Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) is a method that has been frequently used to survey the microbial diversity of environmental samples and to monitor changes in microbial communities. T-RFLP is a highly sensitive and reproducible procedure that combines a PCR with a labeled primer, restriction digestion of the amplified DNA, and separation of the terminal restriction fragment (T-RF). The reliable identification of T-RF requires the information of nucleotide sequences as well as the size of T-RF. However, it is difficult to obtain the information of nucleotide sequences because the T-RFs are fragmented and lack a priming site of 3'-end for efficient cloning and sequence analysis. Here, we improved on the T-RFLP method in order to analyze the nucleotide sequences of the distinct T-RFs. The first method is to selectively amplify the portion of T-RF ligated with specific oligonucleotide adapters. In the second method, the termini of T-RFs were tailed with deoxynucleotides using terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) and amplified by a second round of PCR. The major T-RFs generated from reference strains and from T-RFLP profiles of activated sludge samples were efficiently isolated and identified by using two modified T-RFLP methods. These methods are less time consuming and labor-intensive when compared with other methods. The T-RFLP method using TdT has the advantages of being a simple process and having no limit of restriction enzymes. Our results suggest that these methods could be useful tools for the taxonomic interpretation of T-RFs.
Li, Ning;Yang, Peilong;Wang, Yaru;Luo, Huiying;Meng, Kun;Wu, Nigfeng;Fan, Yunliu;Yao, Bin
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제18권3호
/
pp.410-416
/
2008
The gene SfXyn10, which encodes a protease-resistant xylanase, was isolated using colony PCR screening from a genomic library of a feather-degrading bacterial strain Streptomyces fradiae var. k11. The full-length gene consists of 1,437bp and encodes 479 amino acids, which includes 41 residues of a putative signal peptide at its N terminus. The amino acid sequence shares the highest similarity (80%) to the endo-1,4-${\beta}$-xylanase from Streptomyces coelicolor A3, which belongs to the glycoside hydrolase family 10. The gene fragment encoding the mature xylanase was expressed in Escherichia coli BL21 (DE3). The recombinant protein was purified to homogeneity by acetone precipitation and anion-exchange chromatography, and subsequently characterized. The optimal pH and temperature for the purified recombinant enzyme were 7.8 and $60^{\circ}C$, respectively. The enzyme showed stability over a pH range of 4.0-10.0. The kinetic values on oat spelt xylan and birchwood xylan substrates were also determined. The enzyme activity was enhanced by $Fe^{2+}$ and strongly inhibited by $Hg^{2+}$ and SDS. The enzyme also showed resistance to neutral and alkaline proteases. Therefore, these characteristics suggest that SfXyn10 could be an important candidate for protease-resistant mechanistic research and has potential applications in the food industry, cotton scouring, and improving animal nutrition.
Since the first success of animal cloning, somatic cell nuclear transfer presented various ideas in many research areas such as regenerative medicine. However, SCNT embryos has poor survival rate. Therefore, numerous researches carried out to enhance the developmental capability of porcine nuclear transfer embryos. Cytochalasin B, demecolcine, latrunculin A, cycloheximide and 6-dimethylaminopurine are efficient chemicals treated in post-activation procedure to increase the efficiency of SCNT. This review study is aim to investigate the effects of these chemicals applied to post-activation in porcine SCNT. Cytochalasin B, demecolcine, latrunculin A are cytoskeletal manuplators inhibit extrusion of pseudo-polar body. Cytochalasin B and demecolcine showed considerably higher blastocyst formation proportion (26-28%) compared to when they are not treated (16%). And when latrunculin A was treated for postactivation, blastocyst formation proportion was increased in SCNT embryos exposed to LA (38%) than those in control (14%). On the other hand, cycloheximide and 6-dimethylaminopurine are protein synthesis and kinase inhibitors. And they help to maintain $Ca^{2+}$ fluctuation in oocytes. Cleavage and blastocyst rates of NT embryos were increased when they were exposed to CHX (16.9% and 5.4% with no CHX).And 6-DMAP also showed higher blastocyst formation (21.5% compared to 15.7%, control). Although all these chemicals have different mechanisms, they showed developmental competence enhancement in NT embryos. However, there are only few studies comparing each chemical's post-activation effect. Therefore, further research and study should be conducted to find optimal chemical for improving the efficiency of SCNT.
본 연구에서는 돼지의 체지방을 감소시키고 성장을 촉진시키는 인자인 PGH를 cloning하여 이 유전자를 외래 유전자의 발현이 유도적으로 조절되는 Tet system에 도입하고자 하였다. 또한 유전자의 발현이 turn on되었을 때 그 발현 정도를 최대화하기 위하여 WPRE 서열을 도입하였다. 구축된 각각의 vector는 retrovirus 생산 세포주에 도입하여 virus를 생산하였으며 이를 여러 종류의 표적세포에 감염시켜서 PGH 유전자의 발현을 확인한 결과, 1×10/sup 6/ 세포에서 350∼2,100 ng의 PGH가 분비되었으며 특히 PFF 세포에서 가장 높은 발현을 나타내었다. Tet system에 도입된 PGH의 발현이 유도적으로 조절되는지를 PFF 세포에서 확인한 결과, 유도 효율이 2∼6배로 나타났으며 WPRE 서열이 rtTA 유전자의 downstream에 위치한 조건에서 가장 높은 유도 효율을 나타내었다. 이러한 PGH 유전자의 유도적인 발현의 조절은 고급육 생산의 형질전환 돼지 연구에 있어서 가장 큰 문제점이 되는 PGH 유전자의 과다한 발현에 의한 생리적인 부작용을 최소화할 수 있는 해결 방안으로 제시될 수 있을 것이다.
Several gene delivery therapies are being developed for treatment of serum protein deficiency. EPO is one of the most promising therapeutic agent for this treatment which is currently being investigated in depth. This study has the ultimate purpose of improving the gene delivery system for an increase of red blood cell production. A plasmid DNA was constructed smaller than other plasmids for an increase in penetration into animal cells, and two genes were cloned into each vector as a co-delivery system to express erythropoietin, and interluekin-3 or thrombopoietin, which can act on erythroid cell, thus activating hematopoiesis synergically. This co-delivery system has an advantage of decreasing the labour required for industrial production of DNA vaccine. A new plasmid vector, pVAC, in size 2.9 kb, was constructed with the essential parts from PUC 19 and pSectagB, which is much smaller than other plasmid vector and is the size of 2.9 kb. Co-delivery system was constituted by cloning human erythropoietin with each of human interluekin-3 gene or human thrombopoietin gene into both pVAC and pSectagB. As a result, the transfection efficiency of pVAC was higer than that of pSectagB in vitro, and hematocrit level of the mice injected with pVAC is higher than that of other mice. And co-delivery system, made of several plasmid DNAs, was expressed in vitro.
Somatic cells nuclear transfer (SCNT) is a useful tool in studies of developmental biology and animal cloning. However, SCNT experiments only are allowed to skilled technical experts. In this experiment, laser-assisted zona pellucida piercing tool (LASER) was applied in murine SCNT. LASER minimized the use of piezo-driven micromanipulator (PIEZO), reducing chances of problems caused by PIEZO pulses. LASER reduced time that took to pierce zona pellucida in removal of nucleus from oocyte and somatic cell injection, which might have taken longer time with PIEZO. Time and difficulties that took researcher of equivalent skilled for their experiments were decreased with LASER, and this might affect the improvement of embryonic development. (LASER, 6.2% versus PIEZO, 2.9%; P<0.05). Thus, these data support that the use of LASER can be used for zona pellucida piercing in murine SCNT program as an alternative to PIEZO.
Somatic cell nuclear transfer (SCNT) is a useful tool for reproducing genetically identical animals or producing transgenic animals. Many reports have demonstrated that the efficiency of animal cloning by SCNT requires reprogramming of the somatic nucleus to a totipotent like-state. The SCNT-related reprogramming might mimic the natural reprogramming process that occurs during normal mammalian development. However, recent evidence indicates that the reprogramming event by SCNT is incomplete. In this study, the traditional SCNT procedure (TNT) was modified by injecting donor nuclei into recipient cytoplasm prior to the enucleation process to expose the donor nucleus before removing the karyoplast containing the chromosomes of the oocytes which might possess additional reprogramming factors, and this modified technique was named as reversing the usual order of SCNT (RONT). Other procedures including activation and in vitro culture were the same as TNT. Contrary to expectations, the rate of blastocyst development was not different significantly between RONT and TNT (8.6% and 7.9%, respectively). However, duration of micromanipulation performed by the same technician and equipments was remarkably reduced because the ruptured oocytes after nuclear injection were excluded from the enucleation process. This study suggests that RONT, a simplified SCNT protocol, shortens the duration of SCNT procedure and this less time-costing protocol may enable the researchers to perform murine SCNT easier.
An endo-${\beta}-1$,4-xylanase (${\beta}$-xylanase) from Trichoderma harzianum C4 was purified without cellulase activity by sequential chromatographies. The specific activity of the purified enzyme preparation was 430 units/mg protein on D-xylan. The complementary DNA (cDNA) encoding ${\beta}$-xylanase (xynII) was amplified by PCR and isolated from cDNA PCR libraries constructed from T. harzianum C4. The nucleotide sequence of the cDNA fragment contained an open reading frame of 663 bp that encodes 221 amino acids, of which the mature protein is homologous to several ${\beta}$-xylanases II. An intron of 63 bp was identified in the genomic DNA sequence of xynII. This gene was expressed in Saccharomyces cerevisiae strains under the control of adh1 (alcohol dehydrogenase I) and pgk1 (phosphoglycerate kinase I) promoters in 2 ${\mu}$-based plasmids, which could render recombinants able to secrete ${\beta}$-xylanase into the media.
본 연구에서는 vesicular stomatitis virus G glycoprotein (VSV-G)를 envelope로 가지는 pantropic retrovirus vector system을 이용하여 재조합 human FSH 유전자가 전이된 형질전환 닭을 생산하고자 하였다. Human FSH $\alpha$ 및 $\beta$ 유전자와 CTP linker는 human pituitary gland cDNA library에서 RT-PCR 방법을 이용하여 cloning하였으며, 각각의 fragment는 FSH$\beta$-CTP-FSH$\alpha$ 순서의 단일사슬로 연결하였다. 연결된 FSH$\beta$-CTP-FSH$\alpha$는 retroviral vector 내의 $\beta$-actin promoter의 조절 하에 도입한 후, PT67 packaging cell line에 transfection하여 virus를 생산하였으며 생산된 virus는 pantropic한 virus producing cell인 GP293에 infection하여 FSH 유전자가 도입된 virus를 생산하였다. FSH 유전자의 발현을 in vitro에서 확인하기 위하여 CHO (chinese hamster ovary) 세포에 virus를 감염시킨 후, 세포의 배양액을 취하여 electrochemilumine-scence immunoassay 방법으로 정량하였다. In vitro에서 전이 후 발현이 확인된 FSH 외래유전자의 retroviral vector virus를 초원심분리로 고농축하여 stageX의 계란의 배반엽 층에 주입하였으며, 그 결과 18%의 부화율과 91%의 부화한 닭의 유전자 전이율을 확인할 수 있었다. 전이된 유전자의 확인은 FSH$\beta$와 Neo 유전자에 대한 primer를 이용한 RT-PCR의 방법을 이용하였다. In vitro에서와는 달리 in vivo에서는 FSH 유전자의 전이는 확인되었으나 발현을 확인하지는 못하였는데, 이는 적은 수의 실험군이 형질전환율에 비해 상대적이지 못하였거나, 외래 유전자인 FSH의 발현에 의한 생리적인 부작용이 유발되어 해당개체가 부화되지 못한 것으로 추정된다. 본 문제점을 해결하기 위하여 실험군의 수를 늘리고 외래 유전자에 대한 controllable expression system이 보완될 필요성이 요구되며, 이러한 점이 해결된다면 높은 유전자 전이율에 기인하여 retrovirus를 이용한 형질전환 방법은 형질전환 가금의 생산에 있어서 매우 효율적이고 주목할 만한 방법으로 사료된다.
Lee, S. L.;J. G. Yoo;Park, G. J.;Lee, H. J.;S. Y. Choe
한국동물번식학회:학술대회논문집
/
한국동물번식학회 2001년도 발생공학 국제심포지움 및 학술대회 발표자료집
/
pp.62-62
/
2001
Development of effective activation protocols is of great importance for improving the success of cloning and subsequent transgenic. Three methods for oocyte activation, including 5μM ionomycin (5 min) alone, ionomycin+1.9 mM 6-dimetylaminopurine (DMAP, 3 hrs) and ionomycin+10㎍/㎖ cycloheximide(CHX, 3 hrs) were compared for their effects of pronuclei(PN) formation, development, developmental velocity and ploidy of parthenotes to IVF control in bovine. In group of ionomycin+DMAP, the oocytes having more 3 PN were significantly(P〈0.05) higher than in groups of ionomycin alone and of ionomycin+CHX (45.5% vs. 0 and 0%, respectively). Activation with the ionomycin alone, ionomycin+DMAP and ionomycin+CHX resulted in cleavage rates of 30, 85.5 and 57.9%, respectively. The blastocysts rate of parthenotes activated by ionomycin+DMAP treatment was significantly higher (12.3%, P〈0.05) than those of other treated groups. Chromosome analysis shows that ionomycin+DMAP treatment greatly increases the incidence of chromosomal abnormality of the parthenotes. When compared the developmental velocity at 24 hrs after insemination and activation, 27% eggs in IVF control and 55% in DMAP treatment out of total cleaved eggs developed to 2-cell stage, respectively. Developmental velocity of parthenotes activated by ionomycin +DMAP treatment was significantly (P〈0.05) faster than others. From the results, we may conclude that DMAP treatment to the oocytes accelerates developmental velocity resulting in both the higher incidence of chromosome abnormality and of PN formation suggesting that CHX combined with ionomycin is suitable DMAP for the purpose of successful nuclear transplantation.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.