MLS (macrolide-lincosamide-streptogramin B) 항생제 내성인자 단백질인 Erm 단백질들은 아미노산 서열 중 그 동일성과 유사성이 높아 구조적으로도 동등한 단백질의 한 집단을 형성한다. 최근 X-ray crystallography에 의해 구조가 결정된 ErmC\` 및 ErmAM 단백질의 구조에 근거하여 ErmSF 단백질도 catalytic domain과 substrate binding domain으로 구분하였고 N-terminal end에 존재하는 catalytic domain의 대량생산을 다양한 pET 발현 vector를 사용하여 시도하였다. 그리고 catalytic domain을 coding하는 DNA 절편은 세 종류를 사용하였다: DNA 절편 1은 Met 1부터 Glu 186까지를 coding하고 DNA 절편 2는 Arg 60부터 Glu 186까지의 정보를 가진 DNA이고 DNA 절편 3은 Arg 60부터 Arg 240까지를 encoding하는 DNA이다. 사용된 다양한 발현 vector중에서 pET19b는 DNA 절편 3, pET23b는 DNA 절편 1과 2를 성공적으로 대량생산하였다. 그러나 대량생산된 catalytic domain들은 불용성 단백질 집합체인 inclusion body를 형성하였다. ErmSF catalytic domain들의 용해성 단백질의 생산을 위하여 chaperone GroESL과 Thioredoxin의 동시 발현 및 배양온도를 $22^{\circ}C$로 낮추어 시도했으나 대량 발현된 단백질의 용해에는 도움을 얻지 못하였다.
This work reports studies of the catalytic and structural properties of pyridoxal kinase (ATP: pyridoxal 5' -phosphotransferase, EC. 2.7.1.35), Pyridoxal kinase catalyzes the phosphorylation of vitamin $B_6$ (pyridoxal, pyridoxamine, pyridoxine) using ATP-Zn as a phosphoryl donor. The enzyme purified from brain tissues is made up of two identical subunits of 40 kDa each. Native enzyme was inhibited by a substrate analogue, pyridoxal-oxime. Limited chymotrypsin digestion of pyridoxal kinase yields two fragments of 24 and 16 kDa with concomitant loss of catalytic activity. These fragments were isolated by DEAE ion exchange chromatography and used for binding studies with fluorescent ATP and pyridoxal analogues. The spectroscopic properties of both fluorescent pyridoxal analogue and Anthraniloyl ATP (Ant-ATP) bound to the 24 kDa fragment are indistinguishable from those of both pyridoxal analogue and Ant-ATP bound to the native pyridoxal kinase, respectively. The small 16 kDa fragment, generated by proteolytic cleavage of the kinase, does not bind any of the substrate analogues. Binding characteristics of Ant-ATP were extensively studied by measuring the changes in fluorescence spectra at various conditions. From the results presented herein, it is postulated that the structural domain associated with catalytic activity comprises approximately one-half of the molecular mass of pyridoxal kinase (24 kDa). whereas the remaining portion (16 kDa) of the enzyme contains a regulatory binding domain.
As the first step to elucidate the relationship between the structure and function of CTP:phosphocholine cytidylyltransferase (EC 2.7.7.15) in plants, the partial nucleotide sequence of soybean cytidylyltransferase cDNA was determined using a polymerase chain reaction (PCR). Degenerate oligonucleotide primers were synthesized from the conserved region revealed from the rat and yeast cytidylyltransferase DNA sequences. The catalytic domain region showed 78 and 76% homology with the rat and yeast amino acid sequences, respectivly. The hydropathy profile indicated that the C-terminal non-catalytic portion of the protein was very hydrophilic, and in the region between the catalytic domain and the C-terminal region, there was a large amphipathic $\alpha$-helical domain that was believed to bind the membrane surface in the active formation. There are 7 potential sites for phosphorylation by protein kinase C and 4 potential sites for phosphorylation by Ca2+/calmodulin kinase within the determined sequence.
Monoacylglycerol acyltransferase 1 (MGAT) is a microsomal enzyme that catalyzes the synthesis of diacylglycerol (DAG) and triacylglycerol (TAG). However, the subcellular localization and catalytic function domain of this enzyme is poorly understood. In this report, we identified that murine MGAT1 localizes to the endoplasmic reticulum (ER) under normal conditions, whereas MGAT1 co-localize to the lipid droplets (LD) under conditions of enriching fatty acids, contributing to TAG synthesis and LD expansion. For the enzyme activity, both the N-terminal transmembrane domain and catalytic HPHG motif are required. We also show that the transmembrane domain of MGAT1 consists of two hydrophobic regions in the N-terminus, and the consensus sequence FLXLXXXn, a putative neutral lipid-binding domain, exists in the first transmembrane domain. Finally, MGAT1 interacts with DGAT2, which serves to synergistically increase the TAG biosynthesis and LD expansion, leading to enhancement of lipid accumulation in the liver and fat.
Catalytic subunit of pyruvate dehydrogenase phosphatase (PDPc) has been suggested to have three major funational domains such as dihydrplipoamide adetyltransferase(E2)-binding domain, regulatory subunit of PDP(PDP)r-binding domain, and calcium-binding domain. In order to identify functional domains, recombinant catalytic subunit of pyruvate dehydrogenase phosphatase(rPDPc) was expressed in E. coli JM101 and purified to near homogeneity using the unique property of PDPc: PDPc binds to the inner lipoyl domain (L2) of E2 of ppyruvate dehydrogenase complex (PDC) in the presence of Ca+2, not under EGTA. PDPc was limited-proteolysed by typsin, chymotypsin, Arg-C, and elastase at pH 7.0 and 30C and N-terminal analysis of the fragments was done. Chymotrypsin, trypsin, and elastase made two major fragments: N-terminal large fragment, approx. 50kD and C-terminal small fragment, approx.10 kDa. Arg-C made three major fragments: N-terminal fragment, approx. 35kD, and central fragment, approx. 15 kD, and C-terminal fragment, approx. 10 kD. This study strongly suggest that PDPc consists of three major functional domains. However, further study should be necessary to identify the functional role.
GABA transminase (4-aminobutyrate aminotransferase), which catalyzes the breakdown of the major inhibitory neurotransmitter, GABA, in mammalian brain, was inactivated by preincubation with the mycotoxin patulin. The time course of the reaction was significantly affected by the substrate .alpha.-ketoglutarate, which aforded complete protection against the loss of catalytic activity. The recovery from the inhibition of patulin by the addition of dithiothreitol (DTT) supports that patulin reacts with the sulfhydryl residue in the catalytic domain of the enzyme. The reconstitution of the reduced enzyme and apoenzyme with pyridoxal-5-P(PLP) was inhibited by another mycotoxin, penicilic acid. This mycotoxin may interact with lysyl residue of the enzyme. Therefore, it is postulated that the critical sulfhydryl and lysyl residues in the catalytic domain of the enzyme react with mycotoxin patulin and penicillic acid, respectively.
Mitogen-activated protein kinases (MAPKs) are one of the most important enzymes in various cellular activities, and the MAPK signaling pathway is implicated in many disorders. MAPK phosphatases (MKPs) are regulators that contain a MAPK-binding domain (MBD) for MAPK recognition, and a catalytic domain (CD), for dephosphorylation and inactivation of MAPKs. Due to their crucial role in regulating the MAPK pathway, MKPs are regarded as a potential drug target in various diseases. Attempts have also been made to regulate the MAPK pathway by reducing the MKP activity. For drug development, it is important to understand the key features of MAPK-MKP complex formation. This review summarizes the studies on MAPK-MKP complexes, mainly focusing on their selective recognition and catalytic activation.
Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) regulate physiological processes by degrading ubiquitous intracellular second messengers, cAMP or cGMP. The first crystal structure of PDE4D catalytic domain and a bound inhibitor, zardaverine, was determined. Zardaverine binds to a highly conserved pocket that includes the catalytic metal binding site.(omitted)
Kim, Hye-Lim;Kim, Ae Hyun;Park, Mi Bi;Lee, Soo-Woong;Park, Young Shik
BMB Reports
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제46권1호
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pp.37-40
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2013
CY-007 and CY-049 pteridine glycosyltransferases (PGTs) that differ in sugar donor specificity to catalyze either glucose or xylose transfer to tetrahydrobiopterin were studied here to uncover the structural determinants necessary for the specificity. The importance of the C-terminal domain and its residues 218 and 258 that are different between the two PGTs was assessed via structure-guided domain swapping or single and dual amino acid substitutions. Catalytic activity and selectivity were altered in all the mutants (2 chimeric and 6 substitution) to accept both UDP-glucose and UDP-xylose. In addition, the wild type activities were improved 1.6-4.2 fold in 4 substitution mutants and activity was observed towards another substrate UDP-N-acetylglucosamine in all the substitution mutants from CY-007 PGT. The results strongly support essential role of the C-terminal domain and the two residues for catalysis as well as sugar donor specificity, bringing insight into the structural features of the PGTs.
Lipoxygenase (LOX) is an industrial enzyme with wide applications in food and pharmaceutical industries. The available structure information indicates that eukaryotic LOXs consist of N terminus β-barrel and C terminus catalytic domains. However, the latest crystal structure of Pseudomonas aeruginosa LOX shows it is significantly different from those of eukaryotic LOXs, including the N-terminal helix domain. In this paper, the functions of this N-terminal helix domain in the soluble expression and catalysis of P. aeruginosa LOX were analyzed. Genetic truncation of this helix domain resulted in an insoluble P. aeruginosa LOX mutant. The active C-terminal domain was obtained by dispase digestion of the P. aeruginosa LOX derivative containing the genetically introduced dispase recognition sites. This functional C-terminal domain showed raised substrate affinity but reduced catalytic activity and thermostability. Crystal structure analyses demonstrate that the broken polar contacts connecting the two domains and the exposed hydrophobic substrate binding pocket may contribute to the insoluble expression of the C terminus domain and the changes in the enzyme properties. Our data suggest that the N terminus domain of P. aeruginosa LOX is required for its soluble expression in E. coli, which is different from that of the eukaryotic LOXs. Besides this, this N-terminal domain is not necessary for catalysis but shows positive effects on the enzyme properties. The results presented here provide new and valuable information on the functions of the N terminus helix domain of P. aeruginosa LOX and further improvement of its enzyme properties by molecular modification.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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