparative analyses of the complete genomes can elucidate the genomic similarities and differences among them. We analyzed the three genomes and the genes of them to reveal the degree of conservation of chromosomes and similarity of the genes. The 2-dimensional dot plot between the pathogenic P. aeruginosa and non-pathogenic P. putida shared higher portion of the nucleotide sequences than other two combinations. Comparison of the nucleotide compositions by calculating the genome-scale plot of G+C contents and GC skew showed the variation of location. Comparison of the metabolic capabilities using the functional classification of KEGG orthology revealed that the differences in the number of genes for the specific functional categories resulted in the phenotypic differences. Finally combination of the analyses using the protein homologs supported the evolutionary distance of the P. putida obtained from other genome-scale comparisons.

• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.219-221
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• 2017

Fusobacterium nucleatum는 그람 음성이면서, 절대 혐기성 및 막대 또는 가는 섬유 모양의 세균이다. F. nucleatum는 사람의 구강 내 정상세균총의 하나이고, 치주질환의 원인인자이면서 다양한 전신질환과도 연관성이 있다. F. nucleatum KCOM 1323 (= ChDC F317) 균주가 사람 치주질환 병소의 치은연하치면세균막에서 분리되었다. F. nucleatum KCOM 1323 균주 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.

• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.225-226
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• 2017

Streptococcus mitis는 그람 양성이면서, 통성 혐기성, 알파-용혈성 및 비운동성 구균이다. S. mitis는 인후, 비인두 및 구강내 정상세균총의 하나이고, 감염성 심내막염, 폐혈증 및 뇌수막염과 연관이 있다. KCOM 1350 (= ChDC B183) 균주가 사람 하악골 골수염 병소에서 분리되었다. S. mitis KCOM 1350 균주 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.

• 미생물학회지
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• 제52권3호
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• pp.388-390
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• 2016

부식산(humic acid)을 이용하여 저온에서 배양된 Pedobacter sp. PAMC 27299는 남극 바톤 반도(Barton Peninsula) King George Island의 해안가 이끼(moss debris)로부터 분리되었다. 본 연구에서는 Pedobacter sp. PAMC 27299의 유전체 서열을 해독하였으며 크기 6,147,290 bp, G+C 함량 40.54%의 PAMC 27299는 지구 온난화 관련 저온적응 부식산 분해 효소를 보유하는 것으로 확인되었다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 춘계학술발표회
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• pp.38-38
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• 2018

The genus Carduus (Asteraceae), containing ca. 90 species, is mainly distributed in Eurasia and Africa. Carduus species are one of the most hazardous invasive species, which causes serious environmental threats and biodiversity damages in North America. Thus, the member of Carduus are targeted for classical biological control in this region. Here, we provide the complete cp genome of Carduus crispus using next-generation sequencing technology. The size of cp genomes of C. crispus is 152,342 bp. It shows a typical quadripartite structure, consisting of the large single copy (LSC; 83,254 bp), small single copy (SSC; 18,706 bp), separated by a pair of inverted repeats (IRs; 25,191 bp). It contains 115 unique genes of which 21 genes duplicated in the IR regions. The cpSSR regions of Carduus species were searched through the complete chloroplast genome sequence using a tandem repeat search tool in Geneious with the parameters set to ${\geq}7$ mononucleotide repeats, ${\geq}4$ di- and trinucleotide repeats, and ${\geq}3$ tetra-, penta-, and hexanucleotide repeats. A total of 22 repeat motifs were identified, which may be useful for molecular identification of Korean Carduus species (C. cripus), and providing a guideline for its conservation.

• 미생물학회지
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• 제53권1호
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• pp.61-63
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• 2017

그람 음성이며 황색인 긴 막대 모양의 세균 Spirosoma montaniterrae $DY10^T$는 전라북도 덕유산에서 분리가 되었다. 이 세균의 세포는 감마선에 대해 12 KGy의 $D_{10}$값을 보이며 극단적인 감마선 저항성을 보였다. $DY10^T$ 균주의 완전한 게놈서열은 5,116개의 유전자, 39개의 tRNA 유전자를 포함하는 원형 염색체(5,797,678 bp)로 구성되었다. 유전체 특징은 감마선 및 UVC에 대응하는 주요 효소를 포함하였다.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.129-130
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• 2017

Streptococcus gordonii는 그람 양성이면서, 통성 혐기성, 및 비운동성 구균이다. S. gordonii는 사람의 구강 내 정상세균 총의 하나이고, 치면 생체막 형성의 선구적 세균 종이다. S. gordonii는 감염성 심내막염과 패혈성관절염 뿐만 아니라 유치의 치수염에 연관이 있다. S. gordonii KCOM 1506 (= ChDC B679) 균주가 사람 급성치수염 병소에서 분리되었으며 그 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.