• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제1권2호
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• pp.92-98
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• 2005

DNA microarray analysis of gene expression in toxicogenomics typically requires relatively large amounts of total RNA. This limits the use of DNA microarray when the sample available is small. To confront this limitation, different methods of linear RNA amplification that generate antisense RNA (aRNA) have been optimized for microarray use. The target preparation strategy using amplified RNA in DNA microarray protocol can be divided into direct-incorporation labeling which resulted in cDNA targets (Cy-dye labeled cDNA from aRNA) and indirect-labeling which resulted in cRNA targets (i.e. Cy-dye labeled aRNA), respectively. However, despite the common use of amplified targets (cDNA or cRNA) from aRNAs, no systemic assessment for the use of amplified targets and bias in terms of hybridization performance has been reported. In this investigation, we have compared the hybridization performance of cRNA targets with cDNA targets from aRNA on a 10 K cDNA microarrays. Under optimized hybridization conditions, we found that 43% of outliers from cDNA technique and 86% from the outlier genes were reproducibly detected by both targets hybridization onto cDNA microarray. This suggests that the cRNA labeling method may have a reduced capacity for detecting the differential gene expression when compared to the cDNA target preparation. However, further validation of this discordant result should be pursued to determine which techniques possesses better accuracy in identifying truly differential genes.

• 대한화학회지
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• 제46권2호
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• pp.157-163
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• 2002

$tRNA^{Val}$에 결합하는 RNA 요소들을 확인하기 위해 SELEX 방법을 수행하였다. 양끝에 보존된 primer 서열을 가지고 가운데 무작위의 48-mer 올리고 누클레오티드 영역을 가진 DNA 문고를 T7 RNA 중합효소를 이용하여 전사시켜 얻은 RNA pool을 가지고 $tRNA^{Val}$이 고정된 affinity column을 이용하여 14번의 선별 과정을 거쳐 FNA aptamer들을 선별하였다. 몇몇 aptamer들은 세 가지 rRNA들의 고리 영역에 있는 서열과 유사한 서열을 가졌다: 5S rRNA의 C43GAAC47 서열, 16S rRNA의 G1491AAGU1495와 G1379UUCC1383 서열 그리고 23S rRNA의 C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485와 A2600CAGU2604 서열. 이 결과들은 $tRNA^{Val}$가 리보솜에서 5S rRNA, 16S rRNA 및 23S rRNA와 다양하게 상호작용 할 수 있다는 것을 암시한다.

• 생명과학회지
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• 제8권2호
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• pp.203-207
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• 1998

본 연구는 옥수수에서 분리한 미토콘드리아에서 NADH-dehydrogenase 유전자 (subunit 4)의 cDNA를 RT-PCR의 방법을 사용하여 조제 한 ㅜ 염기서열 수행한 경과 특이한 점을 감지 할 수 있었다. 일반적인 RNA cditing은 C에서 U로 또는 U에서 C로 치환되는 현장으로 옥수수의 NAD4유전자에서도 이러한 editing 형상이 일어나는 것을 발견하였다. 또는 T가 G로 그리고 G 가 A로 변화되는 특이한 부분들이 생성되는 것을 관찰하였다. 이러한 RNA ediring은 주로 exon 1과 exon 4 에 많이 일어나며, 염기 치환되는 부분들은 에서늬 NAD4유전자의 RNA edting site들과 일피하지 않은 점으로 미루어 보아 RNA editing 현상은 무작의로 생성된다고 본다.된다고 본다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제26권2호
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• pp.149-156
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• 1999

포유류의 자궁조직은 발정주기를 통하여 역동적으로 변화하고 있으며 이러한 자궁조직의 분화는 시상하부-뇌하수체-생식소를 잇는 축에 의해 조절되는 스테로이드 호르몬에 의해 이루어진다. 그러나 에스트로겐 (E)이 어떤 유전자를 발현하여 자궁 내의 변화를 일으키는지는 아직 자세히 알려지지 않고 있다. 본 연구는 난소를 절제한 성숙한 흰쥐에 E을 처리한 후 자궁조직 내에서 c-fos, c-jun 및 hsp25 mRNA의 발현 변화를 Northern blot analysis방법을 사용하여 연구한 것이다. c-fos및 c-jun 암원유전자의 mRNA발현은 E처리 후 1시간 이전부터 증가하기 시작하며, 3시간 이내에 최고치에 도달한 후 급격히 감소하여 기저수준으로 되돌아갔다. 반면에 hsp25 mRNA수준은 E처리 후 3시간 대에서 최고치를 나타내나 증가된 발현량이 서서히 감소하며 12시간이 지난 후 까지도 정상대조군에 비해 높은 수준으로 유지되었다. 이러한 E의 영향이 선별적인지를 검증하기 위하여 E의 길항제인 tamoxifen을 사전처리하고 E을 추가로 처리하여 c-fos, c-jun및 hsp25 mRNA의 발현이 최고치에 이르렀던 3시간대에 자궁조직을 얻어 각각의 유전자 발현량을 조사한 결과 E에 의해 증가되었던 c-fos, c-jun 및 hsp25 mRNA의 수준이 억제됨을 확인하였다. 이러한 결과는 E이 자궁조직에 영향을 미치는데 초기의 일시적인 변화를 보이는 암원유전자인 c-fos 및 c-jun이 중요한 역할을 하리라는 것을 시사하며 hsp25의 경우는 좀더 늦은 반응에 관여하거나 c-fos및 c-jun에 의하여 간접적으로 조절을 받을 수도 있음을 보여 주는 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제27권12호
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• pp.1494-1499
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• 2017

Candida albicans에 의한 구강 감염(캔디다증)은 구강 점막에 빈번하게 발생하며 잘 알려진 질병이다. 구강 캔디다증은 생명을 위협하는 정도의 곰팡이 감염증은 아니나, 특정상황에서 개인에게 심각한 위험을 초래할 수도 있다. 마이크로 RNA는 세포 내에서 다른 타겟 유전자를 저해하는 작은 크기의 RNA 분자이며 단백질을 코딩하지는 않고 번역과정을 억제하는 조절자로서의 역할을 하고 있다. 본 연구는 C. albicans의 마이크로RNA를 처음으로 동정하고 그러한 마이크로RNA가 지닌 기능을 조사하기 위함이다. 이를 위하여 C. albicans의 small RNA를 차세대 염기분석법을 통하여 분석하고 그러한 RNA들의 2차 구조를 생물정보학적 방법으로 조사하였다. 분석한 small RNA들은 마이크로 RNA라고 불리울 수 있는 특징들을 가지고 있었으며, 특별히 높게 발현되고 있는 두개의 마이크로 RNA 정도 크기의 RNA가 CBP1 유전자의 3' 말단 비번역구역(UTR)에서 반대방향으로 발현하는 것을 밝혀 내었다. 우리는 이러한 C. albicans의 RNA가 CBP1 유전자를 타겟으로 하여 조절하는지 알아보기 위해 RNA를 인위적으로 합성한 후 세포 내로 주입하고, 형광형미경으로 도입 사실을 확인하였다. 하지만 4시간과 8시간 후에 CBP1의 발현 변화는 관찰되지 않았다. 따라서, 이러한 결과는 C. albicans가 마이크로RNA에 의한 RNA 간섭(RNAi) 작용이 다른 진핵세포와는 다르게 작용하는 것을 알 수 있다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권8호
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• pp.3471-3476
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• 2014

Background: Aberrant expression of the microRNA-29 family is associated with tumorigenesis and cancer progression. As transport carriers, tumor-derived exosomes are released into the extracellular space and regulate multiple functions of target cells. Thus, we assessed the possibility that exosomes could transport microRNA-29c as a carrier and correlations between microRNA-29c and apoptosis of bladder cancer cells. Materials and Methods: A total of 28 cancer and adjacent tissues were examined by immunohistochemistry to detect BCL-2 and MCL-1 expression. Disease was Ta-T1 in 12 patients, T2-T4 in 16, grade 1 in 8, 2 in 8 and 3 in 12. The expression of microRNA-29c in cancer tissues was detected by quantitative reverse transcriptase PCR (QRT-PCR). An adenovirus containing microRNA-29c was used to infect the BIU-87 human bladder cancer cell line. MicroRNA-29c in exosomes was measured by QRT-PCR. After BIU-87 cells were induced by exosomes-derived microRNA-29c, QRT-PCR was used to detect the level of microRNA-29c. Apoptosis was examined by flow cytometry and BCL-2 and MCL-1 mRNA expressions were assessed by reverse transcription-polymerase chain reaction. Western blotting was used to determine the protein expression of BCL-2 and MCL-1. Results: The expressions of BCL-2 and MCL-1 protein were remarkably increased in bladder carcinoma (p<0.05), but was found mainly in the basal and suprabasal layers in adjacent tissues. The expression of microRNA-29c in cancer tissues was negatively correlated with the BCL-2 and MCL-1. The expression level of microRNA-29c in exosomes and BIU-87 cells from the experiment group was higher than that in control groups (p<0.05). Exosome-derived microRNA-29c induced apoptosis (p<0.01). Although only BCL-2 was reduced at the mRNA level, both BCL-2 and MCL-1 were reduced at the protein level. Conclusions: Human bladder cancer cells infected by microRNA-29c adenovirus can transport microRNA-29c via exosomes. Moreover, exosome-derived microRNA29c induces apoptosis in bladder cancer cells by down-regulating BCL-2 and MCL-1.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제2권1호
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• pp.17-23
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• 2007

Short interfering RNA(siRNA)는 특별한 gene의 발현을 막는데 사용될 수 있고 그 gene의 기능과 치료의 적용에 많은 가능성을 가지고 있지만, 효과적인 siRNA를 디자인하는 방법은 아직까지 명확하지 않다. 효과적인 siRNA는 서열적인 경향을 가지고 있는데 낮은 G/C content, Sense strand의 3' 끝에 적은 안정성과 1번 위치에는 G/C, 19번 위치에는 A/U의 존재 여부를 들 수 있다. 이러한 특성 말고도 최근에는 mRNA의 2차구조가 RNAi 작용에 중요한 역할을 하게 되는데 복잡한 구조(hairpin, multi loop)를 가지고 수소결합을 많이 하여 안정한 상태에 있는 부분은 siRNA의 기능을 크게 줄어들게 한다. 또한, siRNA가 특정한 mRNA에 작동하도록 BLAST 검색을 하여 부작용의 가능성을 배제한다.

• Animal cells and systems
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• 제8권3호
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• pp.213-220
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• 2004

MicroRNA and siRNA (small interfering RNA), representative members of small RNA, exert their effects on target gene expression through association with protein complexes called miRNP (microRNA associated ribonucleoproteins) and RISC (RNA induced silencing complex), respectively. Although the protein complexes are yet to be fully characterized, human EIF2C2 protein has been identified as a component of both miRNP and RISC. In this report, we raised antiserum against EIF2C2 in order to begin understanding the protein complexes. An immunoblot result indicates that EIF2C2 protein is ubiquitously expressed in a variety of cell lines from human and mouse. EIF2C2 protein exists in both cellular compartments, as indicated by an immunoblot assay with a nuclear extract and a cytosolic fraction (S100 fraction) from HeLa S3 lysate. Depletion of EIF2C1 or EIF2C2 protein resulted in a decrease of microRNA, suggesting a possible role of these proteins in microRNA stability or biogenesis. We also prepared antiserum against dsRNA binding protein PACT, whose homologs in C. elegans and Drosophila are known to have a role in the RNAi (RNA interference) pathway. The expression of PACT protein was also observed in a wide range of cell lines.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권6호
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• pp.636-641
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• 1998

Digoxigenin (DIG) was used to prepare nucleic acid probe for the detection of RNA of potato leafroll virus (PLRV) in the potato leaf extracts. The 0.6 kb coat protein (CP) gene cDNA of PLRV in plasmid pSPT 18 vector was labeled with digoxigenin by in vitro run-off transcription and then used for cRNA probe. In the several buffers tested for increase the total RNA extraction efficiency AMES buffer was the most suitable for this detection method. The RNA extracts from potato leaves shown symptoms of PLRV were dot blotted onto nylon membrane and hybridized with labeled RNA probes. After hybridization, labeled RNA bound to PLRV RNA on membrane was detected with anti-digoxigenin alkaline phosphatase. 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate/nitroblue tetrazolium (NBT) salt and CSPD were used as substrate for colorimetric and film exposure detection, respectively. These detection methods were very sensitive allowing for detection of 1/32 diluted total RNA extract from 100 mg leaf tissue.

• Applied Biological Chemistry
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• 제5권
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• pp.7-21
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• 1964

가잠(家蠶)(Bombyx mori)의 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)(후부(後部))에서 phenol법(法)으로 RNA를 추출(抽出)하여 RNA의 nucleotide 조성(組成)(mole ratio)을 살피는 한편, 견사선(絹絲腺)(후부(後部))에서 초원심법(超遠沈法)으로 r-RNA, s-RNA를 분리(分離)하여 이에 대(對)한 nucleotide조성(組成)을 조사(調査)하고 또 가잠견사선(家蠶絹絲腺)과 비교(比較)할 목적(目的)으로 거미 방적선(紡績腺)의 t-RNA를 분리(分離)하여 nucleotide성분(成分)을 측정(測定)하여 다음과 같은 결과(結果)를 얻었다. 1) 잠란(蠶卵)에 있어서 이것을 마수(磨粹), 탈지(脫脂) 후(後) lysozyme을 작용(作用)시키고 10% NaCl용액(溶液)으로 가열(加熱) 추출(抽出)하는 새방법(方法)을 고찰(考察)하여 RNA의 추출(抽出)이 극난(極難)한 잠란(蠶卵)에서 RNA를 분리(分離)하는데 성공(成功)하였다. 2) 가잠란(家蠶卵), 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)(후부(後部))의 t-RNA nucleotide 조성(組成)은 다음과 같다. 시료(試料) $\frac{G+C}{A+U}$ $\frac{G+U}{A+C}$ $\frac{Pu}{Py}$ 가잠란(家蠶卵)의 RNA 1.14 1.24 0.99 가잠체(家蠶體)의 RNA 1.40 1.36 0.80 용체의 RNA 1.40 1.33 1.35 후부견사선(後部絹絲腺)의 RNA 1.05 1.32 1.15 이로서 잠체(蠶體). 용체 및 견사선(絹絲腺)의 Pu/Py는 각각(各各) 차이(差異)가 있으나 G+U/A+C는 3자간(者間)에 1.3의 거이 동일(同一)한 수치(數値)를 보여주고 있다. G+C/A+U는 잠체(蠶體)와 용체에 있어서 동일(同一)하나 견사선(絹絲腺)의 그것과는 차이(差異)가 있다. 한편 잠란(蠶卵)에 있어서는 Pu/Py, G+C/A+U, G+U/A+C가 각각(各各) 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)에 있어서와 현저(顯著)한 차이(差異)를 보여주고 있다. G+C/A+U가 1.3이나 되는 RNA의 base ratio를 가진 생물(生物)에 관(關)해서는 아직 보고(報告)된 바 없고 다만 본논문(本論文)의 가잠(家蠶)에 관(關)한 RNA와 속편(續編)인 각종(各種) 패류(貝類) RNA의 nucleotide 조성(組成)에서 모두 1.3에 가까운 수치(數値)를 보여주고 있다. 3) 견사선(絹絲腺)(후부(後部)) t-RNA와 거미 방적선(紡績腺)의 t-RNA의 nucleotide molar ratio 및 견사선(絹絲腺)의 r-RNA, s-RNA nucleotide 조성(組成)은 다음과 같다. 재료(材料) $\frac{G+C}{A+U}$ $\frac{G+U}{A+C}$ $\frac{Pu}{Py}$ 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部)의 t-RNA 1.05 1.32 1.15의 r-RNA 1.12 1.30 1.20의 s-RNA 1.55 1.33 0.65 지주방적선(蜘蛛紡績腺)의 t-RNA 1.35 1.24 1.16 즉(卽) 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部))과 거미방적선(紡績腺)의 t-RNA nucleotide 조성(組成)은 Pu/Py가 1.15와 1.16으로서 거이 동일(同一)하지만 G+C/A+U, G+U/A+C에 차이(差異)가 있음을 보았다. 한편 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部)) r-RNA와 s-RNA의 Pu/Py와 G+C/A+U는 현저(顯著)한 차이(差異)가 있고, G+U/A+C에 있어서는 1.3으로서 거이 동일(同一)한 수치(數値)를 보여주고 있다. 4. 이상(以上)과 같이 잠체(蠶體)에 관(關)한 RNA의 nucleotide 조성(組成)은 소위(所謂) GC-type로서, 현재(現在)까지 문헌(文獻)에 보고(報告)된 각종(各種) 생물(生物)의 RNA의 base ratio에 관(關)하여 비교(比較) 검토(檢討)하였으며, RNA의 nucleotide ratio의 차이(差異)의 의의(意義)에 대(對)하여 고찰(考察)하였다.